MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Shewanella oneidensis MR-1 plasmid megaplasmid

Total Repeats: 55

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004349	CCAAAG	2	12	1036	1047	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	24376232
2	NC_004349	TGTATT	2	12	1245	1256	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	24376232
3	NC_004349	TTCATT	2	12	4877	4888	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	24376235
4	NC_004349	AATGAA	2	12	6332	6343	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	118725020
5	NC_004349	TTCAAA	2	12	6646	6657	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	118725020
6	NC_004349	CGTTGT	2	12	14636	14647	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	24376247
7	NC_004349	TTTGGT	2	12	26286	26297	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	24376263
8	NC_004349	AATTTA	2	12	27671	27682	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_004349	ACACGC	2	12	33779	33790	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	118725028
10	NC_004349	ATGTCA	2	12	38879	38890	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_004349	CTTTTG	2	12	40033	40044	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	24376277
12	NC_004349	ATAAAA	2	12	42219	42230	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	24376278
13	NC_004349	TGATGC	2	12	43811	43822	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	24376279
14	NC_004349	GTTTTC	2	12	46459	46470	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_004349	TAGCTT	2	12	48009	48020	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_004349	TTAGTT	2	12	55837	55848	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	24376296
17	NC_004349	CTCTAC	2	12	56991	57002	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	24376297
18	NC_004349	TAATGC	2	12	57861	57872	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	118725033
19	NC_004349	TAAAGC	2	12	63237	63248	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_004349	ACCAAA	2	12	64371	64382	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	24376307
21	NC_004349	TTTGAT	2	12	64715	64726	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_004349	AGTTAA	2	12	64971	64982	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_004349	TATCTT	2	12	68312	68323	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_004349	GCTAAT	2	12	74300	74311	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	24376315
25	NC_004349	CTGCAC	2	12	76180	76191	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	24376317
26	NC_004349	AATGTT	2	12	77642	77653	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_004349	ACTGCA	2	12	77845	77856	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	24376319
28	NC_004349	TTTGGT	2	12	81865	81876	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_004349	ATGGCA	2	12	86890	86901	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	24376324
30	NC_004349	TGAAAA	2	12	89775	89786	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	24376327
31	NC_004349	TGCGGA	2	12	91713	91724	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	24376328
32	NC_004349	TGCGGA	2	12	96230	96241	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	24376329
33	NC_004349	CTTATT	2	12	99282	99293	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_004349	CATTTT	2	12	99442	99453	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	24376330
35	NC_004349	TGCAGG	2	12	99506	99517	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	24376330
36	NC_004349	TGCGGA	2	12	102153	102164	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	24376331
37	NC_004349	TTAATA	2	12	109063	109074	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_004349	TGTAGA	2	12	109464	109475	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	24376337
39	NC_004349	TTTGGT	2	12	114651	114662	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	24376341
40	NC_004349	GCTATA	2	12	116310	116321	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	118725038
41	NC_004349	CTAAAT	2	12	117060	117071	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_004349	GCAAAG	2	12	121967	121978	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_004349	TAAAGA	2	12	123088	123099	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_004349	AATGCT	2	12	128806	128817	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	24376350
45	NC_004349	ACCAAA	2	12	133362	133373	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	24376352
46	NC_004349	AAAAGA	2	12	137731	137742	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	118725041
47	NC_004349	TCGATA	2	12	141140	141151	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	24376361
48	NC_004349	CTTCAC	2	12	142773	142784	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	24376361
49	NC_004349	GTTTAA	2	12	148046	148057	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_004349	ACCTGC	2	12	149222	149233	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	24376369
51	NC_004349	CTGCAC	2	12	150815	150826	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	24376370
52	NC_004349	GCAGAG	2	12	154132	154143	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	24376372
53	NC_004349	AGGCAT	2	12	154776	154787	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	24376372
54	NC_004349	CGTTGT	2	12	156993	157004	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	24376373
55	NC_004349	GCTTTT	2	12	161327	161338	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.