MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Bradyrhizobium japonicum USDA 110 chromosome

Total Repeats: 159479

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004463	GCG	2	6	56	61	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_004463	CTT	2	6	71	76	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_004463	GCC	2	6	241	246	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	27375112
4	NC_004463	TCT	2	6	250	255	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	27375112
5	NC_004463	GTC	2	6	303	308	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	27375112
6	NC_004463	GCT	2	6	322	327	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	27375112
7	NC_004463	GCG	2	6	373	378	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	27375112
8	NC_004463	TCC	2	6	440	445	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
9	NC_004463	GAT	2	6	580	585	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	27375113
10	NC_004463	AGC	2	6	611	616	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	27375113
11	NC_004463	CGC	2	6	666	671	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	27375113
12	NC_004463	AGT	2	6	922	927	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	27375113
13	NC_004463	GCC	2	6	934	939	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	27375113
14	NC_004463	GCT	2	6	1015	1020	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	27375113
15	NC_004463	TGC	2	6	1049	1054	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_004463	GGC	2	6	1089	1094	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_004463	GGA	2	6	1150	1155	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_004463	CGG	2	6	1170	1175	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_004463	TTC	2	6	1243	1248	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_004463	GGT	2	6	1372	1377	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_004463	GCT	3	9	1406	1414	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_004463	ATG	2	6	1419	1424	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_004463	CGG	2	6	1428	1433	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_004463	ATG	2	6	1665	1670	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_004463	GTG	2	6	1672	1677	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_004463	CGT	2	6	1854	1859	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_004463	GCA	2	6	1943	1948	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_004463	GGC	2	6	1956	1961	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_004463	CAG	2	6	2012	2017	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_004463	ATC	2	6	2108	2113	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_004463	GAC	2	6	2206	2211	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_004463	GCA	2	6	2425	2430	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_004463	GCG	2	6	2456	2461	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_004463	CGA	2	6	2595	2600	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_004463	AGC	2	6	2633	2638	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_004463	CGG	2	6	2760	2765	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_004463	GGC	2	6	2818	2823	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_004463	TCG	2	6	2884	2889	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_004463	AGA	2	6	2931	2936	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_004463	CGG	2	6	3034	3039	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_004463	CGG	2	6	3100	3105	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	27375114
42	NC_004463	GTC	2	6	3110	3115	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	27375114
43	NC_004463	CAT	2	6	3140	3145	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	27375114
44	NC_004463	TGC	2	6	3345	3350	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	27375114
45	NC_004463	GTC	2	6	3374	3379	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	27375114
46	NC_004463	GGC	2	6	3449	3454	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	27375114
47	NC_004463	ACC	2	6	3516	3521	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	27375114
48	NC_004463	GTC	2	6	3531	3536	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	27375114
49	NC_004463	CTT	2	6	3783	3788	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_004463	TGC	2	6	3888	3893	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_004463	ATG	2	6	3989	3994	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_004463	CGT	2	6	4018	4023	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_004463	GCA	2	6	4085	4090	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_004463	CGA	2	6	4207	4212	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_004463	GCG	2	6	4222	4227	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_004463	CGA	2	6	4253	4258	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	27375115
57	NC_004463	TCG	2	6	4276	4281	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	27375115
58	NC_004463	GTA	2	6	4457	4462	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	27375116
59	NC_004463	CGA	2	6	4510	4515	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	27375116
60	NC_004463	GAA	2	6	4536	4541	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	27375116
61	NC_004463	ATC	2	6	4671	4676	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	27375116
62	NC_004463	GGT	2	6	4732	4737	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	27375116
63	NC_004463	GCC	2	6	4783	4788	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
64	NC_004463	CAA	2	6	4821	4826	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_004463	GAG	2	6	4875	4880	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_004463	CGA	2	6	4919	4924	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_004463	CGC	2	6	5029	5034	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	27375117
68	NC_004463	GAA	2	6	5062	5067	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	27375117
69	NC_004463	CGA	2	6	5097	5102	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	27375117
70	NC_004463	CCT	2	6	5142	5147	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	27375117
71	NC_004463	GAA	2	6	5155	5160	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	27375117
72	NC_004463	GCA	2	6	5238	5243	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	27375117
73	NC_004463	CGA	2	6	5277	5282	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	27375117
74	NC_004463	TCC	2	6	5288	5293	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	27375117
75	NC_004463	GTC	2	6	5326	5331	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	27375117
76	NC_004463	TGA	2	6	5385	5390	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	27375117
77	NC_004463	TCG	2	6	5411	5416	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	27375117
78	NC_004463	TGT	2	6	5457	5462	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	27375117
79	NC_004463	AGC	2	6	5477	5482	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	27375117
80	NC_004463	CAT	3	9	5713	5721	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	27375117
81	NC_004463	GAA	2	6	5797	5802	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	27375117
82	NC_004463	AGC	2	6	5819	5824	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	27375117
83	NC_004463	CCT	2	6	5886	5891	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	27375117
84	NC_004463	CTG	3	9	5908	5916	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	27375117
85	NC_004463	CGT	2	6	5955	5960	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	27375117
86	NC_004463	AGG	2	6	5978	5983	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	27375117
87	NC_004463	CTC	2	6	6054	6059	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	27375117
88	NC_004463	GCT	2	6	6083	6088	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	27375118
89	NC_004463	CGC	2	6	6126	6131	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	27375118
90	NC_004463	AGT	2	6	6155	6160	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	27375118
91	NC_004463	GCA	2	6	6197	6202	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	27375118
92	NC_004463	CGG	2	6	6281	6286	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	27375118
93	NC_004463	CGA	2	6	6293	6298	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	27375118
94	NC_004463	CGT	2	6	6380	6385	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	27375118
95	NC_004463	GAT	2	6	6390	6395	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	27375118
96	NC_004463	GAT	2	6	6543	6548	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	27375118
97	NC_004463	CGC	2	6	6602	6607	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	27375118
98	NC_004463	GCG	2	6	6658	6663	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	27375118
99	NC_004463	GCG	2	6	6799	6804	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	27375118
100	NC_004463	TGA	2	6	6839	6844	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	27375118
101	NC_004463	CTC	2	6	6897	6902	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	27375118
102	NC_004463	CGA	2	6	6933	6938	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	27375118
103	NC_004463	GCA	2	6	6942	6947	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	27375118
104	NC_004463	CTC	2	6	6960	6965	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	27375118
105	NC_004463	GAT	2	6	6971	6976	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	27375118
106	NC_004463	GAC	2	6	7158	7163	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	27375118
107	NC_004463	TCG	2	6	7225	7230	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	27375118
108	NC_004463	CTC	2	6	7305	7310	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	27375118
109	NC_004463	TGG	2	6	7321	7326	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	27375118
110	NC_004463	CCG	3	9	7340	7348	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	27375118
111	NC_004463	GAT	2	6	7413	7418	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	27375118
112	NC_004463	CGC	2	6	7430	7435	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	27375118
113	NC_004463	GCC	3	9	7485	7493	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	27375118
114	NC_004463	CGA	2	6	7529	7534	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	27375118
115	NC_004463	GCC	2	6	7596	7601	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	27375118
116	NC_004463	CAT	2	6	7649	7654	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	27375118
117	NC_004463	CAG	2	6	7776	7781	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	27375118
118	NC_004463	GTC	2	6	7782	7787	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	27375118
119	NC_004463	GAC	2	6	8017	8022	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	27375118
120	NC_004463	CCA	2	6	8212	8217	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
121	NC_004463	AGC	2	6	8306	8311	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_004463	CGA	2	6	8421	8426	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	27375119
123	NC_004463	GCG	2	6	8447	8452	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	27375119
124	NC_004463	CGA	2	6	8511	8516	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	27375119
125	NC_004463	GCC	2	6	8749	8754	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
126	NC_004463	GCC	2	6	8859	8864	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
127	NC_004463	CGG	2	6	8992	8997	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	27375120
128	NC_004463	GCG	3	9	9045	9053	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	27375120
129	NC_004463	CAA	2	6	9141	9146	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	27375120
130	NC_004463	TCA	2	6	9180	9185	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	27375120
131	NC_004463	CCG	2	6	9280	9285	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	27375120
132	NC_004463	CCT	2	6	9348	9353	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	27375120
133	NC_004463	TGC	2	6	9359	9364	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	27375120
134	NC_004463	TTC	2	6	9592	9597	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	27375120
135	NC_004463	AGG	2	6	9643	9648	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	27375120
136	NC_004463	GAA	2	6	9965	9970	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
137	NC_004463	ATC	2	6	10074	10079	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_004463	CGT	2	6	10156	10161	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_004463	GTA	2	6	10210	10215	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
140	NC_004463	TGT	2	6	10238	10243	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
141	NC_004463	CAT	2	6	10273	10278	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_004463	CGC	2	6	10279	10284	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
143	NC_004463	ACG	2	6	10325	10330	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_004463	GCC	2	6	10333	10338	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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158	NC_004463	TGA	2	6	10979	10984	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	27375122
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196	NC_004463	GCA	2	6	13124	13129	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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263	NC_004463	GTT	2	6	17544	17549	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	27375131
264	NC_004463	GCT	2	6	17550	17555	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	27375131
265	NC_004463	CCT	2	6	17570	17575	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	27375131
266	NC_004463	AAC	2	6	17596	17601	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	27375131
267	NC_004463	TCG	2	6	17602	17607	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	27375131
268	NC_004463	AGC	2	6	17608	17613	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	27375131
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270	NC_004463	CCG	2	6	17644	17649	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	27375131
271	NC_004463	CAT	2	6	17661	17666	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	27375131
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277	NC_004463	CGC	2	6	17773	17778	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	27375131
278	NC_004463	TGT	2	6	17828	17833	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	27375131
279	NC_004463	ACC	2	6	17983	17988	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	27375131
280	NC_004463	TCC	2	6	18070	18075	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	27375131
281	NC_004463	CAT	2	6	18165	18170	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	27375131
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283	NC_004463	TGA	2	6	18236	18241	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	27375131
284	NC_004463	ATC	2	6	18322	18327	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	27375131
285	NC_004463	CGC	2	6	18342	18347	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	27375131
286	NC_004463	TGC	2	6	18372	18377	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
287	NC_004463	GAT	2	6	18518	18523	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	27375132
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289	NC_004463	GAT	2	6	18626	18631	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	27375132
290	NC_004463	TCG	2	6	18772	18777	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	27375132
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292	NC_004463	GCT	2	6	19052	19057	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	27375132
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301	NC_004463	CCG	2	6	19522	19527	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	27375132
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312	NC_004463	CAG	2	6	20525	20530	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
313	NC_004463	TAC	2	6	20550	20555	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
314	NC_004463	CTG	2	6	20582	20587	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
315	NC_004463	GGT	2	6	20634	20639	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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318	NC_004463	AGC	2	6	20991	20996	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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320	NC_004463	GCT	2	6	21174	21179	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
321	NC_004463	CGA	2	6	21188	21193	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
322	NC_004463	TGG	2	6	21230	21235	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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358	NC_004463	CAG	3	9	23574	23582	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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391	NC_004463	TTC	2	6	25914	25919	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	27375136
392	NC_004463	GAA	2	6	25962	25967	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	27375136
393	NC_004463	TCG	2	6	25984	25989	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	27375136
394	NC_004463	ATC	2	6	26133	26138	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	27375136
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396	NC_004463	ACC	2	6	26247	26252	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	27375136
397	NC_004463	AAG	2	6	26365	26370	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	27375136
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411	NC_004463	CCG	2	6	27547	27552	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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413	NC_004463	TCC	2	6	27639	27644	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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432	NC_004463	GAA	2	6	29314	29319	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	27375139
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