MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Leptospira interrogans serovar Lai str. 56601 chromosome II

Total Repeats: 253

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004343	AATT	2	8	3483	3490	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_004343	TTCT	2	8	3698	3705	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_004343	GAAA	2	8	3875	3882	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_004343	AGTT	2	8	3947	3954	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
5	NC_004343	TTTG	2	8	4056	4063	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_004343	AATT	2	8	16191	16198	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_004343	TTTA	2	8	16328	16335	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_004343	AACC	2	8	17820	17827	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
9	NC_004343	GGTT	2	8	18131	18138	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
10	NC_004343	AATT	2	8	19737	19744	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_004343	TGAA	2	8	22280	22287	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
12	NC_004343	AGAA	2	8	23963	23970	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_004343	TCAA	2	8	24811	24818	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
14	NC_004343	ATTT	2	8	24825	24832	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_004343	ATAG	2	8	25150	25157	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_004343	AATT	2	8	26935	26942	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_004343	TTAT	2	8	27138	27145	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_004343	TAAA	2	8	27187	27194	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_004343	AAAC	2	8	30678	30685	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
20	NC_004343	ATTT	2	8	33455	33462	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_004343	AGTC	2	8	35013	35020	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
22	NC_004343	CGTT	2	8	39461	39468	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
23	NC_004343	ATAA	2	8	50831	50838	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_004343	AGTT	2	8	53930	53937	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_004343	TCGG	2	8	53944	53951	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
26	NC_004343	AATC	2	8	55605	55612	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
27	NC_004343	TATT	2	8	55745	55752	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_004343	TTAA	2	8	57032	57039	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_004343	GATT	2	8	58237	58244	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
30	NC_004343	TTCT	2	8	58378	58385	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
31	NC_004343	TGTT	2	8	58497	58504	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
32	NC_004343	TAAA	2	8	58810	58817	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_004343	TATT	2	8	59939	59946	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_004343	TTTC	2	8	60217	60224	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_004343	TCCT	2	8	60247	60254	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
36	NC_004343	AATC	2	8	60737	60744	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
37	NC_004343	AAAG	2	8	66511	66518	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_004343	AATT	2	8	67396	67403	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_004343	ATAA	2	8	67515	67522	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_004343	TAAA	2	8	67544	67551	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_004343	TTAA	2	8	68247	68254	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_004343	ATTT	2	8	68768	68775	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_004343	TCCT	2	8	74285	74292	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
44	NC_004343	TGAT	2	8	75247	75254	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_004343	TATT	2	8	77964	77971	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_004343	AGAA	2	8	78157	78164	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_004343	TCTT	2	8	78953	78960	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
48	NC_004343	CAAT	2	8	80750	80757	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
49	NC_004343	AGAA	2	8	81499	81506	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
50	NC_004343	AATT	2	8	81530	81537	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_004343	ATTC	2	8	84386	84393	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
52	NC_004343	TAAA	2	8	84395	84402	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_004343	TGAA	2	8	87538	87545	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_004343	GAAA	2	8	87719	87726	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_004343	GAAT	2	8	91427	91434	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_004343	CGGT	2	8	93113	93120	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
57	NC_004343	CAAG	2	8	93890	93897	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
58	NC_004343	AAAT	2	8	101685	101692	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_004343	GAAA	2	8	101957	101964	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
60	NC_004343	AACC	2	8	108279	108286	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
61	NC_004343	CCCA	2	8	108451	108458	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
62	NC_004343	GGTT	2	8	108507	108514	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
63	NC_004343	AGCC	2	8	114290	114297	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
64	NC_004343	TCAT	2	8	114350	114357	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
65	NC_004343	ATAG	2	8	120164	120171	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
66	NC_004343	TATT	2	8	121612	121619	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_004343	TAAA	2	8	122980	122987	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_004343	GAAT	2	8	124295	124302	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
69	NC_004343	ATTT	2	8	124379	124386	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_004343	ATTT	2	8	125716	125723	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_004343	TAAA	2	8	126025	126032	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_004343	TTTA	2	8	126192	126199	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_004343	AAAT	2	8	126215	126222	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_004343	TATT	2	8	126261	126268	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_004343	AATT	2	8	126624	126631	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_004343	CTTT	2	8	126864	126871	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
77	NC_004343	AAAG	2	8	126894	126901	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_004343	ATCA	2	8	128666	128673	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
79	NC_004343	TAAT	2	8	128759	128766	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_004343	TTAC	2	8	129830	129837	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
81	NC_004343	AATT	2	8	130031	130038	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_004343	ACAA	2	8	130446	130453	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
83	NC_004343	TAGA	2	8	130608	130615	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
84	NC_004343	AAAT	2	8	130669	130676	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_004343	AGAT	2	8	135126	135133	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
86	NC_004343	AAAT	2	8	135508	135515	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_004343	TAAA	2	8	135740	135747	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_004343	TAAA	2	8	135883	135890	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_004343	TTGT	2	8	136556	136563	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_004343	AATT	2	8	137485	137492	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_004343	ATTC	2	8	137526	137533	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
92	NC_004343	AATT	2	8	137573	137580	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_004343	GAAA	2	8	137664	137671	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
94	NC_004343	ACCG	2	8	138286	138293	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
95	NC_004343	ATTT	2	8	138307	138314	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_004343	TAGT	2	8	140216	140223	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
97	NC_004343	TGTT	2	8	140311	140318	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
98	NC_004343	TAGA	2	8	140328	140335	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
99	NC_004343	TATC	2	8	140942	140949	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
100	NC_004343	CTAC	2	8	140967	140974	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
101	NC_004343	TCGT	2	8	141774	141781	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
102	NC_004343	AAGA	2	8	143329	143336	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
103	NC_004343	TTGA	2	8	143828	143835	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_004343	ATTT	2	8	160748	160755	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_004343	CTAT	2	8	161035	161042	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
106	NC_004343	TAAT	2	8	161178	161185	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_004343	ATTT	2	8	161218	161225	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_004343	AATT	2	8	162104	162111	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_004343	GGTT	2	8	162644	162651	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
110	NC_004343	ACAA	2	8	162888	162895	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
111	NC_004343	TTTG	2	8	169935	169942	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
112	NC_004343	CCAT	2	8	171486	171493	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
113	NC_004343	AAGC	2	8	171508	171515	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
114	NC_004343	GATT	2	8	175433	175440	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
115	NC_004343	CATT	2	8	175885	175892	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
116	NC_004343	AATT	2	8	176243	176250	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_004343	TTCT	2	8	176541	176548	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
118	NC_004343	TTTG	2	8	176622	176629	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
119	NC_004343	AATT	2	8	180220	180227	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_004343	ATAA	2	8	180884	180891	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_004343	ATTT	2	8	181080	181087	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_004343	ATTT	2	8	181143	181150	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_004343	TTCT	2	8	184289	184296	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
124	NC_004343	TCGA	2	8	184483	184490	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
125	NC_004343	ATTG	2	8	184773	184780	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
126	NC_004343	ATTT	2	8	188573	188580	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_004343	AATT	2	8	190452	190459	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_004343	TCAA	2	8	190532	190539	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
129	NC_004343	AAAC	2	8	190723	190730	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
130	NC_004343	TTTG	2	8	191085	191092	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_004343	CGAT	2	8	191171	191178	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
132	NC_004343	GAAA	2	8	192782	192789	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
133	NC_004343	ATTT	2	8	198932	198939	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_004343	TAAA	2	8	199086	199093	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_004343	TCAA	2	8	206438	206445	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_004343	ACAA	2	8	208150	208157	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
137	NC_004343	AAAT	2	8	208309	208316	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_004343	AATT	2	8	209269	209276	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_004343	TCTT	2	8	209303	209310	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
140	NC_004343	CTAC	2	8	215197	215204	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
141	NC_004343	ATCT	2	8	215260	215267	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
142	NC_004343	TTCT	2	8	215332	215339	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
143	NC_004343	CATA	2	8	215919	215926	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
144	NC_004343	CATT	2	8	216087	216094	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_004343	CAAA	2	8	216201	216208	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
146	NC_004343	TTTA	2	8	216261	216268	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_004343	TAAG	2	8	217148	217155	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
148	NC_004343	AGAA	2	8	219006	219013	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
149	NC_004343	AATC	2	8	219093	219100	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
150	NC_004343	ATTT	2	8	219131	219138	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_004343	ATGA	2	8	219634	219641	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
152	NC_004343	ATTT	2	8	223495	223502	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_004343	TCAA	2	8	223637	223644	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.