MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Streptococcus pyogenes SSI-1 chromosome

Total Repeats: 627

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004606	TTACGT	2	12	4968	4979	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	28894917
2	NC_004606	GATTCA	2	12	6763	6774	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	28894918
3	NC_004606	ATTTTC	2	12	7009	7020	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	28894918
4	NC_004606	CTTAAC	2	12	7522	7533	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	28894918
5	NC_004606	TAGATA	2	12	10025	10036	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	28894922
6	NC_004606	GTATTG	2	12	11098	11109	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	28894923
7	NC_004606	ATCAGA	2	12	11132	11143	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	28894923
8	NC_004606	AGATTT	2	12	11720	11731	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	28894923
9	NC_004606	TAAAAT	2	12	14037	14048	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	28894925
10	NC_004606	GAATCT	2	12	14764	14775	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	28894925
11	NC_004606	CTGCAA	2	12	25777	25788	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	28894927
12	NC_004606	ACTGAG	2	12	31502	31513	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	28894933
13	NC_004606	CAGGCG	2	12	31956	31967	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	28894933
14	NC_004606	ACATCG	2	12	38605	38616	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	28894937
15	NC_004606	AAAGCC	2	12	41610	41621	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	28894939
16	NC_004606	AAAAGT	2	12	47493	47504	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	28894944
17	NC_004606	CGAACA	2	12	49531	49542	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	28894945
18	NC_004606	ATAACT	2	12	49950	49961	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	28894946
19	NC_004606	AAGGAA	2	12	50456	50467	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	28894947
20	NC_004606	GCCTTT	2	12	56459	56470	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	161486361
21	NC_004606	GGCAAC	2	12	57805	57816	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	28894951
22	NC_004606	TATTTT	2	12	58890	58901	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	28894953
23	NC_004606	AAAGGT	2	12	59361	59372	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	28894954
24	NC_004606	CTTGTT	2	12	60131	60142	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	28894955
25	NC_004606	AGCTGA	2	12	60579	60590	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	28894956
26	NC_004606	CGCAAT	2	12	61982	61993	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	28894959
27	NC_004606	ATTGAA	2	12	62394	62405	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	161486359
28	NC_004606	ACATCA	2	12	62530	62541	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	161486359
29	NC_004606	CAAAGG	2	12	66573	66584	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	28894969
30	NC_004606	AAATTA	2	12	67635	67646	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	28894972
31	NC_004606	GCGGTG	2	12	68150	68161	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	28894973
32	NC_004606	TAAAGA	2	12	68511	68522	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	28894974
33	NC_004606	CGAAGG	2	12	93538	93549	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	28894989
34	NC_004606	ATATTT	2	12	96300	96311	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	28894991
35	NC_004606	CTTTTT	2	12	97509	97520	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	28894992
36	NC_004606	AACCTT	2	12	109144	109155	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	28895010
37	NC_004606	AAAAAG	2	12	110687	110698	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	28895011
38	NC_004606	CTTTTT	2	12	111291	111302	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	28895011
39	NC_004606	CAACTA	2	12	112363	112374	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	28895012
40	NC_004606	TGGTTT	2	12	115651	115662	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	28895015
41	NC_004606	CCATTA	2	12	116790	116801	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	28895016
42	NC_004606	TATTGA	2	12	120348	120359	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	28895018
43	NC_004606	ATTTTT	2	12	122454	122465	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	28895020
44	NC_004606	TTTTTA	2	12	123036	123047	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	28895020
45	NC_004606	AATAGC	2	12	125854	125865	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	28895023
46	NC_004606	ATCTTG	2	12	130356	130367	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	28895029
47	NC_004606	AAAAGC	2	12	131930	131941	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	28895029
48	NC_004606	TTTATT	2	12	132116	132127	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	28895029
49	NC_004606	ATGTCA	2	12	132267	132278	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	28895029
50	NC_004606	AAAGCT	2	12	133754	133765	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	28895032
51	NC_004606	AAGGTA	2	12	141586	141597	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	28895039
52	NC_004606	AAAACT	2	12	144201	144212	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	28895040
53	NC_004606	TATTGA	2	12	145794	145805	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	28895042
54	NC_004606	CCAATC	2	12	153439	153450	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	28895049
55	NC_004606	TGCTGT	2	12	156192	156203	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	28895050
56	NC_004606	GGTGTT	2	12	159860	159871	0 %	50 %	50 %	0 %	28895056
57	NC_004606	GATGTT	2	12	160886	160897	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	28895057
58	NC_004606	AGATCA	2	12	160910	160921	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	28895057
59	NC_004606	GATGTT	2	12	170234	170245	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	28895063
60	NC_004606	TCTTTG	2	12	170547	170558	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	28895064
61	NC_004606	TGGGAG	2	12	172292	172303	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	28895066
62	NC_004606	TGACTG	2	12	172461	172472	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	28895066
63	NC_004606	TTGACC	2	12	172923	172934	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	28895067
64	NC_004606	CCTATC	2	12	173929	173940	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	28895069
65	NC_004606	TCAACA	2	12	181195	181206	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	28895075
66	NC_004606	CAGCTC	2	12	184423	184434	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	28895079
67	NC_004606	ATTAGC	2	12	193402	193413	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	28895088
68	NC_004606	TCATGC	2	12	200326	200337	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	28895093
69	NC_004606	TCCCAT	2	12	204263	204274	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	28895097
70	NC_004606	AAGGCC	2	12	208024	208035	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	28895102
71	NC_004606	TACCCA	2	12	213914	213925	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	28895108
72	NC_004606	AGGCAA	2	12	218840	218851	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	28895114
73	NC_004606	GCAAGA	2	12	223035	223046	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	28895118
74	NC_004606	TTCGAA	2	12	224434	224445	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	28895118
75	NC_004606	TGGCAA	2	12	227068	227079	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	28895120
76	NC_004606	CCAGAA	2	12	227400	227411	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	28895120
77	NC_004606	CAGCAA	2	12	228425	228436	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	28895121
78	NC_004606	TGGCGG	2	12	231175	231186	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	28895122
79	NC_004606	GGCTGT	2	12	233788	233799	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	28895125
80	NC_004606	AGTGAC	2	12	235663	235674	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	28895127
81	NC_004606	AGCCAA	2	12	238189	238200	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	28895130
82	NC_004606	ACTTAT	2	12	242930	242941	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	28895133
83	NC_004606	AAAAGC	2	12	243883	243894	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	28895133
84	NC_004606	GAAACA	2	12	244064	244075	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	28895133
85	NC_004606	CAAAGA	2	12	256224	256235	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	28895139
86	NC_004606	CAAGAA	2	12	256374	256385	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	28895139
87	NC_004606	AGCTGA	2	12	260990	261001	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	28895144
88	NC_004606	GTTAAC	2	12	265999	266010	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	28895149
89	NC_004606	AAACCA	2	12	269407	269418	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	28895153
90	NC_004606	TAAAAT	2	12	269774	269785	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	28895153
91	NC_004606	CAAAAA	2	12	273686	273697	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	28895157
92	NC_004606	CAGATG	2	12	273705	273716	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	28895157
93	NC_004606	ACCAGA	2	12	274229	274240	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	28895158
94	NC_004606	AGTGAT	2	12	285559	285570	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	28895170
95	NC_004606	CAGATC	2	12	291228	291239	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	28895176
96	NC_004606	TGCTTT	2	12	292703	292714	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	28895178
97	NC_004606	TTTAGG	2	12	293192	293203	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	28895178
98	NC_004606	GCTTTG	2	12	294342	294353	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	28895179
99	NC_004606	ATTGGT	2	12	294471	294482	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	28895179
100	NC_004606	TGACCA	2	12	301682	301693	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	28895184
101	NC_004606	TAAGGA	2	12	301918	301929	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	28895185
102	NC_004606	GCGCTT	2	12	305535	305546	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	28895188
103	NC_004606	ACAGCC	2	12	305729	305740	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	28895188
104	NC_004606	GATGAA	2	12	310644	310655	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	28895193
105	NC_004606	CTTTTT	2	12	313220	313231	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	28895196
106	NC_004606	TGGATA	2	12	317687	317698	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	28895202
107	NC_004606	GTTCAG	2	12	327774	327785	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	28895211
108	NC_004606	TAATGC	2	12	330593	330604	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	28895211
109	NC_004606	ATTGAT	2	12	331112	331123	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	28895212
110	NC_004606	GAACGT	2	12	335335	335346	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	28895214
111	NC_004606	GCAGAA	2	12	337461	337472	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	28895217
112	NC_004606	ACCATC	2	12	337544	337555	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	28895217
113	NC_004606	AGATTT	2	12	337643	337654	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	28895217
114	NC_004606	CATTAC	2	12	339935	339946	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	28895218
115	NC_004606	AGCAGG	2	12	345148	345159	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	28895220
116	NC_004606	TTTGTC	2	12	347198	347209	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	28895222
117	NC_004606	TTTTGC	2	12	351837	351848	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	28895226
118	NC_004606	AAAAAG	2	12	355891	355902	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	28895228
119	NC_004606	ATATCC	2	12	361052	361063	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	161486356
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231	NC_004606	TTGATT	2	12	693706	693717	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	28895598
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233	NC_004606	GATTGG	2	12	698533	698544	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	28895602
234	NC_004606	ATTTTG	2	12	698940	698951	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	28895602
235	NC_004606	TAATCA	2	12	698998	699009	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	28895602
236	NC_004606	TTTGAT	2	12	700485	700496	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	28895604
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343	NC_004606	GTCTAT	2	12	1003247	1003258	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	28895933
344	NC_004606	CCGTAT	2	12	1015181	1015192	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	28895943
345	NC_004606	GTCTTG	2	12	1018995	1019006	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	28895947
346	NC_004606	CATATC	2	12	1025535	1025546	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	28895953
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348	NC_004606	TTTGGT	2	12	1033617	1033628	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	28895959
349	NC_004606	TGTTAT	2	12	1034910	1034921	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	28895960
350	NC_004606	ATCTGA	2	12	1035493	1035504	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	28895961
351	NC_004606	ACCAAC	2	12	1036042	1036053	50 %	0 %	0 %	50 %	28895961
352	NC_004606	AAGGAA	2	12	1036863	1036874	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	28895962
353	NC_004606	TCAAAA	2	12	1043776	1043787	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	28895967
354	NC_004606	CATCTG	2	12	1048770	1048781	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	28895973
355	NC_004606	GCTGAT	2	12	1050919	1050930	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	28895976
356	NC_004606	CCATGA	2	12	1053172	1053183	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	28895977
357	NC_004606	TGTTTT	2	12	1056604	1056615	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	28895980
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360	NC_004606	GATATT	2	12	1064074	1064085	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	28895987
361	NC_004606	CCATAG	2	12	1069035	1069046	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	28895992
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363	NC_004606	GTCAAA	2	12	1073619	1073630	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	28895998
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366	NC_004606	TTGTCT	2	12	1090238	1090249	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	28896014
367	NC_004606	ATTTCA	2	12	1095531	1095542	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	28896020
368	NC_004606	CATGGC	2	12	1097263	1097274	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	28896021
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372	NC_004606	CCCATA	2	12	1103668	1103679	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	28896025
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374	NC_004606	TTATCA	2	12	1106062	1106073	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	28896028
375	NC_004606	ATTGTA	2	12	1106220	1106231	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	28896028
376	NC_004606	TTAATA	2	12	1106479	1106490	50 %	50 %	0 %	0 %	28896028
377	NC_004606	CTATAG	2	12	1108281	1108292	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	28896031
378	NC_004606	TATTCT	2	12	1109020	1109031	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	28896031
379	NC_004606	TCCTCT	2	12	1112393	1112404	0 %	50 %	0 %	50 %	28896036
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457	NC_004606	CATCGG	2	12	1372374	1372385	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	28896290
458	NC_004606	TCTAAA	2	12	1377874	1377885	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	28896296
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460	NC_004606	AATTCC	2	12	1381700	1381711	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	28896300
461	NC_004606	TTGATT	2	12	1382336	1382347	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	28896301
462	NC_004606	TGCATC	2	12	1383310	1383321	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	28896301
463	NC_004606	TTACCT	2	12	1389675	1389686	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	28896306
464	NC_004606	AGAATA	2	12	1390382	1390393	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	28896307
465	NC_004606	AAGACC	2	12	1392467	1392478	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	28896308
466	NC_004606	TACTTC	2	12	1397919	1397930	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	28896314
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468	NC_004606	GGACAT	2	12	1404934	1404945	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	28896321
469	NC_004606	CCCATA	2	12	1409877	1409888	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	28896325
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481	NC_004606	TCCTCT	2	12	1453785	1453796	0 %	50 %	0 %	50 %	28896365
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