MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. Ty2 chromosome

Total Repeats: 3312

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004631	AGGTA	2	10	2553	2562	40 %	20 %	40 %	0 %	29140545
2	NC_004631	ATTGC	2	10	3396	3405	20 %	40 %	20 %	20 %	29140546
3	NC_004631	CGGCG	2	10	4144	4153	0 %	0 %	60 %	40 %	29140547
4	NC_004631	CCGCG	2	10	7184	7193	0 %	0 %	40 %	60 %	29140549
5	NC_004631	GAAAA	2	10	10061	10070	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_004631	TCTTT	2	10	11323	11332	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_004631	GCGTG	2	10	13991	14000	0 %	20 %	60 %	20 %	29140556
8	NC_004631	AATCA	2	10	15512	15521	60 %	20 %	0 %	20 %	29140557
9	NC_004631	TATTG	2	10	17582	17591	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_004631	GGCTG	2	10	18857	18866	0 %	20 %	60 %	20 %	29140561
11	NC_004631	CCTGA	2	10	19919	19928	20 %	20 %	20 %	40 %	29140561
12	NC_004631	GGCCG	2	10	21680	21689	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
13	NC_004631	CTTTT	2	10	23399	23408	0 %	80 %	0 %	20 %	29140564
14	NC_004631	CGGTA	2	10	24565	24574	20 %	20 %	40 %	20 %	29140565
15	NC_004631	CTGTT	2	10	24604	24613	0 %	60 %	20 %	20 %	29140565
16	NC_004631	GCGTC	2	10	28361	28370	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
17	NC_004631	ATCTG	2	10	30969	30978	20 %	40 %	20 %	20 %	29140570
18	NC_004631	TTACG	2	10	31024	31033	20 %	40 %	20 %	20 %	29140570
19	NC_004631	GGGCG	2	10	31793	31802	0 %	0 %	80 %	20 %	29140571
20	NC_004631	TGCGT	2	10	32172	32181	0 %	40 %	40 %	20 %	29140572
21	NC_004631	AAAAG	2	10	32566	32575	80 %	0 %	20 %	0 %	29140573
22	NC_004631	TTTTA	2	10	33215	33224	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_004631	TATAA	2	10	34169	34178	60 %	40 %	0 %	0 %	29140574
24	NC_004631	ATCGT	2	10	34918	34927	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_004631	ATTTT	2	10	34962	34971	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_004631	ATTTT	2	10	35222	35231	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_004631	AGCGA	2	10	35591	35600	40 %	0 %	40 %	20 %	29140576
28	NC_004631	TCCTG	2	10	35801	35810	0 %	40 %	20 %	40 %	29140576
29	NC_004631	GGTCA	2	10	38036	38045	20 %	20 %	40 %	20 %	29140577
30	NC_004631	TTCAT	2	10	39308	39317	20 %	60 %	0 %	20 %	29140578
31	NC_004631	TGAAA	2	10	40124	40133	60 %	20 %	20 %	0 %	29140579
32	NC_004631	TAAAA	2	10	44187	44196	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_004631	ACGGC	2	10	44483	44492	20 %	0 %	40 %	40 %	29140582
34	NC_004631	GGGCT	2	10	46557	46566	0 %	20 %	60 %	20 %	29140583
35	NC_004631	GAAGG	2	10	47360	47369	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
36	NC_004631	GCGTA	2	10	48433	48442	20 %	20 %	40 %	20 %	29140585
37	NC_004631	GACCA	2	10	49038	49047	40 %	0 %	20 %	40 %	29140585
38	NC_004631	CAGAC	2	10	50370	50379	40 %	0 %	20 %	40 %	29140585
39	NC_004631	GTTTG	2	10	54526	54535	0 %	60 %	40 %	0 %	29140590
40	NC_004631	GTTTG	2	10	55454	55463	0 %	60 %	40 %	0 %	29140590
41	NC_004631	CACTA	2	10	56585	56594	40 %	20 %	0 %	40 %	29140590
42	NC_004631	AGCGC	2	10	57231	57240	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
43	NC_004631	TTCAC	2	10	57378	57387	20 %	40 %	0 %	40 %	29140592
44	NC_004631	AAAAT	2	10	58949	58958	80 %	20 %	0 %	0 %	29140594
45	NC_004631	GGAAA	2	10	59736	59745	60 %	0 %	40 %	0 %	29140594
46	NC_004631	CGCTG	2	10	60226	60235	0 %	20 %	40 %	40 %	29140595
47	NC_004631	CGGCG	2	10	63991	64000	0 %	0 %	60 %	40 %	29140598
48	NC_004631	GCGCG	2	10	64938	64947	0 %	0 %	60 %	40 %	29140599
49	NC_004631	ACGGC	2	10	69539	69548	20 %	0 %	40 %	40 %	29140602
50	NC_004631	CGTGC	2	10	71360	71369	0 %	20 %	40 %	40 %	29140605
51	NC_004631	TTGAT	2	10	71530	71539	20 %	60 %	20 %	0 %	29140605
52	NC_004631	ACCGC	2	10	72090	72099	20 %	0 %	20 %	60 %	29140605
53	NC_004631	ATTTG	2	10	75254	75263	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_004631	CGATG	2	10	77560	77569	20 %	20 %	40 %	20 %	29140610
55	NC_004631	GCGAA	2	10	78501	78510	40 %	0 %	40 %	20 %	29140610
56	NC_004631	TTGCC	2	10	81028	81037	0 %	40 %	20 %	40 %	29140612
57	NC_004631	AAGCG	2	10	81504	81513	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
58	NC_004631	TGGCG	2	10	83076	83085	0 %	20 %	60 %	20 %	29140614
59	NC_004631	TCAGC	2	10	84259	84268	20 %	20 %	20 %	40 %	29140615
60	NC_004631	GTACG	2	10	86978	86987	20 %	20 %	40 %	20 %	29140617
61	NC_004631	CAGAA	2	10	87691	87700	60 %	0 %	20 %	20 %	29140617
62	NC_004631	CCGCA	2	10	89810	89819	20 %	0 %	20 %	60 %	29140619
63	NC_004631	CGGTT	2	10	90315	90324	0 %	40 %	40 %	20 %	29140620
64	NC_004631	TGGCG	2	10	92096	92105	0 %	20 %	60 %	20 %	29140622
65	NC_004631	TAAAA	2	10	95568	95577	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_004631	TTTCC	2	10	96007	96016	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
67	NC_004631	GTGGC	2	10	96576	96585	0 %	20 %	60 %	20 %	29140628
68	NC_004631	GCGCT	2	10	97727	97736	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
69	NC_004631	AGCGC	2	10	97794	97803	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
70	NC_004631	TGCAC	2	10	98492	98501	20 %	20 %	20 %	40 %	29140630
71	NC_004631	TGGCA	2	10	98561	98570	20 %	20 %	40 %	20 %	29140630
72	NC_004631	TCTGT	2	10	98887	98896	0 %	60 %	20 %	20 %	29140631
73	NC_004631	GCGCT	2	10	99197	99206	0 %	20 %	40 %	40 %	29140631
74	NC_004631	GGCGC	2	10	99611	99620	0 %	0 %	60 %	40 %	29140631
75	NC_004631	GCGAC	2	10	99924	99933	20 %	0 %	40 %	40 %	29140631
76	NC_004631	TCTGT	2	10	100216	100225	0 %	60 %	20 %	20 %	29140631
77	NC_004631	AACGT	2	10	102371	102380	40 %	20 %	20 %	20 %	29140634
78	NC_004631	CCCAA	2	10	104521	104530	40 %	0 %	0 %	60 %	29140637
79	NC_004631	TTGTT	2	10	105228	105237	0 %	80 %	20 %	0 %	29140637
80	NC_004631	GCTTC	2	10	106602	106611	0 %	40 %	20 %	40 %	29140638
81	NC_004631	TGCGT	2	10	106889	106898	0 %	40 %	40 %	20 %	29140638
82	NC_004631	TGATC	2	10	108589	108598	20 %	40 %	20 %	20 %	29140639
83	NC_004631	AAGCG	2	10	109085	109094	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
84	NC_004631	TGGCG	2	10	111749	111758	0 %	20 %	60 %	20 %	29140641
85	NC_004631	AGCGC	2	10	112309	112318	20 %	0 %	40 %	40 %	29140641
86	NC_004631	CCGCG	2	10	113394	113403	0 %	0 %	40 %	60 %	29140642
87	NC_004631	GGGGT	2	10	114790	114799	0 %	20 %	80 %	0 %	29140642
88	NC_004631	ACGGT	2	10	116619	116628	20 %	20 %	40 %	20 %	29140644
89	NC_004631	TGGCG	2	10	116987	116996	0 %	20 %	60 %	20 %	29140644
90	NC_004631	TAATT	2	10	118129	118138	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_004631	ATTTT	2	10	118155	118164	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_004631	ACAGA	2	10	118338	118347	60 %	0 %	20 %	20 %	29140645
93	NC_004631	CAGCG	2	10	119513	119522	20 %	0 %	40 %	40 %	29140647
94	NC_004631	GCCGG	2	10	119813	119822	0 %	0 %	60 %	40 %	29140647
95	NC_004631	CGAGC	2	10	119938	119947	20 %	0 %	40 %	40 %	29140647
96	NC_004631	ATTTG	2	10	120381	120390	20 %	60 %	20 %	0 %	29140647
97	NC_004631	TTGCC	2	10	124885	124894	0 %	40 %	20 %	40 %	29140651
98	NC_004631	AGTTT	2	10	127792	127801	20 %	60 %	20 %	0 %	29140653
99	NC_004631	TAGTG	2	10	128210	128219	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
100	NC_004631	TCGAT	2	10	129640	129649	20 %	40 %	20 %	20 %	29140654
101	NC_004631	CGTTT	2	10	132412	132421	0 %	60 %	20 %	20 %	29140656
102	NC_004631	GGTTT	2	10	135569	135578	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
103	NC_004631	ATTCC	2	10	137514	137523	20 %	40 %	0 %	40 %	29140661
104	NC_004631	CCCAA	2	10	139583	139592	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
105	NC_004631	AAAGC	2	10	139811	139820	60 %	0 %	20 %	20 %	29140663
106	NC_004631	CCGCA	2	10	140344	140353	20 %	0 %	20 %	60 %	29140663
107	NC_004631	TTGTT	2	10	140930	140939	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_004631	AGTTC	2	10	142715	142724	20 %	40 %	20 %	20 %	29140665
109	NC_004631	TGCCT	2	10	142815	142824	0 %	40 %	20 %	40 %	29140666
110	NC_004631	AAGCG	2	10	147468	147477	40 %	0 %	40 %	20 %	29140669
111	NC_004631	GTTTG	2	10	149371	149380	0 %	60 %	40 %	0 %	29140671
112	NC_004631	CGTAT	2	10	150842	150851	20 %	40 %	20 %	20 %	29140672
113	NC_004631	ATGGC	2	10	152095	152104	20 %	20 %	40 %	20 %	29140673
114	NC_004631	ATCAG	2	10	152678	152687	40 %	20 %	20 %	20 %	29140674
115	NC_004631	CTGCC	2	10	154687	154696	0 %	20 %	20 %	60 %	29140675
116	NC_004631	CGGCG	2	10	157417	157426	0 %	0 %	60 %	40 %	29140678
117	NC_004631	CGCGG	2	10	160069	160078	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
118	NC_004631	CCGGC	2	10	160773	160782	0 %	0 %	40 %	60 %	29140681
119	NC_004631	CGCTG	2	10	161665	161674	0 %	20 %	40 %	40 %	29140681
120	NC_004631	GAACC	2	10	164632	164641	40 %	0 %	20 %	40 %	29140684
121	NC_004631	GATCA	2	10	165820	165829	40 %	20 %	20 %	20 %	29140686
122	NC_004631	ATCCC	2	10	168266	168275	20 %	20 %	0 %	60 %	29140689
123	NC_004631	AGCGC	2	10	168974	168983	20 %	0 %	40 %	40 %	29140689
124	NC_004631	TGAGC	2	10	170823	170832	20 %	20 %	40 %	20 %	29140690
125	NC_004631	CGCAT	2	10	171085	171094	20 %	20 %	20 %	40 %	29140691
126	NC_004631	CGAAC	2	10	171814	171823	40 %	0 %	20 %	40 %	29140692
127	NC_004631	GTTCA	2	10	172080	172089	20 %	40 %	20 %	20 %	29140692
128	NC_004631	ATGAC	2	10	173046	173055	40 %	20 %	20 %	20 %	29140693
129	NC_004631	ACTGG	2	10	173635	173644	20 %	20 %	40 %	20 %	29140694
130	NC_004631	CAGAA	2	10	175755	175764	60 %	0 %	20 %	20 %	29140696
131	NC_004631	CGAAG	2	10	178626	178635	40 %	0 %	40 %	20 %	29140698
132	NC_004631	GACTG	2	10	180427	180436	20 %	20 %	40 %	20 %	29140699
133	NC_004631	GGCAT	2	10	185907	185916	20 %	20 %	40 %	20 %	29140702
134	NC_004631	GGCCA	2	10	186329	186338	20 %	0 %	40 %	40 %	29140703
135	NC_004631	CGTTT	2	10	186844	186853	0 %	60 %	20 %	20 %	29140703
136	NC_004631	GGGGA	2	10	186896	186905	20 %	0 %	80 %	0 %	29140703
137	NC_004631	TCTGG	2	10	190529	190538	0 %	40 %	40 %	20 %	29140705
138	NC_004631	CGGCG	2	10	192512	192521	0 %	0 %	60 %	40 %	29140707
139	NC_004631	CCGCT	2	10	193219	193228	0 %	20 %	20 %	60 %	29140707
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141	NC_004631	GCGCA	2	10	196176	196185	20 %	0 %	40 %	40 %	29140710
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152	NC_004631	CGCGT	2	10	209316	209325	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
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161	NC_004631	CGCGG	2	10	218470	218479	0 %	0 %	60 %	40 %	29140733
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167	NC_004631	GTTGA	2	10	228622	228631	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
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169	NC_004631	GGAAT	2	10	229482	229491	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
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174	NC_004631	CGGCG	2	10	236198	236207	0 %	0 %	60 %	40 %	29140744
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250	NC_004631	GCATT	2	10	347255	347264	20 %	40 %	20 %	20 %	29140836
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252	NC_004631	TGCTG	2	10	350907	350916	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
253	NC_004631	GCCAG	2	10	351736	351745	20 %	0 %	40 %	40 %	29140839
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262	NC_004631	GCGCC	2	10	360807	360816	0 %	0 %	40 %	60 %	29140850
263	NC_004631	TGCGC	2	10	362134	362143	0 %	20 %	40 %	40 %	29140850
264	NC_004631	TGCGC	2	10	362714	362723	0 %	20 %	40 %	40 %	29140851
265	NC_004631	CCGTA	2	10	363477	363486	20 %	20 %	20 %	40 %	29140853
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267	NC_004631	AAGCG	2	10	364532	364541	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
268	NC_004631	AGGCG	2	10	364744	364753	20 %	0 %	60 %	20 %	409994452
269	NC_004631	CGGAG	2	10	367416	367425	20 %	0 %	60 %	20 %	29140856
270	NC_004631	TCCTG	2	10	367621	367630	0 %	40 %	20 %	40 %	29140856
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273	NC_004631	CCAGC	2	10	368397	368406	20 %	0 %	20 %	60 %	29140857
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407	NC_004631	ATAAA	2	10	543050	543059	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
408	NC_004631	CATCG	2	10	544756	544765	20 %	20 %	20 %	40 %	29140987
409	NC_004631	GCCCG	2	10	550401	550410	0 %	0 %	40 %	60 %	29140992
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