MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Bradyrhizobium japonicum USDA 110 chromosome

Total Repeats: 7329

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004463	GGTGG	2	10	3651	3660	0 %	20 %	80 %	0 %	27375114
2	NC_004463	CGCGG	2	10	6270	6279	0 %	0 %	60 %	40 %	27375118
3	NC_004463	GCCGC	2	10	7350	7359	0 %	0 %	40 %	60 %	27375118
4	NC_004463	CATCG	2	10	9156	9165	20 %	20 %	20 %	40 %	27375120
5	NC_004463	CCCGC	2	10	9852	9861	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
6	NC_004463	CTCGT	2	10	10082	10091	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
7	NC_004463	GACGG	2	10	10923	10932	20 %	0 %	60 %	20 %	27375122
8	NC_004463	GCTGG	2	10	11219	11228	0 %	20 %	60 %	20 %	27375122
9	NC_004463	GATCG	2	10	11611	11620	20 %	20 %	40 %	20 %	27375123
10	NC_004463	AACTC	2	10	13095	13104	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
11	NC_004463	CGTCA	2	10	14583	14592	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
12	NC_004463	CCTTG	2	10	15145	15154	0 %	40 %	20 %	40 %	27375129
13	NC_004463	AGCGC	2	10	17504	17513	20 %	0 %	40 %	40 %	27375131
14	NC_004463	GGGCG	2	10	19499	19508	0 %	0 %	80 %	20 %	27375132
15	NC_004463	TCGCC	2	10	19537	19546	0 %	20 %	20 %	60 %	27375132
16	NC_004463	AGCGC	2	10	19905	19914	20 %	0 %	40 %	40 %	27375132
17	NC_004463	AGTCG	2	10	21707	21716	20 %	20 %	40 %	20 %	27375133
18	NC_004463	ACGCA	2	10	22309	22318	40 %	0 %	20 %	40 %	27375134
19	NC_004463	CCGCA	2	10	22401	22410	20 %	0 %	20 %	60 %	27375134
20	NC_004463	GCAAC	2	10	23543	23552	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
21	NC_004463	CAACC	2	10	23749	23758	40 %	0 %	0 %	60 %	27375135
22	NC_004463	GCTGG	2	10	25278	25287	0 %	20 %	60 %	20 %	27375136
23	NC_004463	TAAGA	2	10	26612	26621	60 %	20 %	20 %	0 %	27375137
24	NC_004463	CGGCT	2	10	26667	26676	0 %	20 %	40 %	40 %	27375137
25	NC_004463	GAGCG	2	10	27672	27681	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
26	NC_004463	GCGAC	2	10	29111	29120	20 %	0 %	40 %	40 %	27375139
27	NC_004463	GCGCG	2	10	29761	29770	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
28	NC_004463	GCGCG	2	10	36339	36348	0 %	0 %	60 %	40 %	27375152
29	NC_004463	GTCTT	2	10	38485	38494	0 %	60 %	20 %	20 %	27375154
30	NC_004463	GGCCG	2	10	41032	41041	0 %	0 %	60 %	40 %	27375155
31	NC_004463	ATTCC	2	10	45373	45382	20 %	40 %	0 %	40 %	27375162
32	NC_004463	GCGAC	2	10	45866	45875	20 %	0 %	40 %	40 %	27375162
33	NC_004463	AGACC	2	10	47197	47206	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
34	NC_004463	ATCGC	2	10	47622	47631	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_004463	ATCTG	2	10	48075	48084	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_004463	GGCGC	2	10	48275	48284	0 %	0 %	60 %	40 %	27375167
37	NC_004463	TCGTC	2	10	48461	48470	0 %	40 %	20 %	40 %	27375167
38	NC_004463	GAGAA	2	10	49694	49703	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
39	NC_004463	TCGGC	2	10	49898	49907	0 %	20 %	40 %	40 %	27375169
40	NC_004463	ATGAA	2	10	50434	50443	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_004463	ATCGC	2	10	50996	51005	20 %	20 %	20 %	40 %	27375171
42	NC_004463	GCCGA	2	10	52400	52409	20 %	0 %	40 %	40 %	27375173
43	NC_004463	GCATC	2	10	53119	53128	20 %	20 %	20 %	40 %	27375174
44	NC_004463	GGCGT	2	10	53486	53495	0 %	20 %	60 %	20 %	27375174
45	NC_004463	GATTT	2	10	53592	53601	20 %	60 %	20 %	0 %	27375174
46	NC_004463	CGCAG	2	10	54017	54026	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
47	NC_004463	CGATC	2	10	55607	55616	20 %	20 %	20 %	40 %	27375176
48	NC_004463	AGCGC	2	10	57529	57538	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
49	NC_004463	GCTCG	2	10	58431	58440	0 %	20 %	40 %	40 %	27375177
50	NC_004463	CTTGA	2	10	59152	59161	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
51	NC_004463	GTTGA	2	10	60196	60205	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
52	NC_004463	TCGGT	2	10	61812	61821	0 %	40 %	40 %	20 %	27375180
53	NC_004463	CGATC	2	10	64862	64871	20 %	20 %	20 %	40 %	27375185
54	NC_004463	CGAAG	2	10	65243	65252	40 %	0 %	40 %	20 %	27375185
55	NC_004463	GACCG	2	10	68128	68137	20 %	0 %	40 %	40 %	27375187
56	NC_004463	TTTTC	2	10	70994	71003	0 %	80 %	0 %	20 %	27375190
57	NC_004463	GATCG	2	10	73108	73117	20 %	20 %	40 %	20 %	27375191
58	NC_004463	GGTGC	2	10	76371	76380	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
59	NC_004463	GCCGG	2	10	76944	76953	0 %	0 %	60 %	40 %	27375194
60	NC_004463	CGCGG	2	10	79759	79768	0 %	0 %	60 %	40 %	27375196
61	NC_004463	TTCCG	2	10	79817	79826	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
62	NC_004463	CGCAT	2	10	80616	80625	20 %	20 %	20 %	40 %	27375198
63	NC_004463	GCCGA	2	10	81264	81273	20 %	0 %	40 %	40 %	27375199
64	NC_004463	TGGCC	2	10	81637	81646	0 %	20 %	40 %	40 %	27375199
65	NC_004463	TTTCC	2	10	82143	82152	0 %	60 %	0 %	40 %	27375200
66	NC_004463	CGCCA	2	10	83409	83418	20 %	0 %	20 %	60 %	27375201
67	NC_004463	GTCAC	2	10	87464	87473	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
68	NC_004463	CGGCT	2	10	88117	88126	0 %	20 %	40 %	40 %	27375206
69	NC_004463	CAACT	2	10	89530	89539	40 %	20 %	0 %	40 %	27375206
70	NC_004463	CGCGC	2	10	90013	90022	0 %	0 %	40 %	60 %	27375207
71	NC_004463	GCGGG	2	10	91246	91255	0 %	0 %	80 %	20 %	27375207
72	NC_004463	CGTCC	2	10	92297	92306	0 %	20 %	20 %	60 %	27375208
73	NC_004463	GTCCG	2	10	95261	95270	0 %	20 %	40 %	40 %	27375210
74	NC_004463	TGCAG	2	10	95918	95927	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
75	NC_004463	TCGCC	2	10	97534	97543	0 %	20 %	20 %	60 %	27375212
76	NC_004463	ACGCG	2	10	99039	99048	20 %	0 %	40 %	40 %	27375213
77	NC_004463	GCACC	2	10	107490	107499	20 %	0 %	20 %	60 %	27375220
78	NC_004463	GCGCT	2	10	108211	108220	0 %	20 %	40 %	40 %	27375221
79	NC_004463	GCCGC	2	10	110158	110167	0 %	0 %	40 %	60 %	27375223
80	NC_004463	GGCGA	2	10	111186	111195	20 %	0 %	60 %	20 %	27375224
81	NC_004463	CCCAG	2	10	111232	111241	20 %	0 %	20 %	60 %	27375224
82	NC_004463	GCGCC	2	10	111796	111805	0 %	0 %	40 %	60 %	27375224
83	NC_004463	GCACG	2	10	113902	113911	20 %	0 %	40 %	40 %	27375226
84	NC_004463	ACATC	2	10	115568	115577	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
85	NC_004463	GCCCC	2	10	116365	116374	0 %	0 %	20 %	80 %	27375228
86	NC_004463	GCCGC	2	10	116947	116956	0 %	0 %	40 %	60 %	27375229
87	NC_004463	AGGAA	2	10	119414	119423	60 %	0 %	40 %	0 %	27375233
88	NC_004463	GGCCG	2	10	120633	120642	0 %	0 %	60 %	40 %	27375235
89	NC_004463	GGCTC	2	10	121818	121827	0 %	20 %	40 %	40 %	27375236
90	NC_004463	AGCAG	2	10	122393	122402	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
91	NC_004463	TGCGC	2	10	122438	122447	0 %	20 %	40 %	40 %	27375237
92	NC_004463	CACCG	2	10	123860	123869	20 %	0 %	20 %	60 %	27375239
93	NC_004463	CATCG	2	10	124178	124187	20 %	20 %	20 %	40 %	27375239
94	NC_004463	ACCCG	2	10	124365	124374	20 %	0 %	20 %	60 %	27375240
95	NC_004463	GCCGG	2	10	125200	125209	0 %	0 %	60 %	40 %	27375241
96	NC_004463	TCGGC	2	10	125873	125882	0 %	20 %	40 %	40 %	27375242
97	NC_004463	CGGCG	2	10	126426	126435	0 %	0 %	60 %	40 %	27375242
98	NC_004463	GCGTC	2	10	127325	127334	0 %	20 %	40 %	40 %	27375243
99	NC_004463	CAGCG	2	10	127690	127699	20 %	0 %	40 %	40 %	27375243
100	NC_004463	CGCTT	2	10	128973	128982	0 %	40 %	20 %	40 %	27375244
101	NC_004463	TGCTC	2	10	129352	129361	0 %	40 %	20 %	40 %	27375245
102	NC_004463	CGCGA	2	10	130157	130166	20 %	0 %	40 %	40 %	27375245
103	NC_004463	TCGCC	2	10	132771	132780	0 %	20 %	20 %	60 %	27375249
104	NC_004463	CTGGC	2	10	133439	133448	0 %	20 %	40 %	40 %	27375249
105	NC_004463	TTCGG	2	10	133457	133466	0 %	40 %	40 %	20 %	27375249
106	NC_004463	GGCGC	2	10	133506	133515	0 %	0 %	60 %	40 %	27375249
107	NC_004463	CGATC	2	10	133586	133595	20 %	20 %	20 %	40 %	27375250
108	NC_004463	CGACG	2	10	133840	133849	20 %	0 %	40 %	40 %	27375250
109	NC_004463	GCCCT	2	10	135756	135765	0 %	20 %	20 %	60 %	27375252
110	NC_004463	CACGG	2	10	137589	137598	20 %	0 %	40 %	40 %	27375252
111	NC_004463	CGGCC	2	10	137966	137975	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
112	NC_004463	ACGAA	2	10	138216	138225	60 %	0 %	20 %	20 %	27375253
113	NC_004463	TCGCC	2	10	138915	138924	0 %	20 %	20 %	60 %	27375254
114	NC_004463	TTCGC	2	10	139725	139734	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
115	NC_004463	ATCGA	2	10	140187	140196	40 %	20 %	20 %	20 %	27375255
116	NC_004463	TGGCC	2	10	140521	140530	0 %	20 %	40 %	40 %	27375255
117	NC_004463	GGATC	2	10	141276	141285	20 %	20 %	40 %	20 %	27375256
118	NC_004463	CGGGC	2	10	142123	142132	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
119	NC_004463	CGGCA	2	10	143385	143394	20 %	0 %	40 %	40 %	27375257
120	NC_004463	AGCGT	2	10	143733	143742	20 %	20 %	40 %	20 %	27375257
121	NC_004463	CAGCG	2	10	148908	148917	20 %	0 %	40 %	40 %	27375262
122	NC_004463	GCTTG	2	10	151915	151924	0 %	40 %	40 %	20 %	27375266
123	NC_004463	CGACG	2	10	152488	152497	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
124	NC_004463	CTTCG	2	10	152810	152819	0 %	40 %	20 %	40 %	27375267
125	NC_004463	GCGCG	2	10	152829	152838	0 %	0 %	60 %	40 %	27375267
126	NC_004463	CAGCG	2	10	154417	154426	20 %	0 %	40 %	40 %	27375270
127	NC_004463	GCCGC	2	10	157154	157163	0 %	0 %	40 %	60 %	27375270
128	NC_004463	CAAAA	2	10	158289	158298	80 %	0 %	0 %	20 %	27375271
129	NC_004463	CGCTC	2	10	158389	158398	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
130	NC_004463	CTTGC	2	10	159283	159292	0 %	40 %	20 %	40 %	27375272
131	NC_004463	TGCGT	2	10	161675	161684	0 %	40 %	40 %	20 %	27375276
132	NC_004463	CGCCC	2	10	161829	161838	0 %	0 %	20 %	80 %	27375276
133	NC_004463	TTCCG	2	10	161904	161913	0 %	40 %	20 %	40 %	27375276
134	NC_004463	TCGCC	2	10	162091	162100	0 %	20 %	20 %	60 %	27375276
135	NC_004463	GGCGA	2	10	162200	162209	20 %	0 %	60 %	20 %	27375276
136	NC_004463	ATGAA	2	10	162401	162410	60 %	20 %	20 %	0 %	27375277
137	NC_004463	GCGCC	2	10	163620	163629	0 %	0 %	40 %	60 %	27375277
138	NC_004463	CTTTT	2	10	164255	164264	0 %	80 %	0 %	20 %	27375278
139	NC_004463	CGCGG	2	10	164792	164801	0 %	0 %	60 %	40 %	27375279
140	NC_004463	TCGGT	2	10	165173	165182	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
141	NC_004463	CCGCG	2	10	165958	165967	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
142	NC_004463	GAACC	2	10	166867	166876	40 %	0 %	20 %	40 %	27375283
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181	NC_004463	CAGCG	2	10	220833	220842	20 %	0 %	40 %	40 %	27375335
182	NC_004463	ATTTG	2	10	222454	222463	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
183	NC_004463	GCGCG	2	10	222834	222843	0 %	0 %	60 %	40 %	27375337
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402	NC_004463	CCGAG	2	10	485454	485463	20 %	0 %	40 %	40 %	27375560
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