MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Clostridium perfringens str. 13 chromosome

Total Repeats: 1526

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003366	CTATAG	2	12	2115	2126	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	18308984
2	NC_003366	TAAAAT	2	12	2329	2340	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	18308984
3	NC_003366	AAACTA	2	12	6177	6188	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	18308988
4	NC_003366	GGAGCT	2	12	16580	16591	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	18308993
5	NC_003366	TATAAA	2	12	16822	16833	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	18308993
6	NC_003366	AAAATA	2	12	18366	18377	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	18308993
7	NC_003366	GAATAA	2	12	19833	19844	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	18308994
8	NC_003366	ACTGGT	2	12	21889	21900	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	161485645
9	NC_003366	GATAAG	2	12	25094	25105	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	18309000
10	NC_003366	AAAATA	2	12	29432	29443	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	18309002
11	NC_003366	ACAGGA	2	12	31487	31498	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	18309003
12	NC_003366	GTAAGT	2	12	31725	31736	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18309003
13	NC_003366	AGCTTC	2	12	32347	32358	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	18309003
14	NC_003366	TAAATA	2	12	32665	32676	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	18309003
15	NC_003366	ACTGTT	2	12	34706	34717	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	18309004
16	NC_003366	ATTTAG	2	12	35163	35174	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	18309005
17	NC_003366	AATATT	2	12	37165	37176	50 %	50 %	0 %	0 %	18309006
18	NC_003366	ACATGA	2	12	38359	38370	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	18309007
19	NC_003366	TAAAAG	2	12	40727	40738	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	18309009
20	NC_003366	TTGAAG	2	12	43742	43753	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18309012
21	NC_003366	TTTAAT	2	12	45862	45873	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	18309015
22	NC_003366	ATAGAA	2	12	46119	46130	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	18309016
23	NC_003366	TTTTCT	2	12	47190	47201	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	18309017
24	NC_003366	AGAAAA	2	12	49652	49663	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	18309018
25	NC_003366	ATTTTT	2	12	52638	52649	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	18309022
26	NC_003366	CTTAAA	2	12	52700	52711	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	18309022
27	NC_003366	AAAGAA	2	12	53502	53513	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	18309023
28	NC_003366	AATTTG	2	12	57052	57063	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	18309025
29	NC_003366	TACAGA	2	12	60397	60408	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	18309029
30	NC_003366	ATAAGA	2	12	60572	60583	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	18309029
31	NC_003366	TTTAAT	2	12	62411	62422	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	18309032
32	NC_003366	TTCTTT	2	12	62543	62554	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	18309032
33	NC_003366	TTTATA	2	12	62565	62576	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	18309032
34	NC_003366	ATTTGT	2	12	62720	62731	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	18309032
35	NC_003366	TAGAAT	2	12	64826	64837	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	18309035
36	NC_003366	TACTTA	2	12	70527	70538	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	18309040
37	NC_003366	TTAAAT	2	12	70726	70737	50 %	50 %	0 %	0 %	18309041
38	NC_003366	ATTTAG	2	12	70864	70875	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	18309041
39	NC_003366	ATAAAT	2	12	70950	70961	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	18309041
40	NC_003366	TTTAAA	2	12	79343	79354	50 %	50 %	0 %	0 %	18309043
41	NC_003366	ATAGCT	2	12	79374	79385	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	18309043
42	NC_003366	TTTTGC	2	12	79733	79744	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	18309043
43	NC_003366	TAAGTA	2	12	80821	80832	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	18309045
44	NC_003366	GATGAG	2	12	81044	81055	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	18309045
45	NC_003366	CAACTA	2	12	85937	85948	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	18309047
46	NC_003366	TAAAGA	2	12	88190	88201	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	18309048
47	NC_003366	ATTGGT	2	12	89291	89302	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	18309050
48	NC_003366	AAAAAG	2	12	89358	89369	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	18309050
49	NC_003366	ATGATA	2	12	90695	90706	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	18309051
50	NC_003366	AAAAGA	2	12	91458	91469	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	18309052
51	NC_003366	TTAGTA	2	12	93381	93392	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	18309053
52	NC_003366	AGTATT	2	12	95009	95020	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	18309054
53	NC_003366	TCAGCT	2	12	95178	95189	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	18309054
54	NC_003366	TAGAAA	2	12	101807	101818	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	18309055
55	NC_003366	TGCATA	2	12	101916	101927	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	18309055
56	NC_003366	TCCTTC	2	12	102515	102526	0 %	50 %	0 %	50 %	18309057
57	NC_003366	AAGATT	2	12	104738	104749	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	18309059
58	NC_003366	ATTTAA	2	12	105398	105409	50 %	50 %	0 %	0 %	18309060
59	NC_003366	ATTTTG	2	12	111835	111846	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	18309061
60	NC_003366	GAAAAA	2	12	111951	111962	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	18309061
61	NC_003366	AGGAAG	2	12	113564	113575	50 %	0 %	50 %	0 %	18309061
62	NC_003366	TGCAAC	2	12	121030	121041	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	18309068
63	NC_003366	TGGAGA	2	12	126863	126874	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	18309073
64	NC_003366	ATTGAG	2	12	132535	132546	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18309078
65	NC_003366	CTTCAC	2	12	137578	137589	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	18309082
66	NC_003366	TAGAAA	2	12	138607	138618	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	18309082
67	NC_003366	TAAATA	2	12	140523	140534	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	18309083
68	NC_003366	TTTTCT	2	12	141895	141906	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	18309085
69	NC_003366	CCTTAT	2	12	142661	142672	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	18309085
70	NC_003366	ATAAAA	2	12	143419	143430	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	18309086
71	NC_003366	ACTTGA	2	12	147780	147791	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	18309090
72	NC_003366	GAAAGG	2	12	148236	148247	50 %	0 %	50 %	0 %	18309090
73	NC_003366	ACTTTT	2	12	151560	151571	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	18309092
74	NC_003366	TGGAGA	2	12	153403	153414	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	18309094
75	NC_003366	AAATAA	2	12	153775	153786	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	18309094
76	NC_003366	CTAAAT	2	12	156384	156395	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	18309098
77	NC_003366	ATTTTT	2	12	156415	156426	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	18309098
78	NC_003366	TTTATA	2	12	157516	157527	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	18309099
79	NC_003366	ATTAAT	2	12	160164	160175	50 %	50 %	0 %	0 %	18309102
80	NC_003366	TAATGA	2	12	163846	163857	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	18309105
81	NC_003366	ATAAAA	2	12	165157	165168	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	18309106
82	NC_003366	TAGTTT	2	12	168782	168793	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	18309111
83	NC_003366	TAGAAC	2	12	172225	172236	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	18309114
84	NC_003366	AAACCA	2	12	177814	177825	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	18309119
85	NC_003366	AATTTT	2	12	180782	180793	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	18309122
86	NC_003366	ATTTTA	2	12	182028	182039	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	18309122
87	NC_003366	ACATAG	2	12	182424	182435	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	18309123
88	NC_003366	ATGAAA	2	12	183081	183092	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	18309125
89	NC_003366	ATATAA	2	12	186437	186448	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	18309128
90	NC_003366	AGAAGG	2	12	187248	187259	50 %	0 %	50 %	0 %	18309129
91	NC_003366	TAGAAG	2	12	189720	189731	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	18309131
92	NC_003366	AACACC	2	12	190069	190080	50 %	0 %	0 %	50 %	18309131
93	NC_003366	GTTGGA	2	12	190771	190782	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	18309132
94	NC_003366	ATAGGA	2	12	194813	194824	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	18309135
95	NC_003366	CTTATT	2	12	195934	195945	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	18309136
96	NC_003366	TAAATT	2	12	199123	199134	50 %	50 %	0 %	0 %	18309137
97	NC_003366	TTTGGA	2	12	200591	200602	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	18309138
98	NC_003366	GGAGTT	2	12	201675	201686	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	18309139
99	NC_003366	ATTAAT	2	12	202496	202507	50 %	50 %	0 %	0 %	18309140
100	NC_003366	TTAATG	2	12	209614	209625	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	18309145
101	NC_003366	AGTAAA	2	12	211028	211039	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	18309146
102	NC_003366	TTTAGG	2	12	212711	212722	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	18309148
103	NC_003366	TATTCG	2	12	213478	213489	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	18309148
104	NC_003366	GGAAAT	2	12	215893	215904	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	18309149
105	NC_003366	AGATGC	2	12	221153	221164	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	18309153
106	NC_003366	TTTAAT	2	12	222858	222869	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	18309155
107	NC_003366	ATAATG	2	12	223423	223434	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	18309155
108	NC_003366	TGGAGA	2	12	224930	224941	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	18309155
109	NC_003366	TCATTA	2	12	229401	229412	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	18309159
110	NC_003366	CCTATA	2	12	233653	233664	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18309163
111	NC_003366	TAGATA	2	12	238267	238278	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	18309168
112	NC_003366	ATAAAG	2	12	238306	238317	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	18309168
113	NC_003366	CTCAAT	2	12	239404	239415	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	18309168
114	NC_003366	ATAGGT	2	12	241684	241695	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18309171
115	NC_003366	ATGGAA	2	12	244019	244030	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	18309173
116	NC_003366	TTAATT	2	12	246116	246127	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	18309173
117	NC_003366	CTAATA	2	12	246737	246748	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	18309173
118	NC_003366	TAATGG	2	12	247710	247721	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	18309173
119	NC_003366	ATTTAT	2	12	250256	250267	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	18309176
120	NC_003366	TTACAT	2	12	250478	250489	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	18309176
121	NC_003366	TAATTA	2	12	250591	250602	50 %	50 %	0 %	0 %	18309177
122	NC_003366	GTAAAA	2	12	253219	253230	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	18309178
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352	NC_003366	AAATTT	2	12	705468	705479	50 %	50 %	0 %	0 %	18309548
353	NC_003366	GTTATT	2	12	706553	706564	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	18309550
354	NC_003366	ATTATG	2	12	708072	708083	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	18309551
355	NC_003366	CTTTAG	2	12	711441	711452	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	18309555
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