MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Clostridium tetani E88 plasmid pE88

Total Repeats: 180

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004565	TAAA	2	8	979	986	75 %	25 %	0 %	0 %	28373132
2	NC_004565	GAAT	2	8	1673	1680	50 %	25 %	25 %	0 %	28373132
3	NC_004565	GAAG	2	8	1706	1713	50 %	0 %	50 %	0 %	28373132
4	NC_004565	AAGA	2	8	1802	1809	75 %	0 %	25 %	0 %	28373132
5	NC_004565	TAAA	2	8	1813	1820	75 %	25 %	0 %	0 %	28373132
6	NC_004565	TAAT	2	8	3603	3610	50 %	50 %	0 %	0 %	28373134
7	NC_004565	AAAC	2	8	4879	4886	75 %	0 %	0 %	25 %	28373136
8	NC_004565	AATT	2	8	4988	4995	50 %	50 %	0 %	0 %	28373136
9	NC_004565	TAAA	2	8	5736	5743	75 %	25 %	0 %	0 %	28373137
10	NC_004565	GGAA	2	8	6691	6698	50 %	0 %	50 %	0 %	28373138
11	NC_004565	ACAA	2	8	8035	8042	75 %	0 %	0 %	25 %	28373139
12	NC_004565	ACCA	2	8	8159	8166	50 %	0 %	0 %	50 %	28373139
13	NC_004565	TGTA	2	8	8201	8208	25 %	50 %	25 %	0 %	28373139
14	NC_004565	GAAA	3	12	8231	8242	75 %	0 %	25 %	0 %	28373139
15	NC_004565	TTTA	2	8	8709	8716	25 %	75 %	0 %	0 %	28373140
16	NC_004565	AATA	2	8	9199	9206	75 %	25 %	0 %	0 %	28373141
17	NC_004565	AATT	2	8	9261	9268	50 %	50 %	0 %	0 %	28373141
18	NC_004565	ACTT	2	8	9363	9370	25 %	50 %	0 %	25 %	28373141
19	NC_004565	TAAA	2	8	9399	9406	75 %	25 %	0 %	0 %	28373141
20	NC_004565	TTAC	2	8	9539	9546	25 %	50 %	0 %	25 %	28373141
21	NC_004565	CTAT	2	8	9882	9889	25 %	50 %	0 %	25 %	28373142
22	NC_004565	TGTT	2	8	9890	9897	0 %	75 %	25 %	0 %	28373142
23	NC_004565	TATT	2	8	9954	9961	25 %	75 %	0 %	0 %	28373142
24	NC_004565	TAAC	2	8	11744	11751	50 %	25 %	0 %	25 %	28373143
25	NC_004565	ATAG	2	8	11814	11821	50 %	25 %	25 %	0 %	28373143
26	NC_004565	GTTA	2	8	11903	11910	25 %	50 %	25 %	0 %	28373144
27	NC_004565	TAAA	2	8	12961	12968	75 %	25 %	0 %	0 %	28373145
28	NC_004565	CAAC	2	8	13399	13406	50 %	0 %	0 %	50 %	28373145
29	NC_004565	TCAA	2	8	13444	13451	50 %	25 %	0 %	25 %	28373145
30	NC_004565	ATTA	2	8	13572	13579	50 %	50 %	0 %	0 %	28373146
31	NC_004565	ACAA	2	8	13751	13758	75 %	0 %	0 %	25 %	28373146
32	NC_004565	TAAT	2	8	14012	14019	50 %	50 %	0 %	0 %	28373146
33	NC_004565	TAGA	2	8	14417	14424	50 %	25 %	25 %	0 %	28373146
34	NC_004565	AGAA	2	8	14461	14468	75 %	0 %	25 %	0 %	28373146
35	NC_004565	TATT	2	8	14639	14646	25 %	75 %	0 %	0 %	28373146
36	NC_004565	ATAA	2	8	15031	15038	75 %	25 %	0 %	0 %	28373146
37	NC_004565	CATG	2	8	15039	15046	25 %	25 %	25 %	25 %	28373146
38	NC_004565	TAAA	2	8	15389	15396	75 %	25 %	0 %	0 %	28373146
39	NC_004565	TTAT	2	8	15919	15926	25 %	75 %	0 %	0 %	28373146
40	NC_004565	ATTA	2	8	16405	16412	50 %	50 %	0 %	0 %	28373167
41	NC_004565	GTTT	2	8	16633	16640	0 %	75 %	25 %	0 %	28373167
42	NC_004565	TTAG	2	8	16658	16665	25 %	50 %	25 %	0 %	28373167
43	NC_004565	AGTT	2	8	17284	17291	25 %	50 %	25 %	0 %	28373167
44	NC_004565	GTAG	2	8	17529	17536	25 %	25 %	50 %	0 %	28373148
45	NC_004565	AAAG	2	8	21129	21136	75 %	0 %	25 %	0 %	28373149
46	NC_004565	GAAG	2	8	21249	21256	50 %	0 %	50 %	0 %	28373149
47	NC_004565	TTAA	2	8	21267	21274	50 %	50 %	0 %	0 %	28373149
48	NC_004565	TTAA	2	8	21297	21304	50 %	50 %	0 %	0 %	28373149
49	NC_004565	AATC	2	8	21474	21481	50 %	25 %	0 %	25 %	28373149
50	NC_004565	GTTT	2	8	22652	22659	0 %	75 %	25 %	0 %	28373150
51	NC_004565	TAAA	2	8	22755	22762	75 %	25 %	0 %	0 %	28373150
52	NC_004565	ATTG	2	8	23820	23827	25 %	50 %	25 %	0 %	28373151
53	NC_004565	ATTT	2	8	24036	24043	25 %	75 %	0 %	0 %	28373151
54	NC_004565	AAAC	2	8	24669	24676	75 %	0 %	0 %	25 %	28373152
55	NC_004565	TTGC	2	8	24895	24902	0 %	50 %	25 %	25 %	28373152
56	NC_004565	AATA	2	8	25679	25686	75 %	25 %	0 %	0 %	28373153
57	NC_004565	ATAA	2	8	26075	26082	75 %	25 %	0 %	0 %	28373153
58	NC_004565	AGAT	2	8	26467	26474	50 %	25 %	25 %	0 %	28373154
59	NC_004565	ATTC	2	8	26777	26784	25 %	50 %	0 %	25 %	28373154
60	NC_004565	ATGT	2	8	27285	27292	25 %	50 %	25 %	0 %	28373155
61	NC_004565	TTTA	2	8	27731	27738	25 %	75 %	0 %	0 %	28373155
62	NC_004565	AAAT	2	8	28183	28190	75 %	25 %	0 %	0 %	28373155
63	NC_004565	AGGA	2	8	28286	28293	50 %	0 %	50 %	0 %	28373155
64	NC_004565	ATTT	2	8	28455	28462	25 %	75 %	0 %	0 %	28373155
65	NC_004565	AAAG	2	8	28529	28536	75 %	0 %	25 %	0 %	28373155
66	NC_004565	TCTT	2	8	28681	28688	0 %	75 %	0 %	25 %	28373155
67	NC_004565	GAAT	2	8	29540	29547	50 %	25 %	25 %	0 %	28373156
68	NC_004565	TAAA	2	8	29594	29601	75 %	25 %	0 %	0 %	28373156
69	NC_004565	AAAT	2	8	29939	29946	75 %	25 %	0 %	0 %	28373156
70	NC_004565	AGTA	2	8	30094	30101	50 %	25 %	25 %	0 %	28373156
71	NC_004565	GTAT	2	8	30395	30402	25 %	50 %	25 %	0 %	28373157
72	NC_004565	TTTA	2	8	30411	30418	25 %	75 %	0 %	0 %	28373157
73	NC_004565	AAAC	2	8	30442	30449	75 %	0 %	0 %	25 %	28373157
74	NC_004565	ACAA	2	8	30680	30687	75 %	0 %	0 %	25 %	28373157
75	NC_004565	ATTA	2	8	32664	32671	50 %	50 %	0 %	0 %	28373158
76	NC_004565	TTTA	2	8	33161	33168	25 %	75 %	0 %	0 %	28373159
77	NC_004565	ATCC	2	8	33493	33500	25 %	25 %	0 %	50 %	28373159
78	NC_004565	ATAG	2	8	33622	33629	50 %	25 %	25 %	0 %	28373159
79	NC_004565	TCAT	2	8	33802	33809	25 %	50 %	0 %	25 %	28373159
80	NC_004565	ATTT	2	8	33866	33873	25 %	75 %	0 %	0 %	28373159
81	NC_004565	ATTT	2	8	34055	34062	25 %	75 %	0 %	0 %	28373159
82	NC_004565	AGTT	2	8	34488	34495	25 %	50 %	25 %	0 %	28373159
83	NC_004565	TTCT	2	8	35898	35905	0 %	75 %	0 %	25 %	28373160
84	NC_004565	ATAA	2	8	38405	38412	75 %	25 %	0 %	0 %	28373161
85	NC_004565	AATA	3	12	38434	38445	75 %	25 %	0 %	0 %	28373161
86	NC_004565	ATTT	2	8	38448	38455	25 %	75 %	0 %	0 %	28373161
87	NC_004565	ATAA	2	8	39491	39498	75 %	25 %	0 %	0 %	28373190
88	NC_004565	TTAG	2	8	39622	39629	25 %	50 %	25 %	0 %	28373190
89	NC_004565	AATA	2	8	39668	39675	75 %	25 %	0 %	0 %	28373190
90	NC_004565	TTTA	2	8	39831	39838	25 %	75 %	0 %	0 %	28373190
91	NC_004565	TTTA	2	8	40344	40351	25 %	75 %	0 %	0 %	28373190
92	NC_004565	CTTT	2	8	40459	40466	0 %	75 %	0 %	25 %	28373190
93	NC_004565	CATC	2	8	40780	40787	25 %	25 %	0 %	50 %	28373190
94	NC_004565	TCTT	2	8	40824	40831	0 %	75 %	0 %	25 %	28373190
95	NC_004565	AAAG	2	8	41076	41083	75 %	0 %	25 %	0 %	28373190
96	NC_004565	ATTT	2	8	41718	41725	25 %	75 %	0 %	0 %	28373190
97	NC_004565	TAAA	2	8	42003	42010	75 %	25 %	0 %	0 %	28373190
98	NC_004565	TTTG	2	8	42117	42124	0 %	75 %	25 %	0 %	28373190
99	NC_004565	GTTT	2	8	42221	42228	0 %	75 %	25 %	0 %	28373190
100	NC_004565	ATAA	2	8	42938	42945	75 %	25 %	0 %	0 %	28373162
101	NC_004565	TTAA	2	8	42962	42969	50 %	50 %	0 %	0 %	28373162
102	NC_004565	ATTA	2	8	43177	43184	50 %	50 %	0 %	0 %	28373162
103	NC_004565	AATT	2	8	43207	43214	50 %	50 %	0 %	0 %	28373162
104	NC_004565	ATTT	2	8	43434	43441	25 %	75 %	0 %	0 %	28373162
105	NC_004565	TATT	2	8	43685	43692	25 %	75 %	0 %	0 %	28373163
106	NC_004565	AGTA	2	8	43790	43797	50 %	25 %	25 %	0 %	28373163
107	NC_004565	AGCA	2	8	43910	43917	50 %	0 %	25 %	25 %	28373163
108	NC_004565	TATT	2	8	44128	44135	25 %	75 %	0 %	0 %	28373163
109	NC_004565	TACT	2	8	44615	44622	25 %	50 %	0 %	25 %	28373164
110	NC_004565	AGGA	2	8	45262	45269	50 %	0 %	50 %	0 %	28373165
111	NC_004565	ATAA	2	8	45486	45493	75 %	25 %	0 %	0 %	28373165
112	NC_004565	AAAG	2	8	45557	45564	75 %	0 %	25 %	0 %	28373165
113	NC_004565	TTTC	2	8	46609	46616	0 %	75 %	0 %	25 %	28373166
114	NC_004565	ATTT	2	8	46835	46842	25 %	75 %	0 %	0 %	28373166
115	NC_004565	GTAG	2	8	48467	48474	25 %	25 %	50 %	0 %	28373168
116	NC_004565	ATTT	2	8	49026	49033	25 %	75 %	0 %	0 %	28373169
117	NC_004565	TAAA	2	8	49137	49144	75 %	25 %	0 %	0 %	28373169
118	NC_004565	ACAA	2	8	49316	49323	75 %	0 %	0 %	25 %	28373169
119	NC_004565	GAAT	2	8	49459	49466	50 %	25 %	25 %	0 %	28373170
120	NC_004565	TATT	2	8	49557	49564	25 %	75 %	0 %	0 %	28373170
121	NC_004565	AAAT	2	8	49615	49622	75 %	25 %	0 %	0 %	28373170
122	NC_004565	CTTT	2	8	49860	49867	0 %	75 %	0 %	25 %	28373170
123	NC_004565	ATAA	2	8	50434	50441	75 %	25 %	0 %	0 %	28373171
124	NC_004565	AAAT	2	8	50571	50578	75 %	25 %	0 %	0 %	28373171
125	NC_004565	CAAA	2	8	50774	50781	75 %	0 %	0 %	25 %	28373171
126	NC_004565	CAAA	2	8	51028	51035	75 %	0 %	0 %	25 %	28373172
127	NC_004565	TAAA	2	8	52882	52889	75 %	25 %	0 %	0 %	28373173
128	NC_004565	GTTA	2	8	53627	53634	25 %	50 %	25 %	0 %	28373173
129	NC_004565	GTTA	2	8	54768	54775	25 %	50 %	25 %	0 %	28373174
130	NC_004565	ATTT	2	8	54881	54888	25 %	75 %	0 %	0 %	28373174
131	NC_004565	ATTT	2	8	54919	54926	25 %	75 %	0 %	0 %	28373174
132	NC_004565	ATTT	2	8	54959	54966	25 %	75 %	0 %	0 %	28373174
133	NC_004565	ATGT	2	8	56434	56441	25 %	50 %	25 %	0 %	28373175
134	NC_004565	ATTT	2	8	57143	57150	25 %	75 %	0 %	0 %	28373176
135	NC_004565	TAAA	2	8	57252	57259	75 %	25 %	0 %	0 %	28373177
136	NC_004565	AATA	2	8	57370	57377	75 %	25 %	0 %	0 %	28373177
137	NC_004565	ACTT	2	8	57399	57406	25 %	50 %	0 %	25 %	28373177
138	NC_004565	CTTT	2	8	57425	57432	0 %	75 %	0 %	25 %	28373177
139	NC_004565	TAAA	2	8	58043	58050	75 %	25 %	0 %	0 %	28373178
140	NC_004565	ATAC	2	8	58324	58331	50 %	25 %	0 %	25 %	28373178
141	NC_004565	TAAA	2	8	58397	58404	75 %	25 %	0 %	0 %	28373178
142	NC_004565	ATTA	2	8	58919	58926	50 %	50 %	0 %	0 %	28373179
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.