MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Clostridium tetani E88 chromosome

Total Repeats: 1809

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004557	TTATCT	2	12	1991	2002	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	28209835
2	NC_004557	AATATA	2	12	2435	2446	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_004557	AAAAAT	2	12	10756	10767	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	28209840
4	NC_004557	CTAAAA	2	12	11306	11317	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	28209840
5	NC_004557	ACTTCA	2	12	12434	12445	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	28209841
6	NC_004557	AAAAAT	2	12	12839	12850	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	28209841
7	NC_004557	TACTTT	2	12	13588	13599	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	28209842
8	NC_004557	TAACTT	2	12	15454	15465	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	28209844
9	NC_004557	AATCTA	2	12	17322	17333	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	28209845
10	NC_004557	TTTTAA	2	12	18733	18744	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	28209846
11	NC_004557	CTATTG	2	12	21362	21373	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	28209847
12	NC_004557	TTATAT	2	12	23533	23544	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_004557	TAACTT	2	12	25482	25493	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_004557	ATTTAT	2	12	25671	25682	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	28209851
15	NC_004557	TCAAAT	2	12	29551	29562	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	28209854
16	NC_004557	ATTTGG	2	12	29625	29636	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	28209854
17	NC_004557	ATATTT	2	12	30267	30278	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	28209855
18	NC_004557	TTATTT	2	12	31475	31486	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	28209856
19	NC_004557	TAAGTA	2	12	36225	36236	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	28209858
20	NC_004557	TATAAT	2	12	36325	36336	50 %	50 %	0 %	0 %	28209858
21	NC_004557	TTATAT	2	12	36354	36365	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	28209858
22	NC_004557	TTTATT	2	12	37953	37964	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	28209860
23	NC_004557	TATATT	2	12	38156	38167	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_004557	TGCTTG	2	12	44915	44926	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	28209862
25	NC_004557	ATTTTT	2	12	48836	48847	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	28209864
26	NC_004557	TCTCTT	2	12	48945	48956	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	28209864
27	NC_004557	TGATAG	2	12	53027	53038	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_004557	CATTTT	2	12	57261	57272	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	28209870
29	NC_004557	ATAAAT	2	12	58440	58451	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	28209870
30	NC_004557	TTAGAA	2	12	60716	60727	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	28209873
31	NC_004557	ATAGAA	2	12	61755	61766	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	28209874
32	NC_004557	GAATTA	2	12	62923	62934	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	28209876
33	NC_004557	TAAAAT	2	12	65138	65149	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	28209878
34	NC_004557	GAACAG	2	12	65838	65849	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	28209879
35	NC_004557	TAATGA	2	12	68401	68412	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	28209882
36	NC_004557	GAAGCA	2	12	69512	69523	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	28209882
37	NC_004557	GGGAGG	2	12	69895	69906	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	28209882
38	NC_004557	AAATTT	2	12	70137	70148	50 %	50 %	0 %	0 %	28209883
39	NC_004557	ATGTTA	2	12	72053	72064	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	28209884
40	NC_004557	GAAATG	2	12	74227	74238	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	28209886
41	NC_004557	TATAAA	2	12	75710	75721	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	28209887
42	NC_004557	GGAGCA	2	12	77197	77208	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	28209889
43	NC_004557	TAAATA	2	12	78435	78446	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_004557	TTAGAT	2	12	78690	78701	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_004557	ATATAA	2	12	79023	79034	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	28209890
46	NC_004557	TAAAAA	2	12	79062	79073	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	28209890
47	NC_004557	GATATT	2	12	85662	85673	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	28209896
48	NC_004557	AATATC	2	12	86468	86479	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	28209898
49	NC_004557	TAAATG	2	12	90101	90112	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	28209901
50	NC_004557	AATTTA	2	12	90603	90614	50 %	50 %	0 %	0 %	28209902
51	NC_004557	AGATAA	2	12	90623	90634	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	28209902
52	NC_004557	GGTACA	2	12	91245	91256	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	28209902
53	NC_004557	AAAATA	2	12	91758	91769	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	28209903
54	NC_004557	ATCACC	2	12	91840	91851	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	28209903
55	NC_004557	AGCAGA	2	12	92468	92479	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	28209904
56	NC_004557	ATAAAA	2	12	95572	95583	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	28209906
57	NC_004557	GAAAAA	2	12	96100	96111	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	28209907
58	NC_004557	TTTTAT	2	12	97088	97099	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_004557	TTGTAG	2	12	97936	97947	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	28209910
60	NC_004557	AATCCA	2	12	101054	101065	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	28209914
61	NC_004557	TAAAAA	2	12	103798	103809	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	28209916
62	NC_004557	TAATTT	2	12	104218	104229	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	28209917
63	NC_004557	TAAAGA	2	12	104501	104512	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	28209917
64	NC_004557	TTTTAA	2	12	104811	104822	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_004557	AACATT	2	12	105091	105102	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	28209918
66	NC_004557	AATGGA	2	12	109407	109418	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	28209923
67	NC_004557	TAAAAA	2	12	111360	111371	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_004557	ATGGTG	2	12	112232	112243	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	28209925
69	NC_004557	ACTTTT	2	12	113282	113293	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	28209926
70	NC_004557	ACATAT	2	12	114717	114728	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	28209928
71	NC_004557	TAGCAA	2	12	115922	115933	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	28209930
72	NC_004557	TTATAA	2	12	116699	116710	50 %	50 %	0 %	0 %	28209930
73	NC_004557	TGTTCT	2	12	118186	118197	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	28209932
74	NC_004557	AATATA	2	12	119952	119963	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_004557	TAATAT	2	12	123108	123119	50 %	50 %	0 %	0 %	28209938
76	NC_004557	AACACC	2	12	123232	123243	50 %	0 %	0 %	50 %	28209938
77	NC_004557	TCAAAA	2	12	127897	127908	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	28209942
78	NC_004557	AGATAA	2	12	128040	128051	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	28209942
79	NC_004557	ATAGAG	2	12	129537	129548	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	28209944
80	NC_004557	TAAAAT	2	12	129580	129591	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	28209944
81	NC_004557	AATTTA	2	12	129619	129630	50 %	50 %	0 %	0 %	28209944
82	NC_004557	TGAAAA	2	12	130148	130159	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	28209944
83	NC_004557	TAGAAT	2	12	130171	130182	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	28209944
84	NC_004557	GAAAAA	2	12	131396	131407	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	28209945
85	NC_004557	TTAAAG	2	12	133819	133830	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	28209948
86	NC_004557	ATAAAA	2	12	134452	134463	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	28209948
87	NC_004557	GATAAG	2	12	134604	134615	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	28209948
88	NC_004557	ATCAAT	2	12	137686	137697	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	28209952
89	NC_004557	TATCTT	2	12	137832	137843	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	28209953
90	NC_004557	ATTTAT	2	12	137860	137871	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	28209953
91	NC_004557	TAAATC	2	12	141017	141028	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_004557	TGTAGT	2	12	144441	144452	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	28209957
93	NC_004557	ATAGAT	2	12	145455	145466	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	28209958
94	NC_004557	ACTTAC	2	12	151426	151437	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	28209962
95	NC_004557	TATCTA	2	12	155098	155109	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	28209965
96	NC_004557	TTAATA	2	12	156486	156497	50 %	50 %	0 %	0 %	28209966
97	NC_004557	AAAATA	2	12	156792	156803	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	28209966
98	NC_004557	TAAAAA	2	12	158771	158782	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_004557	GGAAAG	2	12	162514	162525	50 %	0 %	50 %	0 %	28209969
100	NC_004557	TAAAAA	2	12	164030	164041	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	28209970
101	NC_004557	AGATTT	2	12	164317	164328	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	28209971
102	NC_004557	TTTTTG	2	12	164747	164758	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	28209972
103	NC_004557	GTTTAT	2	12	165075	165086	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	28209972
104	NC_004557	AGAAAA	2	12	166461	166472	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	28209972
105	NC_004557	TATGGA	2	12	167775	167786	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	28209974
106	NC_004557	TGATAA	2	12	168421	168432	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	28209975
107	NC_004557	GATAAG	2	12	168899	168910	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	28209975
108	NC_004557	TAGATA	2	12	171105	171116	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	28209978
109	NC_004557	TCATTA	2	12	172012	172023	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_004557	ATTTTT	2	12	172224	172235	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_004557	CTATTT	2	12	175493	175504	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	28209980
112	NC_004557	AAGAAA	2	12	181838	181849	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	28209982
113	NC_004557	CTTTAA	2	12	184696	184707	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	28209985
114	NC_004557	TAATAG	2	12	186664	186675	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	28209987
115	NC_004557	GATAAA	2	12	187235	187246	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	28209987
116	NC_004557	ATAGAA	2	12	189546	189557	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	28209989
117	NC_004557	AAGATA	2	12	189571	189582	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	28209989
118	NC_004557	CTTTTT	2	12	191076	191087	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	28209990
119	NC_004557	TGTAAT	2	12	193086	193097	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	28209993
120	NC_004557	TAAAGT	2	12	196737	196748	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	28209996
121	NC_004557	TAAAAA	2	12	199580	199591	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	28209998
122	NC_004557	GTATAA	2	12	199623	199634	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	28209998
123	NC_004557	CAGATG	2	12	200762	200773	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	28209999
124	NC_004557	TATTAA	2	12	201036	201047	50 %	50 %	0 %	0 %	28209999
125	NC_004557	TATAAA	2	12	201832	201843	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_004557	AGATAA	2	12	207257	207268	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	28210004
127	NC_004557	AAATAA	2	12	208228	208239	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	28210006
128	NC_004557	TAGGTA	2	12	209339	209350	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	28210007
129	NC_004557	ATGCAA	2	12	209837	209848	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	28210007
130	NC_004557	TAAATT	2	12	210299	210310	50 %	50 %	0 %	0 %	28210007
131	NC_004557	TTAAAA	2	12	213111	213122	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	28210009
132	NC_004557	GAAAAT	3	18	213492	213509	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	28210010
133	NC_004557	ATGCTA	2	12	215264	215275	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	28210011
134	NC_004557	ATTTTT	2	12	217036	217047	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_004557	TATATT	2	12	219496	219507	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	28210016
136	NC_004557	TACATC	2	12	219682	219693	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	28210016
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139	NC_004557	GGTATA	2	12	224641	224652	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
140	NC_004557	AGAATA	2	12	227632	227643	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
141	NC_004557	TTTGTG	2	12	227669	227680	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
142	NC_004557	AATAAG	2	12	227870	227881	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
143	NC_004557	TGTTTG	2	12	231382	231393	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
144	NC_004557	GAATGT	2	12	232926	232937	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	28210025
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152	NC_004557	TGGATA	2	12	240620	240631	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	28210028
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159	NC_004557	TAAAGA	2	12	250736	250747	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	28210037
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166	NC_004557	TAAAAA	2	12	256893	256904	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
167	NC_004557	TGTGAA	2	12	262535	262546	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	28210043
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173	NC_004557	AATTAA	2	12	272361	272372	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
174	NC_004557	TATATT	2	12	272459	272470	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	28210050
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183	NC_004557	TTTTTG	2	12	284975	284986	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	28210061
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196	NC_004557	TTATTT	2	12	303254	303265	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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199	NC_004557	ATGAAT	2	12	320501	320512	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	28210092
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213	NC_004557	TAAAAT	2	12	336765	336776	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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227	NC_004557	AAATTT	2	12	357208	357219	50 %	50 %	0 %	0 %	28210125
228	NC_004557	TATGAG	2	12	357892	357903	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	28210126
229	NC_004557	AGAGGA	2	12	358631	358642	50 %	0 %	50 %	0 %	28210126
230	NC_004557	TATAGC	2	12	360342	360353	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	28210128
231	NC_004557	ATCTAA	2	12	362647	362658	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	28210130
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233	NC_004557	GCTATA	2	12	367787	367798	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	28210134
234	NC_004557	CCAACA	2	12	368300	368311	50 %	0 %	0 %	50 %	28210134
235	NC_004557	ATTTGA	2	12	369688	369699	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	28210135
236	NC_004557	AATAGT	2	12	373936	373947	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
237	NC_004557	TTATAG	2	12	374918	374929	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	28210139
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239	NC_004557	GTATTA	2	12	378791	378802	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
240	NC_004557	CATTAT	2	12	379348	379359	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	28210141
241	NC_004557	TATAAA	2	12	387023	387034	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	28210148
242	NC_004557	AGATAT	2	12	387253	387264	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	28210148
243	NC_004557	TAATAT	2	12	387741	387752	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
244	NC_004557	ATAAAA	2	12	389688	389699	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	28210150
245	NC_004557	CTTTAA	2	12	389838	389849	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	28210150
246	NC_004557	AATTAG	2	12	391755	391766	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	28210152
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248	NC_004557	GATTTG	2	12	393436	393447	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	28210154
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250	NC_004557	AATTAA	2	12	394687	394698	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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357	NC_004557	TAACAG	2	12	535164	535175	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	28210263
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359	NC_004557	TAGAAT	2	12	537398	537409	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	28210265
360	NC_004557	ATATTT	2	12	537954	537965	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
361	NC_004557	AATAGC	2	12	538162	538173	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	28210266
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363	NC_004557	TAGCAT	2	12	543237	543248	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	28210271
364	NC_004557	ATATGG	2	12	548705	548716	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	28210274
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368	NC_004557	AATATA	2	12	549763	549774	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	28210275
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478	NC_004557	ATTATA	2	12	725374	725385	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
479	NC_004557	TTCTAT	2	12	727046	727057	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	28210426
480	NC_004557	TAGGAA	2	12	731655	731666	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	28210430
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