MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Rhizobium etli CFN 42 symbiotic plasmid p42d

Total Repeats: 192

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004041	GATTG	2	10	936	945	20 %	40 %	40 %	0 %	21492963
2	NC_004041	CATGC	2	10	2585	2594	20 %	20 %	20 %	40 %	21492961
3	NC_004041	GACGA	2	10	2969	2978	40 %	0 %	40 %	20 %	21492961
4	NC_004041	GGCGA	2	10	8164	8173	20 %	0 %	60 %	20 %	21492958
5	NC_004041	CCAAG	2	10	9806	9815	40 %	0 %	20 %	40 %	21492957
6	NC_004041	CTGAG	2	10	12712	12721	20 %	20 %	40 %	20 %	21492955
7	NC_004041	ACGAC	2	10	13694	13703	40 %	0 %	20 %	40 %	21492955
8	NC_004041	TTGGT	2	10	16328	16337	0 %	60 %	40 %	0 %	21492955
9	NC_004041	TGGTG	2	10	16446	16455	0 %	40 %	60 %	0 %	21492955
10	NC_004041	AGAGG	2	10	17841	17850	40 %	0 %	60 %	0 %	21492953
11	NC_004041	GCTGC	2	10	19771	19780	0 %	20 %	40 %	40 %	21492951
12	NC_004041	GCAGT	2	10	22482	22491	20 %	20 %	40 %	20 %	21492947
13	NC_004041	CGACT	2	10	22718	22727	20 %	20 %	20 %	40 %	21492946
14	NC_004041	GCAGG	2	10	24900	24909	20 %	0 %	60 %	20 %	89255302
15	NC_004041	GCCGT	2	10	25307	25316	0 %	20 %	40 %	40 %	89255302
16	NC_004041	GCGCG	2	10	25701	25710	0 %	0 %	60 %	40 %	89255302
17	NC_004041	CGGCG	2	10	31163	31172	0 %	0 %	60 %	40 %	21492936
18	NC_004041	TCTCT	2	10	31230	31239	0 %	60 %	0 %	40 %	21492936
19	NC_004041	CGATC	2	10	34411	34420	20 %	20 %	20 %	40 %	89255305
20	NC_004041	GCATC	2	10	35023	35032	20 %	20 %	20 %	40 %	89255306
21	NC_004041	TCCGG	2	10	35319	35328	0 %	20 %	40 %	40 %	89255306
22	NC_004041	GAGCG	2	10	38020	38029	20 %	0 %	60 %	20 %	89255309
23	NC_004041	CGCGT	2	10	44650	44659	0 %	20 %	40 %	40 %	21492922
24	NC_004041	CCGGG	2	10	44982	44991	0 %	0 %	60 %	40 %	21492922
25	NC_004041	CGGGG	2	10	47440	47449	0 %	0 %	80 %	20 %	21492919
26	NC_004041	AGCGT	2	10	47607	47616	20 %	20 %	40 %	20 %	21492919
27	NC_004041	GATCC	2	10	47651	47660	20 %	20 %	20 %	40 %	21492919
28	NC_004041	TCCCG	2	10	51453	51462	0 %	20 %	20 %	60 %	89255314
29	NC_004041	TCCGC	2	10	55045	55054	0 %	20 %	20 %	60 %	89255315
30	NC_004041	AGGTC	2	10	55423	55432	20 %	20 %	40 %	20 %	89255316
31	NC_004041	TCGGC	2	10	58904	58913	0 %	20 %	40 %	40 %	89255317
32	NC_004041	TCCGA	2	10	60653	60662	20 %	20 %	20 %	40 %	21492910
33	NC_004041	GGCTC	2	10	60729	60738	0 %	20 %	40 %	40 %	21492910
34	NC_004041	GCTCG	2	10	61912	61921	0 %	20 %	40 %	40 %	21492910
35	NC_004041	GCGCA	2	10	61997	62006	20 %	0 %	40 %	40 %	21492910
36	NC_004041	GCGGA	2	10	63271	63280	20 %	0 %	60 %	20 %	21492909
37	NC_004041	GGCGA	2	10	64508	64517	20 %	0 %	60 %	20 %	89255319
38	NC_004041	GATGG	2	10	64581	64590	20 %	20 %	60 %	0 %	89255319
39	NC_004041	AGGCA	2	10	64911	64920	40 %	0 %	40 %	20 %	89255319
40	NC_004041	CGGCT	2	10	65023	65032	0 %	20 %	40 %	40 %	89255319
41	NC_004041	CGCCA	2	10	65446	65455	20 %	0 %	20 %	60 %	21492906
42	NC_004041	CGATC	2	10	66631	66640	20 %	20 %	20 %	40 %	21492905
43	NC_004041	TCCGG	2	10	67077	67086	0 %	20 %	40 %	40 %	21492904
44	NC_004041	GGCGC	2	10	70479	70488	0 %	0 %	60 %	40 %	21492901
45	NC_004041	GCGCG	2	10	71991	72000	0 %	0 %	60 %	40 %	21492899
46	NC_004041	AAGGC	2	10	72596	72605	40 %	0 %	40 %	20 %	21492899
47	NC_004041	ACCTT	2	10	73533	73542	20 %	40 %	0 %	40 %	21492899
48	NC_004041	TCGGC	2	10	73604	73613	0 %	20 %	40 %	40 %	21492898
49	NC_004041	CGGCG	2	10	74028	74037	0 %	0 %	60 %	40 %	21492898
50	NC_004041	GCCGT	2	10	74191	74200	0 %	20 %	40 %	40 %	21492898
51	NC_004041	ACATC	2	10	77148	77157	40 %	20 %	0 %	40 %	89255321
52	NC_004041	GGGCC	2	10	77162	77171	0 %	0 %	60 %	40 %	89255321
53	NC_004041	AACCC	2	10	78785	78794	40 %	0 %	0 %	60 %	21492891
54	NC_004041	TCGGC	2	10	83173	83182	0 %	20 %	40 %	40 %	21492887
55	NC_004041	CGATC	2	10	85686	85695	20 %	20 %	20 %	40 %	21492885
56	NC_004041	GAGCA	2	10	86662	86671	40 %	0 %	40 %	20 %	89255323
57	NC_004041	TCAAA	2	10	99457	99466	60 %	20 %	0 %	20 %	89255328
58	NC_004041	TCTCC	2	10	101113	101122	0 %	40 %	0 %	60 %	89255329
59	NC_004041	AAATC	2	10	101273	101282	60 %	20 %	0 %	20 %	21492871
60	NC_004041	CTCGG	2	10	101704	101713	0 %	20 %	40 %	40 %	21492871
61	NC_004041	CGATC	2	10	104602	104611	20 %	20 %	20 %	40 %	21492869
62	NC_004041	GATCC	2	10	104822	104831	20 %	20 %	20 %	40 %	21492869
63	NC_004041	ACATC	2	10	106188	106197	40 %	20 %	0 %	40 %	89255331
64	NC_004041	CCGAT	2	10	107870	107879	20 %	20 %	20 %	40 %	21492865
65	NC_004041	GCTCA	2	10	112127	112136	20 %	20 %	20 %	40 %	21492861
66	NC_004041	GACGA	2	10	113070	113079	40 %	0 %	40 %	20 %	21492860
67	NC_004041	GTTAG	2	10	118210	118219	20 %	40 %	40 %	0 %	89255332
68	NC_004041	ACGAT	2	10	121424	121433	40 %	20 %	20 %	20 %	21492856
69	NC_004041	GTCAT	2	10	124124	124133	20 %	40 %	20 %	20 %	21492854
70	NC_004041	TGTCG	2	10	124306	124315	0 %	40 %	40 %	20 %	21492854
71	NC_004041	GGAGA	2	10	124775	124784	40 %	0 %	60 %	0 %	21492854
72	NC_004041	TTGCG	2	10	126470	126479	0 %	40 %	40 %	20 %	89255334
73	NC_004041	ACCTG	2	10	127367	127376	20 %	20 %	20 %	40 %	21492851
74	NC_004041	CTTCG	2	10	129835	129844	0 %	40 %	20 %	40 %	89255335
75	NC_004041	CATGG	2	10	130662	130671	20 %	20 %	40 %	20 %	89255336
76	NC_004041	GGAAC	2	10	137318	137327	40 %	0 %	40 %	20 %	89255341
77	NC_004041	ATGCG	2	10	137420	137429	20 %	20 %	40 %	20 %	89255341
78	NC_004041	GCATC	2	10	139352	139361	20 %	20 %	20 %	40 %	21492838
79	NC_004041	CTCGC	2	10	140107	140116	0 %	20 %	20 %	60 %	21492838
80	NC_004041	CAACA	2	10	142302	142311	60 %	0 %	0 %	40 %	21492836
81	NC_004041	GGATC	2	10	143994	144003	20 %	20 %	40 %	20 %	21492834
82	NC_004041	GCGGT	2	10	146220	146229	0 %	20 %	60 %	20 %	21492833
83	NC_004041	CGACG	2	10	153782	153791	20 %	0 %	40 %	40 %	21492826
84	NC_004041	CGCGG	2	10	153827	153836	0 %	0 %	60 %	40 %	21492826
85	NC_004041	GATCA	2	10	159629	159638	40 %	20 %	20 %	20 %	89255348
86	NC_004041	TGTCA	2	10	161257	161266	20 %	40 %	20 %	20 %	21492821
87	NC_004041	AAGCA	2	10	162346	162355	60 %	0 %	20 %	20 %	21492819
88	NC_004041	CCGAG	2	10	163770	163779	20 %	0 %	40 %	40 %	21492816
89	NC_004041	CGGCG	2	10	166810	166819	0 %	0 %	60 %	40 %	21492814
90	NC_004041	GGCAG	2	10	167597	167606	20 %	0 %	60 %	20 %	21492813
91	NC_004041	CGGCG	2	10	169266	169275	0 %	0 %	60 %	40 %	21492811
92	NC_004041	GGCCG	2	10	170103	170112	0 %	0 %	60 %	40 %	21492810
93	NC_004041	GGAGG	2	10	170590	170599	20 %	0 %	80 %	0 %	21492809
94	NC_004041	CAACC	2	10	171089	171098	40 %	0 %	0 %	60 %	21492809
95	NC_004041	TGCAA	2	10	172727	172736	40 %	20 %	20 %	20 %	21492807
96	NC_004041	GCAAG	2	10	177539	177548	40 %	0 %	40 %	20 %	21492802
97	NC_004041	CGCTC	2	10	178798	178807	0 %	20 %	20 %	60 %	21492800
98	NC_004041	TCTCT	2	10	178958	178967	0 %	60 %	0 %	40 %	21492800
99	NC_004041	CGAAG	2	10	181038	181047	40 %	0 %	40 %	20 %	21492796
100	NC_004041	GGTGC	2	10	181186	181195	0 %	20 %	60 %	20 %	21492796
101	NC_004041	CCTTT	2	10	182288	182297	0 %	60 %	0 %	40 %	21492794
102	NC_004041	CGCGG	2	10	182386	182395	0 %	0 %	60 %	40 %	21492794
103	NC_004041	GACAT	2	10	183313	183322	40 %	20 %	20 %	20 %	21492793
104	NC_004041	GCGAT	2	10	184210	184219	20 %	20 %	40 %	20 %	21492793
105	NC_004041	GGCGC	2	10	186006	186015	0 %	0 %	60 %	40 %	21492793
106	NC_004041	ATCGC	2	10	186751	186760	20 %	20 %	20 %	40 %	21492793
107	NC_004041	AGCGG	2	10	187274	187283	20 %	0 %	60 %	20 %	21492793
108	NC_004041	GCTCA	2	10	187856	187865	20 %	20 %	20 %	40 %	89255356
109	NC_004041	CCAAT	2	10	189745	189754	40 %	20 %	0 %	40 %	21492790
110	NC_004041	GGATC	2	10	191677	191686	20 %	20 %	40 %	20 %	21492788
111	NC_004041	ATCTG	2	10	194450	194459	20 %	40 %	20 %	20 %	89255358
112	NC_004041	CGCAG	2	10	197845	197854	20 %	0 %	40 %	40 %	21492782
113	NC_004041	GATCG	2	10	198011	198020	20 %	20 %	40 %	20 %	21492782
114	NC_004041	TCGGC	2	10	198264	198273	0 %	20 %	40 %	40 %	21492782
115	NC_004041	CGCAT	2	10	200489	200498	20 %	20 %	20 %	40 %	21492781
116	NC_004041	CAGAA	2	10	200573	200582	60 %	0 %	20 %	20 %	21492781
117	NC_004041	GCGCC	2	10	201394	201403	0 %	0 %	40 %	60 %	21492780
118	NC_004041	CTGCA	2	10	203289	203298	20 %	20 %	20 %	40 %	21492777
119	NC_004041	AGGGC	2	10	207418	207427	20 %	0 %	60 %	20 %	21492773
120	NC_004041	CTTTG	2	10	212103	212112	0 %	60 %	20 %	20 %	21492769
121	NC_004041	CGGCA	2	10	215123	215132	20 %	0 %	40 %	40 %	21492765
122	NC_004041	CGCCA	2	10	223419	223428	20 %	0 %	20 %	60 %	89255365
123	NC_004041	CACGC	2	10	225226	225235	20 %	0 %	20 %	60 %	21492756
124	NC_004041	GATCG	2	10	226915	226924	20 %	20 %	40 %	20 %	21492754
125	NC_004041	AAACC	2	10	227387	227396	60 %	0 %	0 %	40 %	89255366
126	NC_004041	TCGCG	2	10	227949	227958	0 %	20 %	40 %	40 %	89255367
127	NC_004041	CGCGA	2	10	229294	229303	20 %	0 %	40 %	40 %	89255368
128	NC_004041	AAAGG	2	10	230220	230229	60 %	0 %	40 %	0 %	21492748
129	NC_004041	AAGAC	2	10	233414	233423	60 %	0 %	20 %	20 %	21492746
130	NC_004041	CGAGC	2	10	235972	235981	20 %	0 %	40 %	40 %	21492743
131	NC_004041	CAGTT	2	10	236945	236954	20 %	40 %	20 %	20 %	21492742
132	NC_004041	AAGCT	2	10	236964	236973	40 %	20 %	20 %	20 %	21492742
133	NC_004041	GAGCC	2	10	238201	238210	20 %	0 %	40 %	40 %	21492741
134	NC_004041	CGCAG	2	10	243143	243152	20 %	0 %	40 %	40 %	89255370
135	NC_004041	GCATC	2	10	244788	244797	20 %	20 %	20 %	40 %	89255370
136	NC_004041	CGGAT	2	10	247469	247478	20 %	20 %	40 %	20 %	21492731
137	NC_004041	TTTTC	2	10	248052	248061	0 %	80 %	0 %	20 %	21492731
138	NC_004041	GTTTA	2	10	249751	249760	20 %	60 %	20 %	0 %	21492730
139	NC_004041	GTTTC	2	10	251768	251777	0 %	60 %	20 %	20 %	89255371
140	NC_004041	TGATT	2	10	256733	256742	20 %	60 %	20 %	0 %	21492724
141	NC_004041	TCGTC	2	10	256943	256952	0 %	40 %	20 %	40 %	21492724
142	NC_004041	GCGCG	2	10	260191	260200	0 %	0 %	60 %	40 %	21492723
143	NC_004041	TCGGA	2	10	264746	264755	20 %	20 %	40 %	20 %	89255375
144	NC_004041	ATCGA	2	10	265200	265209	40 %	20 %	20 %	20 %	21492718
145	NC_004041	CACGC	2	10	266637	266646	20 %	0 %	20 %	60 %	21492717
146	NC_004041	TGGTC	2	10	269865	269874	0 %	40 %	40 %	20 %	21492715
147	NC_004041	CGCAG	2	10	270904	270913	20 %	0 %	40 %	40 %	21492714
148	NC_004041	GCCAT	2	10	271386	271395	20 %	20 %	20 %	40 %	21492714
149	NC_004041	GCGTC	2	10	272075	272084	0 %	20 %	40 %	40 %	21492713
150	NC_004041	CAGGC	2	10	272525	272534	20 %	0 %	40 %	40 %	21492713
151	NC_004041	AGCCG	2	10	276626	276635	20 %	0 %	40 %	40 %	21492710
152	NC_004041	TTGAA	2	10	278642	278651	40 %	40 %	20 %	0 %	21492707
153	NC_004041	CCGAA	2	10	278652	278661	40 %	0 %	20 %	40 %	21492707
154	NC_004041	CATTC	2	10	282815	282824	20 %	40 %	0 %	40 %	89255377
155	NC_004041	TTTGC	2	10	283512	283521	0 %	60 %	20 %	20 %	89255377
156	NC_004041	GGCTT	2	10	286270	286279	0 %	40 %	40 %	20 %	21492700
157	NC_004041	CGGGC	2	10	292637	292646	0 %	0 %	60 %	40 %	21492693
158	NC_004041	GATCA	2	10	297736	297745	40 %	20 %	20 %	20 %	21492688
159	NC_004041	GCCGA	2	10	305394	305403	20 %	0 %	40 %	40 %	21492678
160	NC_004041	CGCGG	2	10	306246	306255	0 %	0 %	60 %	40 %	21492678
161	NC_004041	CGAGG	2	10	308776	308785	20 %	0 %	60 %	20 %	21492676
162	NC_004041	CCTTT	2	10	309577	309586	0 %	60 %	0 %	40 %	21492675
163	NC_004041	TCACC	2	10	310416	310425	20 %	20 %	0 %	60 %	21492673
164	NC_004041	GATCG	2	10	316295	316304	20 %	20 %	40 %	20 %	89255387
165	NC_004041	GATCA	2	10	316796	316805	40 %	20 %	20 %	20 %	89255387
166	NC_004041	TGCAG	2	10	317759	317768	20 %	20 %	40 %	20 %	21492668
167	NC_004041	CAGGT	2	10	319125	319134	20 %	20 %	40 %	20 %	21492667
168	NC_004041	CGACC	2	10	327745	327754	20 %	0 %	20 %	60 %	21492660
169	NC_004041	GACGA	2	10	328618	328627	40 %	0 %	40 %	20 %	21492659
170	NC_004041	ATTGA	2	10	330795	330804	40 %	40 %	20 %	0 %	21493003
171	NC_004041	CGCTT	2	10	333792	333801	0 %	40 %	20 %	40 %	21493002
172	NC_004041	TGCGG	2	10	334190	334199	0 %	20 %	60 %	20 %	21493001
173	NC_004041	AACGG	2	10	334590	334599	40 %	0 %	40 %	20 %	89255390
174	NC_004041	TGCGA	2	10	334601	334610	20 %	20 %	40 %	20 %	89255390
175	NC_004041	GGAGC	2	10	335192	335201	20 %	0 %	60 %	20 %	89255390
176	NC_004041	GCTCG	2	10	339377	339386	0 %	20 %	40 %	40 %	89255392
177	NC_004041	TCCCG	2	10	340254	340263	0 %	20 %	20 %	60 %	89255393
178	NC_004041	AGGTC	2	10	351499	351508	20 %	20 %	40 %	20 %	89255400
179	NC_004041	CCGCT	2	10	352441	352450	0 %	20 %	20 %	60 %	89255402
180	NC_004041	CGCCA	2	10	353810	353819	20 %	0 %	20 %	60 %	21492980
181	NC_004041	AAAAG	2	10	354056	354065	80 %	0 %	20 %	0 %	21492980
182	NC_004041	GAACG	2	10	356912	356921	40 %	0 %	40 %	20 %	21492978
183	NC_004041	CTGCA	2	10	357269	357278	20 %	20 %	20 %	40 %	21492978
184	NC_004041	GCTCA	2	10	361402	361411	20 %	20 %	20 %	40 %	21492972
185	NC_004041	GACGA	2	10	362345	362354	40 %	0 %	40 %	20 %	21492971
186	NC_004041	TGTCA	2	10	363318	363327	20 %	40 %	20 %	20 %	89255405
187	NC_004041	AGGTC	2	10	363329	363338	20 %	20 %	40 %	20 %	89255405
188	NC_004041	CCTGT	2	10	364657	364666	0 %	40 %	20 %	40 %	21492969
189	NC_004041	AGCGA	2	10	364757	364766	40 %	0 %	40 %	20 %	21492969
190	NC_004041	TCTTA	2	10	367840	367849	20 %	60 %	0 %	20 %	89255406
191	NC_004041	TGAAC	2	10	369098	369107	40 %	20 %	20 %	20 %	21492966
192	NC_004041	CCCTC	2	10	369499	369508	0 %	20 %	0 %	80 %	21492966

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.