MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Shewanella oneidensis MR-1 plasmid megaplasmid

Total Repeats: 104

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004349	ATGAA	2	10	1870	1879	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_004349	ATTTT	2	10	4329	4338	20 %	80 %	0 %	0 %	24376235
3	NC_004349	TTAGG	2	10	6405	6414	20 %	40 %	40 %	0 %	118725020
4	NC_004349	AAACA	2	10	9297	9306	80 %	0 %	0 %	20 %	24376241
5	NC_004349	ATCAC	2	10	11516	11525	40 %	20 %	0 %	40 %	24376244
6	NC_004349	AAAAT	2	10	11883	11892	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_004349	GGCGT	2	10	12693	12702	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
8	NC_004349	GCGAA	2	10	13594	13603	40 %	0 %	40 %	20 %	24376247
9	NC_004349	AAGCC	2	10	15279	15288	40 %	0 %	20 %	40 %	24376247
10	NC_004349	CCTGG	2	10	15722	15731	0 %	20 %	40 %	40 %	24376247
11	NC_004349	AAGCG	2	10	16102	16111	40 %	0 %	40 %	20 %	24376248
12	NC_004349	AAGCT	2	10	19371	19380	40 %	20 %	20 %	20 %	24376252
13	NC_004349	GTCAC	2	10	19992	20001	20 %	20 %	20 %	40 %	118725023
14	NC_004349	GTGAC	2	10	21819	21828	20 %	20 %	40 %	20 %	118725024
15	NC_004349	TCGCT	2	10	22415	22424	0 %	40 %	20 %	40 %	24376258
16	NC_004349	CCAAA	2	10	22513	22522	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
17	NC_004349	CTTGT	2	10	24473	24482	0 %	60 %	20 %	20 %	24376259
18	NC_004349	AGATT	2	10	26067	26076	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_004349	TCGCT	2	10	28231	28240	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
20	NC_004349	GTCAC	2	10	28815	28824	20 %	20 %	20 %	40 %	118725026
21	NC_004349	TTTCG	2	10	31610	31619	0 %	60 %	20 %	20 %	24376270
22	NC_004349	CAGAC	2	10	32318	32327	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
23	NC_004349	CGTTA	2	10	32731	32740	20 %	40 %	20 %	20 %	24376272
24	NC_004349	TGCCT	2	10	33521	33530	0 %	40 %	20 %	40 %	24376272
25	NC_004349	CAAAA	2	10	34187	34196	80 %	0 %	0 %	20 %	118725028
26	NC_004349	AATCT	2	10	35845	35854	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_004349	TCAGA	2	10	35884	35893	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_004349	AAACC	2	10	41363	41372	60 %	0 %	0 %	40 %	24376278
29	NC_004349	TAAAT	2	10	41650	41659	60 %	40 %	0 %	0 %	24376278
30	NC_004349	CATGG	2	10	42358	42367	20 %	20 %	40 %	20 %	24376278
31	NC_004349	TTAGT	2	10	43033	43042	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_004349	ACAAT	2	10	43982	43991	60 %	20 %	0 %	20 %	24376279
33	NC_004349	TAGTT	2	10	44503	44512	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_004349	GTGAC	2	10	45742	45751	20 %	20 %	40 %	20 %	118725030
35	NC_004349	CTTTG	2	10	46359	46368	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_004349	GTTGA	2	10	46674	46683	20 %	40 %	40 %	0 %	24376284
37	NC_004349	GTTTA	2	10	47044	47053	20 %	60 %	20 %	0 %	24376285
38	NC_004349	GTGAC	2	10	53510	53519	20 %	20 %	40 %	20 %	118725032
39	NC_004349	CATTC	2	10	59932	59941	20 %	40 %	0 %	40 %	24376302
40	NC_004349	TCTTT	2	10	62335	62344	0 %	80 %	0 %	20 %	118725034
41	NC_004349	CCAAC	2	10	63096	63105	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
42	NC_004349	TGATC	2	10	65599	65608	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
43	NC_004349	TCCAA	2	10	67363	67372	40 %	20 %	0 %	40 %	24376310
44	NC_004349	TCTGA	2	10	67591	67600	20 %	40 %	20 %	20 %	24376311
45	NC_004349	GTGAC	2	10	69995	70004	20 %	20 %	40 %	20 %	118725035
46	NC_004349	AACCC	2	10	78786	78795	40 %	0 %	0 %	60 %	24376319
47	NC_004349	TCAGT	2	10	86177	86186	20 %	40 %	20 %	20 %	24376324
48	NC_004349	GCAAG	2	10	86708	86717	40 %	0 %	40 %	20 %	24376324
49	NC_004349	TTTTC	2	10	87148	87157	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_004349	TCTAT	2	10	87265	87274	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_004349	ATGCA	2	10	88819	88828	40 %	20 %	20 %	20 %	24376326
52	NC_004349	GGCAG	2	10	93129	93138	20 %	0 %	60 %	20 %	24376328
53	NC_004349	GGCAG	2	10	93882	93891	20 %	0 %	60 %	20 %	24376328
54	NC_004349	GTAGC	2	10	94253	94262	20 %	20 %	40 %	20 %	24376328
55	NC_004349	AATAA	2	10	94516	94525	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_004349	GGCAG	2	10	97646	97655	20 %	0 %	60 %	20 %	24376329
57	NC_004349	GGCAG	2	10	97772	97781	20 %	0 %	60 %	20 %	24376329
58	NC_004349	GGCAG	2	10	98405	98414	20 %	0 %	60 %	20 %	24376329
59	NC_004349	GTAGC	2	10	98776	98785	20 %	20 %	40 %	20 %	24376329
60	NC_004349	AATAA	2	10	100439	100448	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_004349	GGCAG	2	10	103569	103578	20 %	0 %	60 %	20 %	24376331
62	NC_004349	GGCAG	2	10	103695	103704	20 %	0 %	60 %	20 %	24376331
63	NC_004349	GGCAG	2	10	104328	104337	20 %	0 %	60 %	20 %	24376331
64	NC_004349	GTAGC	2	10	104699	104708	20 %	20 %	40 %	20 %	24376331
65	NC_004349	AGGGG	2	10	105749	105758	20 %	0 %	80 %	0 %	24376333
66	NC_004349	CTGAG	2	10	106159	106168	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
67	NC_004349	CAATC	2	10	106568	106577	40 %	20 %	0 %	40 %	24376334
68	NC_004349	AATCT	2	10	107588	107597	40 %	40 %	0 %	20 %	24376334
69	NC_004349	TCACG	2	10	107801	107810	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
70	NC_004349	GTCGA	2	10	108445	108454	20 %	20 %	40 %	20 %	24376335
71	NC_004349	AAATT	2	10	108914	108923	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_004349	CAAAC	2	10	110552	110561	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
73	NC_004349	CATCA	2	10	112630	112639	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
74	NC_004349	ATTTT	2	10	112797	112806	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_004349	ATCTC	2	10	116831	116840	20 %	40 %	0 %	40 %	24376343
76	NC_004349	CTGAT	2	10	117227	117236	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_004349	GATCA	2	10	118252	118261	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_004349	CGTTG	2	10	119233	119242	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
79	NC_004349	AGAGC	2	10	121921	121930	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
80	NC_004349	CAAGT	2	10	125951	125960	40 %	20 %	20 %	20 %	118725040
81	NC_004349	TATCT	2	10	126342	126351	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_004349	AGAAA	2	10	129550	129559	80 %	0 %	20 %	0 %	24376350
83	NC_004349	ATTGG	2	10	130241	130250	20 %	40 %	40 %	0 %	24376350
84	NC_004349	CAATC	2	10	130898	130907	40 %	20 %	0 %	40 %	24376351
85	NC_004349	AATCT	2	10	131918	131927	40 %	40 %	0 %	20 %	24376351
86	NC_004349	GTCAC	2	10	133840	133849	20 %	20 %	20 %	40 %	24376353
87	NC_004349	TTTAA	2	10	134770	134779	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_004349	ATTAC	2	10	136220	136229	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_004349	CAAAG	2	10	136815	136824	60 %	0 %	20 %	20 %	24376357
90	NC_004349	CACAC	2	10	137771	137780	40 %	0 %	0 %	60 %	118725041
91	NC_004349	ATTTC	2	10	137813	137822	20 %	60 %	0 %	20 %	118725041
92	NC_004349	TTGGG	2	10	137940	137949	0 %	40 %	60 %	0 %	118725041
93	NC_004349	AGATT	2	10	138287	138296	40 %	40 %	20 %	0 %	24376359
94	NC_004349	TATAG	2	10	147223	147232	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_004349	TTATC	2	10	148967	148976	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_004349	TCAAC	2	10	149344	149353	40 %	20 %	0 %	40 %	24376369
97	NC_004349	ATGGC	2	10	150282	150291	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
98	NC_004349	GCGAA	2	10	155951	155960	40 %	0 %	40 %	20 %	24376373
99	NC_004349	AAGCC	2	10	157636	157645	40 %	0 %	20 %	40 %	24376373
100	NC_004349	CCTGG	2	10	158079	158088	0 %	20 %	40 %	40 %	24376373
101	NC_004349	AAGCG	2	10	158459	158468	40 %	0 %	40 %	20 %	24376374
102	NC_004349	AACTC	2	10	160123	160132	40 %	20 %	0 %	40 %	24376377
103	NC_004349	TGCTC	2	10	161245	161254	0 %	40 %	20 %	40 %	24376379
104	NC_004349	AACTA	2	10	161340	161349	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.