MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Tropheryma whipplei str. Twist

Total Repeats: 97

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004572	TCACG	2	10	22489	22498	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
2	NC_004572	TTTGT	2	10	25701	25710	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_004572	GCACG	2	10	29036	29045	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
4	NC_004572	CAGTA	2	10	29662	29671	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_004572	ACACA	2	10	29672	29681	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
6	NC_004572	TGTGT	2	10	42141	42150	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_004572	ACATG	2	10	42166	42175	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
8	NC_004572	ACATG	2	10	43760	43769	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_004572	GCTGT	2	10	102598	102607	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
10	NC_004572	TAGGT	2	10	105660	105669	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
11	NC_004572	TATCC	2	10	138871	138880	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
12	NC_004572	AATTT	2	10	153433	153442	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_004572	GCAAA	2	10	158942	158951	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
14	NC_004572	ACAGC	2	10	167399	167408	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_004572	GCACC	2	10	168899	168908	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
16	NC_004572	CACAA	2	10	169204	169213	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
17	NC_004572	GCACC	2	10	169667	169676	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
18	NC_004572	CCAAG	2	10	171350	171359	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_004572	TGTGT	2	10	171590	171599	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
20	NC_004572	CTGTG	2	10	174139	174148	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
21	NC_004572	TTGTG	2	10	175996	176005	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
22	NC_004572	TAGCC	2	10	177557	177566	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
23	NC_004572	ACAAA	2	10	182578	182587	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_004572	AAAAC	2	10	184554	184563	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_004572	GTAAT	2	10	190622	190631	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_004572	TGTGT	2	10	193091	193100	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
27	NC_004572	GTTTT	2	10	212682	212691	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_004572	TCGTG	2	10	214523	214532	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
29	NC_004572	CGAAG	2	10	216067	216076	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
30	NC_004572	CAGTG	2	10	219041	219050	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
31	NC_004572	CCGCG	2	10	223292	223301	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
32	NC_004572	TGACA	2	10	234715	234724	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_004572	CTGTG	2	10	240242	240251	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_004572	AACCC	2	10	241165	241174	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
35	NC_004572	CTGTG	2	10	241336	241345	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
36	NC_004572	CACAT	2	10	242736	242745	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
37	NC_004572	ACACA	2	10	242999	243008	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
38	NC_004572	GTGCT	2	10	243335	243344	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_004572	TGTTA	2	10	243694	243703	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_004572	TACCC	2	10	245297	245306	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
41	NC_004572	CATTT	2	10	246174	246183	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_004572	GTTGT	2	10	251466	251475	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
43	NC_004572	TTGTG	2	10	251910	251919	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
44	NC_004572	CTGTG	2	10	252163	252172	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
45	NC_004572	TGCGC	2	10	256134	256143	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
46	NC_004572	TACCC	2	10	256298	256307	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
47	NC_004572	TACCC	2	10	256854	256863	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
48	NC_004572	TGTTA	2	10	257644	257653	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_004572	AACAC	2	10	258048	258057	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
50	NC_004572	TGTGT	2	10	258404	258413	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
51	NC_004572	ACCCA	2	10	262201	262210	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
52	NC_004572	ACACA	2	10	262266	262275	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
53	NC_004572	TGTAA	2	10	263138	263147	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_004572	ACAAA	2	10	271854	271863	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_004572	CTGTG	2	10	272502	272511	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
56	NC_004572	TGTTA	2	10	279043	279052	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_004572	GTTGT	2	10	279229	279238	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
58	NC_004572	TGTTA	2	10	279563	279572	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_004572	ACAGC	2	10	282037	282046	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
60	NC_004572	ACCAC	2	10	282148	282157	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
61	NC_004572	GTTTT	2	10	288839	288848	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_004572	AAAAC	2	10	335171	335180	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_004572	CAGGC	2	10	357125	357134	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
64	NC_004572	TAAAC	2	10	374084	374093	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_004572	GTAAT	2	10	390860	390869	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_004572	AATTG	2	10	416700	416709	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_004572	GTGTA	2	10	481111	481120	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
68	NC_004572	GATTT	2	10	488001	488010	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_004572	AAATA	2	10	493520	493529	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_004572	TCTGG	2	10	496530	496539	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
71	NC_004572	ATTCT	2	10	504381	504390	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_004572	ATCCA	2	10	516241	516250	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
73	NC_004572	TTGAC	2	10	543863	543872	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
74	NC_004572	CATGC	2	10	557652	557661	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
75	NC_004572	GCAAA	2	10	561581	561590	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
76	NC_004572	AAATA	2	10	581063	581072	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_004572	AAAAC	2	10	581967	581976	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_004572	GCATT	2	10	585504	585513	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_004572	AAAGA	2	10	610259	610268	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_004572	AATAA	2	10	649428	649437	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_004572	TACAC	2	10	668358	668367	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
82	NC_004572	ACACA	2	10	681216	681225	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
83	NC_004572	AACAC	2	10	691913	691922	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
84	NC_004572	AACAC	2	10	697251	697260	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
85	NC_004572	AACAC	2	10	697485	697494	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
86	NC_004572	AACAC	2	10	705543	705552	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
87	NC_004572	TGTTT	2	10	732992	733001	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_004572	AAGTA	2	10	734604	734613	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_004572	CACAG	2	10	751871	751880	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
90	NC_004572	ACAGT	2	10	752147	752156	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
91	NC_004572	CCCGT	2	10	776616	776625	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
92	NC_004572	ACAAA	2	10	777867	777876	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_004572	ACAAG	2	10	832246	832255	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
94	NC_004572	CTTAT	2	10	840630	840639	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_004572	GGAAA	2	10	862552	862561	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
96	NC_004572	GATTG	2	10	914308	914317	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
97	NC_004572	AATTC	2	10	927283	927292	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.