MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000 plasmid pDC3000B

Total Repeats: 125

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004632	CACC	2	8	424	431	25 %	0 %	0 %	75 %	29171547
2	NC_004632	CGTC	2	8	532	539	0 %	25 %	25 %	50 %	29171547
3	NC_004632	CCGT	2	8	719	726	0 %	25 %	25 %	50 %	29171547
4	NC_004632	GCTC	2	8	1068	1075	0 %	25 %	25 %	50 %	29171547
5	NC_004632	GCAG	2	8	1329	1336	25 %	0 %	50 %	25 %	29171547
6	NC_004632	AGGT	2	8	2202	2209	25 %	25 %	50 %	0 %	29171548
7	NC_004632	ACTG	2	8	2431	2438	25 %	25 %	25 %	25 %	29171548
8	NC_004632	GATG	2	8	2484	2491	25 %	25 %	50 %	0 %	29171548
9	NC_004632	CCCA	2	8	2528	2535	25 %	0 %	0 %	75 %	29171548
10	NC_004632	GTTC	2	8	3720	3727	0 %	50 %	25 %	25 %	29171549
11	NC_004632	GCAG	2	8	4842	4849	25 %	0 %	50 %	25 %	29171550
12	NC_004632	TCGG	2	8	4932	4939	0 %	25 %	50 %	25 %	29171550
13	NC_004632	GCCC	2	8	5527	5534	0 %	0 %	25 %	75 %	29171550
14	NC_004632	TGGA	2	8	7823	7830	25 %	25 %	50 %	0 %	29171552
15	NC_004632	CTTA	2	8	7947	7954	25 %	50 %	0 %	25 %	29171552
16	NC_004632	CTGC	2	8	7984	7991	0 %	25 %	25 %	50 %	29171552
17	NC_004632	CAGG	2	8	8162	8169	25 %	0 %	50 %	25 %	29171553
18	NC_004632	GCTG	2	8	8611	8618	0 %	25 %	50 %	25 %	29171554
19	NC_004632	TCGG	2	8	9170	9177	0 %	25 %	50 %	25 %	29171554
20	NC_004632	ATTC	2	8	10274	10281	25 %	50 %	0 %	25 %	29171555
21	NC_004632	TGCA	2	8	10487	10494	25 %	25 %	25 %	25 %	29171555
22	NC_004632	TGGC	2	8	10536	10543	0 %	25 %	50 %	25 %	29171555
23	NC_004632	CTGC	2	8	12871	12878	0 %	25 %	25 %	50 %	29171556
24	NC_004632	GCCG	2	8	12906	12913	0 %	0 %	50 %	50 %	29171556
25	NC_004632	TCGC	2	8	13444	13451	0 %	25 %	25 %	50 %	29171556
26	NC_004632	GAAC	2	8	16271	16278	50 %	0 %	25 %	25 %	29171558
27	NC_004632	TCGC	2	8	16470	16477	0 %	25 %	25 %	50 %	29171559
28	NC_004632	GATT	2	8	16794	16801	25 %	50 %	25 %	0 %	29171559
29	NC_004632	GTTG	2	8	19509	19516	0 %	50 %	50 %	0 %	29171562
30	NC_004632	AGAT	2	8	19534	19541	50 %	25 %	25 %	0 %	29171562
31	NC_004632	TTAA	2	8	21146	21153	50 %	50 %	0 %	0 %	29171563
32	NC_004632	GTAA	2	8	21265	21272	50 %	25 %	25 %	0 %	29171563
33	NC_004632	CGAG	2	8	21433	21440	25 %	0 %	50 %	25 %	29171563
34	NC_004632	CGCA	2	8	21481	21488	25 %	0 %	25 %	50 %	29171563
35	NC_004632	CCAC	2	8	21506	21513	25 %	0 %	0 %	75 %	29171563
36	NC_004632	GCTG	2	8	21555	21562	0 %	25 %	50 %	25 %	29171563
37	NC_004632	AGGC	2	8	21600	21607	25 %	0 %	50 %	25 %	29171563
38	NC_004632	CAGC	2	8	23053	23060	25 %	0 %	25 %	50 %	29171566
39	NC_004632	TCCT	2	8	23172	23179	0 %	50 %	0 %	50 %	29171566
40	NC_004632	CGGT	2	8	23232	23239	0 %	25 %	50 %	25 %	29171566
41	NC_004632	CATC	2	8	23353	23360	25 %	25 %	0 %	50 %	29171566
42	NC_004632	CGAT	2	8	23370	23377	25 %	25 %	25 %	25 %	29171566
43	NC_004632	CAAA	2	8	23806	23813	75 %	0 %	0 %	25 %	29171567
44	NC_004632	AGCA	2	8	24068	24075	50 %	0 %	25 %	25 %	29171567
45	NC_004632	CCTG	2	8	24496	24503	0 %	25 %	25 %	50 %	29171569
46	NC_004632	CATG	2	8	25807	25814	25 %	25 %	25 %	25 %	29171572
47	NC_004632	CGTG	2	8	25988	25995	0 %	25 %	50 %	25 %	29171572
48	NC_004632	CAAG	2	8	26498	26505	50 %	0 %	25 %	25 %	29171572
49	NC_004632	ATGG	2	8	26830	26837	25 %	25 %	50 %	0 %	29171573
50	NC_004632	CTGA	2	8	27473	27480	25 %	25 %	25 %	25 %	29171575
51	NC_004632	CTGA	2	8	27752	27759	25 %	25 %	25 %	25 %	29171576
52	NC_004632	GCTG	2	8	28216	28223	0 %	25 %	50 %	25 %	29171577
53	NC_004632	AGCA	2	8	28379	28386	50 %	0 %	25 %	25 %	29171577
54	NC_004632	ATTC	2	8	29075	29082	25 %	50 %	0 %	25 %	29171578
55	NC_004632	CGTG	2	8	29213	29220	0 %	25 %	50 %	25 %	29171578
56	NC_004632	GCTT	2	8	29806	29813	0 %	50 %	25 %	25 %	29171578
57	NC_004632	GTCA	2	8	29874	29881	25 %	25 %	25 %	25 %	29171578
58	NC_004632	GATG	2	8	30371	30378	25 %	25 %	50 %	0 %	29171578
59	NC_004632	CGTT	2	8	30412	30419	0 %	50 %	25 %	25 %	29171578
60	NC_004632	CAGC	2	8	31671	31678	25 %	0 %	25 %	50 %	29171580
61	NC_004632	CTCG	2	8	32360	32367	0 %	25 %	25 %	50 %	29171581
62	NC_004632	CAGA	2	8	33826	33833	50 %	0 %	25 %	25 %	29171582
63	NC_004632	AAGA	2	8	35485	35492	75 %	0 %	25 %	0 %	29171583
64	NC_004632	TCGA	2	8	36994	37001	25 %	25 %	25 %	25 %	29171586
65	NC_004632	TACC	2	8	37038	37045	25 %	25 %	0 %	50 %	29171586
66	NC_004632	GTTT	2	8	37088	37095	0 %	75 %	25 %	0 %	29171586
67	NC_004632	GTTC	2	8	37267	37274	0 %	50 %	25 %	25 %	29171586
68	NC_004632	CAGC	2	8	37836	37843	25 %	0 %	25 %	50 %	29171588
69	NC_004632	TTCC	2	8	37955	37962	0 %	50 %	0 %	50 %	29171588
70	NC_004632	ACCG	2	8	37989	37996	25 %	0 %	25 %	50 %	29171588
71	NC_004632	TGGA	2	8	38736	38743	25 %	25 %	50 %	0 %	29171590
72	NC_004632	CCGA	2	8	38772	38779	25 %	0 %	25 %	50 %	29171590
73	NC_004632	GGCT	2	8	39353	39360	0 %	25 %	50 %	25 %	29171591
74	NC_004632	CAGC	2	8	39959	39966	25 %	0 %	25 %	50 %	29171592
75	NC_004632	GCTG	2	8	40041	40048	0 %	25 %	50 %	25 %	29171592
76	NC_004632	GCGA	2	8	40181	40188	25 %	0 %	50 %	25 %	29171592
77	NC_004632	ATTC	2	8	40461	40468	25 %	50 %	0 %	25 %	29171592
78	NC_004632	GGGT	2	8	40580	40587	0 %	25 %	75 %	0 %	29171592
79	NC_004632	CAAA	2	8	41074	41081	75 %	0 %	0 %	25 %	29171593
80	NC_004632	GGCA	2	8	41193	41200	25 %	0 %	50 %	25 %	29171593
81	NC_004632	CTGG	2	8	41458	41465	0 %	25 %	50 %	25 %	29171593
82	NC_004632	GATC	2	8	41490	41497	25 %	25 %	25 %	25 %	29171593
83	NC_004632	GCGT	2	8	42445	42452	0 %	25 %	50 %	25 %	29171595
84	NC_004632	TGAC	2	8	43295	43302	25 %	25 %	25 %	25 %	29171597
85	NC_004632	TGGC	2	8	43567	43574	0 %	25 %	50 %	25 %	29171597
86	NC_004632	CAAG	2	8	44016	44023	50 %	0 %	25 %	25 %	29171597
87	NC_004632	AAGC	2	8	44824	44831	50 %	0 %	25 %	25 %	29171597
88	NC_004632	GGAG	2	8	44982	44989	25 %	0 %	75 %	0 %	29171597
89	NC_004632	CCTG	2	8	45174	45181	0 %	25 %	25 %	50 %	29171597
90	NC_004632	CGCC	2	8	46595	46602	0 %	0 %	25 %	75 %	29171597
91	NC_004632	CCAC	2	8	47053	47060	25 %	0 %	0 %	75 %	29171597
92	NC_004632	CTGC	2	8	47662	47669	0 %	25 %	25 %	50 %	29171598
93	NC_004632	TGAC	2	8	47972	47979	25 %	25 %	25 %	25 %	29171598
94	NC_004632	CTCC	2	8	48996	49003	0 %	25 %	0 %	75 %	29171600
95	NC_004632	CTGG	2	8	49900	49907	0 %	25 %	50 %	25 %	29171601
96	NC_004632	GAAG	2	8	50191	50198	50 %	0 %	50 %	0 %	29171601
97	NC_004632	CTGA	2	8	50888	50895	25 %	25 %	25 %	25 %	29171601
98	NC_004632	CCCA	2	8	51208	51215	25 %	0 %	0 %	75 %	29171602
99	NC_004632	CTGG	3	12	51301	51312	0 %	25 %	50 %	25 %	29171602
100	NC_004632	GTCA	2	8	51339	51346	25 %	25 %	25 %	25 %	29171602
101	NC_004632	TCCT	2	8	51622	51629	0 %	50 %	0 %	50 %	29171602
102	NC_004632	GGCC	2	8	52088	52095	0 %	0 %	50 %	50 %	29171603
103	NC_004632	GTTG	2	8	52733	52740	0 %	50 %	50 %	0 %	29171604
104	NC_004632	GACG	2	8	53661	53668	25 %	0 %	50 %	25 %	29171605
105	NC_004632	GCCG	2	8	53809	53816	0 %	0 %	50 %	50 %	29171605
106	NC_004632	GGCC	2	8	54165	54172	0 %	0 %	50 %	50 %	29171605
107	NC_004632	CGGT	2	8	55004	55011	0 %	25 %	50 %	25 %	29171605
108	NC_004632	AACG	2	8	55375	55382	50 %	0 %	25 %	25 %	29171605
109	NC_004632	TGAC	2	8	55739	55746	25 %	25 %	25 %	25 %	29171605
110	NC_004632	CACG	2	8	55799	55806	25 %	0 %	25 %	50 %	29171605
111	NC_004632	CGAT	2	8	55817	55824	25 %	25 %	25 %	25 %	29171605
112	NC_004632	ACCG	2	8	56406	56413	25 %	0 %	25 %	50 %	29171605
113	NC_004632	AAGC	2	8	56527	56534	50 %	0 %	25 %	25 %	29171605
114	NC_004632	GGCC	2	8	56749	56756	0 %	0 %	50 %	50 %	29171606
115	NC_004632	ACCT	2	8	59289	59296	25 %	25 %	0 %	50 %	29171608
116	NC_004632	CTGC	2	8	60045	60052	0 %	25 %	25 %	50 %	29171608
117	NC_004632	TTCA	2	8	60697	60704	25 %	50 %	0 %	25 %	29171609
118	NC_004632	GATC	2	8	60758	60765	25 %	25 %	25 %	25 %	29171609
119	NC_004632	GACC	2	8	61363	61370	25 %	0 %	25 %	50 %	29171610
120	NC_004632	AGTG	2	8	62491	62498	25 %	25 %	50 %	0 %	29171611
121	NC_004632	TCAC	2	8	63051	63058	25 %	25 %	0 %	50 %	29171612
122	NC_004632	GTCA	2	8	63092	63099	25 %	25 %	25 %	25 %	29171612
123	NC_004632	GTTG	2	8	63851	63858	0 %	50 %	50 %	0 %	29171614
124	NC_004632	TGCC	2	8	64296	64303	0 %	25 %	25 %	50 %	29171614
125	NC_004632	CGTT	2	8	67200	67207	0 %	50 %	25 %	25 %	29171616

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.