MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Coxiella burnetii RSA 493 plasmid pQpH1

Total Repeats: 247

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004704	GGT	2	6	246	251	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	29648115
2	NC_004704	AGA	2	6	363	368	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29648115
3	NC_004704	GAA	2	6	529	534	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29648115
4	NC_004704	GTC	2	6	675	680	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	29648117
5	NC_004704	CCG	2	6	733	738	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	29648117
6	NC_004704	CAT	2	6	905	910	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29648117
7	NC_004704	TGA	2	6	963	968	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29648117
8	NC_004704	AGA	2	6	1021	1026	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29648117
9	NC_004704	GAA	2	6	2573	2578	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29648119
10	NC_004704	AGG	2	6	2668	2673	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	29648119
11	NC_004704	GTT	2	6	2762	2767	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29648119
12	NC_004704	ATT	2	6	2847	2852	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29648119
13	NC_004704	TGA	2	6	3024	3029	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29648119
14	NC_004704	AGA	2	6	3046	3051	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29648119
15	NC_004704	CAC	2	6	3093	3098	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	29648119
16	NC_004704	GAA	2	6	3149	3154	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29648119
17	NC_004704	GGT	2	6	3182	3187	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	29648119
18	NC_004704	CGG	2	6	3284	3289	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	29648119
19	NC_004704	GTG	2	6	3312	3317	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	29648119
20	NC_004704	AAT	2	6	3370	3375	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29648119
21	NC_004704	GGC	2	6	3445	3450	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	29648119
22	NC_004704	AGC	2	6	3501	3506	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29648119
23	NC_004704	CTG	2	6	3786	3791	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	29648120
24	NC_004704	ATG	2	6	3992	3997	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29648120
25	NC_004704	AAT	2	6	4060	4065	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29648120
26	NC_004704	ATT	2	6	4081	4086	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29648120
27	NC_004704	CAG	2	6	4227	4232	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29648120
28	NC_004704	TTC	2	6	4246	4251	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29648120
29	NC_004704	ATT	2	6	4276	4281	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29648120
30	NC_004704	ATT	2	6	4300	4305	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29648120
31	NC_004704	CTT	2	6	4356	4361	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29648120
32	NC_004704	TTC	2	6	4381	4386	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29648120
33	NC_004704	ATA	2	6	4432	4437	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29648120
34	NC_004704	TCA	2	6	4439	4444	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29648120
35	NC_004704	CGC	2	6	4450	4455	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	29648120
36	NC_004704	ATC	2	6	4474	4479	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29648120
37	NC_004704	ATT	2	6	4573	4578	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29648120
38	NC_004704	CTT	3	9	4596	4604	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29648120
39	NC_004704	CAA	3	9	4624	4632	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29648120
40	NC_004704	CAT	2	6	11476	11481	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29648122
41	NC_004704	CAT	2	6	11512	11517	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29648122
42	NC_004704	CAA	2	6	11687	11692	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29648122
43	NC_004704	ACC	2	6	11821	11826	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	29648122
44	NC_004704	ATA	2	6	11928	11933	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29648122
45	NC_004704	TTC	2	6	12104	12109	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29648122
46	NC_004704	GCA	2	6	12112	12117	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29648122
47	NC_004704	AAT	2	6	12118	12123	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29648122
48	NC_004704	ATT	2	6	12182	12187	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29648122
49	NC_004704	GCC	2	6	12244	12249	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	29648122
50	NC_004704	TAA	3	9	12280	12288	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29648122
51	NC_004704	GGC	2	6	12294	12299	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	29648122
52	NC_004704	ATC	2	6	12359	12364	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29648122
53	NC_004704	TTA	2	6	12387	12392	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29648122
54	NC_004704	TTG	2	6	12484	12489	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29648122
55	NC_004704	ATC	2	6	12500	12505	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29648122
56	NC_004704	AAT	2	6	12532	12537	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29648122
57	NC_004704	CAG	2	6	12544	12549	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29648122
58	NC_004704	TCA	2	6	12592	12597	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29648122
59	NC_004704	AAT	2	6	13248	13253	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29648124
60	NC_004704	ATC	2	6	13320	13325	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29648124
61	NC_004704	ATT	2	6	13386	13391	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29648124
62	NC_004704	GAT	2	6	13505	13510	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29648124
63	NC_004704	CCG	2	6	13583	13588	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	29648124
64	NC_004704	CTT	2	6	14530	14535	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29648125
65	NC_004704	TGG	2	6	14702	14707	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	29648125
66	NC_004704	GAA	2	6	14745	14750	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29648125
67	NC_004704	TCC	2	6	14772	14777	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	29648125
68	NC_004704	CGC	2	6	14790	14795	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	29648125
69	NC_004704	TAT	2	6	14918	14923	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29648125
70	NC_004704	ACA	2	6	14942	14947	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29648125
71	NC_004704	TCG	2	6	15052	15057	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	29648125
72	NC_004704	TTG	2	6	15073	15078	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29648125
73	NC_004704	AGC	2	6	15089	15094	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29648125
74	NC_004704	TAA	2	6	15116	15121	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29648125
75	NC_004704	ATC	2	6	15544	15549	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29648126
76	NC_004704	ATT	2	6	15626	15631	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29648126
77	NC_004704	GGT	2	6	16224	16229	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	29648127
78	NC_004704	ATA	2	6	16337	16342	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29648127
79	NC_004704	GAA	2	6	16363	16368	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29648127
80	NC_004704	CTC	2	6	16417	16422	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	29648127
81	NC_004704	AAG	2	6	16442	16447	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29648127
82	NC_004704	CTT	2	6	16454	16459	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29648127
83	NC_004704	AAT	2	6	16682	16687	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29648128
84	NC_004704	AAC	2	6	16696	16701	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29648128
85	NC_004704	AAG	2	6	16718	16723	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29648128
86	NC_004704	TAT	2	6	17067	17072	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29648128
87	NC_004704	TGG	2	6	17110	17115	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	29648128
88	NC_004704	GGA	2	6	17135	17140	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	29648128
89	NC_004704	TTC	2	6	17159	17164	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29648128
90	NC_004704	ATT	2	6	17197	17202	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29648128
91	NC_004704	GAA	2	6	17223	17228	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29648128
92	NC_004704	CTC	2	6	17286	17291	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	29648128
93	NC_004704	ATT	2	6	17377	17382	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29648128
94	NC_004704	AGA	2	6	17405	17410	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29648128
95	NC_004704	TAT	2	6	17429	17434	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29648128
96	NC_004704	GAA	2	6	17448	17453	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29648128
97	NC_004704	TTA	2	6	17482	17487	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29648128
98	NC_004704	TGA	2	6	17546	17551	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29648128
99	NC_004704	CAG	2	6	17567	17572	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29648128
100	NC_004704	GAA	2	6	17574	17579	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29648128
101	NC_004704	CTT	2	6	17692	17697	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29648128
102	NC_004704	AAT	2	6	17747	17752	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29648129
103	NC_004704	GAG	2	6	17759	17764	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	29648129
104	NC_004704	TAA	2	6	19822	19827	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29648132
105	NC_004704	TGC	2	6	19842	19847	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	29648132
106	NC_004704	TCT	2	6	19851	19856	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29648132
107	NC_004704	TTG	3	9	19883	19891	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29648132
108	NC_004704	GTT	3	9	19894	19902	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29648132
109	NC_004704	ATC	2	6	19934	19939	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29648132
110	NC_004704	TCT	2	6	19948	19953	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29648132
111	NC_004704	ACA	2	6	20142	20147	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29648132
112	NC_004704	CTC	2	6	20422	20427	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	29648132
113	NC_004704	TCA	2	6	20478	20483	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29648132
114	NC_004704	TGG	2	6	20522	20527	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	29648132
115	NC_004704	AAG	2	6	20558	20563	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29648132
116	NC_004704	TCA	3	9	20574	20582	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29648132
117	NC_004704	TTG	2	6	20651	20656	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29648133
118	NC_004704	TGT	2	6	20675	20680	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29648133
119	NC_004704	CCG	2	6	20725	20730	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	29648133
120	NC_004704	CCG	2	6	20757	20762	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	29648133
121	NC_004704	CAC	2	6	20880	20885	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	29648133
122	NC_004704	ATA	2	6	20896	20901	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29648133
123	NC_004704	ATT	2	6	20960	20965	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29648133
124	NC_004704	ACA	3	9	20968	20976	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29648133
125	NC_004704	ATT	2	6	20980	20985	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29648133
126	NC_004704	ACC	2	6	21001	21006	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	29648133
127	NC_004704	TCA	2	6	21149	21154	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29648133
128	NC_004704	TCT	3	9	21281	21289	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29648133
129	NC_004704	CTT	2	6	21465	21470	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29648133
130	NC_004704	GAA	2	6	21555	21560	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29648133
131	NC_004704	AAG	2	6	21593	21598	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29648133
132	NC_004704	TAC	2	6	21609	21614	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29648133
133	NC_004704	ATT	2	6	21625	21630	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29648133
134	NC_004704	AGG	3	9	21631	21639	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	29648133
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136	NC_004704	AAG	2	6	22209	22214	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29648134
137	NC_004704	GCA	2	6	22229	22234	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29648134
138	NC_004704	GAA	2	6	22360	22365	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29648134
139	NC_004704	GAG	2	6	22375	22380	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	29648134
140	NC_004704	AAT	2	6	22629	22634	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29648135
141	NC_004704	AAT	2	6	22757	22762	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29648135
142	NC_004704	TCC	2	6	22982	22987	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	29648135
143	NC_004704	ATT	2	6	23049	23054	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29648135
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162	NC_004704	TCT	2	6	25880	25885	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29648140
163	NC_004704	ATT	2	6	25898	25903	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29648140
164	NC_004704	TCA	2	6	25992	25997	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29648140
165	NC_004704	TAT	2	6	28395	28400	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29648142
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246	NC_004704	TTC	2	6	36835	36840	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29648150
247	NC_004704	TTG	2	6	36917	36922	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29648150

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.