MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 plasmid pHCM1

Total Repeats: 273

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003384	AG	4	8	2607	2614	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_003384	GC	4	8	3050	3057	0 %	0 %	50 %	50 %	18466430
3	NC_003384	CA	3	6	3688	3693	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
4	NC_003384	GT	3	6	3843	3848	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
5	NC_003384	GC	3	6	3879	3884	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
6	NC_003384	CA	3	6	4690	4695	50 %	0 %	0 %	50 %	18466433
7	NC_003384	CG	3	6	5366	5371	0 %	0 %	50 %	50 %	32765045
8	NC_003384	GA	3	6	7015	7020	50 %	0 %	50 %	0 %	18466438
9	NC_003384	TC	3	6	7732	7737	0 %	50 %	0 %	50 %	18466440
10	NC_003384	CT	3	6	8139	8144	0 %	50 %	0 %	50 %	18466441
11	NC_003384	TG	3	6	8160	8165	0 %	50 %	50 %	0 %	18466441
12	NC_003384	AT	4	8	8307	8314	50 %	50 %	0 %	0 %	18466441
13	NC_003384	GT	3	6	9258	9263	0 %	50 %	50 %	0 %	18466443
14	NC_003384	CA	3	6	10580	10585	50 %	0 %	0 %	50 %	18466445
15	NC_003384	CA	3	6	10591	10596	50 %	0 %	0 %	50 %	18466445
16	NC_003384	CA	3	6	10791	10796	50 %	0 %	0 %	50 %	18466446
17	NC_003384	TA	3	6	11090	11095	50 %	50 %	0 %	0 %	18466447
18	NC_003384	CT	3	6	11151	11156	0 %	50 %	0 %	50 %	18466447
19	NC_003384	AT	3	6	11479	11484	50 %	50 %	0 %	0 %	18466447
20	NC_003384	CA	3	6	11584	11589	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
21	NC_003384	CA	3	6	12056	12061	50 %	0 %	0 %	50 %	32765046
22	NC_003384	AC	3	6	12334	12339	50 %	0 %	0 %	50 %	32765046
23	NC_003384	CG	3	6	13861	13866	0 %	0 %	50 %	50 %	32765046
24	NC_003384	CT	3	6	16451	16456	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
25	NC_003384	AG	3	6	17423	17428	50 %	0 %	50 %	0 %	18466453
26	NC_003384	AT	3	6	18824	18829	50 %	50 %	0 %	0 %	18466455
27	NC_003384	TA	3	6	19024	19029	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_003384	TC	3	6	20013	20018	0 %	50 %	0 %	50 %	18466457
29	NC_003384	TG	3	6	20226	20231	0 %	50 %	50 %	0 %	18466457
30	NC_003384	GA	3	6	21047	21052	50 %	0 %	50 %	0 %	18466458
31	NC_003384	CA	3	6	22076	22081	50 %	0 %	0 %	50 %	18466461
32	NC_003384	CA	3	6	23352	23357	50 %	0 %	0 %	50 %	18466463
33	NC_003384	CA	3	6	23365	23370	50 %	0 %	0 %	50 %	18466463
34	NC_003384	TC	3	6	23469	23474	0 %	50 %	0 %	50 %	18466463
35	NC_003384	CT	3	6	26087	26092	0 %	50 %	0 %	50 %	18466464
36	NC_003384	GT	3	6	26122	26127	0 %	50 %	50 %	0 %	18466464
37	NC_003384	TG	3	6	26319	26324	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
38	NC_003384	TA	3	6	28007	28012	50 %	50 %	0 %	0 %	18466468
39	NC_003384	TC	3	6	28492	28497	0 %	50 %	0 %	50 %	18466469
40	NC_003384	GT	3	6	28592	28597	0 %	50 %	50 %	0 %	18466469
41	NC_003384	GT	3	6	29527	29532	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
42	NC_003384	AT	3	6	29930	29935	50 %	50 %	0 %	0 %	18466470
43	NC_003384	GA	3	6	30481	30486	50 %	0 %	50 %	0 %	18466471
44	NC_003384	GT	3	6	31361	31366	0 %	50 %	50 %	0 %	18466472
45	NC_003384	GT	3	6	32936	32941	0 %	50 %	50 %	0 %	18466472
46	NC_003384	AT	3	6	38194	38199	50 %	50 %	0 %	0 %	18466476
47	NC_003384	CT	3	6	38588	38593	0 %	50 %	0 %	50 %	18466477
48	NC_003384	TG	3	6	38705	38710	0 %	50 %	50 %	0 %	18466477
49	NC_003384	AT	3	6	39310	39315	50 %	50 %	0 %	0 %	18466477
50	NC_003384	CA	3	6	40149	40154	50 %	0 %	0 %	50 %	18466478
51	NC_003384	AT	3	6	41748	41753	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_003384	AG	3	6	41898	41903	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
53	NC_003384	AG	3	6	41908	41913	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_003384	TG	3	6	42488	42493	0 %	50 %	50 %	0 %	18466481
55	NC_003384	AT	3	6	42772	42777	50 %	50 %	0 %	0 %	18466481
56	NC_003384	CT	3	6	44746	44751	0 %	50 %	0 %	50 %	18466483
57	NC_003384	AT	3	6	47215	47220	50 %	50 %	0 %	0 %	18466486
58	NC_003384	AG	3	6	48145	48150	50 %	0 %	50 %	0 %	18466487
59	NC_003384	GT	3	6	48486	48491	0 %	50 %	50 %	0 %	18466487
60	NC_003384	TC	3	6	50453	50458	0 %	50 %	0 %	50 %	18466490
61	NC_003384	CA	3	6	51780	51785	50 %	0 %	0 %	50 %	18466491
62	NC_003384	TA	3	6	54291	54296	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_003384	CT	3	6	55460	55465	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
64	NC_003384	TA	3	6	56696	56701	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_003384	TC	3	6	56797	56802	0 %	50 %	0 %	50 %	18466492
66	NC_003384	CG	3	6	57179	57184	0 %	0 %	50 %	50 %	18466492
67	NC_003384	AC	3	6	57375	57380	50 %	0 %	0 %	50 %	18466492
68	NC_003384	AT	3	6	58669	58674	50 %	50 %	0 %	0 %	18466493
69	NC_003384	AT	4	8	59562	59569	50 %	50 %	0 %	0 %	18466494
70	NC_003384	TG	3	6	60982	60987	0 %	50 %	50 %	0 %	18466497
71	NC_003384	AC	3	6	61634	61639	50 %	0 %	0 %	50 %	18466497
72	NC_003384	GT	3	6	62065	62070	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
73	NC_003384	GA	3	6	63536	63541	50 %	0 %	50 %	0 %	18466499
74	NC_003384	AG	3	6	63742	63747	50 %	0 %	50 %	0 %	18466499
75	NC_003384	GA	3	6	65251	65256	50 %	0 %	50 %	0 %	18466501
76	NC_003384	AG	3	6	65432	65437	50 %	0 %	50 %	0 %	18466501
77	NC_003384	TC	3	6	65592	65597	0 %	50 %	0 %	50 %	18466502
78	NC_003384	AT	3	6	66682	66687	50 %	50 %	0 %	0 %	18466503
79	NC_003384	CT	3	6	66900	66905	0 %	50 %	0 %	50 %	18466503
80	NC_003384	CT	3	6	67710	67715	0 %	50 %	0 %	50 %	18466503
81	NC_003384	TC	3	6	68719	68724	0 %	50 %	0 %	50 %	18466503
82	NC_003384	GA	3	6	70680	70685	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
83	NC_003384	GA	3	6	70696	70701	50 %	0 %	50 %	0 %	18466504
84	NC_003384	AG	3	6	72199	72204	50 %	0 %	50 %	0 %	18466505
85	NC_003384	GA	3	6	72771	72776	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
86	NC_003384	TG	3	6	73675	73680	0 %	50 %	50 %	0 %	18466506
87	NC_003384	TA	3	6	73884	73889	50 %	50 %	0 %	0 %	18466506
88	NC_003384	AT	3	6	73917	73922	50 %	50 %	0 %	0 %	18466507
89	NC_003384	TG	3	6	74890	74895	0 %	50 %	50 %	0 %	18466507
90	NC_003384	CG	3	6	75218	75223	0 %	0 %	50 %	50 %	18466507
91	NC_003384	GT	3	6	75633	75638	0 %	50 %	50 %	0 %	18466507
92	NC_003384	AG	3	6	75742	75747	50 %	0 %	50 %	0 %	18466507
93	NC_003384	CA	3	6	77918	77923	50 %	0 %	0 %	50 %	18466508
94	NC_003384	TG	3	6	79485	79490	0 %	50 %	50 %	0 %	18466509
95	NC_003384	AC	3	6	79528	79533	50 %	0 %	0 %	50 %	18466509
96	NC_003384	AG	3	6	81787	81792	50 %	0 %	50 %	0 %	18466511
97	NC_003384	AG	3	6	81934	81939	50 %	0 %	50 %	0 %	18466511
98	NC_003384	GC	3	6	82640	82645	0 %	0 %	50 %	50 %	32765047
99	NC_003384	TA	4	8	84451	84458	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_003384	AC	3	6	84756	84761	50 %	0 %	0 %	50 %	18466513
101	NC_003384	AG	3	6	84899	84904	50 %	0 %	50 %	0 %	18466513
102	NC_003384	AC	3	6	85081	85086	50 %	0 %	0 %	50 %	18466513
103	NC_003384	GA	4	8	85548	85555	50 %	0 %	50 %	0 %	18466514
104	NC_003384	GA	3	6	85676	85681	50 %	0 %	50 %	0 %	18466514
105	NC_003384	TA	3	6	85959	85964	50 %	50 %	0 %	0 %	18466515
106	NC_003384	GT	3	6	86035	86040	0 %	50 %	50 %	0 %	18466515
107	NC_003384	TA	3	6	87113	87118	50 %	50 %	0 %	0 %	18466516
108	NC_003384	AT	3	6	88065	88070	50 %	50 %	0 %	0 %	18466517
109	NC_003384	CT	3	6	89257	89262	0 %	50 %	0 %	50 %	18466518
110	NC_003384	GA	3	6	89695	89700	50 %	0 %	50 %	0 %	18466519
111	NC_003384	GT	3	6	90752	90757	0 %	50 %	50 %	0 %	18466519
112	NC_003384	AT	3	6	91604	91609	50 %	50 %	0 %	0 %	18466520
113	NC_003384	AG	3	6	91933	91938	50 %	0 %	50 %	0 %	18466521
114	NC_003384	AT	3	6	92418	92423	50 %	50 %	0 %	0 %	18466521
115	NC_003384	TG	3	6	92456	92461	0 %	50 %	50 %	0 %	18466521
116	NC_003384	AG	3	6	94603	94608	50 %	0 %	50 %	0 %	18466523
117	NC_003384	TA	3	6	94770	94775	50 %	50 %	0 %	0 %	18466523
118	NC_003384	TG	3	6	96653	96658	0 %	50 %	50 %	0 %	18466525
119	NC_003384	AT	3	6	97095	97100	50 %	50 %	0 %	0 %	18466526
120	NC_003384	TA	4	8	97177	97184	50 %	50 %	0 %	0 %	18466526
121	NC_003384	TC	3	6	97545	97550	0 %	50 %	0 %	50 %	18466526
122	NC_003384	TC	3	6	98211	98216	0 %	50 %	0 %	50 %	18466527
123	NC_003384	TA	3	6	99093	99098	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_003384	CA	3	6	99359	99364	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
125	NC_003384	TG	3	6	100451	100456	0 %	50 %	50 %	0 %	18466530
126	NC_003384	TA	3	6	100706	100711	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_003384	GA	3	6	102988	102993	50 %	0 %	50 %	0 %	18466534
128	NC_003384	GA	3	6	103338	103343	50 %	0 %	50 %	0 %	18466535
129	NC_003384	TG	3	6	103468	103473	0 %	50 %	50 %	0 %	18466535
130	NC_003384	CA	4	8	103977	103984	50 %	0 %	0 %	50 %	18466535
131	NC_003384	TG	3	6	104288	104293	0 %	50 %	50 %	0 %	18466536
132	NC_003384	AT	3	6	104912	104917	50 %	50 %	0 %	0 %	18466537
133	NC_003384	TG	3	6	105411	105416	0 %	50 %	50 %	0 %	18466537
134	NC_003384	GA	3	6	105472	105477	50 %	0 %	50 %	0 %	18466537
135	NC_003384	GA	3	6	105784	105789	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
136	NC_003384	AC	3	6	105966	105971	50 %	0 %	0 %	50 %	18466538
137	NC_003384	AG	3	6	107508	107513	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
138	NC_003384	TC	3	6	107798	107803	0 %	50 %	0 %	50 %	18466541
139	NC_003384	TG	3	6	110707	110712	0 %	50 %	50 %	0 %	18466544
140	NC_003384	GT	3	6	111307	111312	0 %	50 %	50 %	0 %	32765048
141	NC_003384	AC	3	6	114133	114138	50 %	0 %	0 %	50 %	18466551
142	NC_003384	GC	3	6	115776	115781	0 %	0 %	50 %	50 %	18466555
143	NC_003384	GC	3	6	116567	116572	0 %	0 %	50 %	50 %	18466556
144	NC_003384	TG	3	6	116626	116631	0 %	50 %	50 %	0 %	18466556
145	NC_003384	GC	3	6	117103	117108	0 %	0 %	50 %	50 %	18466556
146	NC_003384	GC	3	6	117261	117266	0 %	0 %	50 %	50 %	18466556
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.