MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 plasmid pHCM1

Total Repeats: 65

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003384	TCACGC	2	12	3322	3333	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	18466430
2	NC_003384	GTCAGG	2	12	4255	4266	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	18466431
3	NC_003384	TTAAAT	2	12	6738	6749	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_003384	TTAAAT	2	12	10977	10988	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_003384	GTGTAT	2	12	14947	14958	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	18466450
6	NC_003384	GCTTCA	2	12	15870	15881	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	18466451
7	NC_003384	ACCGCA	2	12	24225	24236	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	18466464
8	NC_003384	TGGCTA	2	12	26497	26508	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	18466465
9	NC_003384	CCTGTA	2	12	29130	29141	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	18466469
10	NC_003384	ACCCAG	2	12	31188	31199	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	18466472
11	NC_003384	ATGGTT	2	12	37465	37476	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_003384	GTTAGC	2	12	39193	39204	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	18466477
13	NC_003384	GTAAAA	2	12	39751	39762	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	18466478
14	NC_003384	TATTCC	2	12	41244	41255	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	18466480
15	NC_003384	GCAAGA	2	12	41339	41350	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	18466480
16	NC_003384	AACAAT	2	12	44718	44729	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	18466483
17	NC_003384	GAAATG	2	12	48587	48598	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	18466487
18	NC_003384	GCAACA	2	12	51179	51190	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	18466490
19	NC_003384	AGGAAA	2	12	53628	53639	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	18466491
20	NC_003384	TAAAAG	2	12	55171	55182	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_003384	TGGCTG	2	12	62270	62281	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	18466498
22	NC_003384	AATATC	2	12	65772	65783	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	18466502
23	NC_003384	CTTGTT	2	12	65903	65914	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	18466502
24	NC_003384	CAAGAT	2	12	68572	68583	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	18466503
25	NC_003384	TTCGGG	2	12	81721	81732	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	18466511
26	NC_003384	CAAACA	2	12	87525	87536	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	18466516
27	NC_003384	GTTCCG	2	12	92138	92149	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466521
28	NC_003384	TCAATA	2	12	97592	97603	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	18466526
29	NC_003384	GGATGC	2	12	98326	98337	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	18466527
30	NC_003384	GTTTCG	2	12	99406	99417	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_003384	GTATCC	2	12	100546	100557	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	18466530
32	NC_003384	GTGTCT	2	12	103351	103362	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	18466535
33	NC_003384	TAAAAT	2	12	106192	106203	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_003384	CAGCGG	2	12	110263	110274	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	18466544
35	NC_003384	AAACAG	2	12	111083	111094	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_003384	ATGCGG	2	12	113974	113985	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	18466551
37	NC_003384	TAAGCT	2	12	115017	115028	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_003384	CTGGTC	2	12	115373	115384	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	18466553
39	NC_003384	GACGGT	2	12	118137	118148	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	18466557
40	NC_003384	TTTCGC	2	12	120858	120869	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	18466562
41	NC_003384	ACAGCG	2	12	124189	124200	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466566
42	NC_003384	AATGAA	2	12	130754	130765	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_003384	TAAACG	2	12	133146	133157	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_003384	GTCAGT	2	12	135210	135221	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	18466577
45	NC_003384	CGAAGA	2	12	145075	145086	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	18466589
46	NC_003384	GCGCGG	2	12	147377	147388	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	18466589
47	NC_003384	AATGTA	2	12	148180	148191	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_003384	CCACAA	2	12	150527	150538	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
49	NC_003384	TTGAAA	2	12	152959	152970	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	18466595
50	NC_003384	GCTAAG	2	12	155516	155527	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	18466599
51	NC_003384	GCCGAG	2	12	164654	164665	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_003384	AGCGCA	2	12	164926	164937	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466605
53	NC_003384	TTACCT	2	12	170324	170335	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_003384	AGCGCG	2	12	171423	171434	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	18466611
55	NC_003384	GGCAGG	2	12	171508	171519	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	18466611
56	NC_003384	GACCAG	2	12	174507	174518	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	18466616
57	NC_003384	AAGACC	2	12	178376	178387	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	18466621
58	NC_003384	TTTTCT	2	12	188134	188145	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	18466632
59	NC_003384	GACTAT	2	12	188800	188811	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	18466633
60	NC_003384	TTACTT	2	12	192291	192302	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	18466639
61	NC_003384	GAAAAA	2	12	198213	198224	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	18466641
62	NC_003384	ATTAAT	2	12	203633	203644	50 %	50 %	0 %	0 %	18466646
63	NC_003384	ACAAAC	2	12	214065	214076	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	18466657
64	NC_003384	CATTTT	2	12	214688	214699	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	18466658
65	NC_003384	CTCTTC	2	12	216576	216587	0 %	50 %	0 %	50 %	18466661

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.