MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Coxiella burnetii RSA 493 plasmid pQpH1

Total Repeats: 62

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004704	CAGG	2	8	1219	1226	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
2	NC_004704	TTCA	2	8	1726	1733	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_004704	AGCA	2	8	2056	2063	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
4	NC_004704	ATTT	2	8	5226	5233	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_004704	TCGA	2	8	5345	5352	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
6	NC_004704	TCAT	2	8	5437	5444	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
7	NC_004704	TTTA	2	8	5699	5706	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_004704	AAAT	2	8	5898	5905	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_004704	GAAA	2	8	6009	6016	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_004704	ACCA	2	8	6166	6173	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
11	NC_004704	ATGA	2	8	6326	6333	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
12	NC_004704	GCGA	2	8	6582	6589	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
13	NC_004704	CCGT	2	8	7124	7131	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
14	NC_004704	AATA	2	8	7849	7856	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_004704	GAAA	2	8	7940	7947	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_004704	AGGT	2	8	8444	8451	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
17	NC_004704	GGCG	2	8	8941	8948	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
18	NC_004704	CCAT	2	8	9662	9669	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
19	NC_004704	GAAA	2	8	9816	9823	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_004704	GGAT	2	8	10670	10677	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
21	NC_004704	TCTA	2	8	10819	10826	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
22	NC_004704	GCTC	2	8	10944	10951	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
23	NC_004704	CGAG	2	8	13182	13189	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
24	NC_004704	AAAT	2	8	14275	14282	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_004704	TTAA	2	8	14335	14342	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_004704	CGAT	2	8	15381	15388	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
27	NC_004704	TAAG	2	8	15968	15975	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_004704	GGAA	2	8	16061	16068	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_004704	TGAC	2	8	16172	16179	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
30	NC_004704	TTAC	2	8	18244	18251	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
31	NC_004704	AACT	2	8	18569	18576	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
32	NC_004704	CGAC	2	8	18795	18802	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
33	NC_004704	TCGT	2	8	18916	18923	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
34	NC_004704	ATGG	2	8	18957	18964	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NC_004704	TGAA	2	8	19036	19043	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_004704	CTTT	2	8	19124	19131	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
37	NC_004704	AATT	2	8	19241	19248	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_004704	GCTG	2	8	19374	19381	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
39	NC_004704	AGAT	2	8	19424	19431	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_004704	AAAG	2	8	19638	19645	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_004704	AAGG	2	8	21973	21980	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
42	NC_004704	ATTT	2	8	23463	23470	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_004704	ATTT	2	8	23675	23682	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_004704	TTAA	2	8	23692	23699	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_004704	ATTT	2	8	24186	24193	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_004704	TGGC	2	8	24587	24594	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
47	NC_004704	CTTG	2	8	26447	26454	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
48	NC_004704	GGTT	2	8	26665	26672	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
49	NC_004704	GTGA	2	8	26739	26746	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
50	NC_004704	CTTT	2	8	26776	26783	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
51	NC_004704	TTTG	2	8	26894	26901	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
52	NC_004704	GTTT	2	8	26937	26944	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_004704	TTTC	2	8	27959	27966	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
54	NC_004704	GCAA	2	8	27970	27977	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
55	NC_004704	TTCT	2	8	29760	29767	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
56	NC_004704	ACCC	2	8	30996	31003	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
57	NC_004704	CTTC	2	8	31054	31061	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
58	NC_004704	TGTT	2	8	37166	37173	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_004704	TTTA	2	8	37177	37184	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_004704	TAGT	2	8	37195	37202	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_004704	TTTA	2	8	37207	37214	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_004704	CAGG	2	8	37259	37266	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.