MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Bifidobacterium longum NCC2705 chromosome

Total Repeats: 125

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004307	CTTCGG	2	12	24228	24239	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_004307	GAATGT	2	12	32140	32151	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_004307	GGCGTC	2	12	72446	72457	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_004307	TGTCGA	2	12	72552	72563	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_004307	CCCGTA	2	12	76320	76331	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
6	NC_004307	ACGCCA	2	12	76681	76692	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
7	NC_004307	TTTGAA	2	12	82570	82581	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_004307	CAGACG	2	12	100397	100408	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_004307	CAGGAG	2	12	113562	113573	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_004307	AGGCGA	2	12	126723	126734	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_004307	CACCGG	2	12	133360	133371	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
12	NC_004307	TCAGGC	2	12	140952	140963	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_004307	TGACGC	2	12	141136	141147	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_004307	TCCGGG	2	12	162708	162719	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_004307	AGTGCA	2	12	163687	163698	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_004307	CCGGTG	2	12	163759	163770	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_004307	GACGGC	2	12	171266	171277	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_004307	CTGAAG	2	12	206241	206252	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_004307	TGGGCT	2	12	249191	249202	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_004307	GCAACA	2	12	251327	251338	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_004307	AGCGGG	2	12	256825	256836	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_004307	CCGTGG	2	12	413166	413177	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_004307	GGCATC	2	12	413216	413227	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_004307	TCCGCG	2	12	419381	419392	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
25	NC_004307	CGGCCT	2	12	435250	435261	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
26	NC_004307	CCATGG	2	12	446141	446152	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_004307	CAGACG	2	12	468152	468163	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_004307	GGATGC	2	12	561017	561028	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_004307	GCCCAT	2	12	617754	617765	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
30	NC_004307	CTGTCC	2	12	623755	623766	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
31	NC_004307	GAACAG	2	12	684067	684078	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_004307	CGGTCA	2	12	685476	685487	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_004307	CTCGCT	2	12	706433	706444	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
34	NC_004307	ACCCCT	2	12	782279	782290	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
35	NC_004307	CTGTCC	2	12	786897	786908	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
36	NC_004307	TCGCCT	2	12	800546	800557	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
37	NC_004307	TTAGCG	2	12	845010	845021	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_004307	ATGAAT	2	12	846087	846098	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_004307	CGCTCC	2	12	851023	851034	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
40	NC_004307	TTCGCC	2	12	927357	927368	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
41	NC_004307	TATTTG	2	12	927369	927380	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_004307	CATATC	2	12	930416	930427	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_004307	GCCCCT	2	12	981133	981144	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
44	NC_004307	TTCTTA	2	12	1088889	1088900	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_004307	CGGCAT	2	12	1113085	1113096	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_004307	GACCTC	2	12	1126133	1126144	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
47	NC_004307	CTGCGT	2	12	1127669	1127680	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_004307	GCCTTG	2	12	1130255	1130266	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_004307	CACGTC	2	12	1132014	1132025	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
50	NC_004307	GCCTCG	2	12	1154916	1154927	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
51	NC_004307	CGCCTT	2	12	1155596	1155607	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
52	NC_004307	ACGTCA	2	12	1183183	1183194	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_004307	CGAAGG	2	12	1191834	1191845	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_004307	GAAGGC	2	12	1193583	1193594	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_004307	CGAAAC	2	12	1199362	1199373	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_004307	AGGCTT	2	12	1238408	1238419	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_004307	GTCCTT	2	12	1244342	1244353	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_004307	ACAAAG	2	12	1246634	1246645	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_004307	ACCAGC	2	12	1280526	1280537	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
60	NC_004307	CGACTC	2	12	1295326	1295337	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
61	NC_004307	ATTGTT	2	12	1295836	1295847	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_004307	TAGGCG	2	12	1318675	1318686	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_004307	GCAAAT	2	12	1412516	1412527	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_004307	GGCCCG	2	12	1439677	1439688	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
65	NC_004307	CGTGAT	2	12	1439839	1439850	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_004307	TGCCGT	2	12	1440171	1440182	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_004307	CCTGAC	2	12	1440855	1440866	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
68	NC_004307	CGCCTG	2	12	1440970	1440981	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
69	NC_004307	TGACCC	2	12	1452822	1452833	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
70	NC_004307	ACGCAA	2	12	1458503	1458514	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_004307	CCTTTT	2	12	1458770	1458781	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_004307	TGCGGC	2	12	1487453	1487464	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_004307	CCGACG	2	12	1490422	1490433	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
74	NC_004307	AACACC	2	12	1490589	1490600	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
75	NC_004307	TCGCCT	2	12	1500880	1500891	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
76	NC_004307	TTTCCG	2	12	1528043	1528054	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_004307	ATTCTG	2	12	1607054	1607065	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_004307	TCGGAT	2	12	1640593	1640604	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_004307	GACCGG	2	12	1670812	1670823	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_004307	CGCTGG	2	12	1696429	1696440	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_004307	TCCGGG	2	12	1709366	1709377	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_004307	AGTGCA	2	12	1710345	1710356	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_004307	CCGGTG	2	12	1710417	1710428	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_004307	TCCGGG	2	12	1715542	1715553	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_004307	AGTGCA	2	12	1716521	1716532	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_004307	CCGGTG	2	12	1716593	1716604	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_004307	CCGGCC	2	12	1717449	1717460	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
88	NC_004307	GCAGGC	2	12	1718204	1718215	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_004307	GTCAGG	2	12	1718320	1718331	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_004307	ACGGCA	2	12	1719004	1719015	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_004307	ATCACG	2	12	1719336	1719347	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_004307	CCGGGC	2	12	1719497	1719508	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
93	NC_004307	GGCCCG	2	12	1739416	1739427	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
94	NC_004307	CGTGAT	2	12	1739578	1739589	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_004307	TGCCGT	2	12	1739910	1739921	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_004307	CCTGAC	2	12	1740594	1740605	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
97	NC_004307	CGCCTG	2	12	1740709	1740720	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
98	NC_004307	GAATGG	2	12	1762355	1762366	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
99	NC_004307	CTGTCT	2	12	1785128	1785139	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_004307	GGCGGG	2	12	1800665	1800676	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_004307	GTCTCA	2	12	1814001	1814012	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_004307	TGCAGT	2	12	1841293	1841304	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_004307	GACCTC	2	12	1843524	1843535	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
104	NC_004307	GCAGCG	2	12	1864693	1864704	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_004307	GTGTGC	2	12	1875533	1875544	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_004307	TCCGGG	2	12	1912366	1912377	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_004307	AGTGCA	2	12	1913345	1913356	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_004307	CCGGTG	2	12	1913417	1913428	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_004307	TCGATT	2	12	1921267	1921278	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_004307	TGGCGT	2	12	1934906	1934917	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_004307	GACGAG	2	12	1959000	1959011	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_004307	TGCTGA	2	12	1969595	1969606	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_004307	TGGGCG	2	12	1972159	1972170	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_004307	TGCGGA	2	12	1983473	1983484	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_004307	TTTGTG	2	12	1987414	1987425	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
116	NC_004307	AGGCGA	2	12	2015688	2015699	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_004307	TTTTTG	2	12	2016141	2016152	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_004307	ATTCAT	2	12	2083197	2083208	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_004307	GGGTTA	2	12	2088313	2088324	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
120	NC_004307	GTGCCG	2	12	2118710	2118721	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_004307	CGGTGT	2	12	2127033	2127044	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_004307	TTCGGC	2	12	2127088	2127099	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_004307	TGAAAT	2	12	2158042	2158053	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
124	NC_004307	ATTGAT	2	12	2164899	2164910	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_004307	AGGAAT	2	12	2169077	2169088	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.