MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Lactobacillus plantarum WCFS1

Total Repeats: 475

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004567	ATATT	2	10	2830	2839	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_004567	TATAA	2	10	3130	3139	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_004567	ATCTT	2	10	18949	18958	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_004567	GTATA	2	10	31024	31033	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_004567	AAACA	2	10	32156	32165	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_004567	TTGAA	2	10	77015	77024	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_004567	TATGA	2	10	88267	88276	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_004567	TAAAT	2	10	112565	112574	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_004567	GTTCA	2	10	122344	122353	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_004567	TTGAC	2	10	136769	136778	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
11	NC_004567	TAAAA	2	10	136815	136824	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_004567	TTTAA	2	10	167465	167474	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_004567	AATTG	2	10	167540	167549	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_004567	ATATA	2	10	167596	167605	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_004567	ATTAA	2	10	173119	173128	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_004567	TCAAA	2	10	190683	190692	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_004567	TATAA	2	10	190819	190828	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_004567	TTTAA	2	10	203352	203361	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_004567	GTTTG	2	10	204424	204433	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
20	NC_004567	GTAAA	2	10	207076	207085	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_004567	AAAAT	2	10	216305	216314	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_004567	GTGAC	2	10	233384	233393	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
23	NC_004567	AGGTT	2	10	239899	239908	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
24	NC_004567	AAAAT	2	10	255781	255790	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_004567	TTAAT	2	10	258360	258369	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_004567	CTAGG	2	10	261791	261800	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
27	NC_004567	TTAAT	2	10	265951	265960	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_004567	AGGGA	2	10	266746	266755	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
29	NC_004567	TGATT	2	10	276495	276504	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_004567	TTGGC	2	10	280761	280770	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
31	NC_004567	GATGT	2	10	287793	287802	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
32	NC_004567	TGGCG	2	10	288788	288797	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
33	NC_004567	ATTAA	2	10	290142	290151	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_004567	TAAAC	2	10	295169	295178	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_004567	GCTAA	2	10	295520	295529	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_004567	GATTA	2	10	306274	306283	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_004567	CTCAT	2	10	312985	312994	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
38	NC_004567	CAACA	2	10	313085	313094	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
39	NC_004567	ATTAA	2	10	315379	315388	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_004567	TACAA	2	10	315467	315476	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_004567	TAGAA	2	10	327557	327566	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_004567	ATGCT	2	10	331518	331527	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
43	NC_004567	ATTTA	2	10	338777	338786	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_004567	TTGGT	2	10	354994	355003	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
45	NC_004567	AAAAT	2	10	355807	355816	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_004567	ATTTT	2	10	356547	356556	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_004567	GCTAT	2	10	360970	360979	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
48	NC_004567	TTTCA	2	10	367284	367293	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_004567	ATTGA	2	10	367825	367834	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_004567	AGTAC	2	10	371117	371126	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
51	NC_004567	GTAAA	2	10	380018	380027	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_004567	AAAAG	2	10	388973	388982	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_004567	TCGGT	2	10	401544	401553	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
54	NC_004567	TTAAA	2	10	415109	415118	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_004567	ACGGG	2	10	419708	419717	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
56	NC_004567	TGGAC	2	10	422021	422030	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
57	NC_004567	GTGTT	2	10	448254	448263	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
58	NC_004567	CGAAT	2	10	451844	451853	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_004567	GTGAG	2	10	453792	453801	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
60	NC_004567	CAACA	2	10	454675	454684	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
61	NC_004567	ATTAT	2	10	455069	455078	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_004567	TAAAT	2	10	455322	455331	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_004567	AATTA	2	10	466902	466911	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_004567	TTGAC	2	10	467752	467761	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_004567	AAATG	2	10	472499	472508	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_004567	GTCTG	2	10	503625	503634	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
67	NC_004567	TCGTG	2	10	503959	503968	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
68	NC_004567	GAACC	2	10	504596	504605	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
69	NC_004567	GTTAA	2	10	504867	504876	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_004567	CCAAA	2	10	505136	505145	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
71	NC_004567	GGGAG	2	10	505398	505407	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
72	NC_004567	GAGAT	2	10	507661	507670	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
73	NC_004567	GTTTT	2	10	508470	508479	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_004567	TTAAT	2	10	508658	508667	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_004567	AAAGA	2	10	526027	526036	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_004567	TATAA	2	10	526733	526742	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_004567	ATATA	2	10	571695	571704	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_004567	ATATA	2	10	629151	629160	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_004567	AACGG	2	10	629607	629616	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
80	NC_004567	TAAAT	2	10	642641	642650	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_004567	TAAAT	2	10	665313	665322	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_004567	TATTT	2	10	675506	675515	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_004567	TGTAA	2	10	710091	710100	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_004567	AGATT	2	10	710744	710753	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_004567	CAAAA	2	10	719502	719511	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_004567	TATAA	2	10	721887	721896	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_004567	TAAAA	2	10	724935	724944	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_004567	TAGAA	2	10	729625	729634	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_004567	TTTAT	2	10	743309	743318	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_004567	AATAT	2	10	761346	761355	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_004567	TAGAC	2	10	761423	761432	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
92	NC_004567	GACGA	2	10	764392	764401	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
93	NC_004567	ATGGT	2	10	766172	766181	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
94	NC_004567	TTAGT	2	10	767892	767901	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_004567	TATAA	2	10	769907	769916	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_004567	ATTTA	2	10	783315	783324	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_004567	CTAAC	2	10	783500	783509	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
98	NC_004567	GTCTC	2	10	784397	784406	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
99	NC_004567	AATTT	2	10	802898	802907	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_004567	CTAAA	2	10	806061	806070	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_004567	AGTCC	2	10	809169	809178	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
102	NC_004567	GTTTA	2	10	829833	829842	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_004567	AATTT	2	10	837220	837229	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_004567	AGAAC	2	10	850999	851008	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
105	NC_004567	CAGTT	2	10	852124	852133	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_004567	AATTA	2	10	856957	856966	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_004567	AAATT	2	10	859536	859545	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_004567	ATATG	2	10	867918	867927	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_004567	CAAGC	2	10	876046	876055	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
110	NC_004567	ATTAT	2	10	876679	876688	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_004567	TAATT	2	10	876689	876698	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_004567	TAATT	2	10	880433	880442	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_004567	ATGTT	2	10	888809	888818	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_004567	AAAAG	2	10	889848	889857	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_004567	TTAGT	2	10	890192	890201	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_004567	TAAAA	2	10	897482	897491	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_004567	GCGGA	2	10	911608	911617	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
118	NC_004567	TGACA	2	10	911657	911666	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
119	NC_004567	AGAAA	2	10	916051	916060	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_004567	AACTG	2	10	922807	922816	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
121	NC_004567	CAGTT	2	10	922827	922836	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
122	NC_004567	GCACG	2	10	932982	932991	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
123	NC_004567	AGTTA	2	10	952202	952211	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
124	NC_004567	ACTAA	2	10	953231	953240	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_004567	AATGG	2	10	972982	972991	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
126	NC_004567	TAAGT	2	10	984035	984044	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_004567	GAGAA	2	10	1003185	1003194	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
128	NC_004567	TATCA	2	10	1015009	1015018	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_004567	TTAAA	2	10	1018099	1018108	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_004567	TGGCG	2	10	1038320	1038329	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
131	NC_004567	ATTAA	2	10	1050440	1050449	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_004567	ATTAA	2	10	1053879	1053888	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_004567	AGCAT	2	10	1053916	1053925	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
134	NC_004567	TGGAC	2	10	1056230	1056239	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
135	NC_004567	CAAAT	2	10	1058038	1058047	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_004567	ACATC	2	10	1090717	1090726	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
137	NC_004567	TGATT	2	10	1099651	1099660	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_004567	CTTGT	2	10	1106030	1106039	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
139	NC_004567	TTTTA	2	10	1106121	1106130	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_004567	GTTTC	2	10	1111820	1111829	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
141	NC_004567	ATTCA	2	10	1122072	1122081	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
142	NC_004567	GTTTT	2	10	1122445	1122454	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
143	NC_004567	ATTAG	2	10	1123965	1123974	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_004567	TAGAT	2	10	1142357	1142366	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
145	NC_004567	GGGTT	2	10	1146461	1146470	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
146	NC_004567	GTTTA	2	10	1153366	1153375	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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286	NC_004567	AGCTT	2	10	2127830	2127839	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
287	NC_004567	AAAAG	2	10	2142306	2142315	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
288	NC_004567	GAACC	2	10	2142477	2142486	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
289	NC_004567	CTTTT	2	10	2149406	2149415	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
290	NC_004567	TAACC	2	10	2154354	2154363	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
291	NC_004567	CTATT	2	10	2161681	2161690	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
292	NC_004567	TTAAT	2	10	2162884	2162893	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
293	NC_004567	TACCA	2	10	2163214	2163223	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
294	NC_004567	TTGGT	2	10	2184058	2184067	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
295	NC_004567	TTAAA	2	10	2184684	2184693	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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297	NC_004567	ATGGC	2	10	2184792	2184801	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
298	NC_004567	TTTAC	2	10	2186182	2186191	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
299	NC_004567	CAAGT	2	10	2196521	2196530	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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322	NC_004567	CTAAA	2	10	2269563	2269572	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
323	NC_004567	ACTGA	2	10	2287081	2287090	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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352	NC_004567	ATTTG	2	10	2449330	2449339	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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359	NC_004567	CTCCC	2	10	2501246	2501255	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
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472	NC_004567	TTAAT	2	10	3297393	3297402	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
473	NC_004567	ATACC	2	10	3300944	3300953	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
474	NC_004567	CAAAA	2	10	3305667	3305676	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.