MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Repeats of Clostridium tetani E88 plasmid pE88

Total Repeats: 299

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004565	TA	3	6	242	247	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_004565	TA	3	6	318	323	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_004565	AT	3	6	369	374	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_004565	TA	3	6	381	386	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_004565	TA	3	6	471	476	50 %	50 %	0 %	0 %	28373132
6	NC_004565	AT	3	6	587	592	50 %	50 %	0 %	0 %	28373132
7	NC_004565	AT	4	8	694	701	50 %	50 %	0 %	0 %	28373132
8	NC_004565	AT	3	6	909	914	50 %	50 %	0 %	0 %	28373132
9	NC_004565	TA	3	6	1219	1224	50 %	50 %	0 %	0 %	28373132
10	NC_004565	AG	3	6	1323	1328	50 %	0 %	50 %	0 %	28373132
11	NC_004565	AG	3	6	1722	1727	50 %	0 %	50 %	0 %	28373132
12	NC_004565	TA	3	6	1738	1743	50 %	50 %	0 %	0 %	28373132
13	NC_004565	TA	3	6	1932	1937	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_004565	AT	3	6	1982	1987	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_004565	TA	3	6	2593	2598	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_004565	AT	3	6	2871	2876	50 %	50 %	0 %	0 %	28373133
17	NC_004565	TA	3	6	3058	3063	50 %	50 %	0 %	0 %	28373133
18	NC_004565	TA	3	6	3953	3958	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_004565	AT	3	6	4348	4353	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_004565	TA	3	6	4374	4379	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_004565	AT	3	6	4390	4395	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_004565	AT	3	6	4582	4587	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_004565	TA	3	6	4785	4790	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_004565	AT	3	6	4934	4939	50 %	50 %	0 %	0 %	28373136
25	NC_004565	AT	3	6	5027	5032	50 %	50 %	0 %	0 %	28373136
26	NC_004565	AT	3	6	5263	5268	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_004565	AT	3	6	5361	5366	50 %	50 %	0 %	0 %	28373137
28	NC_004565	AT	3	6	5392	5397	50 %	50 %	0 %	0 %	28373137
29	NC_004565	AT	3	6	5661	5666	50 %	50 %	0 %	0 %	28373137
30	NC_004565	TA	3	6	5898	5903	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_004565	TA	4	8	6138	6145	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_004565	AT	3	6	6554	6559	50 %	50 %	0 %	0 %	28373138
33	NC_004565	TA	4	8	6601	6608	50 %	50 %	0 %	0 %	28373138
34	NC_004565	AT	3	6	6910	6915	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_004565	TA	3	6	6943	6948	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_004565	AT	3	6	7326	7331	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_004565	AT	4	8	7353	7360	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_004565	AT	3	6	7459	7464	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_004565	TA	3	6	7722	7727	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_004565	AT	4	8	7994	8001	50 %	50 %	0 %	0 %	28373139
41	NC_004565	AT	3	6	8471	8476	50 %	50 %	0 %	0 %	28373140
42	NC_004565	TA	3	6	8586	8591	50 %	50 %	0 %	0 %	28373140
43	NC_004565	TA	3	6	9183	9188	50 %	50 %	0 %	0 %	28373141
44	NC_004565	TA	3	6	9762	9767	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_004565	AT	3	6	9821	9826	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_004565	AT	3	6	10137	10142	50 %	50 %	0 %	0 %	28373142
47	NC_004565	CT	3	6	10512	10517	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
48	NC_004565	AT	3	6	10625	10630	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_004565	AT	3	6	10803	10808	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_004565	TA	3	6	10972	10977	50 %	50 %	0 %	0 %	28373143
51	NC_004565	TA	3	6	11212	11217	50 %	50 %	0 %	0 %	28373143
52	NC_004565	TA	3	6	11390	11395	50 %	50 %	0 %	0 %	28373143
53	NC_004565	AT	3	6	11541	11546	50 %	50 %	0 %	0 %	28373143
54	NC_004565	TA	3	6	11780	11785	50 %	50 %	0 %	0 %	28373143
55	NC_004565	AT	4	8	11890	11897	50 %	50 %	0 %	0 %	28373144
56	NC_004565	AT	3	6	12250	12255	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_004565	TA	4	8	12896	12903	50 %	50 %	0 %	0 %	28373145
58	NC_004565	TA	3	6	13082	13087	50 %	50 %	0 %	0 %	28373145
59	NC_004565	AT	3	6	13584	13589	50 %	50 %	0 %	0 %	28373146
60	NC_004565	AT	3	6	13995	14000	50 %	50 %	0 %	0 %	28373146
61	NC_004565	AT	3	6	14282	14287	50 %	50 %	0 %	0 %	28373146
62	NC_004565	AT	3	6	14389	14394	50 %	50 %	0 %	0 %	28373146
63	NC_004565	AT	3	6	14396	14401	50 %	50 %	0 %	0 %	28373146
64	NC_004565	TA	3	6	14562	14567	50 %	50 %	0 %	0 %	28373146
65	NC_004565	AT	3	6	14689	14694	50 %	50 %	0 %	0 %	28373146
66	NC_004565	TA	3	6	15601	15606	50 %	50 %	0 %	0 %	28373146
67	NC_004565	AT	3	6	16072	16077	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_004565	AT	3	6	16748	16753	50 %	50 %	0 %	0 %	28373167
69	NC_004565	AT	3	6	17345	17350	50 %	50 %	0 %	0 %	28373167
70	NC_004565	AT	3	6	17460	17465	50 %	50 %	0 %	0 %	28373167
71	NC_004565	TA	3	6	17876	17881	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_004565	AT	3	6	18174	18179	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_004565	AT	3	6	18510	18515	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_004565	TA	3	6	18612	18617	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_004565	AG	3	6	19007	19012	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
76	NC_004565	AT	3	6	19211	19216	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_004565	TA	3	6	19716	19721	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_004565	AT	3	6	20002	20007	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_004565	TA	3	6	20473	20478	50 %	50 %	0 %	0 %	28373149
80	NC_004565	TA	3	6	20578	20583	50 %	50 %	0 %	0 %	28373149
81	NC_004565	AT	3	6	20942	20947	50 %	50 %	0 %	0 %	28373149
82	NC_004565	TA	6	12	21009	21020	50 %	50 %	0 %	0 %	28373149
83	NC_004565	TA	3	6	21060	21065	50 %	50 %	0 %	0 %	28373149
84	NC_004565	TA	3	6	21406	21411	50 %	50 %	0 %	0 %	28373149
85	NC_004565	AT	3	6	21437	21442	50 %	50 %	0 %	0 %	28373149
86	NC_004565	TA	3	6	21645	21650	50 %	50 %	0 %	0 %	28373149
87	NC_004565	AT	3	6	21934	21939	50 %	50 %	0 %	0 %	28373149
88	NC_004565	AT	3	6	21941	21946	50 %	50 %	0 %	0 %	28373149
89	NC_004565	AT	3	6	22021	22026	50 %	50 %	0 %	0 %	28373150
90	NC_004565	AT	3	6	22227	22232	50 %	50 %	0 %	0 %	28373150
91	NC_004565	TA	3	6	22330	22335	50 %	50 %	0 %	0 %	28373150
92	NC_004565	AT	3	6	22769	22774	50 %	50 %	0 %	0 %	28373150
93	NC_004565	AT	3	6	23055	23060	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_004565	AT	3	6	23329	23334	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_004565	AT	4	8	23376	23383	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_004565	AT	3	6	23435	23440	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_004565	AT	3	6	23736	23741	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_004565	AT	4	8	23867	23874	50 %	50 %	0 %	0 %	28373151
99	NC_004565	TA	4	8	24539	24546	50 %	50 %	0 %	0 %	28373152
100	NC_004565	TA	3	6	24653	24658	50 %	50 %	0 %	0 %	28373152
101	NC_004565	AT	3	6	24660	24665	50 %	50 %	0 %	0 %	28373152
102	NC_004565	AT	3	6	24780	24785	50 %	50 %	0 %	0 %	28373152
103	NC_004565	TA	3	6	25373	25378	50 %	50 %	0 %	0 %	28373152
104	NC_004565	AT	3	6	25397	25402	50 %	50 %	0 %	0 %	28373152
105	NC_004565	TA	4	8	25453	25460	50 %	50 %	0 %	0 %	28373152
106	NC_004565	TA	3	6	26766	26771	50 %	50 %	0 %	0 %	28373154
107	NC_004565	TA	3	6	27583	27588	50 %	50 %	0 %	0 %	28373155
108	NC_004565	TA	3	6	27592	27597	50 %	50 %	0 %	0 %	28373155
109	NC_004565	TA	3	6	27915	27920	50 %	50 %	0 %	0 %	28373155
110	NC_004565	TA	3	6	28041	28046	50 %	50 %	0 %	0 %	28373155
111	NC_004565	TA	3	6	28404	28409	50 %	50 %	0 %	0 %	28373155
112	NC_004565	GT	3	6	28668	28673	0 %	50 %	50 %	0 %	28373155
113	NC_004565	AT	3	6	28706	28711	50 %	50 %	0 %	0 %	28373155
114	NC_004565	AT	4	8	28916	28923	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_004565	TA	3	6	29036	29041	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_004565	AT	3	6	29487	29492	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_004565	TA	3	6	29719	29724	50 %	50 %	0 %	0 %	28373156
118	NC_004565	AT	3	6	29805	29810	50 %	50 %	0 %	0 %	28373156
119	NC_004565	AT	3	6	30475	30480	50 %	50 %	0 %	0 %	28373157
120	NC_004565	AT	3	6	30668	30673	50 %	50 %	0 %	0 %	28373157
121	NC_004565	AT	3	6	30705	30710	50 %	50 %	0 %	0 %	28373157
122	NC_004565	AT	3	6	30825	30830	50 %	50 %	0 %	0 %	28373157
123	NC_004565	TA	3	6	31407	31412	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_004565	GA	3	6	31782	31787	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
125	NC_004565	AT	3	6	32080	32085	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_004565	TA	3	6	32089	32094	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_004565	AT	4	8	32625	32632	50 %	50 %	0 %	0 %	28373158
128	NC_004565	AT	3	6	32982	32987	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_004565	AT	3	6	33073	33078	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_004565	AT	3	6	33455	33460	50 %	50 %	0 %	0 %	28373159
131	NC_004565	TA	3	6	33468	33473	50 %	50 %	0 %	0 %	28373159
132	NC_004565	AT	3	6	33484	33489	50 %	50 %	0 %	0 %	28373159
133	NC_004565	TA	3	6	33776	33781	50 %	50 %	0 %	0 %	28373159
134	NC_004565	TA	4	8	34277	34284	50 %	50 %	0 %	0 %	28373159
135	NC_004565	TA	3	6	34573	34578	50 %	50 %	0 %	0 %	28373159
136	NC_004565	AT	3	6	34828	34833	50 %	50 %	0 %	0 %	28373159
137	NC_004565	AT	3	6	35120	35125	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_004565	AT	3	6	35196	35201	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_004565	TA	3	6	35484	35489	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_004565	TA	3	6	35670	35675	50 %	50 %	0 %	0 %	28373160
141	NC_004565	AT	3	6	35707	35712	50 %	50 %	0 %	0 %	28373160
142	NC_004565	AT	4	8	36148	36155	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_004565	AT	3	6	36379	36384	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_004565	TA	3	6	36578	36583	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_004565	AT	3	6	36704	36709	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_004565	AT	3	6	36942	36947	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_004565	AT	3	6	37014	37019	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_004565	AT	3	6	37979	37984	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_004565	GT	3	6	38124	38129	0 %	50 %	50 %	0 %	28373161
150	NC_004565	TA	3	6	38681	38686	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_004565	AT	3	6	39037	39042	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_004565	AT	4	8	39175	39182	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.