MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Shewanella oneidensis MR-1 plasmid megaplasmid

Total Repeats: 69

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004349	ATTTT	2	10	4329	4338	20 %	80 %	0 %	0 %	24376235
2	NC_004349	TTAGG	2	10	6405	6414	20 %	40 %	40 %	0 %	118725020
3	NC_004349	AAACA	2	10	9297	9306	80 %	0 %	0 %	20 %	24376241
4	NC_004349	ATCAC	2	10	11516	11525	40 %	20 %	0 %	40 %	24376244
5	NC_004349	GCGAA	2	10	13594	13603	40 %	0 %	40 %	20 %	24376247
6	NC_004349	AAGCC	2	10	15279	15288	40 %	0 %	20 %	40 %	24376247
7	NC_004349	CCTGG	2	10	15722	15731	0 %	20 %	40 %	40 %	24376247
8	NC_004349	AAGCG	2	10	16102	16111	40 %	0 %	40 %	20 %	24376248
9	NC_004349	AAGCT	2	10	19371	19380	40 %	20 %	20 %	20 %	24376252
10	NC_004349	GTCAC	2	10	19992	20001	20 %	20 %	20 %	40 %	118725023
11	NC_004349	GTGAC	2	10	21819	21828	20 %	20 %	40 %	20 %	118725024
12	NC_004349	TCGCT	2	10	22415	22424	0 %	40 %	20 %	40 %	24376258
13	NC_004349	CTTGT	2	10	24473	24482	0 %	60 %	20 %	20 %	24376259
14	NC_004349	GTCAC	2	10	28815	28824	20 %	20 %	20 %	40 %	118725026
15	NC_004349	TTTCG	2	10	31610	31619	0 %	60 %	20 %	20 %	24376270
16	NC_004349	CGTTA	2	10	32731	32740	20 %	40 %	20 %	20 %	24376272
17	NC_004349	TGCCT	2	10	33521	33530	0 %	40 %	20 %	40 %	24376272
18	NC_004349	CAAAA	2	10	34187	34196	80 %	0 %	0 %	20 %	118725028
19	NC_004349	AAACC	2	10	41363	41372	60 %	0 %	0 %	40 %	24376278
20	NC_004349	TAAAT	2	10	41650	41659	60 %	40 %	0 %	0 %	24376278
21	NC_004349	CATGG	2	10	42358	42367	20 %	20 %	40 %	20 %	24376278
22	NC_004349	ACAAT	2	10	43982	43991	60 %	20 %	0 %	20 %	24376279
23	NC_004349	GTGAC	2	10	45742	45751	20 %	20 %	40 %	20 %	118725030
24	NC_004349	GTTGA	2	10	46674	46683	20 %	40 %	40 %	0 %	24376284
25	NC_004349	GTTTA	2	10	47044	47053	20 %	60 %	20 %	0 %	24376285
26	NC_004349	GTGAC	2	10	53510	53519	20 %	20 %	40 %	20 %	118725032
27	NC_004349	CATTC	2	10	59932	59941	20 %	40 %	0 %	40 %	24376302
28	NC_004349	TCTTT	2	10	62335	62344	0 %	80 %	0 %	20 %	118725034
29	NC_004349	TCCAA	2	10	67363	67372	40 %	20 %	0 %	40 %	24376310
30	NC_004349	TCTGA	2	10	67591	67600	20 %	40 %	20 %	20 %	24376311
31	NC_004349	GTGAC	2	10	69995	70004	20 %	20 %	40 %	20 %	118725035
32	NC_004349	AACCC	2	10	78786	78795	40 %	0 %	0 %	60 %	24376319
33	NC_004349	TCAGT	2	10	86177	86186	20 %	40 %	20 %	20 %	24376324
34	NC_004349	GCAAG	2	10	86708	86717	40 %	0 %	40 %	20 %	24376324
35	NC_004349	ATGCA	2	10	88819	88828	40 %	20 %	20 %	20 %	24376326
36	NC_004349	GGCAG	2	10	93129	93138	20 %	0 %	60 %	20 %	24376328
37	NC_004349	GGCAG	2	10	93882	93891	20 %	0 %	60 %	20 %	24376328
38	NC_004349	GTAGC	2	10	94253	94262	20 %	20 %	40 %	20 %	24376328
39	NC_004349	GGCAG	2	10	97646	97655	20 %	0 %	60 %	20 %	24376329
40	NC_004349	GGCAG	2	10	97772	97781	20 %	0 %	60 %	20 %	24376329
41	NC_004349	GGCAG	2	10	98405	98414	20 %	0 %	60 %	20 %	24376329
42	NC_004349	GTAGC	2	10	98776	98785	20 %	20 %	40 %	20 %	24376329
43	NC_004349	GGCAG	2	10	103569	103578	20 %	0 %	60 %	20 %	24376331
44	NC_004349	GGCAG	2	10	103695	103704	20 %	0 %	60 %	20 %	24376331
45	NC_004349	GGCAG	2	10	104328	104337	20 %	0 %	60 %	20 %	24376331
46	NC_004349	GTAGC	2	10	104699	104708	20 %	20 %	40 %	20 %	24376331
47	NC_004349	AGGGG	2	10	105749	105758	20 %	0 %	80 %	0 %	24376333
48	NC_004349	CAATC	2	10	106568	106577	40 %	20 %	0 %	40 %	24376334
49	NC_004349	AATCT	2	10	107588	107597	40 %	40 %	0 %	20 %	24376334
50	NC_004349	GTCGA	2	10	108445	108454	20 %	20 %	40 %	20 %	24376335
51	NC_004349	ATCTC	2	10	116831	116840	20 %	40 %	0 %	40 %	24376343
52	NC_004349	CAAGT	2	10	125951	125960	40 %	20 %	20 %	20 %	118725040
53	NC_004349	AGAAA	2	10	129550	129559	80 %	0 %	20 %	0 %	24376350
54	NC_004349	ATTGG	2	10	130241	130250	20 %	40 %	40 %	0 %	24376350
55	NC_004349	CAATC	2	10	130898	130907	40 %	20 %	0 %	40 %	24376351
56	NC_004349	AATCT	2	10	131918	131927	40 %	40 %	0 %	20 %	24376351
57	NC_004349	GTCAC	2	10	133840	133849	20 %	20 %	20 %	40 %	24376353
58	NC_004349	CAAAG	2	10	136815	136824	60 %	0 %	20 %	20 %	24376357
59	NC_004349	CACAC	2	10	137771	137780	40 %	0 %	0 %	60 %	118725041
60	NC_004349	ATTTC	2	10	137813	137822	20 %	60 %	0 %	20 %	118725041
61	NC_004349	TTGGG	2	10	137940	137949	0 %	40 %	60 %	0 %	118725041
62	NC_004349	AGATT	2	10	138287	138296	40 %	40 %	20 %	0 %	24376359
63	NC_004349	TCAAC	2	10	149344	149353	40 %	20 %	0 %	40 %	24376369
64	NC_004349	GCGAA	2	10	155951	155960	40 %	0 %	40 %	20 %	24376373
65	NC_004349	AAGCC	2	10	157636	157645	40 %	0 %	20 %	40 %	24376373
66	NC_004349	CCTGG	2	10	158079	158088	0 %	20 %	40 %	40 %	24376373
67	NC_004349	AAGCG	2	10	158459	158468	40 %	0 %	40 %	20 %	24376374
68	NC_004349	AACTC	2	10	160123	160132	40 %	20 %	0 %	40 %	24376377
69	NC_004349	TGCTC	2	10	161245	161254	0 %	40 %	20 %	40 %	24376379

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.