MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Shewanella oneidensis MR-1 chromosome

Total Repeats: 3000

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004347	AATAC	2	10	1204	1213	60 %	20 %	0 %	20 %	24371602
2	NC_004347	CTGCG	2	10	2065	2074	0 %	20 %	40 %	40 %	24371602
3	NC_004347	CATAA	2	10	4326	4335	60 %	20 %	0 %	20 %	24371604
4	NC_004347	CCAAA	2	10	7172	7181	60 %	0 %	0 %	40 %	24371608
5	NC_004347	AGCTT	2	10	13097	13106	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_004347	GCTCG	2	10	13235	13244	0 %	20 %	40 %	40 %	24371612
7	NC_004347	TTTTG	2	10	13523	13532	0 %	80 %	20 %	0 %	24371612
8	NC_004347	TAATG	2	10	14020	14029	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_004347	GCTGA	2	10	17008	17017	20 %	20 %	40 %	20 %	24371614
10	NC_004347	TGGCG	2	10	17369	17378	0 %	20 %	60 %	20 %	24371615
11	NC_004347	ATAAA	2	10	23245	23254	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_004347	ATTTT	2	10	29474	29483	20 %	80 %	0 %	0 %	24371624
13	NC_004347	CAATT	2	10	29937	29946	40 %	40 %	0 %	20 %	24371624
14	NC_004347	TTCGA	2	10	30244	30253	20 %	40 %	20 %	20 %	24371624
15	NC_004347	GCTAT	2	10	30485	30494	20 %	40 %	20 %	20 %	24371624
16	NC_004347	AGCGC	2	10	32794	32803	20 %	0 %	40 %	40 %	24371628
17	NC_004347	CTTTG	2	10	33511	33520	0 %	60 %	20 %	20 %	24371628
18	NC_004347	ATTTA	2	10	38238	38247	40 %	60 %	0 %	0 %	24371633
19	NC_004347	CGAAA	2	10	39791	39800	60 %	0 %	20 %	20 %	414561720
20	NC_004347	GGTTG	2	10	40210	40219	0 %	40 %	60 %	0 %	414561720
21	NC_004347	CGTGG	2	10	42695	42704	0 %	20 %	60 %	20 %	24371638
22	NC_004347	TCAAC	2	10	44309	44318	40 %	20 %	0 %	40 %	24371640
23	NC_004347	CAGGT	2	10	45573	45582	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
24	NC_004347	AAGGG	2	10	47711	47720	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
25	NC_004347	AGTCG	2	10	49055	49064	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
26	NC_004347	AGGCT	2	10	49384	49393	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
27	NC_004347	ATCCC	2	10	51090	51099	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
28	NC_004347	GTTAA	2	10	51200	51209	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_004347	TCCGC	2	10	51276	51285	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
30	NC_004347	GCACC	2	10	56805	56814	20 %	0 %	20 %	60 %	24371649
31	NC_004347	GGGCT	2	10	57302	57311	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
32	NC_004347	GATAG	2	10	58085	58094	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
33	NC_004347	AAGTT	2	10	58229	58238	40 %	40 %	20 %	0 %	24371652
34	NC_004347	GTTGG	2	10	62216	62225	0 %	40 %	60 %	0 %	414561724
35	NC_004347	TGAAG	2	10	63174	63183	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
36	NC_004347	TGGTG	2	10	66042	66051	0 %	40 %	60 %	0 %	24371658
37	NC_004347	CATTT	2	10	66358	66367	20 %	60 %	0 %	20 %	24371658
38	NC_004347	GCGCG	2	10	67891	67900	0 %	0 %	60 %	40 %	24371660
39	NC_004347	TTGGG	2	10	70723	70732	0 %	40 %	60 %	0 %	24371663
40	NC_004347	CTGCG	2	10	70882	70891	0 %	20 %	40 %	40 %	24371663
41	NC_004347	TTTTC	2	10	71853	71862	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_004347	TCAAT	2	10	75559	75568	40 %	40 %	0 %	20 %	24371666
43	NC_004347	TGGCA	2	10	83417	83426	20 %	20 %	40 %	20 %	24371671
44	NC_004347	GCCGA	2	10	83479	83488	20 %	0 %	40 %	40 %	24371671
45	NC_004347	CGCAA	2	10	84207	84216	40 %	0 %	20 %	40 %	24371671
46	NC_004347	CAAGC	2	10	84656	84665	40 %	0 %	20 %	40 %	24371672
47	NC_004347	AGCGA	2	10	85576	85585	40 %	0 %	40 %	20 %	24371673
48	NC_004347	TGTGC	2	10	87780	87789	0 %	40 %	40 %	20 %	414561725
49	NC_004347	TCGAT	2	10	90836	90845	20 %	40 %	20 %	20 %	24371676
50	NC_004347	ATTGA	2	10	92261	92270	40 %	40 %	20 %	0 %	24371678
51	NC_004347	TCGGT	2	10	92527	92536	0 %	40 %	40 %	20 %	24371678
52	NC_004347	GTGGC	2	10	95582	95591	0 %	20 %	60 %	20 %	24371684
53	NC_004347	GAGTT	2	10	96748	96757	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
54	NC_004347	AATAA	2	10	99458	99467	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_004347	TTAAG	2	10	100205	100214	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_004347	CCGTT	2	10	105875	105884	0 %	40 %	20 %	40 %	24371697
57	NC_004347	AAAAC	2	10	107728	107737	80 %	0 %	0 %	20 %	24371698
58	NC_004347	GCTGG	2	10	109923	109932	0 %	20 %	60 %	20 %	24371701
59	NC_004347	TGCCA	2	10	111402	111411	20 %	20 %	20 %	40 %	24371701
60	NC_004347	GAATG	2	10	111867	111876	40 %	20 %	40 %	0 %	24371702
61	NC_004347	GATGT	2	10	112919	112928	20 %	40 %	40 %	0 %	24371703
62	NC_004347	TATCA	2	10	114946	114955	40 %	40 %	0 %	20 %	24371705
63	NC_004347	GCTCA	2	10	116766	116775	20 %	20 %	20 %	40 %	414561729
64	NC_004347	GTAAG	2	10	117433	117442	40 %	20 %	40 %	0 %	414561729
65	NC_004347	GGCGG	2	10	118105	118114	0 %	0 %	80 %	20 %	24371707
66	NC_004347	ATGAC	2	10	118742	118751	40 %	20 %	20 %	20 %	24371708
67	NC_004347	AAATA	2	10	120232	120241	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_004347	TTTAA	2	10	121731	121740	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_004347	CAGCG	2	10	123137	123146	20 %	0 %	40 %	40 %	24371712
70	NC_004347	CCAAG	2	10	123280	123289	40 %	0 %	20 %	40 %	414561730
71	NC_004347	GCAAG	2	10	125766	125775	40 %	0 %	40 %	20 %	24371715
72	NC_004347	GCAAG	2	10	126922	126931	40 %	0 %	40 %	20 %	24371716
73	NC_004347	AGATA	2	10	132977	132986	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_004347	CGACT	2	10	133790	133799	20 %	20 %	20 %	40 %	24371726
75	NC_004347	TAGGA	2	10	134330	134339	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
76	NC_004347	TCAAT	2	10	136132	136141	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_004347	TTATT	2	10	136674	136683	20 %	80 %	0 %	0 %	24371729
78	NC_004347	ATTGA	2	10	140595	140604	40 %	40 %	20 %	0 %	24371731
79	NC_004347	CAAAG	2	10	141340	141349	60 %	0 %	20 %	20 %	414561734
80	NC_004347	ATTTC	2	10	143419	143428	20 %	60 %	0 %	20 %	24371737
81	NC_004347	GCAGC	2	10	143994	144003	20 %	0 %	40 %	40 %	24371737
82	NC_004347	GCTTG	2	10	144650	144659	0 %	40 %	40 %	20 %	24371738
83	NC_004347	CGGCG	2	10	147394	147403	0 %	0 %	60 %	40 %	24371741
84	NC_004347	TTCAA	2	10	149514	149523	40 %	40 %	0 %	20 %	24371741
85	NC_004347	ATCTA	2	10	149981	149990	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_004347	TGTTA	2	10	151548	151557	20 %	60 %	20 %	0 %	414561735
87	NC_004347	TTTTA	2	10	156575	156584	20 %	80 %	0 %	0 %	414561737
88	NC_004347	ATATT	2	10	159295	159304	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_004347	TTGCT	2	10	161871	161880	0 %	60 %	20 %	20 %	414561738
90	NC_004347	CGCCC	2	10	163296	163305	0 %	0 %	20 %	80 %	24371754
91	NC_004347	GACCA	2	10	164316	164325	40 %	0 %	20 %	40 %	24371757
92	NC_004347	CAAAG	2	10	165682	165691	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
93	NC_004347	GCATT	2	10	165697	165706	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
94	NC_004347	AGTCA	2	10	166504	166513	40 %	20 %	20 %	20 %	24371760
95	NC_004347	ATTGG	2	10	166702	166711	20 %	40 %	40 %	0 %	24371760
96	NC_004347	CGCCA	2	10	166929	166938	20 %	0 %	20 %	60 %	24371760
97	NC_004347	TTAAT	2	10	167875	167884	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_004347	TATCC	2	10	169724	169733	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
99	NC_004347	TTGCA	2	10	169885	169894	20 %	40 %	20 %	20 %	24371763
100	NC_004347	TGGTT	2	10	171853	171862	0 %	60 %	40 %	0 %	24371765
101	NC_004347	GTTGA	2	10	173060	173069	20 %	40 %	40 %	0 %	24371766
102	NC_004347	GGTGA	2	10	173537	173546	20 %	20 %	60 %	0 %	24371766
103	NC_004347	GACCC	2	10	174362	174371	20 %	0 %	20 %	60 %	24371766
104	NC_004347	GCTTT	2	10	176147	176156	0 %	60 %	20 %	20 %	24371768
105	NC_004347	TGGTG	2	10	176529	176538	0 %	40 %	60 %	0 %	24371768
106	NC_004347	GATGC	2	10	180713	180722	20 %	20 %	40 %	20 %	24371774
107	NC_004347	GAGTC	2	10	183974	183983	20 %	20 %	40 %	20 %	414561739
108	NC_004347	ATTGA	2	10	184350	184359	40 %	40 %	20 %	0 %	24371780
109	NC_004347	AACAA	2	10	186130	186139	80 %	0 %	0 %	20 %	24371780
110	NC_004347	GTTGT	2	10	187924	187933	0 %	60 %	40 %	0 %	24371783
111	NC_004347	TCCCT	2	10	190133	190142	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
112	NC_004347	GCCTT	2	10	190495	190504	0 %	40 %	20 %	40 %	24371787
113	NC_004347	GAAGG	2	10	191044	191053	40 %	0 %	60 %	0 %	24371787
114	NC_004347	GCAGA	2	10	196208	196217	40 %	0 %	40 %	20 %	24371789
115	NC_004347	ATCGA	2	10	199226	199235	40 %	20 %	20 %	20 %	24371789
116	NC_004347	CGATT	2	10	204433	204442	20 %	40 %	20 %	20 %	24371794
117	NC_004347	CGGCA	2	10	206359	206368	20 %	0 %	40 %	40 %	24371796
118	NC_004347	GTTTT	2	10	206632	206641	0 %	80 %	20 %	0 %	24371796
119	NC_004347	ACGAT	2	10	207905	207914	40 %	20 %	20 %	20 %	24371797
120	NC_004347	CAAAT	2	10	209296	209305	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
121	NC_004347	GAAAA	2	10	209379	209388	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_004347	TGGTT	2	10	211536	211545	0 %	60 %	40 %	0 %	24371802
123	NC_004347	TAGTG	2	10	213032	213041	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
124	NC_004347	TTGGG	2	10	214099	214108	0 %	40 %	60 %	0 %	24371805
125	NC_004347	AGTCG	2	10	220051	220060	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
126	NC_004347	AGGCT	2	10	220380	220389	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
127	NC_004347	ATCCC	2	10	222086	222095	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
128	NC_004347	GCAAG	2	10	223286	223295	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
129	NC_004347	GGCTG	2	10	223947	223956	0 %	20 %	60 %	20 %	24371811
130	NC_004347	TTAAG	2	10	226377	226386	40 %	40 %	20 %	0 %	24371813
131	NC_004347	GCGAG	2	10	228844	228853	20 %	0 %	60 %	20 %	24371816
132	NC_004347	ATTAA	2	10	229673	229682	60 %	40 %	0 %	0 %	24371817
133	NC_004347	TGAAA	2	10	230130	230139	60 %	20 %	20 %	0 %	24371818
134	NC_004347	GAATT	2	10	231723	231732	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
135	NC_004347	TACTC	2	10	233009	233018	20 %	40 %	0 %	40 %	24371822
136	NC_004347	TGGTC	2	10	233767	233776	0 %	40 %	40 %	20 %	24371822
137	NC_004347	AGCAA	2	10	236516	236525	60 %	0 %	20 %	20 %	24371823
138	NC_004347	CTGAT	2	10	236567	236576	20 %	40 %	20 %	20 %	24371823
139	NC_004347	GTTCT	2	10	241976	241985	0 %	60 %	20 %	20 %	24371826
140	NC_004347	TGGCG	2	10	246799	246808	0 %	20 %	60 %	20 %	24371830
141	NC_004347	CTCGT	2	10	248674	248683	0 %	40 %	20 %	40 %	24371834
142	NC_004347	AAGCC	2	10	252445	252454	40 %	0 %	20 %	40 %	24371843
143	NC_004347	GTTGA	2	10	253817	253826	20 %	40 %	40 %	0 %	24371846
144	NC_004347	TCGCG	2	10	254492	254501	0 %	20 %	40 %	40 %	24371848
145	NC_004347	ATGGC	2	10	256749	256758	20 %	20 %	40 %	20 %	24371852
146	NC_004347	CGTGA	2	10	258462	258471	20 %	20 %	40 %	20 %	24371854
147	NC_004347	AGTTG	2	10	258617	258626	20 %	40 %	40 %	0 %	24371854
148	NC_004347	GTTTT	2	10	259399	259408	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
149	NC_004347	AAGCT	2	10	259844	259853	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
150	NC_004347	TTGAT	2	10	264989	264998	20 %	60 %	20 %	0 %	24371863
151	NC_004347	CTGTT	2	10	266761	266770	0 %	60 %	20 %	20 %	24371864
152	NC_004347	AGTCG	2	10	272752	272761	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
153	NC_004347	AGGCT	2	10	273081	273090	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
154	NC_004347	ATCCC	2	10	274788	274797	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
155	NC_004347	TGTGG	2	10	276780	276789	0 %	40 %	60 %	0 %	24371871
156	NC_004347	AACCG	2	10	278017	278026	40 %	0 %	20 %	40 %	414561743
157	NC_004347	AATAA	2	10	280401	280410	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_004347	CACAC	2	10	281201	281210	40 %	0 %	0 %	60 %	24371873
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162	NC_004347	TTCAG	2	10	294089	294098	20 %	40 %	20 %	20 %	24371884
163	NC_004347	AATCA	2	10	294327	294336	60 %	20 %	0 %	20 %	24371884
164	NC_004347	GCCAT	2	10	295110	295119	20 %	20 %	20 %	40 %	24371885
165	NC_004347	TTTGG	2	10	296202	296211	0 %	60 %	40 %	0 %	24371886
166	NC_004347	GATGA	2	10	297170	297179	40 %	20 %	40 %	0 %	24371887
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173	NC_004347	CTTTT	2	10	305222	305231	0 %	80 %	0 %	20 %	24371898
174	NC_004347	GTTTT	2	10	305779	305788	0 %	80 %	20 %	0 %	24371898
175	NC_004347	AAAAG	2	10	308879	308888	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
176	NC_004347	CACTT	2	10	311168	311177	20 %	40 %	0 %	40 %	414561745
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181	NC_004347	AACGG	2	10	321536	321545	40 %	0 %	40 %	20 %	24371912
182	NC_004347	AATAA	2	10	322520	322529	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
183	NC_004347	TTTGA	2	10	322587	322596	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
184	NC_004347	AGTAA	2	10	322623	322632	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
185	NC_004347	CGCTG	2	10	324882	324891	0 %	20 %	40 %	40 %	24371916
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191	NC_004347	TGATT	2	10	334607	334616	20 %	60 %	20 %	0 %	24371930
192	NC_004347	TAATT	2	10	336330	336339	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
193	NC_004347	TTGCC	2	10	337732	337741	0 %	40 %	20 %	40 %	24371934
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200	NC_004347	GCACC	2	10	346980	346989	20 %	0 %	20 %	60 %	24371940
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204	NC_004347	AGTTG	2	10	352233	352242	20 %	40 %	40 %	0 %	24371943
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212	NC_004347	GCTTA	2	10	372158	372167	20 %	40 %	20 %	20 %	414561754
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243	NC_004347	AATTT	2	10	423206	423215	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
244	NC_004347	ACCAC	2	10	423477	423486	40 %	0 %	0 %	60 %	24372002
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248	NC_004347	GGCTG	2	10	429317	429326	0 %	20 %	60 %	20 %	24372010
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251	NC_004347	AGCTA	2	10	432613	432622	40 %	20 %	20 %	20 %	24372012
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257	NC_004347	GCACA	2	10	447715	447724	40 %	0 %	20 %	40 %	24372022
258	NC_004347	TTATT	2	10	448250	448259	20 %	80 %	0 %	0 %	24372022
259	NC_004347	GAGTA	2	10	451787	451796	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
260	NC_004347	TTGGC	2	10	455046	455055	0 %	40 %	40 %	20 %	24372026
261	NC_004347	AGTTG	2	10	455595	455604	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
262	NC_004347	CCTAT	2	10	457818	457827	20 %	40 %	0 %	40 %	24372027
263	NC_004347	TGAAT	2	10	459886	459895	40 %	40 %	20 %	0 %	24372030
264	NC_004347	TTAAT	2	10	461182	461191	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
265	NC_004347	GTTTG	2	10	461293	461302	0 %	60 %	40 %	0 %	24372032
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270	NC_004347	CATCC	2	10	474883	474892	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
271	NC_004347	TTATT	2	10	475099	475108	20 %	80 %	0 %	0 %	24372042
272	NC_004347	ACCGC	2	10	476018	476027	20 %	0 %	20 %	60 %	24372044
273	NC_004347	TGGCG	2	10	476941	476950	0 %	20 %	60 %	20 %	24372044
274	NC_004347	GTGCT	2	10	478706	478715	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
275	NC_004347	TTCGT	2	10	484559	484568	0 %	60 %	20 %	20 %	24372054
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281	NC_004347	CTTGT	2	10	490705	490714	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
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295	NC_004347	TGCAG	2	10	506621	506630	20 %	20 %	40 %	20 %	24372076
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302	NC_004347	TTTAC	2	10	518427	518436	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
303	NC_004347	GTGAC	2	10	519462	519471	20 %	20 %	40 %	20 %	414561776
304	NC_004347	TACCT	2	10	524929	524938	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
305	NC_004347	TTGGT	2	10	525606	525615	0 %	60 %	40 %	0 %	24372094
306	NC_004347	TAAAA	2	10	526867	526876	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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400	NC_004347	AGCCT	2	10	674346	674355	20 %	20 %	20 %	40 %	24372237
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403	NC_004347	ATCGT	2	10	678219	678228	20 %	40 %	20 %	20 %	24372245
404	NC_004347	GTGAC	2	10	679788	679797	20 %	20 %	40 %	20 %	414561795
405	NC_004347	GCCGA	2	10	681132	681141	20 %	0 %	40 %	40 %	24372250
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