MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Leptospira interrogans serovar Lai str. 56601 chromosome I

Total Repeats: 2083

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004342	GTAGGA	2	12	672	683	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	24212701
2	NC_004342	AATTTA	2	12	4106	4117	50 %	50 %	0 %	0 %	24212702
3	NC_004342	AAAATT	2	12	5288	5299	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	24212703
4	NC_004342	TGGGGT	2	12	6979	6990	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	24212705
5	NC_004342	GAAGTT	2	12	7022	7033	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	24212705
6	NC_004342	CCTCAA	2	12	7622	7633	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	24212705
7	NC_004342	ATTATG	2	12	8117	8128	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	24212705
8	NC_004342	AAGGAA	2	12	8288	8299	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	24212705
9	NC_004342	AATTCG	2	12	9352	9363	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	24212706
10	NC_004342	TTTCTC	2	12	11110	11121	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	24212707
11	NC_004342	GAAAAG	2	12	13815	13826	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	294827555
12	NC_004342	TTGAGA	2	12	15327	15338	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	24212711
13	NC_004342	AAAGAG	2	12	16393	16404	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	294827556
14	NC_004342	GGAATC	2	12	16961	16972	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	294827556
15	NC_004342	TTTAGT	2	12	19330	19341	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	24212714
16	NC_004342	CTCTTT	2	12	21383	21394	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	294827557
17	NC_004342	CGGAAG	2	12	21488	21499	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	294827557
18	NC_004342	CTTTTA	2	12	23340	23351	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	24212721
19	NC_004342	GAATTC	2	12	23415	23426	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	24212721
20	NC_004342	ATTTTT	2	12	24164	24175	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	24212722
21	NC_004342	GATGGA	2	12	24798	24809	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	24212722
22	NC_004342	TTGGTG	2	12	24907	24918	0 %	50 %	50 %	0 %	24212722
23	NC_004342	ATTTAT	2	12	25372	25383	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	24212722
24	NC_004342	TTTCAA	2	12	27013	27024	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	294827558
25	NC_004342	AAATCC	2	12	30008	30019	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	24212727
26	NC_004342	GAGAAA	2	12	35770	35781	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	24212733
27	NC_004342	AAGAAA	2	12	41979	41990	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	24212740
28	NC_004342	GGAAAA	2	12	47449	47460	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	24212743
29	NC_004342	GAGGAA	2	12	47582	47593	50 %	0 %	50 %	0 %	24212743
30	NC_004342	ATCTTT	2	12	49184	49195	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	24212746
31	NC_004342	TCAAAC	2	12	49216	49227	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	24212746
32	NC_004342	CGAAAA	2	12	54921	54932	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	24212750
33	NC_004342	GGAGAT	2	12	55665	55676	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	24212751
34	NC_004342	GTAGAA	2	12	56695	56706	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	24212752
35	NC_004342	TTTTGC	2	12	59865	59876	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	24212755
36	NC_004342	CAATTT	2	12	60416	60427	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	24212756
37	NC_004342	TAAAAG	2	12	63679	63690	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_004342	TTGAAT	2	12	63757	63768	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_004342	GATTGT	2	12	67304	67315	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_004342	CAAAGA	2	12	67561	67572	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_004342	GCGCCT	2	12	68234	68245	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	24212762
42	NC_004342	GAAACA	2	12	71600	71611	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_004342	TTAAAA	2	12	78665	78676	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	24212768
44	NC_004342	TTTTAG	2	12	81228	81239	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	294827566
45	NC_004342	GAAGTT	2	12	81353	81364	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	294827566
46	NC_004342	TTAGAT	2	12	82805	82816	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	294827566
47	NC_004342	CAAATA	2	12	88180	88191	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	24212777
48	NC_004342	ACTTTT	2	12	90455	90466	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	294827571
49	NC_004342	AAAAAC	2	12	90612	90623	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	294827571
50	NC_004342	TTGAAA	2	12	90741	90752	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_004342	TGGAAT	2	12	95771	95782	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	294827573
52	NC_004342	GTTTTT	2	12	99378	99389	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	24212794
53	NC_004342	TTTTGA	2	12	99819	99830	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	24212794
54	NC_004342	TGAAAT	2	12	102244	102255	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	24212798
55	NC_004342	TTTTGC	2	12	102409	102420	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	24212798
56	NC_004342	TATTCA	2	12	103668	103679	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	294827575
57	NC_004342	TCTAAT	2	12	103848	103859	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	294827575
58	NC_004342	AAGAGG	2	12	105718	105729	50 %	0 %	50 %	0 %	294827576
59	NC_004342	TTGCGG	2	12	105873	105884	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	294827576
60	NC_004342	TTTTTC	2	12	110207	110218	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	24212804
61	NC_004342	CTTTTT	2	12	114475	114486	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	24212807
62	NC_004342	TTTCCT	2	12	116774	116785	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	24212810
63	NC_004342	TGAACA	2	12	117053	117064	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	24212810
64	NC_004342	TCAAAA	2	12	117362	117373	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	24212810
65	NC_004342	GAAGTT	2	12	119204	119215	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	294827578
66	NC_004342	TTTCTA	2	12	124140	124151	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	24212815
67	NC_004342	GGAATT	2	12	124540	124551	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	24212815
68	NC_004342	TTTGTG	2	12	127477	127488	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	24212818
69	NC_004342	ACAAGA	2	12	135236	135247	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	294827581
70	NC_004342	ATAAAA	3	18	137694	137711	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_004342	CCTTTT	2	12	141096	141107	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	294827582
72	NC_004342	AATTAG	2	12	147096	147107	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	294827584
73	NC_004342	TCTGAA	2	12	148930	148941	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	24212838
74	NC_004342	AATTAA	2	12	152395	152406	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	24212840
75	NC_004342	TACACA	2	12	153071	153082	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	24212841
76	NC_004342	AAGAGA	2	12	159356	159367	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	24212846
77	NC_004342	TATGAA	2	12	160624	160635	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	24212847
78	NC_004342	TAAAAT	2	12	161236	161247	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	24212848
79	NC_004342	ATTAAA	2	12	161531	161542	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	24212848
80	NC_004342	TTGCAA	2	12	162591	162602	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	24212850
81	NC_004342	CTTTTT	2	12	164064	164075	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	24212850
82	NC_004342	TAAAAT	2	12	169218	169229	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	294827586
83	NC_004342	AGCCGC	2	12	169867	169878	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	24212857
84	NC_004342	CAGAAC	2	12	170293	170304	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	24212857
85	NC_004342	AGAATG	2	12	171344	171355	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_004342	TTTTAT	2	12	172907	172918	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	24212861
87	NC_004342	TTTGGG	2	12	180555	180566	0 %	50 %	50 %	0 %	161484957
88	NC_004342	GAACAG	2	12	180878	180889	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	294827588
89	NC_004342	AGTTCT	2	12	182633	182644	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	294827588
90	NC_004342	CCGAAG	2	12	187094	187105	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	24212879
91	NC_004342	TTTCAC	2	12	188012	188023	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	24212880
92	NC_004342	AATTGC	2	12	189759	189770	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	294827589
93	NC_004342	AAAAGA	2	12	192877	192888	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	24212884
94	NC_004342	TCGTTT	2	12	194751	194762	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_004342	TTTTCA	2	12	197875	197886	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	294827591
96	NC_004342	TTCTGA	2	12	198441	198452	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	294827592
97	NC_004342	GAAAAA	2	12	199320	199331	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	24212898
98	NC_004342	TAAAAA	2	12	200560	200571	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	294827593
99	NC_004342	GTATTG	2	12	200754	200765	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	294827593
100	NC_004342	AGAATT	2	12	205490	205501	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_004342	TATGAA	2	12	205758	205769	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	294827594
102	NC_004342	TTAAAT	2	12	210625	210636	50 %	50 %	0 %	0 %	24212914
103	NC_004342	TAAAAT	2	12	210815	210826	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_004342	CAAATC	2	12	218356	218367	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_004342	ATTTTT	2	12	219592	219603	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	24212921
106	NC_004342	TTTTCA	2	12	221156	221167	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_004342	TTCCAG	2	12	225495	225506	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	24212927
108	NC_004342	AAACTG	2	12	228903	228914	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	24212932
109	NC_004342	GATTTT	2	12	229015	229026	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	24212932
110	NC_004342	CCGTCT	2	12	230523	230534	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	24212933
111	NC_004342	CGGGAG	2	12	231669	231680	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	24212935
112	NC_004342	AAGATC	2	12	241823	241834	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	24212947
113	NC_004342	TCTGTT	2	12	242046	242057	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_004342	ATCTAA	2	12	249727	249738	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	24212955
115	NC_004342	TCCAGA	2	12	250790	250801	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	24212956
116	NC_004342	TTTCTG	2	12	251065	251076	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	24212956
117	NC_004342	GGAAAA	2	12	254363	254374	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	294827603
118	NC_004342	TGGAGA	2	12	258304	258315	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	294827605
119	NC_004342	TTAAAC	2	12	258734	258745	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	294827605
120	NC_004342	GATATA	2	12	259276	259287	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	24212963
121	NC_004342	GAAAAA	2	12	260504	260515	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	24212965
122	NC_004342	AAAACT	2	12	260656	260667	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	24212965
123	NC_004342	ACAAAA	2	12	261223	261234	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	24212965
124	NC_004342	ATTCCA	2	12	265072	265083	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	294827607
125	NC_004342	TTGGAA	2	12	265397	265408	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	294827607
126	NC_004342	GATATT	2	12	269888	269899	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	294827608
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128	NC_004342	ATTTCT	2	12	272193	272204	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	24212976
129	NC_004342	TTTTTA	2	12	277848	277859	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	294827609
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132	NC_004342	TTAAAA	2	12	280179	280190	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_004342	TCTAAA	2	12	285618	285629	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	24212992
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138	NC_004342	ATTCAA	2	12	290857	290868	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
139	NC_004342	TAAAAG	2	12	293501	293512	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	24212998
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151	NC_004342	TTGTTT	2	12	314288	314299	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
152	NC_004342	CTTGAG	2	12	314493	314504	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	294827617
153	NC_004342	TTTTAA	2	12	315894	315905	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_004342	GGTTCC	2	12	320365	320376	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	294827619
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157	NC_004342	AAAACA	2	12	325569	325580	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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222	NC_004342	ATTCCA	2	12	482242	482253	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	294827663
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224	NC_004342	AAATTT	2	12	483524	483535	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
225	NC_004342	GCTCAG	2	12	485376	485387	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	294827664
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227	NC_004342	AAAATT	2	12	490983	490994	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
228	NC_004342	ACGATT	2	12	491184	491195	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	24213198
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232	NC_004342	TACTTT	2	12	495488	495499	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
233	NC_004342	AAAGGA	2	12	496975	496986	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	24213204
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237	NC_004342	AATTTG	2	12	502184	502195	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
238	NC_004342	AATTTA	2	12	503637	503648	50 %	50 %	0 %	0 %	24213213
239	NC_004342	TAAATT	2	12	504990	505001	50 %	50 %	0 %	0 %	24213214
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241	NC_004342	TTACAG	2	12	507849	507860	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
242	NC_004342	AATTTA	2	12	508986	508997	50 %	50 %	0 %	0 %	24213221
243	NC_004342	TTTAAA	2	12	509820	509831	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
244	NC_004342	CTTTCT	2	12	512263	512274	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	294827667
245	NC_004342	GAAAAA	2	12	519819	519830	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
246	NC_004342	GTCGAT	2	12	521179	521190	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	24213230
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254	NC_004342	AAATTT	2	12	536722	536733	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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341	NC_004342	GTTAAA	2	12	739114	739125	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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351	NC_004342	AAAAAT	2	12	753729	753740	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	294827722
352	NC_004342	CGATTG	2	12	756435	756446	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
353	NC_004342	AAAATA	2	12	756448	756459	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
354	NC_004342	TCCAAA	2	12	761537	761548	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	24213437
355	NC_004342	AAAGGA	2	12	769621	769632	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	24213454
356	NC_004342	CCAAAA	2	12	769721	769732	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	24213455
357	NC_004342	TTATTT	2	12	771810	771821	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	24213459
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359	NC_004342	CCAGAA	2	12	773953	773964	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	24213462
360	NC_004342	AAAAGC	2	12	774605	774616	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	24213464
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362	NC_004342	TTGTTT	2	12	777605	777616	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
363	NC_004342	TTGTTT	2	12	783712	783723	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
364	NC_004342	TGGAAT	2	12	784849	784860	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	294827730
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469	NC_004342	ATTTAA	2	12	989717	989728	50 %	50 %	0 %	0 %	24213684
470	NC_004342	GTTTAA	2	12	992050	992061	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	24213685
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474	NC_004342	GATTTT	2	12	1005171	1005182	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	24213697
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476	NC_004342	TGGAAT	2	12	1012170	1012181	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	294827774
477	NC_004342	ATCAAA	2	12	1015078	1015089	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	24213708
478	NC_004342	TCTGAT	2	12	1019255	1019266	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	24213710
479	NC_004342	TCATAA	2	12	1021293	1021304	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	294827775
480	NC_004342	TTTTCG	2	12	1026640	1026651	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	24213718
481	NC_004342	CGCTTG	2	12	1028939	1028950	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	24213721
482	NC_004342	CCATTT	2	12	1030456	1030467	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	24213722
483	NC_004342	ATTTTG	2	12	1031150	1031161	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	294827776
484	NC_004342	ATTCTG	2	12	1035427	1035438	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	24213724
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488	NC_004342	TTTTGA	2	12	1038535	1038546	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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490	NC_004342	AAAGAT	2	12	1039151	1039162	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	294827778
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493	NC_004342	TTTAAA	2	12	1053390	1053401	50 %	50 %	0 %	0 %	24213745
494	NC_004342	ATAAAA	2	12	1055484	1055495	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	24213746
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499	NC_004342	ATCAAC	2	12	1063958	1063969	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	294827780
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