MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Clostridium tetani E88 plasmid pE88

Total Repeats: 39

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004565	TAGATT	2	12	772	783	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	28373132
2	NC_004565	AGGAAC	2	12	2987	2998	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	28373133
3	NC_004565	TAAATA	2	12	5048	5059	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	28373136
4	NC_004565	ATAATT	2	12	9319	9330	50 %	50 %	0 %	0 %	28373141
5	NC_004565	GCAAAG	2	12	11185	11196	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	28373143
6	NC_004565	TAAAAA	2	12	11334	11345	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	28373143
7	NC_004565	AATTTA	2	12	12063	12074	50 %	50 %	0 %	0 %	28373144
8	NC_004565	ATATGC	2	12	12871	12882	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	28373145
9	NC_004565	GAATAT	2	12	13965	13976	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	28373146
10	NC_004565	TGGTCT	2	12	16733	16744	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	28373167
11	NC_004565	TTTTCT	2	12	16952	16963	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	28373167
12	NC_004565	CTTTAA	2	12	17070	17081	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	28373167
13	NC_004565	AGAAAA	2	12	21791	21802	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	28373149
14	NC_004565	CTAATA	2	12	22935	22946	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	28373150
15	NC_004565	AAAATG	2	12	24182	24193	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	28373151
16	NC_004565	AATGTA	2	12	24394	24405	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	28373151
17	NC_004565	TTGAAG	2	12	29927	29938	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	28373156
18	NC_004565	TATGAA	2	12	32561	32572	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	28373158
19	NC_004565	TCTTTA	2	12	34240	34251	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	28373159
20	NC_004565	CATATT	2	12	41693	41704	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	28373190
21	NC_004565	TTAATT	2	12	43284	43295	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	28373162
22	NC_004565	TATTTA	2	12	43918	43929	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	28373163
23	NC_004565	TTATAT	2	12	44999	45010	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	28373164
24	NC_004565	ATATTA	2	12	45633	45644	50 %	50 %	0 %	0 %	28373165
25	NC_004565	AGCTAA	2	12	46488	46499	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	28373166
26	NC_004565	TCCTAT	2	12	48952	48963	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	28373169
27	NC_004565	AAAAAT	2	12	49112	49123	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	28373169
28	NC_004565	CAAATA	2	12	49741	49752	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	28373170
29	NC_004565	ATATTA	2	12	53686	53697	50 %	50 %	0 %	0 %	28373173
30	NC_004565	CATTTT	2	12	54811	54822	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	28373174
31	NC_004565	AGATAT	2	12	56486	56497	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	28373175
32	NC_004565	AAATTA	2	12	57450	57461	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	28373177
33	NC_004565	GTTTAT	2	12	57529	57540	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	28373177
34	NC_004565	ATTATA	2	12	58989	59000	50 %	50 %	0 %	0 %	28373179
35	NC_004565	TATTAA	2	12	60071	60082	50 %	50 %	0 %	0 %	28373180
36	NC_004565	AGATAA	2	12	65184	65195	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	28373184
37	NC_004565	TGGAGC	2	12	67879	67890	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	28373186
38	NC_004565	TATTTC	2	12	68226	68237	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	28373187
39	NC_004565	TATCAA	2	12	71627	71638	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	28373188

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.