MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000 chromosome

Total Repeats: 4397

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004578	CAAGG	2	10	1894	1903	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
2	NC_004578	GCAAA	2	10	2305	2314	60 %	0 %	20 %	20 %	28867245
3	NC_004578	GTCAT	2	10	10945	10954	20 %	40 %	20 %	20 %	28867250
4	NC_004578	AAGCC	2	10	10988	10997	40 %	0 %	20 %	40 %	28867250
5	NC_004578	TGTCC	2	10	16035	16044	0 %	40 %	20 %	40 %	300781803
6	NC_004578	CGCGC	2	10	18745	18754	0 %	0 %	40 %	60 %	28867256
7	NC_004578	TTCGA	2	10	19733	19742	20 %	40 %	20 %	20 %	28867257
8	NC_004578	GCAGC	2	10	20197	20206	20 %	0 %	40 %	40 %	28867258
9	NC_004578	CAGCG	2	10	22046	22055	20 %	0 %	40 %	40 %	28867259
10	NC_004578	GTTTG	2	10	22606	22615	0 %	60 %	40 %	0 %	28867259
11	NC_004578	GCCCT	2	10	25283	25292	0 %	20 %	20 %	60 %	28867262
12	NC_004578	ACGGG	2	10	29238	29247	20 %	0 %	60 %	20 %	28867264
13	NC_004578	GGGTT	2	10	29399	29408	0 %	40 %	60 %	0 %	28867265
14	NC_004578	GCCAA	2	10	30731	30740	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_004578	GATCA	2	10	32217	32226	40 %	20 %	20 %	20 %	28867268
16	NC_004578	CCACC	2	10	32362	32371	20 %	0 %	0 %	80 %	28867268
17	NC_004578	GCACT	2	10	32399	32408	20 %	20 %	20 %	40 %	28867268
18	NC_004578	CAGGA	2	10	32570	32579	40 %	0 %	40 %	20 %	28867268
19	NC_004578	TCACC	2	10	34880	34889	20 %	20 %	0 %	60 %	28867270
20	NC_004578	TCATA	2	10	35295	35304	40 %	40 %	0 %	20 %	28867270
21	NC_004578	GCCAG	2	10	38857	38866	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
22	NC_004578	CCATG	2	10	44172	44181	20 %	20 %	20 %	40 %	28867276
23	NC_004578	CAATT	2	10	46824	46833	40 %	40 %	0 %	20 %	28867278
24	NC_004578	CGCCA	2	10	48530	48539	20 %	0 %	20 %	60 %	28867279
25	NC_004578	TGATC	2	10	49394	49403	20 %	40 %	20 %	20 %	28867279
26	NC_004578	GATCG	2	10	54455	54464	20 %	20 %	40 %	20 %	28867280
27	NC_004578	CAATT	2	10	56612	56621	40 %	40 %	0 %	20 %	28867282
28	NC_004578	CGGCG	2	10	57532	57541	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
29	NC_004578	GTTGC	2	10	57645	57654	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
30	NC_004578	AATGT	2	10	60084	60093	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_004578	ATTTG	2	10	60628	60637	20 %	60 %	20 %	0 %	28867285
32	NC_004578	CACGC	2	10	63491	63500	20 %	0 %	20 %	60 %	28867287
33	NC_004578	GTCTT	2	10	64681	64690	0 %	60 %	20 %	20 %	28867288
34	NC_004578	GCAAC	2	10	69160	69169	40 %	0 %	20 %	40 %	28867290
35	NC_004578	TCCAA	2	10	70430	70439	40 %	20 %	0 %	40 %	28867291
36	NC_004578	CGCTT	2	10	73873	73882	0 %	40 %	20 %	40 %	28867294
37	NC_004578	TTGCC	2	10	73890	73899	0 %	40 %	20 %	40 %	28867294
38	NC_004578	TGCCG	2	10	75272	75281	0 %	20 %	40 %	40 %	28867295
39	NC_004578	GCAAT	2	10	75791	75800	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_004578	GATCA	2	10	78867	78876	40 %	20 %	20 %	20 %	28867298
41	NC_004578	GTGCC	2	10	81057	81066	0 %	20 %	40 %	40 %	28867300
42	NC_004578	CTAGC	2	10	81692	81701	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
43	NC_004578	GCTCA	2	10	82267	82276	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
44	NC_004578	GAGAG	2	10	83029	83038	40 %	0 %	60 %	0 %	28867301
45	NC_004578	CATCG	2	10	83924	83933	20 %	20 %	20 %	40 %	28867302
46	NC_004578	ATGAA	2	10	84894	84903	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_004578	TCAGC	2	10	84908	84917	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
48	NC_004578	GCCGT	2	10	85468	85477	0 %	20 %	40 %	40 %	28867303
49	NC_004578	CCGGC	2	10	85912	85921	0 %	0 %	40 %	60 %	28867304
50	NC_004578	AGCGC	2	10	86014	86023	20 %	0 %	40 %	40 %	28867304
51	NC_004578	CTGCG	2	10	87352	87361	0 %	20 %	40 %	40 %	28867305
52	NC_004578	GCCAC	2	10	88293	88302	20 %	0 %	20 %	60 %	28867305
53	NC_004578	GCAGC	2	10	88410	88419	20 %	0 %	40 %	40 %	28867305
54	NC_004578	CACGC	2	10	89444	89453	20 %	0 %	20 %	60 %	28867306
55	NC_004578	AGCGG	2	10	90001	90010	20 %	0 %	60 %	20 %	28867306
56	NC_004578	TCTGG	2	10	93657	93666	0 %	40 %	40 %	20 %	28867311
57	NC_004578	TTCGC	2	10	98143	98152	0 %	40 %	20 %	40 %	28867316
58	NC_004578	GCCCC	2	10	98466	98475	0 %	0 %	20 %	80 %	28867316
59	NC_004578	TCAGA	2	10	98921	98930	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
60	NC_004578	CGGCT	2	10	98931	98940	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
61	NC_004578	GCACT	2	10	99072	99081	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
62	NC_004578	GCAAG	2	10	100132	100141	40 %	0 %	40 %	20 %	28867318
63	NC_004578	CGGCC	2	10	101468	101477	0 %	0 %	40 %	60 %	28867320
64	NC_004578	TCAGC	2	10	103307	103316	20 %	20 %	20 %	40 %	28867322
65	NC_004578	GCGCT	2	10	105807	105816	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
66	NC_004578	GCGCT	2	10	106050	106059	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
67	NC_004578	CGGCG	2	10	114053	114062	0 %	0 %	60 %	40 %	28867334
68	NC_004578	GGCTC	2	10	116527	116536	0 %	20 %	40 %	40 %	28867335
69	NC_004578	GCCGG	2	10	118043	118052	0 %	0 %	60 %	40 %	28867336
70	NC_004578	CGAGC	2	10	118073	118082	20 %	0 %	40 %	40 %	28867336
71	NC_004578	TGGTT	2	10	118229	118238	0 %	60 %	40 %	0 %	28867337
72	NC_004578	CGCCT	2	10	121128	121137	0 %	20 %	20 %	60 %	28867341
73	NC_004578	GCCAG	2	10	122015	122024	20 %	0 %	40 %	40 %	28867341
74	NC_004578	ATGAC	2	10	122337	122346	40 %	20 %	20 %	20 %	28867342
75	NC_004578	CTCAG	2	10	124091	124100	20 %	20 %	20 %	40 %	28867345
76	NC_004578	AAGCG	2	10	131736	131745	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
77	NC_004578	GCTTG	2	10	133373	133382	0 %	40 %	40 %	20 %	28867353
78	NC_004578	GCGCA	2	10	133582	133591	20 %	0 %	40 %	40 %	28867353
79	NC_004578	CGCGA	2	10	134566	134575	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
80	NC_004578	CGCCA	2	10	135133	135142	20 %	0 %	20 %	60 %	28867354
81	NC_004578	CGGCC	2	10	137655	137664	0 %	0 %	40 %	60 %	28867355
82	NC_004578	TCAGC	2	10	139136	139145	20 %	20 %	20 %	40 %	28867357
83	NC_004578	GACCA	2	10	140469	140478	40 %	0 %	20 %	40 %	28867357
84	NC_004578	AACCC	2	10	141125	141134	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
85	NC_004578	GCTCG	2	10	142311	142320	0 %	20 %	40 %	40 %	28867358
86	NC_004578	TGGGC	2	10	143748	143757	0 %	20 %	60 %	20 %	28867359
87	NC_004578	TGGAC	2	10	145251	145260	20 %	20 %	40 %	20 %	28867360
88	NC_004578	CTGCG	2	10	147108	147117	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
89	NC_004578	CTGCG	2	10	147269	147278	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
90	NC_004578	AAGCA	2	10	148575	148584	60 %	0 %	20 %	20 %	28867364
91	NC_004578	CTGCG	2	10	148865	148874	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
92	NC_004578	GGTGC	2	10	149038	149047	0 %	20 %	60 %	20 %	28867365
93	NC_004578	CAGCG	2	10	149763	149772	20 %	0 %	40 %	40 %	28867365
94	NC_004578	CAGCG	2	10	154211	154220	20 %	0 %	40 %	40 %	28867369
95	NC_004578	GCGCC	2	10	156129	156138	0 %	0 %	40 %	60 %	28867371
96	NC_004578	ACCAC	2	10	156782	156791	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
97	NC_004578	AGCCA	2	10	159652	159661	40 %	0 %	20 %	40 %	28867376
98	NC_004578	CCTTA	2	10	160558	160567	20 %	40 %	0 %	40 %	28867378
99	NC_004578	GCGGT	2	10	161970	161979	0 %	20 %	60 %	20 %	28867378
100	NC_004578	GGCGT	2	10	163362	163371	0 %	20 %	60 %	20 %	28867380
101	NC_004578	CGCAT	2	10	163913	163922	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
102	NC_004578	CCAGC	2	10	170099	170108	20 %	0 %	20 %	60 %	28867386
103	NC_004578	CCACA	2	10	170282	170291	40 %	0 %	0 %	60 %	28867386
104	NC_004578	GTCGG	2	10	170415	170424	0 %	20 %	60 %	20 %	28867386
105	NC_004578	AGGGC	2	10	170581	170590	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
106	NC_004578	GCCAC	2	10	172645	172654	20 %	0 %	20 %	60 %	28867388
107	NC_004578	CGCTG	2	10	172941	172950	0 %	20 %	40 %	40 %	28867388
108	NC_004578	ACTGA	2	10	176000	176009	40 %	20 %	20 %	20 %	28867393
109	NC_004578	TTCGC	2	10	176147	176156	0 %	40 %	20 %	40 %	28867393
110	NC_004578	CCTGA	2	10	176700	176709	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
111	NC_004578	ACTTC	2	10	177494	177503	20 %	40 %	0 %	40 %	28867396
112	NC_004578	GACGT	2	10	178123	178132	20 %	20 %	40 %	20 %	28867397
113	NC_004578	CCGAT	2	10	180237	180246	20 %	20 %	20 %	40 %	28867399
114	NC_004578	ACCGG	2	10	182477	182486	20 %	0 %	40 %	40 %	28867402
115	NC_004578	AAACT	2	10	183261	183270	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
116	NC_004578	GTGAC	2	10	186759	186768	20 %	20 %	40 %	20 %	28867406
117	NC_004578	TGCCG	2	10	188230	188239	0 %	20 %	40 %	40 %	28867408
118	NC_004578	TTTCG	2	10	188338	188347	0 %	60 %	20 %	20 %	28867408
119	NC_004578	CGCAC	2	10	190048	190057	20 %	0 %	20 %	60 %	28867409
120	NC_004578	TGGTT	2	10	192750	192759	0 %	60 %	40 %	0 %	28867411
121	NC_004578	CGGCG	2	10	195440	195449	0 %	0 %	60 %	40 %	28867413
122	NC_004578	CACCG	2	10	195989	195998	20 %	0 %	20 %	60 %	28867414
123	NC_004578	GTCCT	2	10	198391	198400	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
124	NC_004578	AGGGC	2	10	199805	199814	20 %	0 %	60 %	20 %	28867418
125	NC_004578	AAGGC	2	10	201770	201779	40 %	0 %	40 %	20 %	28867420
126	NC_004578	GCCGA	2	10	203186	203195	20 %	0 %	40 %	40 %	28867421
127	NC_004578	GCCTC	2	10	203621	203630	0 %	20 %	20 %	60 %	28867421
128	NC_004578	CGCAT	2	10	205237	205246	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
129	NC_004578	CTGGG	2	10	207230	207239	0 %	20 %	60 %	20 %	28867424
130	NC_004578	GCGCT	2	10	211720	211729	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
131	NC_004578	TCCGA	2	10	212222	212231	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
132	NC_004578	GCCTG	2	10	213445	213454	0 %	20 %	40 %	40 %	28867428
133	NC_004578	GGCAG	2	10	213623	213632	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
134	NC_004578	GGCCT	2	10	214332	214341	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
135	NC_004578	CATGG	2	10	215936	215945	20 %	20 %	40 %	20 %	28867429
136	NC_004578	CAATT	2	10	219499	219508	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_004578	CAATT	2	10	221195	221204	40 %	40 %	0 %	20 %	28867433
138	NC_004578	AGCCC	2	10	224423	224432	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
139	NC_004578	ATGAC	2	10	225610	225619	40 %	20 %	20 %	20 %	28867436
140	NC_004578	GCGCC	2	10	225640	225649	0 %	0 %	40 %	60 %	28867436
141	NC_004578	TACAA	2	10	226318	226327	60 %	20 %	0 %	20 %	28867436
142	NC_004578	TGACG	2	10	230340	230349	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
143	NC_004578	AAGTG	2	10	230871	230880	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
144	NC_004578	GCTCA	2	10	231809	231818	20 %	20 %	20 %	40 %	28867438
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146	NC_004578	GTTGT	2	10	237528	237537	0 %	60 %	40 %	0 %	28867443
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148	NC_004578	GCTGG	2	10	241576	241585	0 %	20 %	60 %	20 %	28867450
149	NC_004578	CGCAG	2	10	242188	242197	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
150	NC_004578	TGTCG	2	10	242403	242412	0 %	40 %	40 %	20 %	28867451
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152	NC_004578	GCGCT	2	10	245493	245502	0 %	20 %	40 %	40 %	28867455
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154	NC_004578	ACAAG	2	10	247756	247765	60 %	0 %	20 %	20 %	28867458
155	NC_004578	CGGGT	2	10	248590	248599	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
156	NC_004578	GTTTT	2	10	248682	248691	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
157	NC_004578	TGCGT	2	10	249272	249281	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
158	NC_004578	GCCGC	2	10	249306	249315	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
159	NC_004578	GCCGC	2	10	249496	249505	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
160	NC_004578	AGCTG	2	10	251887	251896	20 %	20 %	40 %	20 %	28867462
161	NC_004578	GCCAG	2	10	254760	254769	20 %	0 %	40 %	40 %	28867465
162	NC_004578	CTTGT	2	10	256184	256193	0 %	60 %	20 %	20 %	28867467
163	NC_004578	GTGAT	2	10	261855	261864	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
164	NC_004578	TAATA	2	10	265015	265024	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
165	NC_004578	TCGGG	2	10	265568	265577	0 %	20 %	60 %	20 %	28867476
166	NC_004578	TTGGG	2	10	265997	266006	0 %	40 %	60 %	0 %	28867476
167	NC_004578	AAGGC	2	10	269434	269443	40 %	0 %	40 %	20 %	28867480
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173	NC_004578	GCTCG	2	10	278973	278982	0 %	20 %	40 %	40 %	28867488
174	NC_004578	GCCTG	2	10	279295	279304	0 %	20 %	40 %	40 %	28867489
175	NC_004578	CAACG	2	10	280335	280344	40 %	0 %	20 %	40 %	28867489
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177	NC_004578	GCTGC	2	10	282613	282622	0 %	20 %	40 %	40 %	28867491
178	NC_004578	TCGCG	2	10	282654	282663	0 %	20 %	40 %	40 %	28867491
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181	NC_004578	TGGGT	2	10	294297	294306	0 %	40 %	60 %	0 %	28867500
182	NC_004578	GCGCT	2	10	296155	296164	0 %	20 %	40 %	40 %	28867502
183	NC_004578	TGGCC	2	10	296432	296441	0 %	20 %	40 %	40 %	28867502
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185	NC_004578	CGCAG	2	10	299577	299586	20 %	0 %	40 %	40 %	28867504
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188	NC_004578	TTAAT	2	10	305436	305445	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
189	NC_004578	TGGCC	2	10	305873	305882	0 %	20 %	40 %	40 %	28867512
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192	NC_004578	CTTCT	2	10	313512	313521	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
193	NC_004578	AAGCA	2	10	315621	315630	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
194	NC_004578	AATTT	2	10	315813	315822	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
195	NC_004578	GCGTG	2	10	319858	319867	0 %	20 %	60 %	20 %	28867525
196	NC_004578	CTGAG	2	10	321989	321998	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
197	NC_004578	AAGCA	2	10	322226	322235	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
198	NC_004578	CGGCC	2	10	322794	322803	0 %	0 %	40 %	60 %	28867527
199	NC_004578	GGGCT	2	10	323768	323777	0 %	20 %	60 %	20 %	28867529
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202	NC_004578	TGACC	2	10	328176	328185	20 %	20 %	20 %	40 %	28867532
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218	NC_004578	GCCGC	2	10	348911	348920	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
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239	NC_004578	CCGCT	2	10	373308	373317	0 %	20 %	20 %	60 %	28867575
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270	NC_004578	CCTGG	2	10	437870	437879	0 %	20 %	40 %	40 %	28867627
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