MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Coxiella burnetii RSA 493 plasmid pQpH1

Total Repeats: 51

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004704	GGGT	2	8	166	173	0 %	25 %	75 %	0 %	29648115
2	NC_004704	GAAC	2	8	412	419	50 %	0 %	25 %	25 %	29648115
3	NC_004704	GGTA	2	8	808	815	25 %	25 %	50 %	0 %	29648117
4	NC_004704	GCTG	2	8	889	896	0 %	25 %	50 %	25 %	29648117
5	NC_004704	GTTT	2	8	2607	2614	0 %	75 %	25 %	0 %	29648119
6	NC_004704	AATT	2	8	2973	2980	50 %	50 %	0 %	0 %	29648119
7	NC_004704	TGAT	2	8	3099	3106	25 %	50 %	25 %	0 %	29648119
8	NC_004704	CCGG	2	8	3344	3351	0 %	0 %	50 %	50 %	29648119
9	NC_004704	CTTG	2	8	4307	4314	0 %	50 %	25 %	25 %	29648120
10	NC_004704	TTGA	2	8	4633	4640	25 %	50 %	25 %	0 %	29648120
11	NC_004704	TTCT	2	8	4670	4677	0 %	75 %	0 %	25 %	29648120
12	NC_004704	TTCA	2	8	11555	11562	25 %	50 %	0 %	25 %	29648122
13	NC_004704	TCTT	2	8	11789	11796	0 %	75 %	0 %	25 %	29648122
14	NC_004704	ATAA	2	8	12341	12348	75 %	25 %	0 %	0 %	29648122
15	NC_004704	TATT	2	8	14536	14543	25 %	75 %	0 %	0 %	29648125
16	NC_004704	GAAC	2	8	16510	16517	50 %	0 %	25 %	25 %	29648127
17	NC_004704	AAGA	2	8	17656	17663	75 %	0 %	25 %	0 %	29648128
18	NC_004704	GCAA	2	8	20258	20265	50 %	0 %	25 %	25 %	29648132
19	NC_004704	TCAA	2	8	20529	20536	50 %	25 %	0 %	25 %	29648132
20	NC_004704	TTTG	2	8	20682	20689	0 %	75 %	25 %	0 %	29648133
21	NC_004704	CAGC	2	8	21126	21133	25 %	0 %	25 %	50 %	29648133
22	NC_004704	CAAA	2	8	22669	22676	75 %	0 %	0 %	25 %	29648135
23	NC_004704	ACGT	2	8	22884	22891	25 %	25 %	25 %	25 %	29648135
24	NC_004704	AGGC	2	8	22947	22954	25 %	0 %	50 %	25 %	29648135
25	NC_004704	ATTG	2	8	23041	23048	25 %	50 %	25 %	0 %	29648135
26	NC_004704	GATG	2	8	23904	23911	25 %	25 %	50 %	0 %	29648136
27	NC_004704	TCCA	2	8	24061	24068	25 %	25 %	0 %	50 %	29648136
28	NC_004704	GTTT	2	8	24465	24472	0 %	75 %	25 %	0 %	29648137
29	NC_004704	GTCA	2	8	24501	24508	25 %	25 %	25 %	25 %	29648137
30	NC_004704	CTTA	2	8	29228	29235	25 %	50 %	0 %	25 %	29648143
31	NC_004704	AACT	2	8	29576	29583	50 %	25 %	0 %	25 %	29648143
32	NC_004704	GTTG	2	8	30440	30447	0 %	50 %	50 %	0 %	29648145
33	NC_004704	CAAA	2	8	30526	30533	75 %	0 %	0 %	25 %	29648145
34	NC_004704	ATTG	2	8	31683	31690	25 %	50 %	25 %	0 %	29648146
35	NC_004704	TTTC	2	8	31731	31738	0 %	75 %	0 %	25 %	29648146
36	NC_004704	GTTT	2	8	32344	32351	0 %	75 %	25 %	0 %	29648146
37	NC_004704	GGAA	2	8	33034	33041	50 %	0 %	50 %	0 %	29648147
38	NC_004704	ATTG	2	8	33529	33536	25 %	50 %	25 %	0 %	29648147
39	NC_004704	ATGA	2	8	33613	33620	50 %	25 %	25 %	0 %	29648147
40	NC_004704	TTCT	2	8	33782	33789	0 %	75 %	0 %	25 %	29648147
41	NC_004704	TAAT	2	8	33926	33933	50 %	50 %	0 %	0 %	29648147
42	NC_004704	TAAA	2	8	34110	34117	75 %	25 %	0 %	0 %	29648148
43	NC_004704	CAGC	2	8	34286	34293	25 %	0 %	25 %	50 %	29648148
44	NC_004704	GAAT	2	8	35054	35061	50 %	25 %	25 %	0 %	29648149
45	NC_004704	AAAG	2	8	35144	35151	75 %	0 %	25 %	0 %	29648149
46	NC_004704	TTTA	2	8	35166	35173	25 %	75 %	0 %	0 %	29648149
47	NC_004704	TAAT	2	8	35780	35787	50 %	50 %	0 %	0 %	29648149
48	NC_004704	GAAA	2	8	36048	36055	75 %	0 %	25 %	0 %	29648149
49	NC_004704	GCTT	2	8	36247	36254	0 %	50 %	25 %	25 %	29648149
50	NC_004704	TTCT	2	8	36460	36467	0 %	75 %	0 %	25 %	29648150
51	NC_004704	CGAA	2	8	36631	36638	50 %	0 %	25 %	25 %	29648150

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.