MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Rhizobium etli CFN 42 symbiotic plasmid p42d

Total Repeats: 147

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004041	GGCAAT	2	12	4552	4563	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	21492960
2	NC_004041	CAGTGC	2	12	18408	18419	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	21492952
3	NC_004041	GCGTCG	2	12	20885	20896	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	89255300
4	NC_004041	GCATCG	2	12	25451	25462	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	89255302
5	NC_004041	CGCCGA	2	12	25872	25883	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	89255302
6	NC_004041	CCGGTG	2	12	27818	27829	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	21492940
7	NC_004041	AGTCGA	2	12	27889	27900	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_004041	GCGGAA	2	12	31421	31432	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	21492936
9	NC_004041	CATCTT	2	12	33239	33250	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	21492934
10	NC_004041	CAGACA	2	12	39614	39625	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_004041	GCGTCG	2	12	41694	41705	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	89255311
12	NC_004041	TCGGTA	2	12	42569	42580	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	21492924
13	NC_004041	CGTTTT	2	12	43967	43978	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	89255312
14	NC_004041	AGAGTG	2	12	44465	44476	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	21492922
15	NC_004041	CATTGC	2	12	45279	45290	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	21492921
16	NC_004041	TGCGCT	2	12	45617	45628	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	21492921
17	NC_004041	ATGACC	2	12	45817	45828	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	21492921
18	NC_004041	TAGGGA	2	12	47394	47405	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	21492919
19	NC_004041	GTGACA	2	12	49421	49432	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	21492919
20	NC_004041	GTTCGC	2	12	51605	51616	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	89255314
21	NC_004041	GCCGGA	2	12	54490	54501	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_004041	GGCCAA	2	12	55830	55841	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_004041	AAGGAC	2	12	60065	60076	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	21492910
24	NC_004041	GCTCGG	2	12	60769	60780	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	21492910
25	NC_004041	ATCGGC	2	12	61010	61021	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	21492910
26	NC_004041	GCATCG	2	12	61857	61868	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	21492910
27	NC_004041	AGCGAG	2	12	63002	63013	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_004041	ATCGGC	2	12	67330	67341	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	21492904
29	NC_004041	AGCCGG	2	12	67367	67378	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	21492904
30	NC_004041	TCGCCT	2	12	69175	69186	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	21492902
31	NC_004041	TGCCGT	2	12	72744	72755	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	21492899
32	NC_004041	ATGGCG	2	12	73517	73528	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	21492899
33	NC_004041	TGGTGC	2	12	75456	75467	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	21492896
34	NC_004041	GATGAC	2	12	76938	76949	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_004041	CGGCGA	2	12	85958	85969	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	21492885
36	NC_004041	GGCGAC	2	12	88488	88499	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	89255324
37	NC_004041	GGCAAC	2	12	91893	91904	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	89255325
38	NC_004041	CGACGT	2	12	93007	93018	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	21492880
39	NC_004041	TATCTC	2	12	96562	96573	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	21492875
40	NC_004041	ACGTCG	2	12	96974	96985	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	21492875
41	NC_004041	TTCGAT	2	12	99537	99548	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	89255328
42	NC_004041	GGGCAG	2	12	99588	99599	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	89255328
43	NC_004041	TTGCTG	2	12	100772	100783	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	89255329
44	NC_004041	GAGACG	2	12	110400	110411	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	21492863
45	NC_004041	CCGCGC	2	12	112831	112842	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	21492860
46	NC_004041	CGGATC	2	12	113099	113110	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	21492860
47	NC_004041	GAACGC	2	12	117256	117267	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	89255332
48	NC_004041	ACGGTC	2	12	117571	117582	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	89255332
49	NC_004041	CGGAGG	2	12	121016	121027	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	21492856
50	NC_004041	ATCGAA	2	12	122170	122181	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	21492856
51	NC_004041	ATTTCA	2	12	123424	123435	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	89255333
52	NC_004041	AGATGC	2	12	123849	123860	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	21492854
53	NC_004041	AGGTTG	2	12	124101	124112	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	21492854
54	NC_004041	CAACGT	2	12	127548	127559	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	21492851
55	NC_004041	TCCTTC	2	12	129475	129486	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
56	NC_004041	TGCCGC	2	12	130377	130388	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	89255335
57	NC_004041	CAAGCT	2	12	131663	131674	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	89255338
58	NC_004041	GAAATG	2	12	132036	132047	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	89255338
59	NC_004041	TCAAAG	2	12	132160	132171	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	89255338
60	NC_004041	GATCGA	2	12	140273	140284	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	21492838
61	NC_004041	CGCGCT	2	12	145235	145246	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	21492833
62	NC_004041	GGTTGC	2	12	147486	147497	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	89255343
63	NC_004041	TTCGCG	2	12	147637	147648	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	89255343
64	NC_004041	GGCGTC	2	12	148610	148621	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	89255344
65	NC_004041	TTGGCA	2	12	148806	148817	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	89255344
66	NC_004041	AAATCG	2	12	149596	149607	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	21492829
67	NC_004041	TGCGGG	2	12	159148	159159	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_004041	GAACGA	2	12	160426	160437	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	21492822
69	NC_004041	GGCCAC	2	12	162194	162205	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	21492819
70	NC_004041	CGGGCA	2	12	164523	164534	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	21492816
71	NC_004041	ATCGGC	2	12	164966	164977	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	21492816
72	NC_004041	CCAGAA	2	12	165975	165986	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	21492815
73	NC_004041	CTACGG	2	12	167302	167313	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	21492814
74	NC_004041	GCGAGG	2	12	168078	168089	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	89255350
75	NC_004041	CAGGAT	2	12	169671	169682	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	21492810
76	NC_004041	CATCGG	2	12	171889	171900	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	89255351
77	NC_004041	CGATGA	2	12	173411	173422	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	89255352
78	NC_004041	CAGTTC	2	12	173448	173459	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	89255352
79	NC_004041	GGACCG	2	12	173602	173613	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	89255352
80	NC_004041	AAAATT	2	12	174417	174428	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_004041	CGAGAT	2	12	179378	179389	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	21492799
82	NC_004041	ACATCA	2	12	180465	180476	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	21492796
83	NC_004041	ATCTCC	2	12	182357	182368	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	21492794
84	NC_004041	GCCGGC	2	12	183918	183929	0 %	0 %	50 %	50 %	21492793
85	NC_004041	CGAGGA	2	12	185102	185113	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	21492793
86	NC_004041	GGGACG	2	12	186214	186225	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	21492793
87	NC_004041	ATCGCC	2	12	190114	190125	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	21492790
88	NC_004041	TTCTCG	2	12	190909	190920	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	89255357
89	NC_004041	CGAGAT	2	12	195472	195483	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	21492785
90	NC_004041	GGAATG	2	12	211244	211255	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	21492770
91	NC_004041	CGCTTG	2	12	212898	212909	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	21492768
92	NC_004041	GAAATG	2	12	214301	214312	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	21492765
93	NC_004041	GTCCGG	2	12	223296	223307	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	89255365
94	NC_004041	GCCTCG	2	12	225277	225288	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	21492756
95	NC_004041	ACCTTC	2	12	225442	225453	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	21492756
96	NC_004041	ATCGGC	2	12	225819	225830	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	21492756
97	NC_004041	AGGGCG	2	12	236060	236071	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	21492743
98	NC_004041	TTCTCG	2	12	238264	238275	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	21492741
99	NC_004041	CGTGCC	2	12	238960	238971	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	21492740
100	NC_004041	CGGCGA	2	12	240862	240873	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	21492738
101	NC_004041	TCGATC	2	12	241989	242000	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	21492737
102	NC_004041	GTCGCG	2	12	246157	246168	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	21492734
103	NC_004041	TCCGAT	2	12	247963	247974	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	21492731
104	NC_004041	AACGGA	2	12	249728	249739	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	21492730
105	NC_004041	GCCGGA	2	12	250456	250467	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_004041	GCTGAT	2	12	251555	251566	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	89255371
107	NC_004041	ACATAG	2	12	251858	251869	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	89255371
108	NC_004041	GTTCGC	2	12	252601	252612	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	21492728
109	NC_004041	TCGATG	2	12	258265	258276	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	21492724
110	NC_004041	CGTTTT	2	12	262488	262499	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_004041	GCGTTG	2	12	264732	264743	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	89255375
112	NC_004041	GCAGGA	2	12	265009	265020	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	21492718
113	NC_004041	CGGCGC	2	12	270159	270170	0 %	0 %	50 %	50 %	21492715
114	NC_004041	GGCCAA	2	12	270587	270598	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	21492714
115	NC_004041	ACGGGT	2	12	271711	271722	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	21492714
116	NC_004041	GGGCTG	2	12	272686	272697	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	21492713
117	NC_004041	TCGACG	2	12	276756	276767	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	21492710
118	NC_004041	GATCGG	2	12	289687	289698	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	89255381
119	NC_004041	GCAATG	2	12	289757	289768	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	89255381
120	NC_004041	ACCGCA	2	12	290581	290592	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	21492696
121	NC_004041	AAGTCG	2	12	291002	291013	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	89255382
122	NC_004041	TTTGAT	2	12	291552	291563	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	21492694
123	NC_004041	ACCAGG	2	12	291851	291862	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_004041	CATAGC	2	12	294563	294574	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	21492691
125	NC_004041	ACGCTC	2	12	297976	297987	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	21492688
126	NC_004041	TGTAGG	2	12	304238	304249	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	21492680
127	NC_004041	GCAGAT	2	12	304296	304307	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	21492680
128	NC_004041	CGAAGG	2	12	305462	305473	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	21492678
129	NC_004041	ACCGCG	2	12	305767	305778	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	21492678
130	NC_004041	GCGCCG	2	12	306479	306490	0 %	0 %	50 %	50 %	21492678
131	NC_004041	TCGCCT	2	12	306713	306724	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	21492678
132	NC_004041	TGAGCC	2	12	307815	307826	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	21492676
133	NC_004041	TGGCGA	2	12	308484	308495	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	21492676
134	NC_004041	GGCATG	2	12	314367	314378	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	21492671
135	NC_004041	AAACCG	2	12	316663	316674	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	89255387
136	NC_004041	GCGACC	2	12	325746	325757	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
137	NC_004041	GCCCGA	2	12	334039	334050	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	21493001
138	NC_004041	CGTGGC	2	12	340803	340814	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	89255394
139	NC_004041	GCTTAT	2	12	342852	342863	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	89255396
140	NC_004041	GGCAAT	2	12	343833	343844	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	89255396
141	NC_004041	CCAAGG	2	12	358561	358572	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	21492976
142	NC_004041	AAGGTT	2	12	358638	358649	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	21492976
143	NC_004041	CCGCGC	2	12	362106	362117	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	21492971
144	NC_004041	CGGATC	2	12	362374	362385	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	21492971
145	NC_004041	TTGATC	2	12	368114	368125	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	89255406
146	NC_004041	AGTTCA	2	12	368579	368590	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	89255406
147	NC_004041	AGAGCA	2	12	369760	369771	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	21492966

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.