MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhizobium etli CFN 42 symbiotic plasmid p42d

Total Repeats: 76

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004041	TCGCG	2	10	606	615	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
2	NC_004041	CGAAG	2	10	1754	1763	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
3	NC_004041	GCTGA	2	10	4271	4280	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
4	NC_004041	AGGTG	2	10	17289	17298	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
5	NC_004041	TTGAT	2	10	20009	20018	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_004041	CGTCG	2	10	30877	30886	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
7	NC_004041	CTGCC	2	10	35406	35415	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
8	NC_004041	GCCGC	2	10	36701	36710	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
9	NC_004041	ACCAA	2	10	42282	42291	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
10	NC_004041	GACGC	2	10	47153	47162	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
11	NC_004041	TGAGT	2	10	49813	49822	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
12	NC_004041	ATGGC	2	10	49854	49863	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
13	NC_004041	GTGGC	2	10	53872	53881	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
14	NC_004041	CGCCA	2	10	55809	55818	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
15	NC_004041	CATCG	2	10	56399	56408	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
16	NC_004041	GGCGG	2	10	68993	69002	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
17	NC_004041	GCCGA	2	10	74744	74753	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
18	NC_004041	TGAAG	2	10	82159	82168	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
19	NC_004041	GCTCT	2	10	84437	84446	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
20	NC_004041	TTCAA	2	10	87346	87355	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_004041	CAACG	2	10	92194	92203	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
22	NC_004041	CTTCC	2	10	103925	103934	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
23	NC_004041	AGAGC	2	10	104478	104487	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
24	NC_004041	TCACA	2	10	105829	105838	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
25	NC_004041	CACCT	2	10	107205	107214	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
26	NC_004041	AGGCA	2	10	111384	111393	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
27	NC_004041	CAACT	2	10	122665	122674	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
28	NC_004041	TGCTC	2	10	122778	122787	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
29	NC_004041	TCGGC	2	10	128240	128249	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
30	NC_004041	ATGAG	2	10	129166	129175	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
31	NC_004041	ATCAC	2	10	131089	131098	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
32	NC_004041	GCTCC	2	10	138108	138117	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
33	NC_004041	GTCTT	2	10	141347	141356	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_004041	AAAAC	2	10	143557	143566	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_004041	AAGGC	2	10	143671	143680	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
36	NC_004041	TGCTC	2	10	166361	166370	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
37	NC_004041	GTGCA	2	10	172920	172929	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
38	NC_004041	GCCCC	2	10	175175	175184	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
39	NC_004041	CAACG	2	10	175446	175455	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
40	NC_004041	GCGAT	2	10	200972	200981	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_004041	GAACG	2	10	202937	202946	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_004041	CGAAA	2	10	206233	206242	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
43	NC_004041	CGGCT	2	10	209059	209068	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
44	NC_004041	GCCTG	2	10	218419	218428	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
45	NC_004041	CAGGC	2	10	218442	218451	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
46	NC_004041	CCGCC	2	10	228097	228106	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
47	NC_004041	GTTGC	2	10	229184	229193	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
48	NC_004041	CTGCC	2	10	231546	231555	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
49	NC_004041	CGACA	2	10	239137	239146	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
50	NC_004041	ATGGC	2	10	244975	244984	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
51	NC_004041	TCGCG	2	10	250228	250237	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
52	NC_004041	GCCTG	2	10	255492	255501	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
53	NC_004041	GTGCC	2	10	259288	259297	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
54	NC_004041	ACGGT	2	10	261182	261191	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
55	NC_004041	CGTAC	2	10	262083	262092	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
56	NC_004041	TACAA	2	10	267669	267678	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_004041	CAGCG	2	10	273252	273261	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
58	NC_004041	TCCAG	2	10	273418	273427	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
59	NC_004041	CCAGA	2	10	287193	287202	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
60	NC_004041	TCCAC	2	10	292446	292455	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
61	NC_004041	TTTCG	2	10	304530	304539	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
62	NC_004041	TCCGT	2	10	318109	318118	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
63	NC_004041	GCCTG	2	10	321921	321930	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
64	NC_004041	CAGGC	2	10	321944	321953	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
65	NC_004041	GCTCG	2	10	324802	324811	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
66	NC_004041	GATTG	2	10	324851	324860	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
67	NC_004041	CGGCA	2	10	325123	325132	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
68	NC_004041	TGGAA	2	10	326096	326105	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
69	NC_004041	GCTGG	2	10	326229	326238	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
70	NC_004041	GGAAC	2	10	337394	337403	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
71	NC_004041	TTTCC	2	10	339095	339104	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
72	NC_004041	GAAGC	2	10	340570	340579	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
73	NC_004041	CGCTT	2	10	341457	341466	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
74	NC_004041	CGAAC	2	10	366619	366628	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
75	NC_004041	TCCCC	3	15	366917	366931	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
76	NC_004041	AAAAG	2	10	369896	369905	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.