MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 plasmid pHCM2

Total Repeats: 61

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003385	CAGCG	2	10	1094	1103	20 %	0 %	40 %	40 %	18466669
2	NC_003385	CCATT	2	10	1705	1714	20 %	40 %	0 %	40 %	18466671
3	NC_003385	CGCAG	2	10	10224	10233	20 %	0 %	40 %	40 %	18466680
4	NC_003385	GAAGA	2	10	12466	12475	60 %	0 %	40 %	0 %	18466681
5	NC_003385	CCTTT	2	10	14983	14992	0 %	60 %	0 %	40 %	18466682
6	NC_003385	TCGCC	2	10	15129	15138	0 %	20 %	20 %	60 %	18466682
7	NC_003385	AAACA	2	10	15836	15845	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_003385	TGTTA	2	10	18071	18080	20 %	60 %	20 %	0 %	18466687
9	NC_003385	CCAGA	2	10	19229	19238	40 %	0 %	20 %	40 %	18466691
10	NC_003385	CGCTG	2	10	19612	19621	0 %	20 %	40 %	40 %	18466691
11	NC_003385	GAGAT	2	10	19696	19705	40 %	20 %	40 %	0 %	18466691
12	NC_003385	GCAAA	2	10	22273	22282	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_003385	GGAAT	2	10	23499	23508	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
14	NC_003385	CGCTT	2	10	23854	23863	0 %	40 %	20 %	40 %	18466696
15	NC_003385	CGAAT	2	10	25776	25785	40 %	20 %	20 %	20 %	18466700
16	NC_003385	TGCTC	2	10	25812	25821	0 %	40 %	20 %	40 %	18466700
17	NC_003385	CAGCG	2	10	26361	26370	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
18	NC_003385	CCTGC	2	10	26647	26656	0 %	20 %	20 %	60 %	18466703
19	NC_003385	GGTGC	2	10	27162	27171	0 %	20 %	60 %	20 %	18466703
20	NC_003385	TCACA	2	10	27951	27960	40 %	20 %	0 %	40 %	18466704
21	NC_003385	CGTCG	2	10	28638	28647	0 %	20 %	40 %	40 %	18466705
22	NC_003385	ACGCT	2	10	30781	30790	20 %	20 %	20 %	40 %	18466706
23	NC_003385	TCATT	2	10	37804	37813	20 %	60 %	0 %	20 %	18466716
24	NC_003385	TGTTT	2	10	43376	43385	0 %	80 %	20 %	0 %	18466717
25	NC_003385	GGACG	2	10	43863	43872	20 %	0 %	60 %	20 %	18466717
26	NC_003385	ACCAG	2	10	52650	52659	40 %	0 %	20 %	40 %	18466725
27	NC_003385	TGAAC	2	10	52861	52870	40 %	20 %	20 %	20 %	18466725
28	NC_003385	CGACA	2	10	55322	55331	40 %	0 %	20 %	40 %	18466729
29	NC_003385	CGGCA	2	10	56830	56839	20 %	0 %	40 %	40 %	18466731
30	NC_003385	TTTCC	2	10	60375	60384	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
31	NC_003385	AGTGC	2	10	61302	61311	20 %	20 %	40 %	20 %	18466735
32	NC_003385	CTTCG	2	10	62235	62244	0 %	40 %	20 %	40 %	18466736
33	NC_003385	CGGAA	2	10	63119	63128	40 %	0 %	40 %	20 %	18466738
34	NC_003385	AACGG	2	10	63327	63336	40 %	0 %	40 %	20 %	18466738
35	NC_003385	TGCCC	2	10	68500	68509	0 %	20 %	20 %	60 %	18466746
36	NC_003385	AAATT	2	10	69951	69960	60 %	40 %	0 %	0 %	18466748
37	NC_003385	ATTTT	2	10	70183	70192	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_003385	TGTCG	2	10	70663	70672	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_003385	CCCCT	2	10	71056	71065	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
40	NC_003385	TCCCC	2	10	71204	71213	0 %	20 %	0 %	80 %	18466750
41	NC_003385	TACAA	2	10	72608	72617	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_003385	AAGAG	2	10	74241	74250	60 %	0 %	40 %	0 %	18466757
43	NC_003385	TCTGG	2	10	75132	75141	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
44	NC_003385	CTCGT	2	10	75786	75795	0 %	40 %	20 %	40 %	18466758
45	NC_003385	AAGTG	2	10	77445	77454	40 %	20 %	40 %	0 %	18466760
46	NC_003385	TTTTC	2	10	79787	79796	0 %	80 %	0 %	20 %	18466765
47	NC_003385	TAAAT	2	10	81226	81235	60 %	40 %	0 %	0 %	18466768
48	NC_003385	GGGTA	2	10	81820	81829	20 %	20 %	60 %	0 %	18466769
49	NC_003385	CATCC	2	10	85063	85072	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
50	NC_003385	GCCCG	2	10	86067	86076	0 %	0 %	40 %	60 %	18466774
51	NC_003385	AGAAA	2	10	86324	86333	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_003385	CTGAA	2	10	86366	86375	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_003385	CGCTG	2	10	91899	91908	0 %	20 %	40 %	40 %	18466784
54	NC_003385	ATGGC	2	10	92113	92122	20 %	20 %	40 %	20 %	18466784
55	NC_003385	GCTTC	2	10	93262	93271	0 %	40 %	20 %	40 %	18466785
56	NC_003385	TTGCC	2	10	93658	93667	0 %	40 %	20 %	40 %	18466785
57	NC_003385	CTCAA	2	10	95053	95062	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
58	NC_003385	GACTG	2	10	97791	97800	20 %	20 %	40 %	20 %	18466788
59	NC_003385	GCAAG	2	10	99028	99037	40 %	0 %	40 %	20 %	18466790
60	NC_003385	ACGTA	2	10	103817	103826	40 %	20 %	20 %	20 %	18466795
61	NC_003385	ACTTA	2	10	105486	105495	40 %	40 %	0 %	20 %	18466796

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.