MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Chlamydophila caviae GPIC chromosome

Total Repeats: 822

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003361	GATGG	2	10	923	932	20 %	20 %	60 %	0 %	29839770
2	NC_003361	TAACG	2	10	1625	1634	40 %	20 %	20 %	20 %	29839771
3	NC_003361	TTGTG	2	10	2983	2992	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
4	NC_003361	GAAAA	2	10	3256	3265	80 %	0 %	20 %	0 %	29839773
5	NC_003361	GGGTG	2	10	3489	3498	0 %	20 %	80 %	0 %	29839773
6	NC_003361	TTTTA	2	10	6674	6683	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_003361	ACTTT	2	10	7523	7532	20 %	60 %	0 %	20 %	29839775
8	NC_003361	GAGAA	2	10	8246	8255	60 %	0 %	40 %	0 %	29839776
9	NC_003361	CTTTT	2	10	12841	12850	0 %	80 %	0 %	20 %	29839777
10	NC_003361	GAAGA	2	10	13499	13508	60 %	0 %	40 %	0 %	29839777
11	NC_003361	GAAAC	2	10	14230	14239	60 %	0 %	20 %	20 %	29839778
12	NC_003361	AATAG	2	10	16989	16998	60 %	20 %	20 %	0 %	29839780
13	NC_003361	GCAGC	2	10	17292	17301	20 %	0 %	40 %	40 %	29839780
14	NC_003361	GGGGA	2	10	26200	26209	20 %	0 %	80 %	0 %	29839785
15	NC_003361	ATTTT	2	10	26455	26464	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_003361	GTTTT	2	10	26535	26544	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_003361	CCACA	2	10	29247	29256	40 %	0 %	0 %	60 %	29839787
18	NC_003361	TTAAT	2	10	32175	32184	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_003361	ATAAA	2	10	34118	34127	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_003361	AAGGA	2	10	38388	38397	60 %	0 %	40 %	0 %	29839796
21	NC_003361	GGATT	2	10	39582	39591	20 %	40 %	40 %	0 %	29839797
22	NC_003361	CTTTC	2	10	43079	43088	0 %	60 %	0 %	40 %	29839801
23	NC_003361	AGAGC	2	10	43916	43925	40 %	0 %	40 %	20 %	29839802
24	NC_003361	GTACG	2	10	49275	49284	20 %	20 %	40 %	20 %	29839807
25	NC_003361	TCTGT	2	10	49427	49436	0 %	60 %	20 %	20 %	29839808
26	NC_003361	GAAGA	2	10	49799	49808	60 %	0 %	40 %	0 %	29839808
27	NC_003361	AAGGT	2	10	51186	51195	40 %	20 %	40 %	0 %	29839808
28	NC_003361	TCTTT	2	10	52224	52233	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_003361	CATAA	2	10	54030	54039	60 %	20 %	0 %	20 %	29839810
30	NC_003361	TTTTC	2	10	55203	55212	0 %	80 %	0 %	20 %	29839811
31	NC_003361	TGCCA	2	10	55697	55706	20 %	20 %	20 %	40 %	29839812
32	NC_003361	TTAAT	2	10	57822	57831	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_003361	AGAAA	2	10	57919	57928	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_003361	GAAGC	2	10	58171	58180	40 %	0 %	40 %	20 %	29839815
35	NC_003361	TCTTT	2	10	59225	59234	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_003361	AAATA	2	10	59609	59618	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_003361	TATTT	2	10	59670	59679	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_003361	TCTTA	2	10	59825	59834	20 %	60 %	0 %	20 %	29839816
39	NC_003361	TGGGA	2	10	60602	60611	20 %	20 %	60 %	0 %	29839816
40	NC_003361	TGCTT	2	10	60751	60760	0 %	60 %	20 %	20 %	29839816
41	NC_003361	TTGAT	2	10	62343	62352	20 %	60 %	20 %	0 %	29839816
42	NC_003361	TAGTT	2	10	62635	62644	20 %	60 %	20 %	0 %	29839816
43	NC_003361	ATGGG	2	10	62653	62662	20 %	20 %	60 %	0 %	29839816
44	NC_003361	GAAGA	2	10	69729	69738	60 %	0 %	40 %	0 %	29839822
45	NC_003361	CACTT	2	10	70952	70961	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
46	NC_003361	GAAAA	2	10	71062	71071	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_003361	TCTTT	2	10	75083	75092	0 %	80 %	0 %	20 %	29839828
48	NC_003361	TTTTC	2	10	80144	80153	0 %	80 %	0 %	20 %	29839831
49	NC_003361	GGAAA	2	10	80742	80751	60 %	0 %	40 %	0 %	29839832
50	NC_003361	ACACC	2	10	81649	81658	40 %	0 %	0 %	60 %	29839833
51	NC_003361	GAAAA	2	10	82440	82449	80 %	0 %	20 %	0 %	29839833
52	NC_003361	ACGCT	2	10	84963	84972	20 %	20 %	20 %	40 %	29839836
53	NC_003361	CTTTT	2	10	85312	85321	0 %	80 %	0 %	20 %	29839837
54	NC_003361	CTATT	2	10	86042	86051	20 %	60 %	0 %	20 %	29839839
55	NC_003361	AGAAA	2	10	87020	87029	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_003361	TTTGT	2	10	87055	87064	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_003361	AAAGA	2	10	88856	88865	80 %	0 %	20 %	0 %	29839841
58	NC_003361	GGATA	2	10	90395	90404	40 %	20 %	40 %	0 %	29839841
59	NC_003361	CTTTT	2	10	90951	90960	0 %	80 %	0 %	20 %	29839841
60	NC_003361	TTTTG	2	10	90980	90989	0 %	80 %	20 %	0 %	29839841
61	NC_003361	ATGTG	2	10	92639	92648	20 %	40 %	40 %	0 %	29839842
62	NC_003361	AAAAT	2	10	96405	96414	80 %	20 %	0 %	0 %	29839845
63	NC_003361	CTGCT	2	10	98100	98109	0 %	40 %	20 %	40 %	29839848
64	NC_003361	TTAAT	2	10	99193	99202	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_003361	ATTTT	2	10	102257	102266	20 %	80 %	0 %	0 %	29839855
66	NC_003361	GGCTG	2	10	102348	102357	0 %	20 %	60 %	20 %	29839855
67	NC_003361	TGTCA	2	10	103000	103009	20 %	40 %	20 %	20 %	29839855
68	NC_003361	AATTA	2	10	104394	104403	60 %	40 %	0 %	0 %	29839857
69	NC_003361	TGACA	2	10	106156	106165	40 %	20 %	20 %	20 %	29839859
70	NC_003361	ATCAG	2	10	106492	106501	40 %	20 %	20 %	20 %	29839859
71	NC_003361	CTTTT	2	10	107929	107938	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_003361	AGCTT	2	10	108038	108047	20 %	40 %	20 %	20 %	29839861
73	NC_003361	AGAAA	2	10	109022	109031	80 %	0 %	20 %	0 %	29839862
74	NC_003361	CATGT	2	10	110897	110906	20 %	40 %	20 %	20 %	29839866
75	NC_003361	TGAAT	2	10	111573	111582	40 %	40 %	20 %	0 %	29839867
76	NC_003361	ATGTT	2	10	117483	117492	20 %	60 %	20 %	0 %	29839879
77	NC_003361	TGAAA	2	10	117558	117567	60 %	20 %	20 %	0 %	29839879
78	NC_003361	TTTAC	2	10	118751	118760	20 %	60 %	0 %	20 %	29839882
79	NC_003361	ACCGT	2	10	120156	120165	20 %	20 %	20 %	40 %	29839883
80	NC_003361	GTAGA	2	10	123666	123675	40 %	20 %	40 %	0 %	29839886
81	NC_003361	TCTGC	2	10	126636	126645	0 %	40 %	20 %	40 %	29839891
82	NC_003361	TGAAC	2	10	126951	126960	40 %	20 %	20 %	20 %	29839891
83	NC_003361	CAACT	2	10	127797	127806	40 %	20 %	0 %	40 %	29839891
84	NC_003361	TAATT	2	10	128143	128152	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_003361	GTTTT	2	10	128172	128181	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_003361	TTACA	2	10	130993	131002	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_003361	TTTAT	2	10	132860	132869	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_003361	GATGC	2	10	138448	138457	20 %	20 %	40 %	20 %	29839898
89	NC_003361	ATTTT	2	10	139186	139195	20 %	80 %	0 %	0 %	29839900
90	NC_003361	TCCTG	2	10	139245	139254	0 %	40 %	20 %	40 %	29839900
91	NC_003361	ATAAA	2	10	139426	139435	80 %	20 %	0 %	0 %	29839900
92	NC_003361	ATTAA	2	10	139614	139623	60 %	40 %	0 %	0 %	29839900
93	NC_003361	TAATC	2	10	139783	139792	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_003361	TACCT	2	10	140095	140104	20 %	40 %	0 %	40 %	29839901
95	NC_003361	GAGGG	2	10	140182	140191	20 %	0 %	80 %	0 %	29839901
96	NC_003361	GGTAT	2	10	140202	140211	20 %	40 %	40 %	0 %	29839901
97	NC_003361	CTTTG	2	10	140855	140864	0 %	60 %	20 %	20 %	29839901
98	NC_003361	GGGAT	2	10	141134	141143	20 %	20 %	60 %	0 %	29839901
99	NC_003361	AGAAA	2	10	142889	142898	80 %	0 %	20 %	0 %	29839904
100	NC_003361	ATGGA	2	10	145601	145610	40 %	20 %	40 %	0 %	29839906
101	NC_003361	ATAAA	2	10	146057	146066	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_003361	ATTTT	2	10	146072	146081	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_003361	ATACG	2	10	149613	149622	40 %	20 %	20 %	20 %	29839910
104	NC_003361	CTTTA	2	10	149708	149717	20 %	60 %	0 %	20 %	29839910
105	NC_003361	TCTTT	2	10	151539	151548	0 %	80 %	0 %	20 %	29839912
106	NC_003361	TAGGG	2	10	154851	154860	20 %	20 %	60 %	0 %	29839915
107	NC_003361	ATAGA	2	10	155601	155610	60 %	20 %	20 %	0 %	29839915
108	NC_003361	CCACG	2	10	156594	156603	20 %	0 %	20 %	60 %	29839915
109	NC_003361	GTTGA	2	10	158462	158471	20 %	40 %	40 %	0 %	29839918
110	NC_003361	CTTTC	2	10	158702	158711	0 %	60 %	0 %	40 %	29839918
111	NC_003361	GAAAG	2	10	159002	159011	60 %	0 %	40 %	0 %	29839918
112	NC_003361	AGCTA	2	10	159254	159263	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
113	NC_003361	AAAGG	2	10	159881	159890	60 %	0 %	40 %	0 %	29839919
114	NC_003361	TTTGC	2	10	161913	161922	0 %	60 %	20 %	20 %	29839922
115	NC_003361	GAAAG	2	10	162179	162188	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
116	NC_003361	TTAAG	2	10	163426	163435	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_003361	TTTAT	2	10	163498	163507	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_003361	TGGTT	2	10	169090	169099	0 %	60 %	40 %	0 %	29839928
119	NC_003361	CTTCT	2	10	169687	169696	0 %	60 %	0 %	40 %	29839928
120	NC_003361	TTTTC	2	10	169812	169821	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
121	NC_003361	ATTTT	2	10	172158	172167	20 %	80 %	0 %	0 %	29839931
122	NC_003361	CAAAA	2	10	172504	172513	80 %	0 %	0 %	20 %	29839932
123	NC_003361	TGGCT	2	10	172728	172737	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
124	NC_003361	AACGC	2	10	173023	173032	40 %	0 %	20 %	40 %	29839933
125	NC_003361	CATAG	2	10	174713	174722	40 %	20 %	20 %	20 %	29839935
126	NC_003361	TAATT	2	10	178304	178313	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_003361	TTCCT	2	10	179301	179310	0 %	60 %	0 %	40 %	29839938
128	NC_003361	AAAAG	2	10	180232	180241	80 %	0 %	20 %	0 %	29839939
129	NC_003361	ATAAG	2	10	184192	184201	60 %	20 %	20 %	0 %	29839943
130	NC_003361	ATATC	2	10	184672	184681	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_003361	ATTTT	2	10	186401	186410	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_003361	CTTTT	2	10	186913	186922	0 %	80 %	0 %	20 %	29839945
133	NC_003361	TGCGT	2	10	189782	189791	0 %	40 %	40 %	20 %	29839945
134	NC_003361	TGCTT	2	10	190840	190849	0 %	60 %	20 %	20 %	29839946
135	NC_003361	TTACT	2	10	191208	191217	20 %	60 %	0 %	20 %	29839946
136	NC_003361	GATAA	2	10	191768	191777	60 %	20 %	20 %	0 %	29839946
137	NC_003361	GGAAA	2	10	192255	192264	60 %	0 %	40 %	0 %	29839946
138	NC_003361	ATAGA	2	10	192393	192402	60 %	20 %	20 %	0 %	29839946
139	NC_003361	TTTTA	2	10	192863	192872	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_003361	ATTTA	2	10	192896	192905	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_003361	TTAAA	2	10	199989	199998	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_003361	TTGGT	2	10	200360	200369	0 %	60 %	40 %	0 %	29839953
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271	NC_003361	TTCTT	2	10	354369	354378	0 %	80 %	0 %	20 %	29840068
272	NC_003361	CGAAT	2	10	355225	355234	40 %	20 %	20 %	20 %	29840069
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403	NC_003361	TAAAA	2	10	549509	549518	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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