MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Repeats of Coxiella burnetii RSA 493 plasmid pQpH1

Total Repeats: 53

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004704	TA	4	8	30	37	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_004704	AT	3	6	61	66	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_004704	CA	3	6	422	427	50 %	0 %	0 %	50 %	29648115
4	NC_004704	TC	3	6	1844	1849	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
5	NC_004704	GT	3	6	2334	2339	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
6	NC_004704	TG	3	6	3804	3809	0 %	50 %	50 %	0 %	29648120
7	NC_004704	AG	3	6	4775	4780	50 %	0 %	50 %	0 %	29648120
8	NC_004704	TA	3	6	5817	5822	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_004704	GA	3	6	5946	5951	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
10	NC_004704	AT	3	6	6501	6506	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_004704	GA	3	6	7626	7631	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
12	NC_004704	TC	3	6	8076	8081	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
13	NC_004704	TA	3	6	8362	8367	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_004704	GC	3	6	9068	9073	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
15	NC_004704	TG	3	6	10089	10094	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
16	NC_004704	TA	3	6	11147	11152	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_004704	AG	3	6	11221	11226	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_004704	TG	3	6	13949	13954	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
19	NC_004704	AG	3	6	16863	16868	50 %	0 %	50 %	0 %	29648128
20	NC_004704	GC	3	6	17906	17911	0 %	0 %	50 %	50 %	29648129
21	NC_004704	AT	3	6	18146	18151	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_004704	AG	3	6	18894	18899	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
23	NC_004704	AG	4	8	19462	19469	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
24	NC_004704	GC	3	6	20207	20212	0 %	0 %	50 %	50 %	29648132
25	NC_004704	GC	3	6	20739	20744	0 %	0 %	50 %	50 %	29648133
26	NC_004704	TC	3	6	22820	22825	0 %	50 %	0 %	50 %	29648135
27	NC_004704	TC	4	8	23450	23457	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
28	NC_004704	GC	3	6	25023	25028	0 %	0 %	50 %	50 %	29648138
29	NC_004704	GC	3	6	25034	25039	0 %	0 %	50 %	50 %	29648138
30	NC_004704	TG	3	6	25216	25221	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_004704	TG	3	6	26523	26528	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
32	NC_004704	GT	3	6	26719	26724	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
33	NC_004704	GA	4	8	27401	27408	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NC_004704	CG	3	6	27826	27831	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
35	NC_004704	CT	3	6	28029	28034	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
36	NC_004704	AT	3	6	28380	28385	50 %	50 %	0 %	0 %	29648142
37	NC_004704	CT	3	6	28437	28442	0 %	50 %	0 %	50 %	29648142
38	NC_004704	AT	3	6	29742	29747	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_004704	TA	4	8	29996	30003	50 %	50 %	0 %	0 %	29648144
40	NC_004704	AG	3	6	31031	31036	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
41	NC_004704	TC	3	6	31380	31385	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
42	NC_004704	AT	3	6	31405	31410	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_004704	GC	3	6	32141	32146	0 %	0 %	50 %	50 %	29648146
44	NC_004704	GA	3	6	32312	32317	50 %	0 %	50 %	0 %	29648146
45	NC_004704	TG	3	6	33797	33802	0 %	50 %	50 %	0 %	29648147
46	NC_004704	GC	3	6	34881	34886	0 %	0 %	50 %	50 %	29648148
47	NC_004704	TG	3	6	34938	34943	0 %	50 %	50 %	0 %	29648148
48	NC_004704	GA	3	6	35698	35703	50 %	0 %	50 %	0 %	29648149
49	NC_004704	CG	3	6	36532	36537	0 %	0 %	50 %	50 %	29648150
50	NC_004704	CG	3	6	36883	36888	0 %	0 %	50 %	50 %	29648150
51	NC_004704	AT	4	8	37310	37317	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_004704	TA	4	8	37349	37356	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_004704	AT	3	6	37380	37385	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.