MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Coxiella burnetii RSA 493 plasmid pQpH1

Total Repeats: 113

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004704	GGGT	2	8	166	173	0 %	25 %	75 %	0 %	29648115
2	NC_004704	GAAC	2	8	412	419	50 %	0 %	25 %	25 %	29648115
3	NC_004704	GGTA	2	8	808	815	25 %	25 %	50 %	0 %	29648117
4	NC_004704	GCTG	2	8	889	896	0 %	25 %	50 %	25 %	29648117
5	NC_004704	CAGG	2	8	1219	1226	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
6	NC_004704	TTCA	2	8	1726	1733	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
7	NC_004704	AGCA	2	8	2056	2063	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
8	NC_004704	GTTT	2	8	2607	2614	0 %	75 %	25 %	0 %	29648119
9	NC_004704	AATT	2	8	2973	2980	50 %	50 %	0 %	0 %	29648119
10	NC_004704	TGAT	2	8	3099	3106	25 %	50 %	25 %	0 %	29648119
11	NC_004704	CCGG	2	8	3344	3351	0 %	0 %	50 %	50 %	29648119
12	NC_004704	CTTG	2	8	4307	4314	0 %	50 %	25 %	25 %	29648120
13	NC_004704	TTGA	2	8	4633	4640	25 %	50 %	25 %	0 %	29648120
14	NC_004704	TTCT	2	8	4670	4677	0 %	75 %	0 %	25 %	29648120
15	NC_004704	ATTT	2	8	5226	5233	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_004704	TCGA	2	8	5345	5352	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
17	NC_004704	TCAT	2	8	5437	5444	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
18	NC_004704	TTTA	2	8	5699	5706	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_004704	AAAT	2	8	5898	5905	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_004704	GAAA	2	8	6009	6016	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_004704	ACCA	2	8	6166	6173	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
22	NC_004704	ATGA	2	8	6326	6333	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
23	NC_004704	GCGA	2	8	6582	6589	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
24	NC_004704	CCGT	2	8	7124	7131	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
25	NC_004704	AATA	2	8	7849	7856	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_004704	GAAA	2	8	7940	7947	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_004704	AGGT	2	8	8444	8451	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
28	NC_004704	GGCG	2	8	8941	8948	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
29	NC_004704	CCAT	2	8	9662	9669	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
30	NC_004704	GAAA	2	8	9816	9823	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_004704	GGAT	2	8	10670	10677	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
32	NC_004704	TCTA	2	8	10819	10826	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
33	NC_004704	GCTC	2	8	10944	10951	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
34	NC_004704	TTCA	2	8	11555	11562	25 %	50 %	0 %	25 %	29648122
35	NC_004704	TCTT	2	8	11789	11796	0 %	75 %	0 %	25 %	29648122
36	NC_004704	ATAA	2	8	12341	12348	75 %	25 %	0 %	0 %	29648122
37	NC_004704	CGAG	2	8	13182	13189	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
38	NC_004704	AAAT	2	8	14275	14282	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_004704	TTAA	2	8	14335	14342	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_004704	TATT	2	8	14536	14543	25 %	75 %	0 %	0 %	29648125
41	NC_004704	CGAT	2	8	15381	15388	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
42	NC_004704	TAAG	2	8	15968	15975	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_004704	GGAA	2	8	16061	16068	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_004704	TGAC	2	8	16172	16179	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
45	NC_004704	GAAC	2	8	16510	16517	50 %	0 %	25 %	25 %	29648127
46	NC_004704	AAGA	2	8	17656	17663	75 %	0 %	25 %	0 %	29648128
47	NC_004704	TTAC	2	8	18244	18251	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
48	NC_004704	AACT	2	8	18569	18576	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
49	NC_004704	CGAC	2	8	18795	18802	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
50	NC_004704	TCGT	2	8	18916	18923	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
51	NC_004704	ATGG	2	8	18957	18964	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
52	NC_004704	TGAA	2	8	19036	19043	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_004704	CTTT	2	8	19124	19131	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
54	NC_004704	AATT	2	8	19241	19248	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_004704	GCTG	2	8	19374	19381	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
56	NC_004704	AGAT	2	8	19424	19431	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
57	NC_004704	AAAG	2	8	19638	19645	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_004704	GCAA	2	8	20258	20265	50 %	0 %	25 %	25 %	29648132
59	NC_004704	TCAA	2	8	20529	20536	50 %	25 %	0 %	25 %	29648132
60	NC_004704	TTTG	2	8	20682	20689	0 %	75 %	25 %	0 %	29648133
61	NC_004704	CAGC	2	8	21126	21133	25 %	0 %	25 %	50 %	29648133
62	NC_004704	AAGG	2	8	21973	21980	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
63	NC_004704	CAAA	2	8	22669	22676	75 %	0 %	0 %	25 %	29648135
64	NC_004704	ACGT	2	8	22884	22891	25 %	25 %	25 %	25 %	29648135
65	NC_004704	AGGC	2	8	22947	22954	25 %	0 %	50 %	25 %	29648135
66	NC_004704	ATTG	2	8	23041	23048	25 %	50 %	25 %	0 %	29648135
67	NC_004704	ATTT	2	8	23463	23470	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_004704	ATTT	2	8	23675	23682	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_004704	TTAA	2	8	23692	23699	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_004704	GATG	2	8	23904	23911	25 %	25 %	50 %	0 %	29648136
71	NC_004704	TCCA	2	8	24061	24068	25 %	25 %	0 %	50 %	29648136
72	NC_004704	ATTT	2	8	24186	24193	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_004704	GTTT	2	8	24465	24472	0 %	75 %	25 %	0 %	29648137
74	NC_004704	GTCA	2	8	24501	24508	25 %	25 %	25 %	25 %	29648137
75	NC_004704	TGGC	2	8	24587	24594	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
76	NC_004704	CTTG	2	8	26447	26454	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
77	NC_004704	GGTT	2	8	26665	26672	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
78	NC_004704	GTGA	2	8	26739	26746	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
79	NC_004704	CTTT	2	8	26776	26783	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
80	NC_004704	TTTG	2	8	26894	26901	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
81	NC_004704	GTTT	2	8	26937	26944	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
82	NC_004704	TTTC	2	8	27959	27966	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
83	NC_004704	GCAA	2	8	27970	27977	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
84	NC_004704	CTTA	2	8	29228	29235	25 %	50 %	0 %	25 %	29648143
85	NC_004704	AACT	2	8	29576	29583	50 %	25 %	0 %	25 %	29648143
86	NC_004704	TTCT	2	8	29760	29767	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
87	NC_004704	GTTG	2	8	30440	30447	0 %	50 %	50 %	0 %	29648145
88	NC_004704	CAAA	2	8	30526	30533	75 %	0 %	0 %	25 %	29648145
89	NC_004704	ACCC	2	8	30996	31003	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
90	NC_004704	CTTC	2	8	31054	31061	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
91	NC_004704	ATTG	2	8	31683	31690	25 %	50 %	25 %	0 %	29648146
92	NC_004704	TTTC	2	8	31731	31738	0 %	75 %	0 %	25 %	29648146
93	NC_004704	GTTT	2	8	32344	32351	0 %	75 %	25 %	0 %	29648146
94	NC_004704	GGAA	2	8	33034	33041	50 %	0 %	50 %	0 %	29648147
95	NC_004704	ATTG	2	8	33529	33536	25 %	50 %	25 %	0 %	29648147
96	NC_004704	ATGA	2	8	33613	33620	50 %	25 %	25 %	0 %	29648147
97	NC_004704	TTCT	2	8	33782	33789	0 %	75 %	0 %	25 %	29648147
98	NC_004704	TAAT	2	8	33926	33933	50 %	50 %	0 %	0 %	29648147
99	NC_004704	TAAA	2	8	34110	34117	75 %	25 %	0 %	0 %	29648148
100	NC_004704	CAGC	2	8	34286	34293	25 %	0 %	25 %	50 %	29648148
101	NC_004704	GAAT	2	8	35054	35061	50 %	25 %	25 %	0 %	29648149
102	NC_004704	AAAG	2	8	35144	35151	75 %	0 %	25 %	0 %	29648149
103	NC_004704	TTTA	2	8	35166	35173	25 %	75 %	0 %	0 %	29648149
104	NC_004704	TAAT	2	8	35780	35787	50 %	50 %	0 %	0 %	29648149
105	NC_004704	GAAA	2	8	36048	36055	75 %	0 %	25 %	0 %	29648149
106	NC_004704	GCTT	2	8	36247	36254	0 %	50 %	25 %	25 %	29648149
107	NC_004704	TTCT	2	8	36460	36467	0 %	75 %	0 %	25 %	29648150
108	NC_004704	CGAA	2	8	36631	36638	50 %	0 %	25 %	25 %	29648150
109	NC_004704	TGTT	2	8	37166	37173	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
110	NC_004704	TTTA	2	8	37177	37184	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_004704	TAGT	2	8	37195	37202	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
112	NC_004704	TTTA	2	8	37207	37214	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_004704	CAGG	2	8	37259	37266	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.