MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Tropheryma whipplei TW08/27

Total Repeats: 425

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004551	GTTTT	2	10	4906	4915	0 %	80 %	20 %	0 %	28572180
2	NC_004551	TATGT	2	10	5172	5181	20 %	60 %	20 %	0 %	28572180
3	NC_004551	CAGGG	2	10	5811	5820	20 %	0 %	60 %	20 %	28572180
4	NC_004551	AAGGC	2	10	5874	5883	40 %	0 %	40 %	20 %	28572180
5	NC_004551	TGCCG	2	10	6907	6916	0 %	20 %	40 %	40 %	28572181
6	NC_004551	AGCTG	2	10	8546	8555	20 %	20 %	40 %	20 %	28572181
7	NC_004551	ATGGT	2	10	10019	10028	20 %	40 %	40 %	0 %	28572183
8	NC_004551	AGAAC	2	10	11240	11249	60 %	0 %	20 %	20 %	28572185
9	NC_004551	AATAA	2	10	15879	15888	80 %	20 %	0 %	0 %	28572191
10	NC_004551	CTTGT	2	10	15957	15966	0 %	60 %	20 %	20 %	28572191
11	NC_004551	TGACT	2	10	16184	16193	20 %	40 %	20 %	20 %	28572191
12	NC_004551	TCACG	2	10	22491	22500	20 %	20 %	20 %	40 %	28572196
13	NC_004551	CCAAT	2	10	26781	26790	40 %	20 %	0 %	40 %	28572202
14	NC_004551	TCAAT	2	10	28039	28048	40 %	40 %	0 %	20 %	28572203
15	NC_004551	CTCAA	2	10	30899	30908	40 %	20 %	0 %	40 %	28572207
16	NC_004551	GAACA	2	10	37342	37351	60 %	0 %	20 %	20 %	28572214
17	NC_004551	CGACT	2	10	37725	37734	20 %	20 %	20 %	40 %	28572215
18	NC_004551	CTATT	2	10	41513	41522	20 %	60 %	0 %	20 %	28572219
19	NC_004551	TGTTC	2	10	44350	44359	0 %	60 %	20 %	20 %	28572224
20	NC_004551	TCGTT	2	10	46798	46807	0 %	60 %	20 %	20 %	28572226
21	NC_004551	TTACC	2	10	48737	48746	20 %	40 %	0 %	40 %	28572229
22	NC_004551	TCTTG	2	10	53476	53485	0 %	60 %	20 %	20 %	28572233
23	NC_004551	TGGTA	2	10	57661	57670	20 %	40 %	40 %	0 %	28572236
24	NC_004551	TGGTA	2	10	58782	58791	20 %	40 %	40 %	0 %	28572237
25	NC_004551	AATAA	2	10	61510	61519	80 %	20 %	0 %	0 %	28572240
26	NC_004551	ATTTG	2	10	63754	63763	20 %	60 %	20 %	0 %	28572242
27	NC_004551	GATGC	2	10	66591	66600	20 %	20 %	40 %	20 %	28572244
28	NC_004551	AGGAT	2	10	69724	69733	40 %	20 %	40 %	0 %	28572245
29	NC_004551	ATCTG	2	10	78443	78452	20 %	40 %	20 %	20 %	28572250
30	NC_004551	CATGA	2	10	79167	79176	40 %	20 %	20 %	20 %	28572250
31	NC_004551	ATTTC	2	10	79912	79921	20 %	60 %	0 %	20 %	28572250
32	NC_004551	CAAAT	2	10	81757	81766	60 %	20 %	0 %	20 %	28572251
33	NC_004551	TTTTG	2	10	86049	86058	0 %	80 %	20 %	0 %	28572255
34	NC_004551	GACTG	2	10	88447	88456	20 %	20 %	40 %	20 %	28572257
35	NC_004551	AGGCA	2	10	89132	89141	40 %	0 %	40 %	20 %	28572258
36	NC_004551	TCAGA	2	10	89607	89616	40 %	20 %	20 %	20 %	28572258
37	NC_004551	CAGAG	2	10	89937	89946	40 %	0 %	40 %	20 %	28572258
38	NC_004551	TGCGC	2	10	91857	91866	0 %	20 %	40 %	40 %	28572259
39	NC_004551	TGAAT	2	10	92602	92611	40 %	40 %	20 %	0 %	28572259
40	NC_004551	GCGCT	2	10	95795	95804	0 %	20 %	40 %	40 %	28572263
41	NC_004551	AAATG	2	10	97078	97087	60 %	20 %	20 %	0 %	28572264
42	NC_004551	ACAAG	2	10	98317	98326	60 %	0 %	20 %	20 %	28572265
43	NC_004551	TACAT	2	10	98533	98542	40 %	40 %	0 %	20 %	28572265
44	NC_004551	AGCGT	2	10	99745	99754	20 %	20 %	40 %	20 %	28572266
45	NC_004551	CTGTG	2	10	99846	99855	0 %	40 %	40 %	20 %	28572266
46	NC_004551	TATTG	2	10	100452	100461	20 %	60 %	20 %	0 %	28572267
47	NC_004551	GAATT	2	10	111729	111738	40 %	40 %	20 %	0 %	28572276
48	NC_004551	GTTTT	2	10	112774	112783	0 %	80 %	20 %	0 %	28572276
49	NC_004551	ATGCC	2	10	118349	118358	20 %	20 %	20 %	40 %	28572279
50	NC_004551	AGGTG	2	10	119917	119926	20 %	20 %	60 %	0 %	28572279
51	NC_004551	TGGTG	2	10	121486	121495	0 %	40 %	60 %	0 %	28572279
52	NC_004551	TAGGT	2	10	122207	122216	20 %	40 %	40 %	0 %	28572279
53	NC_004551	GTCTG	2	10	122786	122795	0 %	40 %	40 %	20 %	28572279
54	NC_004551	TGTTC	2	10	123139	123148	0 %	60 %	20 %	20 %	28572279
55	NC_004551	CAGAA	2	10	124651	124660	60 %	0 %	20 %	20 %	28572279
56	NC_004551	GTGTG	2	10	125585	125594	0 %	40 %	60 %	0 %	28572282
57	NC_004551	TTAGC	2	10	126680	126689	20 %	40 %	20 %	20 %	28572284
58	NC_004551	GTGAT	2	10	131094	131103	20 %	40 %	40 %	0 %	28572287
59	NC_004551	TTTCT	2	10	132652	132661	0 %	80 %	0 %	20 %	28572292
60	NC_004551	TTTTG	2	10	132703	132712	0 %	80 %	20 %	0 %	28572292
61	NC_004551	TTTTG	2	10	133035	133044	0 %	80 %	20 %	0 %	28572292
62	NC_004551	AGGAC	2	10	134779	134788	40 %	0 %	40 %	20 %	28572293
63	NC_004551	GCCGC	2	10	135147	135156	0 %	0 %	40 %	60 %	28572293
64	NC_004551	GCCAT	2	10	138506	138515	20 %	20 %	20 %	40 %	28572295
65	NC_004551	AACTG	2	10	139290	139299	40 %	20 %	20 %	20 %	28572295
66	NC_004551	ATCGT	2	10	142991	143000	20 %	40 %	20 %	20 %	28572298
67	NC_004551	TATTG	2	10	143897	143906	20 %	60 %	20 %	0 %	28572298
68	NC_004551	TTATT	2	10	145866	145875	20 %	80 %	0 %	0 %	28572299
69	NC_004551	CTTTC	2	10	151522	151531	0 %	60 %	0 %	40 %	28572302
70	NC_004551	CAGCA	2	10	155016	155025	40 %	0 %	20 %	40 %	28572306
71	NC_004551	GCTCA	2	10	156029	156038	20 %	20 %	20 %	40 %	28572307
72	NC_004551	CAATG	2	10	158756	158765	40 %	20 %	20 %	20 %	28572308
73	NC_004551	ATCAA	2	10	162408	162417	60 %	20 %	0 %	20 %	28572311
74	NC_004551	ACAAA	2	10	182119	182128	80 %	0 %	0 %	20 %	28572320
75	NC_004551	ACAGA	2	10	184457	184466	60 %	0 %	20 %	20 %	28572321
76	NC_004551	TGTAA	2	10	185306	185315	40 %	40 %	20 %	0 %	28572321
77	NC_004551	CCCCA	2	10	188354	188363	20 %	0 %	0 %	80 %	28572322
78	NC_004551	ACAAA	2	10	194030	194039	80 %	0 %	0 %	20 %	28572324
79	NC_004551	GTAAT	2	10	194937	194946	40 %	40 %	20 %	0 %	28572324
80	NC_004551	GAACC	2	10	195975	195984	40 %	0 %	20 %	40 %	28572324
81	NC_004551	CTGCG	2	10	201044	201053	0 %	20 %	40 %	40 %	28572326
82	NC_004551	CTTCG	2	10	202646	202655	0 %	40 %	20 %	40 %	28572327
83	NC_004551	GGCAG	2	10	205850	205859	20 %	0 %	60 %	20 %	28572329
84	NC_004551	AGGGC	2	10	206840	206849	20 %	0 %	60 %	20 %	28572329
85	NC_004551	ACCCA	2	10	209263	209272	40 %	0 %	0 %	60 %	28572331
86	NC_004551	TATGG	2	10	213923	213932	20 %	40 %	40 %	0 %	28572334
87	NC_004551	GAGGC	2	10	219891	219900	20 %	0 %	60 %	20 %	28572339
88	NC_004551	TCAGT	2	10	220676	220685	20 %	40 %	20 %	20 %	28572340
89	NC_004551	TCGCT	2	10	221194	221203	0 %	40 %	20 %	40 %	28572341
90	NC_004551	GATGC	2	10	222207	222216	20 %	20 %	40 %	20 %	28572342
91	NC_004551	GCCCT	2	10	223588	223597	0 %	20 %	20 %	60 %	28572343
92	NC_004551	CTATT	2	10	225818	225827	20 %	60 %	0 %	20 %	28572346
93	NC_004551	AGAAA	2	10	228193	228202	80 %	0 %	20 %	0 %	28572349
94	NC_004551	GCCCT	2	10	230432	230441	0 %	20 %	20 %	60 %	28572352
95	NC_004551	CTTTT	2	10	237266	237275	0 %	80 %	0 %	20 %	28572359
96	NC_004551	TTGCT	2	10	238486	238495	0 %	60 %	20 %	20 %	28572360
97	NC_004551	ACTGG	2	10	238979	238988	20 %	20 %	40 %	20 %	28572360
98	NC_004551	AACCG	2	10	240303	240312	40 %	0 %	20 %	40 %	28572362
99	NC_004551	TTGCT	2	10	241808	241817	0 %	60 %	20 %	20 %	28572363
100	NC_004551	AGGGG	2	10	242304	242313	20 %	0 %	80 %	0 %	28572364
101	NC_004551	CGCGT	2	10	244243	244252	0 %	20 %	40 %	40 %	28572367
102	NC_004551	TCGCA	2	10	244467	244476	20 %	20 %	20 %	40 %	28572367
103	NC_004551	AGTTT	2	10	251890	251899	20 %	60 %	20 %	0 %	28572383
104	NC_004551	GACGG	2	10	251928	251937	20 %	0 %	60 %	20 %	28572383
105	NC_004551	GGCCA	2	10	253347	253356	20 %	0 %	40 %	40 %	28572385
106	NC_004551	GTTGA	2	10	255916	255925	20 %	40 %	40 %	0 %	28572388
107	NC_004551	AGCTG	2	10	257916	257925	20 %	20 %	40 %	20 %	28572392
108	NC_004551	TCCCG	2	10	258441	258450	0 %	20 %	20 %	60 %	28572393
109	NC_004551	AGTAC	2	10	259079	259088	40 %	20 %	20 %	20 %	28572394
110	NC_004551	TTACA	2	10	259221	259230	40 %	40 %	0 %	20 %	28572394
111	NC_004551	TCACA	2	10	259979	259988	40 %	20 %	0 %	40 %	28572395
112	NC_004551	CAAAA	2	10	272506	272515	80 %	0 %	0 %	20 %	28572404
113	NC_004551	GCTGT	2	10	273241	273250	0 %	40 %	40 %	20 %	28572404
114	NC_004551	GGTTG	2	10	273486	273495	0 %	40 %	60 %	0 %	28572404
115	NC_004551	ACATC	2	10	274653	274662	40 %	20 %	0 %	40 %	28572405
116	NC_004551	GATCT	2	10	276489	276498	20 %	40 %	20 %	20 %	28572406
117	NC_004551	CTTTT	2	10	278055	278064	0 %	80 %	0 %	20 %	28572409
118	NC_004551	AGAAA	2	10	279560	279569	80 %	0 %	20 %	0 %	28572411
119	NC_004551	ATGCG	2	10	280476	280485	20 %	20 %	40 %	20 %	28572411
120	NC_004551	GGCCC	2	10	281295	281304	0 %	0 %	40 %	60 %	28572411
121	NC_004551	ATTCA	2	10	282036	282045	40 %	40 %	0 %	20 %	28572411
122	NC_004551	TGCCG	2	10	283056	283065	0 %	20 %	40 %	40 %	28572412
123	NC_004551	ACAGG	2	10	284319	284328	40 %	0 %	40 %	20 %	28572413
124	NC_004551	CGCAA	2	10	288278	288287	40 %	0 %	20 %	40 %	28572417
125	NC_004551	TTGCG	2	10	291350	291359	0 %	40 %	40 %	20 %	28572419
126	NC_004551	TGGCA	2	10	298372	298381	20 %	20 %	40 %	20 %	28572423
127	NC_004551	CAAAT	2	10	298523	298532	60 %	20 %	0 %	20 %	28572423
128	NC_004551	GTCAA	2	10	302327	302336	40 %	20 %	20 %	20 %	28572427
129	NC_004551	CAGAT	2	10	303086	303095	40 %	20 %	20 %	20 %	28572427
130	NC_004551	CAAGG	2	10	306269	306278	40 %	0 %	40 %	20 %	28572428
131	NC_004551	ATGTC	2	10	308467	308476	20 %	40 %	20 %	20 %	28572429
132	NC_004551	GTGTA	2	10	313054	313063	20 %	40 %	40 %	0 %	28572434
133	NC_004551	AAGCG	2	10	314376	314385	40 %	0 %	40 %	20 %	28572436
134	NC_004551	CGCTT	2	10	316675	316684	0 %	40 %	20 %	40 %	28572437
135	NC_004551	CGAAT	2	10	316909	316918	40 %	20 %	20 %	20 %	28572437
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401	NC_004551	AGGTG	2	10	876726	876735	20 %	20 %	60 %	0 %	28572917
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.