MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydophila abortus S26/3

Total Repeats: 146

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004552	TGTTT	2	10	6759	6768	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_004552	TATTT	2	10	26539	26548	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_004552	TTAAT	2	10	32341	32350	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_004552	TTTAA	2	10	33558	33567	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_004552	ATAAA	2	10	34245	34254	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_004552	TATGC	3	15	37663	37677	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
7	NC_004552	TTAAT	2	10	57886	57895	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_004552	TCTTT	2	10	59292	59301	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_004552	GCTTT	2	10	64430	64439	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_004552	GAGGG	2	10	70143	70152	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
11	NC_004552	CACTT	2	10	71015	71024	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
12	NC_004552	GAAAA	2	10	82635	82644	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_004552	AGAAA	2	10	87222	87231	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_004552	AATTA	2	10	93831	93840	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_004552	ATTTG	2	10	98829	98838	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_004552	AAAAT	2	10	99550	99559	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_004552	TTTTA	2	10	101539	101548	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_004552	CTTTT	2	10	108227	108236	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_004552	TAGAG	2	10	146541	146550	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
20	NC_004552	TTTTA	2	10	148025	148034	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_004552	TTTCT	2	10	169103	169112	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_004552	CAAAA	2	10	173421	173430	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_004552	TTTTA	2	10	193756	193765	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_004552	ATTTA	2	10	193790	193799	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_004552	CCCTA	2	10	195119	195128	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
26	NC_004552	GTTTT	2	10	198464	198473	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_004552	ATTAA	2	10	200893	200902	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_004552	ATAAA	2	10	225693	225702	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_004552	ATTTT	2	10	226552	226561	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_004552	ATTAA	2	10	232024	232033	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_004552	TTTAA	2	10	255651	255660	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_004552	AAGAT	2	10	255725	255734	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_004552	TAAAA	2	10	274428	274437	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_004552	CTTTT	2	10	277170	277179	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_004552	ATTTT	2	10	289471	289480	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_004552	GAGAA	2	10	301072	301081	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
37	NC_004552	ATAGG	2	10	307300	307309	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
38	NC_004552	TATTT	2	10	308879	308888	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_004552	ACGGT	2	10	308928	308937	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_004552	CATAG	2	10	310077	310086	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_004552	AATAT	2	10	313093	313102	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_004552	TAAAA	2	10	318617	318626	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_004552	AAGAC	2	10	320905	320914	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_004552	CAAAG	2	10	321086	321095	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_004552	AAGGT	2	10	321115	321124	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
46	NC_004552	CTAGA	2	10	324117	324126	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
47	NC_004552	TGAAA	2	10	326964	326973	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_004552	ATTAT	2	10	336516	336525	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_004552	TAAAT	2	10	350421	350430	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_004552	CAATA	2	10	361690	361699	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_004552	ATTTT	2	10	365358	365367	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_004552	TCTCT	2	10	370306	370315	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
53	NC_004552	GGCTA	2	10	383886	383895	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
54	NC_004552	ATTTC	2	10	385022	385031	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_004552	TTTAA	2	10	391102	391111	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_004552	CCTTA	2	10	436300	436309	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
57	NC_004552	AAGAG	2	10	439158	439167	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
58	NC_004552	ATGTA	2	10	464452	464461	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_004552	GAAAA	2	10	471036	471045	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_004552	AAATA	2	10	477664	477673	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_004552	TTTAC	2	10	487666	487675	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_004552	AAAAT	2	10	487723	487732	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_004552	TAAAA	2	10	543022	543031	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_004552	TTTCT	2	10	553617	553626	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_004552	AAATA	3	15	553630	553644	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_004552	AAGGT	2	10	574441	574450	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
67	NC_004552	CTTAT	2	10	586288	586297	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_004552	TAAAC	2	10	587113	587122	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_004552	ATTTA	2	10	591361	591370	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_004552	ATTTT	2	10	614347	614356	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_004552	AGAAA	2	10	621234	621243	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_004552	TTACT	2	10	621902	621911	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_004552	CCAAA	2	10	622160	622169	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
74	NC_004552	ATTTT	2	10	625912	625921	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_004552	ACAGC	2	10	629553	629562	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
76	NC_004552	ACACA	2	10	636346	636355	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
77	NC_004552	TAGTC	2	10	638099	638108	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_004552	GAGTA	2	10	638582	638591	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
79	NC_004552	AAGAG	2	10	638748	638757	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_004552	TCTTA	2	10	639896	639905	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_004552	AAATA	2	10	639927	639936	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_004552	AGCTA	2	10	642891	642900	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_004552	AAATA	2	10	644766	644775	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_004552	TTAAT	2	10	644782	644791	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_004552	TAAAA	2	10	651172	651181	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_004552	TGAGG	2	10	652994	653003	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
87	NC_004552	TAAAA	2	10	667496	667505	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_004552	GTCTT	2	10	683824	683833	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
89	NC_004552	CAAGC	2	10	684629	684638	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
90	NC_004552	TCTAG	2	10	685027	685036	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
91	NC_004552	GCAGC	2	10	685142	685151	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
92	NC_004552	ACAAA	2	10	691320	691329	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_004552	AACAC	2	10	697269	697278	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
94	NC_004552	AAAAC	2	10	712192	712201	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_004552	AAATG	2	10	724772	724781	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_004552	AATCA	2	10	732601	732610	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_004552	GAAAA	2	10	774257	774266	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_004552	AGCTA	2	10	777400	777409	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
99	NC_004552	TTTAC	2	10	779324	779333	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_004552	TTAGT	2	10	779340	779349	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_004552	TGGAG	2	10	781158	781167	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
102	NC_004552	CTCTC	2	10	781171	781180	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
103	NC_004552	AAGAA	3	15	782018	782032	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_004552	GTTTT	2	10	790977	790986	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_004552	AAAAT	2	10	793428	793437	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_004552	TCTTT	2	10	806762	806771	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_004552	ATTTT	2	10	816666	816675	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_004552	TAAAA	2	10	836578	836587	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_004552	AAAAG	2	10	838292	838301	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_004552	TCAAA	2	10	839857	839866	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
111	NC_004552	TAAAA	2	10	845287	845296	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_004552	GAAAA	2	10	850732	850741	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_004552	AAAAG	2	10	853231	853240	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_004552	TTTTC	2	10	856339	856348	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_004552	TATGC	2	10	860992	861001	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
116	NC_004552	AGTTA	2	10	866098	866107	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_004552	AAATT	2	10	888037	888046	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_004552	CTTTT	2	10	888629	888638	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_004552	TAACT	2	10	889311	889320	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
120	NC_004552	AGAAA	2	10	891311	891320	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_004552	TCTAT	2	10	892994	893003	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_004552	TTAAA	2	10	906018	906027	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_004552	TTCTT	2	10	919257	919266	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_004552	ACTAG	2	10	926828	926837	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
125	NC_004552	ACATC	2	10	954918	954927	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
126	NC_004552	AATTT	2	10	956599	956608	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_004552	AAGTA	2	10	964744	964753	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_004552	TCTTT	2	10	968053	968062	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_004552	CCCAT	2	10	968108	968117	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
130	NC_004552	TTTAG	2	10	970295	970304	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_004552	TAAAT	2	10	985611	985620	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_004552	AAATA	2	10	991497	991506	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_004552	GTAAC	2	10	991967	991976	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
134	NC_004552	AACCT	2	10	993445	993454	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
135	NC_004552	TAACT	2	10	994372	994381	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_004552	ACATA	2	10	995110	995119	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_004552	CTTTC	2	10	996189	996198	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
138	NC_004552	TTTAA	2	10	1004257	1004266	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_004552	AACAA	2	10	1004455	1004464	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
140	NC_004552	TAAAA	2	10	1029054	1029063	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_004552	AGCCC	2	10	1042674	1042683	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
142	NC_004552	TTAAT	2	10	1045612	1045621	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_004552	TGAGT	2	10	1060422	1060431	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
144	NC_004552	GAAAT	2	10	1087925	1087934	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
145	NC_004552	TCTCC	2	10	1101270	1101279	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
146	NC_004552	AAAAG	2	10	1126936	1126945	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.