MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Leptospira interrogans serovar Lai str. 56601 chromosome II

Total Repeats: 408

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004343	AAATC	2	10	67	76	60 %	20 %	0 %	20 %	24217062
2	NC_004343	AGAAA	2	10	799	808	80 %	0 %	20 %	0 %	24217062
3	NC_004343	GGTCT	2	10	922	931	0 %	40 %	40 %	20 %	24217062
4	NC_004343	TTTTG	2	10	3601	3610	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_004343	TTTAA	2	10	5011	5020	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_004343	GTTTT	2	10	6590	6599	0 %	80 %	20 %	0 %	24217071
7	NC_004343	GAGAA	2	10	7649	7658	60 %	0 %	40 %	0 %	294653592
8	NC_004343	AAAGA	2	10	10501	10510	80 %	0 %	20 %	0 %	24217074
9	NC_004343	GAATC	2	10	11568	11577	40 %	20 %	20 %	20 %	24217075
10	NC_004343	ATCAA	2	10	11833	11842	60 %	20 %	0 %	20 %	24217075
11	NC_004343	TCAAA	2	10	12480	12489	60 %	20 %	0 %	20 %	24217076
12	NC_004343	GATCC	2	10	12687	12696	20 %	20 %	20 %	40 %	24217076
13	NC_004343	AAGAA	2	10	13243	13252	80 %	0 %	20 %	0 %	294653591
14	NC_004343	TCTAT	2	10	14011	14020	20 %	60 %	0 %	20 %	24217078
15	NC_004343	CAAAA	2	10	14402	14411	80 %	0 %	0 %	20 %	24217078
16	NC_004343	AGGTA	2	10	15307	15316	40 %	20 %	40 %	0 %	24217079
17	NC_004343	ACAAA	2	10	15476	15485	80 %	0 %	0 %	20 %	24217079
18	NC_004343	CAAAA	2	10	16945	16954	80 %	0 %	0 %	20 %	24217081
19	NC_004343	TGGTT	2	10	19158	19167	0 %	60 %	40 %	0 %	294653590
20	NC_004343	GTTAA	2	10	19611	19620	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_004343	GATTT	2	10	19699	19708	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_004343	TGTAT	2	10	20136	20145	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_004343	CCCTA	2	10	20168	20177	20 %	20 %	0 %	60 %	24217085
24	NC_004343	TGTCC	2	10	21281	21290	0 %	40 %	20 %	40 %	24217086
25	NC_004343	CTATT	2	10	21399	21408	20 %	60 %	0 %	20 %	24217086
26	NC_004343	ATTGA	2	10	22167	22176	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_004343	CCCTA	2	10	22199	22208	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
28	NC_004343	TTTGA	2	10	22255	22264	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_004343	AAGAA	2	10	23607	23616	80 %	0 %	20 %	0 %	24217088
30	NC_004343	TACTT	2	10	24324	24333	20 %	60 %	0 %	20 %	24217089
31	NC_004343	AGGGG	2	10	24373	24382	20 %	0 %	80 %	0 %	24217089
32	NC_004343	GAATA	2	10	24934	24943	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_004343	GTAGG	2	10	25634	25643	20 %	20 %	60 %	0 %	24217091
34	NC_004343	CTAAC	2	10	26855	26864	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
35	NC_004343	TAAGT	2	10	27237	27246	40 %	40 %	20 %	0 %	24217095
36	NC_004343	ATATC	2	10	28171	28180	40 %	40 %	0 %	20 %	24217096
37	NC_004343	CAAAA	2	10	28818	28827	80 %	0 %	0 %	20 %	24217097
38	NC_004343	TGGCT	2	10	29684	29693	0 %	40 %	40 %	20 %	24217097
39	NC_004343	ATTAA	2	10	30558	30567	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_004343	GTTTT	2	10	30933	30942	0 %	80 %	20 %	0 %	24217100
41	NC_004343	GAATT	2	10	31146	31155	40 %	40 %	20 %	0 %	24217100
42	NC_004343	GAATA	2	10	31344	31353	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_004343	AAAAT	2	10	33608	33617	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_004343	CTTTT	2	10	33763	33772	0 %	80 %	0 %	20 %	24217105
45	NC_004343	GAAAA	2	10	34196	34205	80 %	0 %	20 %	0 %	24217105
46	NC_004343	TTTTC	2	10	34227	34236	0 %	80 %	0 %	20 %	24217105
47	NC_004343	ATTCT	2	10	35956	35965	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_004343	ACTCC	2	10	36056	36065	20 %	20 %	0 %	60 %	294653584
49	NC_004343	ATCAA	2	10	36230	36239	60 %	20 %	0 %	20 %	294653584
50	NC_004343	CCCAC	2	10	37644	37653	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
51	NC_004343	TGGTT	2	10	38680	38689	0 %	60 %	40 %	0 %	294653583
52	NC_004343	TTCTA	2	10	39936	39945	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_004343	AAATC	2	10	40550	40559	60 %	20 %	0 %	20 %	24217111
54	NC_004343	TAAAG	2	10	41918	41927	60 %	20 %	20 %	0 %	24217113
55	NC_004343	CTTTA	2	10	42181	42190	20 %	60 %	0 %	20 %	24217113
56	NC_004343	TTTTC	2	10	42725	42734	0 %	80 %	0 %	20 %	24217114
57	NC_004343	TGGAT	2	10	44957	44966	20 %	40 %	40 %	0 %	294653580
58	NC_004343	TTTCC	2	10	45109	45118	0 %	60 %	0 %	40 %	294653580
59	NC_004343	CGGAA	2	10	45143	45152	40 %	0 %	40 %	20 %	294653580
60	NC_004343	ATTGG	2	10	45461	45470	20 %	40 %	40 %	0 %	294653580
61	NC_004343	ATTTT	2	10	47357	47366	20 %	80 %	0 %	0 %	24217118
62	NC_004343	ACTTG	2	10	47634	47643	20 %	40 %	20 %	20 %	24217118
63	NC_004343	ATTTT	2	10	47813	47822	20 %	80 %	0 %	0 %	24217118
64	NC_004343	TCCGT	2	10	48608	48617	0 %	40 %	20 %	40 %	24217119
65	NC_004343	ATATT	2	10	48627	48636	40 %	60 %	0 %	0 %	24217119
66	NC_004343	AATTT	2	10	50873	50882	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_004343	CAATA	2	10	51142	51151	60 %	20 %	0 %	20 %	24217122
68	NC_004343	TGGAT	2	10	54234	54243	20 %	40 %	40 %	0 %	294653577
69	NC_004343	ATTGA	2	10	55468	55477	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_004343	ATGAA	2	10	55561	55570	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_004343	TTTAT	2	10	56188	56197	20 %	80 %	0 %	0 %	24217129
72	NC_004343	TGGTT	2	10	56708	56717	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
73	NC_004343	GGTTC	2	10	57741	57750	0 %	40 %	40 %	20 %	24217130
74	NC_004343	CTAAA	2	10	57925	57934	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_004343	TTTAA	2	10	58516	58525	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_004343	CGGTC	2	10	58755	58764	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
77	NC_004343	GTGTT	2	10	59367	59376	0 %	60 %	40 %	0 %	24217131
78	NC_004343	TTGTT	2	10	59860	59869	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_004343	TGCTT	2	10	60177	60186	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_004343	TTCAG	2	10	60502	60511	20 %	40 %	20 %	20 %	294653576
81	NC_004343	GGAAA	2	10	62051	62060	60 %	0 %	40 %	0 %	294653574
82	NC_004343	TTGTT	2	10	62194	62203	0 %	80 %	20 %	0 %	294653574
83	NC_004343	ACGAA	2	10	62474	62483	60 %	0 %	20 %	20 %	294653574
84	NC_004343	ACTTT	2	10	63619	63628	20 %	60 %	0 %	20 %	24217135
85	NC_004343	TAAAA	2	10	68825	68834	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_004343	AAAAC	2	10	69655	69664	80 %	0 %	0 %	20 %	24217139
87	NC_004343	TTTAT	2	10	72406	72415	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_004343	TATTT	2	10	72559	72568	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_004343	TGAAA	2	10	75728	75737	60 %	20 %	20 %	0 %	24217146
90	NC_004343	TTTAT	2	10	77174	77183	20 %	80 %	0 %	0 %	24217148
91	NC_004343	AAACT	2	10	78239	78248	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_004343	TTTTG	2	10	78984	78993	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_004343	GTGAA	2	10	80047	80056	40 %	20 %	40 %	0 %	24217150
94	NC_004343	ACCCA	2	10	82096	82105	40 %	0 %	0 %	60 %	24217153
95	NC_004343	ATTTC	2	10	82984	82993	20 %	60 %	0 %	20 %	24217154
96	NC_004343	ATTTG	2	10	83009	83018	20 %	60 %	20 %	0 %	24217154
97	NC_004343	TCCTT	2	10	83794	83803	0 %	60 %	0 %	40 %	24217154
98	NC_004343	AATAA	2	10	83896	83905	80 %	20 %	0 %	0 %	24217154
99	NC_004343	CAGAT	2	10	84498	84507	40 %	20 %	20 %	20 %	24217155
100	NC_004343	GTATT	2	10	85532	85541	20 %	60 %	20 %	0 %	24217155
101	NC_004343	CGGAT	2	10	88090	88099	20 %	20 %	40 %	20 %	24217157
102	NC_004343	GATTT	2	10	88525	88534	20 %	60 %	20 %	0 %	24217157
103	NC_004343	TTTGA	2	10	88966	88975	20 %	60 %	20 %	0 %	294653572
104	NC_004343	CAAGA	2	10	90220	90229	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
105	NC_004343	TAAAA	2	10	91527	91536	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_004343	AAGAT	2	10	93229	93238	60 %	20 %	20 %	0 %	24217165
107	NC_004343	TTTCT	2	10	93472	93481	0 %	80 %	0 %	20 %	24217165
108	NC_004343	GGTCC	2	10	94193	94202	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
109	NC_004343	AATCG	2	10	97553	97562	40 %	20 %	20 %	20 %	24217169
110	NC_004343	ATATT	2	10	98917	98926	40 %	60 %	0 %	0 %	24217169
111	NC_004343	TGAAA	2	10	99827	99836	60 %	20 %	20 %	0 %	24217169
112	NC_004343	TGGAG	2	10	100583	100592	20 %	20 %	60 %	0 %	24217169
113	NC_004343	GAAAC	2	10	101329	101338	60 %	0 %	20 %	20 %	24217170
114	NC_004343	TCCTG	2	10	101373	101382	0 %	40 %	20 %	40 %	24217170
115	NC_004343	GGCGT	2	10	102381	102390	0 %	20 %	60 %	20 %	24217171
116	NC_004343	TAAAA	2	10	102968	102977	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_004343	TCGCT	2	10	104690	104699	0 %	40 %	20 %	40 %	24217173
118	NC_004343	TTTTG	2	10	105423	105432	0 %	80 %	20 %	0 %	24217173
119	NC_004343	TATGA	2	10	106515	106524	40 %	40 %	20 %	0 %	24217174
120	NC_004343	TTTAC	2	10	107002	107011	20 %	60 %	0 %	20 %	24217174
121	NC_004343	GAATA	2	10	108991	109000	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_004343	TTTCC	2	10	110940	110949	0 %	60 %	0 %	40 %	294653569
123	NC_004343	ATTCT	2	10	111460	111469	20 %	60 %	0 %	20 %	24217179
124	NC_004343	CGTTT	2	10	111929	111938	0 %	60 %	20 %	20 %	24217179
125	NC_004343	TTTAT	2	10	112454	112463	20 %	80 %	0 %	0 %	24217179
126	NC_004343	CCTCC	2	10	113564	113573	0 %	20 %	0 %	80 %	24217179
127	NC_004343	TAAAA	2	10	113908	113917	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_004343	ATATA	2	10	114037	114046	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_004343	TGGTT	2	10	115086	115095	0 %	60 %	40 %	0 %	294653568
130	NC_004343	ATTGG	2	10	116113	116122	20 %	40 %	40 %	0 %	24217181
131	NC_004343	AAAAG	2	10	116809	116818	80 %	0 %	20 %	0 %	24217182
132	NC_004343	GTCTT	2	10	117209	117218	0 %	60 %	20 %	20 %	24217183
133	NC_004343	GAAAA	2	10	120419	120428	80 %	0 %	20 %	0 %	24217187
134	NC_004343	TTGCC	2	10	121164	121173	0 %	40 %	20 %	40 %	24217187
135	NC_004343	ACAAA	2	10	121697	121706	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_004343	GAAAA	2	10	121977	121986	80 %	0 %	20 %	0 %	24217188
137	NC_004343	ATAGA	2	10	124227	124236	60 %	20 %	20 %	0 %	24217191
138	NC_004343	AATTT	2	10	124574	124583	40 %	60 %	0 %	0 %	24217192
139	NC_004343	TATAA	2	10	126002	126011	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_004343	CATTT	2	10	126035	126044	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
141	NC_004343	ATCAA	2	10	127509	127518	60 %	20 %	0 %	20 %	294653566
142	NC_004343	CTTCT	2	10	128014	128023	0 %	60 %	0 %	40 %	294653566
143	NC_004343	AATTT	2	10	128084	128093	40 %	60 %	0 %	0 %	294653566
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270	NC_004343	AATTT	2	10	241017	241026	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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274	NC_004343	ATTAA	2	10	242798	242807	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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400	NC_004343	GAAAT	2	10	351812	351821	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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402	NC_004343	CTTTT	2	10	351983	351992	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
403	NC_004343	TTTCA	2	10	353948	353957	20 %	60 %	0 %	20 %	294653514
404	NC_004343	AATGA	2	10	355190	355199	60 %	20 %	20 %	0 %	24217425
405	NC_004343	AAAGC	2	10	355718	355727	60 %	0 %	20 %	20 %	24217425
406	NC_004343	CAAAT	2	10	356339	356348	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
407	NC_004343	AACAA	2	10	357337	357346	80 %	0 %	0 %	20 %	24217427
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.