MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydophila caviae GPIC chromosome

Total Repeats: 367

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003361	GTTGGT	2	12	4986	4997	0 %	50 %	50 %	0 %	29839773
2	NC_003361	AGAAAA	2	12	10128	10139	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	29839776
3	NC_003361	GATACA	2	12	11846	11857	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	29839777
4	NC_003361	TCTTCA	2	12	12158	12169	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	29839777
5	NC_003361	CAAATA	2	12	16063	16074	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	29839779
6	NC_003361	CTGCTA	2	12	21091	21102	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	29839783
7	NC_003361	AAGTAT	2	12	21108	21119	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	29839783
8	NC_003361	TGATAA	2	12	23263	23274	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	29839784
9	NC_003361	AATACC	2	12	29572	29583	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	29839788
10	NC_003361	TCCTCT	2	12	31380	31391	0 %	50 %	0 %	50 %	29839790
11	NC_003361	TTTTTC	2	12	34223	34234	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	29839794
12	NC_003361	GAAATG	2	12	37219	37230	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	29839795
13	NC_003361	TACCTT	2	12	38758	38769	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	29839796
14	NC_003361	TAGATA	2	12	40301	40312	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	29839798
15	NC_003361	TTTAAT	2	12	42586	42597	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29839800
16	NC_003361	ATTTGA	2	12	46505	46516	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	29839805
17	NC_003361	GACAAG	2	12	54168	54179	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	29839810
18	NC_003361	CTTATC	2	12	54205	54216	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	29839810
19	NC_003361	AAATTT	2	12	54974	54985	50 %	50 %	0 %	0 %	29839811
20	NC_003361	AGCACG	2	12	61281	61292	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29839816
21	NC_003361	AGCTTG	2	12	61380	61391	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	29839816
22	NC_003361	TTATGG	2	12	62062	62073	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	29839816
23	NC_003361	ATGAAG	2	12	62888	62899	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	29839816
24	NC_003361	GATGCG	2	12	63879	63890	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	29839817
25	NC_003361	TATCTT	2	12	71727	71738	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	29839824
26	NC_003361	CCCGAT	2	12	72767	72778	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	29839825
27	NC_003361	AAGATT	2	12	77139	77150	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	29839829
28	NC_003361	AACAAT	2	12	77623	77634	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	29839830
29	NC_003361	TCAGAT	2	12	77887	77898	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	29839830
30	NC_003361	AGAGGG	2	12	77907	77918	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	29839830
31	NC_003361	GCATCA	2	12	86524	86535	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	29839839
32	NC_003361	ATATCG	3	18	90377	90394	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	29839841
33	NC_003361	CCTTTG	2	12	91656	91667	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	29839841
34	NC_003361	CCATCC	2	12	92720	92731	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	29839842
35	NC_003361	GGGAGG	2	12	94515	94526	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	29839844
36	NC_003361	CAAAAT	2	12	99875	99886	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	29839851
37	NC_003361	TGAATA	2	12	101841	101852	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	29839854
38	NC_003361	ACTTTA	2	12	103598	103609	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	29839856
39	NC_003361	ATGTTA	2	12	105753	105764	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	29839859
40	NC_003361	GCTAAT	2	12	111877	111888	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	29839867
41	NC_003361	GTAAAG	2	12	112195	112206	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	29839868
42	NC_003361	TAAAGG	2	12	115057	115068	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	29839875
43	NC_003361	AACAAA	2	12	118228	118239	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	29839880
44	NC_003361	AGCTTT	2	12	119447	119458	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	29839882
45	NC_003361	ATCTTC	2	12	121716	121727	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	29839885
46	NC_003361	TGCATT	2	12	124223	124234	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	29839887
47	NC_003361	GGATAT	2	12	125940	125951	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29839890
48	NC_003361	ATATGA	2	12	127614	127625	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	29839891
49	NC_003361	AGCAAC	2	12	129318	129329	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	29839892
50	NC_003361	TAGAAG	2	12	134230	134241	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	29839896
51	NC_003361	CTTTAA	2	12	134896	134907	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	29839896
52	NC_003361	TTTCCG	2	12	149307	149318	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	29839910
53	NC_003361	TATTTT	2	12	150721	150732	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	29839911
54	NC_003361	AGAGAA	2	12	165435	165446	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839924
55	NC_003361	GTTTTT	2	12	172404	172415	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	29839931
56	NC_003361	TGGGGC	2	12	176851	176862	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	29839937
57	NC_003361	GCTAAA	2	12	180077	180088	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	29839939
58	NC_003361	ACCAAC	2	12	181806	181817	50 %	0 %	0 %	50 %	29839940
59	NC_003361	CATCAG	2	12	182431	182442	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	29839941
60	NC_003361	TTGTTT	2	12	186510	186521	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	29839945
61	NC_003361	CGTATG	2	12	196978	196989	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	29839949
62	NC_003361	AGGGAA	2	12	206710	206721	50 %	0 %	50 %	0 %	29839959
63	NC_003361	ATTCGT	2	12	207255	207266	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	29839960
64	NC_003361	ATTAAG	2	12	207531	207542	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	29839960
65	NC_003361	CAGGAA	2	12	208233	208244	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	29839961
66	NC_003361	ATTTGT	2	12	217450	217461	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	29839972
67	NC_003361	ATCAAT	2	12	219592	219603	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	29839972
68	NC_003361	GCTTTT	2	12	220691	220702	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	29839972
69	NC_003361	AGGAAC	2	12	220978	220989	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	29839972
70	NC_003361	GCCACC	2	12	225275	225286	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	29839974
71	NC_003361	CCAATA	2	12	226408	226419	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	29839976
72	NC_003361	ATATTT	2	12	227617	227628	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29839977
73	NC_003361	ATTTTG	2	12	231851	231862	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	29839983
74	NC_003361	TTCTCA	2	12	234034	234045	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	29839985
75	NC_003361	TAGGAA	2	12	234750	234761	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	29839985
76	NC_003361	ATTTTT	2	12	237736	237747	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	29839988
77	NC_003361	TTTTTC	2	12	237955	237966	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	29839988
78	NC_003361	CGGCAG	2	12	238524	238535	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	29839988
79	NC_003361	GATATG	2	12	246236	246247	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29839997
80	NC_003361	TTTTCT	2	12	254793	254804	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	29840007
81	NC_003361	GATTGC	2	12	255154	255165	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	29840008
82	NC_003361	ATGCCA	2	12	259218	259229	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	29840011
83	NC_003361	GTGTAG	2	12	260433	260444	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	29840011
84	NC_003361	AATCCT	2	12	260859	260870	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29840012
85	NC_003361	GGGAAA	2	12	266875	266886	50 %	0 %	50 %	0 %	29840018
86	NC_003361	TATTTC	2	12	270507	270518	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	29840020
87	NC_003361	GTTATG	2	12	274438	274449	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	29840025
88	NC_003361	TTCTGT	2	12	276608	276619	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	29840027
89	NC_003361	TAAGAA	2	12	276916	276927	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	29840027
90	NC_003361	GCTTGT	2	12	278400	278411	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	29840028
91	NC_003361	GGAGCC	2	12	279648	279659	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	29840028
92	NC_003361	GCTATT	2	12	281444	281455	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	29840030
93	NC_003361	GGAGAG	2	12	283327	283338	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	29840032
94	NC_003361	AGGATT	2	12	289261	289272	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29840036
95	NC_003361	TACTTG	2	12	289926	289937	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	29840036
96	NC_003361	CAAAGT	2	12	291257	291268	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	29840037
97	NC_003361	CGGCAG	2	12	293016	293027	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	29840037
98	NC_003361	TGACTC	2	12	299672	299683	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	29840040
99	NC_003361	AGAAAG	2	12	310463	310474	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29840045
100	NC_003361	ATCTTC	2	12	313891	313902	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	29840046
101	NC_003361	AATTTA	2	12	314163	314174	50 %	50 %	0 %	0 %	29840046
102	NC_003361	AAATCC	2	12	319088	319099	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	29840048
103	NC_003361	TCAGAC	2	12	320366	320377	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	29840048
104	NC_003361	AGGGTT	2	12	324819	324830	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	29840050
105	NC_003361	TTAGCT	2	12	324985	324996	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	29840050
106	NC_003361	AGATCC	2	12	325293	325304	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	29840050
107	NC_003361	AGGATT	2	12	327530	327541	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29840051
108	NC_003361	TCGGCA	2	12	328050	328061	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	29840051
109	NC_003361	TGTTGC	2	12	334096	334107	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	29840052
110	NC_003361	AAGCAG	2	12	341069	341080	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	29840058
111	NC_003361	AGGTTG	2	12	342162	342173	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	29840059
112	NC_003361	CTTTAT	2	12	349409	349420	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	29840065
113	NC_003361	GCAATG	2	12	353533	353544	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	29840067
114	NC_003361	ACCCTT	2	12	356076	356087	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	29840069
115	NC_003361	AATGCC	2	12	367046	367057	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	29840080
116	NC_003361	CTTCAG	2	12	367069	367080	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	29840080
117	NC_003361	AACCTA	2	12	369206	369217	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	29840082
118	NC_003361	TGCATC	2	12	369631	369642	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	29840083
119	NC_003361	GAATAT	2	12	370693	370704	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	29840084
120	NC_003361	TGGCGG	2	12	374828	374839	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	29840088
121	NC_003361	GCTGAG	2	12	376624	376635	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	29840089
122	NC_003361	TAAGGA	2	12	378578	378589	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	29840090
123	NC_003361	GTATGT	2	12	390254	390265	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	29840101
124	NC_003361	TTTATC	2	12	392297	392308	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	29840104
125	NC_003361	TCCTAA	2	12	394213	394224	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29840106
126	NC_003361	TACGAT	2	12	397216	397227	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	29840109
127	NC_003361	ATTTCA	2	12	398250	398261	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	29840110
128	NC_003361	ATTTAA	2	12	400323	400334	50 %	50 %	0 %	0 %	29840113
129	NC_003361	TCAAGC	2	12	400887	400898	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	29840114
130	NC_003361	GTTAAA	2	12	401389	401400	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	29840114
131	NC_003361	ACAAAA	2	12	405544	405555	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	29840118
132	NC_003361	TGAAGA	2	12	405951	405962	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	29840118
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136	NC_003361	ATAGGC	2	12	411183	411194	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	29840122
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140	NC_003361	TGATTT	2	12	426853	426864	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	29840139
141	NC_003361	ACTTTT	2	12	429355	429366	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	29840142
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144	NC_003361	TTTTGA	2	12	437297	437308	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	29840150
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147	NC_003361	ACACGA	2	12	447291	447302	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	29840157
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150	NC_003361	TTAGGA	2	12	462039	462050	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29840173
151	NC_003361	AACTAT	2	12	462222	462233	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	29840173
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227	NC_003361	GGAATT	2	12	677408	677419	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29840355
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230	NC_003361	TATCTC	2	12	679284	679295	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	29840357
231	NC_003361	CTCACC	2	12	680135	680146	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	29840357
232	NC_003361	CATACA	2	12	682017	682028	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	29840358
233	NC_003361	CTATAT	2	12	682106	682117	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	29840358
234	NC_003361	AAGCTT	2	12	693439	693450	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	29840368
235	NC_003361	TGCAAA	2	12	696075	696086	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	29840369
236	NC_003361	TTTCAT	2	12	697069	697080	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	29840370
237	NC_003361	TATAAT	2	12	700670	700681	50 %	50 %	0 %	0 %	29840373
238	NC_003361	TTGCTG	2	12	700683	700694	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	29840373
239	NC_003361	AAGAGC	2	12	703311	703322	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	29840374
240	NC_003361	TCCATA	2	12	704425	704436	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29840374
241	NC_003361	CTAAAC	2	12	705311	705322	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	29840374
242	NC_003361	TCATTT	2	12	706073	706084	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	29840375
243	NC_003361	ATAGCA	2	12	710358	710369	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	29840377
244	NC_003361	GTCATC	2	12	712955	712966	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	29840381
245	NC_003361	GGATCT	2	12	715275	715286	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	29840382
246	NC_003361	AAGCTA	2	12	715582	715593	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	29840382
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248	NC_003361	AGCACC	2	12	718629	718640	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	29840383
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250	NC_003361	CAACTG	2	12	730697	730708	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	29840397
251	NC_003361	ATACAG	2	12	731647	731658	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	29840397
252	NC_003361	TGTTTA	2	12	738528	738539	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	29840403
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255	NC_003361	TCTATT	2	12	748148	748159	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	29840414
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264	NC_003361	AGCATT	2	12	771529	771540	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	29840432
265	NC_003361	TACAAA	2	12	778322	778333	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	29840434
266	NC_003361	GCTTAG	2	12	778354	778365	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	29840434
267	NC_003361	AACCAT	2	12	780587	780598	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	29840435
268	NC_003361	ATCACT	2	12	781509	781520	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29840435
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270	NC_003361	TCAAAA	2	12	791920	791931	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	29840443
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272	NC_003361	GCTGAT	2	12	810766	810777	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	29840460
273	NC_003361	TTGCTG	2	12	829337	829348	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	29840480
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339	NC_003361	TCAAGT	2	12	1040213	1040224	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	29840655
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342	NC_003361	GCCTAC	2	12	1053624	1053635	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	29840668
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345	NC_003361	CAGGAC	2	12	1058796	1058807	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29840671
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347	NC_003361	TCCCTT	2	12	1062046	1062057	0 %	50 %	0 %	50 %	29840673
348	NC_003361	TCTAAA	2	12	1062422	1062433	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	29840673
349	NC_003361	AGAAGC	2	12	1065646	1065657	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	29840674
350	NC_003361	CTACAT	2	12	1082192	1082203	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29840686
351	NC_003361	AGAGTC	2	12	1093160	1093171	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	29840697
352	NC_003361	GTTTTT	2	12	1095033	1095044	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	29840700
353	NC_003361	TGATAT	2	12	1095987	1095998	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	29840701
354	NC_003361	TAAATC	2	12	1099364	1099375	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	29840703
355	NC_003361	CAAATT	2	12	1100368	1100379	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	29840704
356	NC_003361	AAAACA	2	12	1103391	1103402	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	29840706
357	NC_003361	AAGAGC	2	12	1104026	1104037	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	29840706
358	NC_003361	ATAAAA	2	12	1121091	1121102	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	29840720
359	NC_003361	TCTCTT	2	12	1126906	1126917	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29840723
360	NC_003361	TACAAT	2	12	1137179	1137190	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	29840733
361	NC_003361	TATCGA	2	12	1147872	1147883	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	29840743
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364	NC_003361	CATGAA	2	12	1158440	1158451	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	29840752
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.