MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Listeria innocua Clip11262 plasmid pLI100

Total Repeats: 286

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003383	TTTC	2	8	215	222	0 %	75 %	0 %	25 %	18450287
2	NC_003383	AAGT	2	8	247	254	50 %	25 %	25 %	0 %	18450287
3	NC_003383	AACA	2	8	398	405	75 %	0 %	0 %	25 %	18450287
4	NC_003383	CGAT	2	8	416	423	25 %	25 %	25 %	25 %	18450287
5	NC_003383	CTTT	2	8	630	637	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
6	NC_003383	TTTC	2	8	746	753	0 %	75 %	0 %	25 %	18450288
7	NC_003383	CAAA	2	8	986	993	75 %	0 %	0 %	25 %	18450289
8	NC_003383	GATG	2	8	1146	1153	25 %	25 %	50 %	0 %	18450289
9	NC_003383	TTTG	2	8	1340	1347	0 %	75 %	25 %	0 %	18450289
10	NC_003383	TTTC	2	8	1656	1663	0 %	75 %	0 %	25 %	18450289
11	NC_003383	TCAT	2	8	2000	2007	25 %	50 %	0 %	25 %	18450289
12	NC_003383	ACCA	2	8	2174	2181	50 %	0 %	0 %	50 %	18450290
13	NC_003383	CCCA	2	8	2407	2414	25 %	0 %	0 %	75 %	18450290
14	NC_003383	TCTT	2	8	2495	2502	0 %	75 %	0 %	25 %	18450290
15	NC_003383	CGAT	2	8	2891	2898	25 %	25 %	25 %	25 %	18450290
16	NC_003383	GTTT	2	8	3253	3260	0 %	75 %	25 %	0 %	18450290
17	NC_003383	AAAT	2	8	3268	3275	75 %	25 %	0 %	0 %	18450290
18	NC_003383	TCGG	2	8	3427	3434	0 %	25 %	50 %	25 %	18450290
19	NC_003383	CTTT	2	8	3439	3446	0 %	75 %	0 %	25 %	18450290
20	NC_003383	TTTC	2	8	3560	3567	0 %	75 %	0 %	25 %	18450290
21	NC_003383	CTTT	2	8	4120	4127	0 %	75 %	0 %	25 %	18450290
22	NC_003383	GCTT	2	8	4663	4670	0 %	50 %	25 %	25 %	18450291
23	NC_003383	ACTA	2	8	4735	4742	50 %	25 %	0 %	25 %	18450291
24	NC_003383	TAAA	2	8	4957	4964	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_003383	ACTT	2	8	5142	5149	25 %	50 %	0 %	25 %	18450292
26	NC_003383	TTCT	2	8	6318	6325	0 %	75 %	0 %	25 %	18450294
27	NC_003383	CTTT	2	8	6610	6617	0 %	75 %	0 %	25 %	18450294
28	NC_003383	GCGA	2	8	6658	6665	25 %	0 %	50 %	25 %	18450294
29	NC_003383	GGTT	2	8	6898	6905	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_003383	TAAG	2	8	7466	7473	50 %	25 %	25 %	0 %	18450295
31	NC_003383	TGTT	2	8	7623	7630	0 %	75 %	25 %	0 %	18450295
32	NC_003383	CTTC	2	8	7720	7727	0 %	50 %	0 %	50 %	18450295
33	NC_003383	CCGT	2	8	7875	7882	0 %	25 %	25 %	50 %	18450295
34	NC_003383	GGTT	2	8	7934	7941	0 %	50 %	50 %	0 %	18450295
35	NC_003383	TAAA	2	8	8242	8249	75 %	25 %	0 %	0 %	18450295
36	NC_003383	AATT	2	8	8825	8832	50 %	50 %	0 %	0 %	18450296
37	NC_003383	TTTC	2	8	8882	8889	0 %	75 %	0 %	25 %	18450296
38	NC_003383	TTGA	2	8	10124	10131	25 %	50 %	25 %	0 %	18450298
39	NC_003383	TTTA	2	8	10341	10348	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_003383	AATA	2	8	10962	10969	75 %	25 %	0 %	0 %	18450299
41	NC_003383	CATA	2	8	11012	11019	50 %	25 %	0 %	25 %	18450300
42	NC_003383	TCTT	2	8	11140	11147	0 %	75 %	0 %	25 %	18450300
43	NC_003383	TACC	2	8	11155	11162	25 %	25 %	0 %	50 %	18450300
44	NC_003383	GATT	2	8	11196	11203	25 %	50 %	25 %	0 %	18450300
45	NC_003383	TTTC	2	8	11350	11357	0 %	75 %	0 %	25 %	18450300
46	NC_003383	TTCA	2	8	12068	12075	25 %	50 %	0 %	25 %	18450301
47	NC_003383	TTTC	2	8	12160	12167	0 %	75 %	0 %	25 %	18450301
48	NC_003383	TTTC	2	8	12686	12693	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
49	NC_003383	TTGA	2	8	12869	12876	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
50	NC_003383	TTTA	2	8	13086	13093	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_003383	TGTT	2	8	13279	13286	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
52	NC_003383	AAGA	2	8	13553	13560	75 %	0 %	25 %	0 %	18450302
53	NC_003383	TGAA	2	8	13828	13835	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_003383	TTGA	2	8	14221	14228	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_003383	TTTA	2	8	14438	14445	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_003383	AAAT	2	8	14666	14673	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_003383	AAAG	2	8	14856	14863	75 %	0 %	25 %	0 %	18450303
58	NC_003383	AATA	2	8	15029	15036	75 %	25 %	0 %	0 %	18450303
59	NC_003383	TAAA	2	8	15255	15262	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_003383	CCGC	2	8	16124	16131	0 %	0 %	25 %	75 %	18450304
61	NC_003383	TTAA	2	8	16778	16785	50 %	50 %	0 %	0 %	18450304
62	NC_003383	ATGA	2	8	16949	16956	50 %	25 %	25 %	0 %	18450304
63	NC_003383	TTGT	2	8	16958	16965	0 %	75 %	25 %	0 %	18450304
64	NC_003383	ATTG	2	8	17189	17196	25 %	50 %	25 %	0 %	18450304
65	NC_003383	ATCA	2	8	18259	18266	50 %	25 %	0 %	25 %	18450304
66	NC_003383	CATT	2	8	18609	18616	25 %	50 %	0 %	25 %	18450304
67	NC_003383	CGTT	2	8	18886	18893	0 %	50 %	25 %	25 %	18450304
68	NC_003383	GGTT	2	8	19300	19307	0 %	50 %	50 %	0 %	18450304
69	NC_003383	TGTT	2	8	19666	19673	0 %	75 %	25 %	0 %	18450304
70	NC_003383	AATT	2	8	19899	19906	50 %	50 %	0 %	0 %	18450304
71	NC_003383	ATTA	2	8	20158	20165	50 %	50 %	0 %	0 %	18450304
72	NC_003383	GTTT	2	8	20177	20184	0 %	75 %	25 %	0 %	18450304
73	NC_003383	TTCC	2	8	20197	20204	0 %	50 %	0 %	50 %	18450305
74	NC_003383	GCTT	2	8	20671	20678	0 %	50 %	25 %	25 %	18450305
75	NC_003383	AATC	2	8	21124	21131	50 %	25 %	0 %	25 %	18450306
76	NC_003383	GATT	2	8	21454	21461	25 %	50 %	25 %	0 %	18450306
77	NC_003383	CTGC	2	8	21616	21623	0 %	25 %	25 %	50 %	18450306
78	NC_003383	AAAG	2	8	22480	22487	75 %	0 %	25 %	0 %	18450307
79	NC_003383	AATA	2	8	22653	22660	75 %	25 %	0 %	0 %	18450307
80	NC_003383	TAAA	2	8	22879	22886	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_003383	TGAA	2	8	22935	22942	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
82	NC_003383	TCAA	2	8	23556	23563	50 %	25 %	0 %	25 %	18450309
83	NC_003383	AACC	2	8	23590	23597	50 %	0 %	0 %	50 %	18450309
84	NC_003383	AGAT	2	8	23609	23616	50 %	25 %	25 %	0 %	18450309
85	NC_003383	GTAA	2	8	23645	23652	50 %	25 %	25 %	0 %	18450309
86	NC_003383	TTTA	2	8	23843	23850	25 %	75 %	0 %	0 %	18450310
87	NC_003383	GAAA	2	8	23867	23874	75 %	0 %	25 %	0 %	18450310
88	NC_003383	GAAA	2	8	23882	23889	75 %	0 %	25 %	0 %	18450310
89	NC_003383	TTTG	2	8	24335	24342	0 %	75 %	25 %	0 %	18450310
90	NC_003383	ATCA	2	8	25618	25625	50 %	25 %	0 %	25 %	18450310
91	NC_003383	TTTA	2	8	25940	25947	25 %	75 %	0 %	0 %	18450310
92	NC_003383	ACAA	2	8	26527	26534	75 %	0 %	0 %	25 %	18450310
93	NC_003383	TTTA	2	8	26551	26558	25 %	75 %	0 %	0 %	18450310
94	NC_003383	TATC	2	8	26631	26638	25 %	50 %	0 %	25 %	18450310
95	NC_003383	TAAA	2	8	26691	26698	75 %	25 %	0 %	0 %	18450310
96	NC_003383	TCAA	2	8	26908	26915	50 %	25 %	0 %	25 %	18450311
97	NC_003383	ATCG	2	8	28092	28099	25 %	25 %	25 %	25 %	18450312
98	NC_003383	AAAT	2	8	28423	28430	75 %	25 %	0 %	0 %	18450312
99	NC_003383	ATTC	2	8	28437	28444	25 %	50 %	0 %	25 %	18450312
100	NC_003383	GTGA	2	8	28467	28474	25 %	25 %	50 %	0 %	18450312
101	NC_003383	AATT	2	8	29100	29107	50 %	50 %	0 %	0 %	18450314
102	NC_003383	TACT	2	8	29236	29243	25 %	50 %	0 %	25 %	18450314
103	NC_003383	TTGA	2	8	29857	29864	25 %	50 %	25 %	0 %	18450315
104	NC_003383	TTTA	2	8	30074	30081	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_003383	CAAT	2	8	30099	30106	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
106	NC_003383	AAGG	2	8	30606	30613	50 %	0 %	50 %	0 %	18450316
107	NC_003383	AAGA	2	8	31033	31040	75 %	0 %	25 %	0 %	18450317
108	NC_003383	ATAG	2	8	31160	31167	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
109	NC_003383	TATG	2	8	31200	31207	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
110	NC_003383	CAAC	2	8	31346	31353	50 %	0 %	0 %	50 %	18450318
111	NC_003383	AATG	2	8	31378	31385	50 %	25 %	25 %	0 %	18450318
112	NC_003383	TGAT	2	8	31512	31519	25 %	50 %	25 %	0 %	18450318
113	NC_003383	AAAG	2	8	31564	31571	75 %	0 %	25 %	0 %	18450318
114	NC_003383	ACCA	2	8	31631	31638	50 %	0 %	0 %	50 %	18450319
115	NC_003383	GAAA	2	8	31818	31825	75 %	0 %	25 %	0 %	18450319
116	NC_003383	AAAG	2	8	31888	31895	75 %	0 %	25 %	0 %	18450319
117	NC_003383	ACAT	2	8	32967	32974	50 %	25 %	0 %	25 %	18450319
118	NC_003383	GATA	2	8	33386	33393	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
119	NC_003383	TCTA	2	8	33402	33409	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_003383	TTAA	2	8	33723	33730	50 %	50 %	0 %	0 %	18450320
121	NC_003383	TTTG	2	8	33864	33871	0 %	75 %	25 %	0 %	18450320
122	NC_003383	GGCA	2	8	34319	34326	25 %	0 %	50 %	25 %	18450320
123	NC_003383	AATA	2	8	34678	34685	75 %	25 %	0 %	0 %	18450321
124	NC_003383	ATTT	2	8	35132	35139	25 %	75 %	0 %	0 %	18450321
125	NC_003383	GAAA	2	8	35196	35203	75 %	0 %	25 %	0 %	18450321
126	NC_003383	ATTC	2	8	35218	35225	25 %	50 %	0 %	25 %	18450321
127	NC_003383	ATTT	2	8	35348	35355	25 %	75 %	0 %	0 %	18450321
128	NC_003383	CAAA	2	8	35914	35921	75 %	0 %	0 %	25 %	18450322
129	NC_003383	ATTG	2	8	37011	37018	25 %	50 %	25 %	0 %	18450322
130	NC_003383	CAAG	2	8	37024	37031	50 %	0 %	25 %	25 %	18450322
131	NC_003383	AAAT	2	8	37406	37413	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_003383	TAAG	2	8	37562	37569	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
133	NC_003383	TAAA	2	8	38404	38411	75 %	25 %	0 %	0 %	18450324
134	NC_003383	TCAA	2	8	38621	38628	50 %	25 %	0 %	25 %	18450325
135	NC_003383	TAAA	2	8	39264	39271	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_003383	AACC	2	8	40929	40936	50 %	0 %	0 %	50 %	18450327
137	NC_003383	ATGA	2	8	41104	41111	50 %	25 %	25 %	0 %	18450327
138	NC_003383	CCAA	2	8	41192	41199	50 %	0 %	0 %	50 %	18450327
139	NC_003383	ACAA	2	8	42214	42221	75 %	0 %	0 %	25 %	18450328
140	NC_003383	CTTT	2	8	42358	42365	0 %	75 %	0 %	25 %	18450328
141	NC_003383	AAGC	2	8	42740	42747	50 %	0 %	25 %	25 %	18450329
142	NC_003383	ATGG	2	8	42845	42852	25 %	25 %	50 %	0 %	18450329
143	NC_003383	CTAT	2	8	42957	42964	25 %	50 %	0 %	25 %	18450329
144	NC_003383	TGAT	2	8	43017	43024	25 %	50 %	25 %	0 %	18450329
145	NC_003383	ACAG	2	8	43270	43277	50 %	0 %	25 %	25 %	18450329
146	NC_003383	ATTT	2	8	43475	43482	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.