MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydophila caviae GPIC chromosome

Total Repeats: 148

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003361	TTGTG	2	10	2983	2992	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
2	NC_003361	TTTTA	2	10	6674	6683	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_003361	ATTTT	2	10	26455	26464	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_003361	GTTTT	2	10	26535	26544	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_003361	TTAAT	2	10	32175	32184	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_003361	ATAAA	2	10	34118	34127	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_003361	TCTTT	2	10	52224	52233	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_003361	TTAAT	2	10	57822	57831	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_003361	AGAAA	2	10	57919	57928	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_003361	TCTTT	2	10	59225	59234	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_003361	AAATA	2	10	59609	59618	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_003361	TATTT	2	10	59670	59679	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_003361	CACTT	2	10	70952	70961	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
14	NC_003361	GAAAA	2	10	71062	71071	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_003361	AGAAA	2	10	87020	87029	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_003361	TTTGT	2	10	87055	87064	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_003361	TTAAT	2	10	99193	99202	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_003361	CTTTT	2	10	107929	107938	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_003361	TAATT	2	10	128143	128152	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_003361	GTTTT	2	10	128172	128181	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_003361	TTACA	2	10	130993	131002	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_003361	TTTAT	2	10	132860	132869	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_003361	TAATC	2	10	139783	139792	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_003361	ATAAA	2	10	146057	146066	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_003361	ATTTT	2	10	146072	146081	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_003361	AGCTA	2	10	159254	159263	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_003361	GAAAG	2	10	162179	162188	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
28	NC_003361	TTAAG	2	10	163426	163435	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_003361	TTTAT	2	10	163498	163507	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_003361	TTTTC	2	10	169812	169821	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_003361	TGGCT	2	10	172728	172737	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
32	NC_003361	TAATT	2	10	178304	178313	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_003361	ATATC	2	10	184672	184681	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_003361	ATTTT	2	10	186401	186410	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_003361	TTTTA	2	10	192863	192872	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_003361	ATTTA	2	10	192896	192905	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_003361	TTAAA	2	10	199989	199998	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_003361	TAAAA	2	10	203021	203030	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_003361	GAATA	2	10	224910	224919	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_003361	ATTTT	2	10	224930	224939	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_003361	ATTAA	2	10	238716	238725	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_003361	CGAAG	2	10	260645	260654	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
43	NC_003361	TAATT	2	10	265831	265840	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_003361	TTTCT	2	10	273893	273902	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_003361	TAATT	2	10	275972	275981	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_003361	TTTCT	2	10	281088	281097	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_003361	ATTTT	2	10	288833	288842	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_003361	TTTGT	2	10	290737	290746	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_003361	GAGGG	2	10	315287	315296	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
50	NC_003361	TGAAA	2	10	329339	329348	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_003361	AGAGA	2	10	330622	330631	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
52	NC_003361	GTTTG	2	10	332726	332735	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
53	NC_003361	GGTTT	2	10	333600	333609	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
54	NC_003361	AATAG	2	10	334838	334847	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_003361	CGATC	2	10	335987	335996	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
56	NC_003361	ATTAT	2	10	339042	339051	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_003361	TAAAA	2	10	349061	349070	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_003361	TTTCT	2	10	350258	350267	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_003361	CAAAA	2	10	350281	350290	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_003361	GTTTT	2	10	369515	369524	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_003361	AAATT	2	10	373368	373377	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_003361	TGATC	2	10	378971	378980	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
63	NC_003361	ATTTT	2	10	379702	379711	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_003361	AAGGA	2	10	389690	389699	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
65	NC_003361	TTATG	2	10	395144	395153	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_003361	TTTAA	2	10	397828	397837	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_003361	ATTTG	2	10	436391	436400	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_003361	ATTAA	2	10	438720	438729	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_003361	AAGAG	2	10	446197	446206	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
70	NC_003361	TGAAA	2	10	448397	448406	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_003361	GATTT	2	10	450063	450072	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_003361	GCATA	2	10	455887	455896	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
73	NC_003361	ATGTA	2	10	470917	470926	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_003361	AAAAG	2	10	477555	477564	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_003361	AATAG	2	10	490253	490262	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_003361	AAAAT	2	10	494235	494244	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_003361	ATTTT	2	10	543902	543911	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_003361	TAAAA	2	10	549509	549518	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_003361	TTTCT	2	10	560078	560087	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_003361	TAAAA	2	10	560100	560109	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_003361	GAAAA	2	10	561545	561554	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_003361	GTGTA	2	10	587034	587043	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
83	NC_003361	AGCAA	2	10	591550	591559	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
84	NC_003361	GCATG	2	10	610833	610842	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
85	NC_003361	ATTTT	2	10	621644	621653	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_003361	TGTAT	2	10	630727	630736	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_003361	TTTTG	2	10	642524	642533	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_003361	TGTTT	2	10	642640	642649	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_003361	ATGCT	2	10	645497	645506	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
90	NC_003361	TTTGC	2	10	667925	667934	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
91	NC_003361	AAGAG	2	10	668909	668918	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
92	NC_003361	TTCTC	2	10	671032	671041	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
93	NC_003361	AGCTA	2	10	674037	674046	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
94	NC_003361	AAAAT	2	10	675906	675915	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_003361	TTAAT	2	10	675923	675932	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_003361	TTTTA	2	10	705919	705928	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_003361	TTAAC	2	10	714036	714045	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_003361	TTAGA	2	10	729257	729266	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_003361	TTAAA	2	10	732075	732084	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_003361	ACCCT	2	10	759907	759916	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
101	NC_003361	AAAGT	2	10	764874	764883	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_003361	TATTC	2	10	767706	767715	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_003361	ACTAT	2	10	773356	773365	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_003361	TAATT	2	10	785572	785581	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_003361	GAAAA	2	10	803242	803251	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_003361	AGCTA	2	10	806382	806391	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_003361	TTTAC	2	10	808305	808314	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_003361	CTAAC	2	10	810033	810042	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
109	NC_003361	TTTTA	2	10	813692	813701	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_003361	GTTTT	2	10	822949	822958	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_003361	TAAAA	2	10	828590	828599	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_003361	TCTTT	2	10	834965	834974	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_003361	ATTTT	2	10	844927	844936	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_003361	AGAAC	2	10	855376	855385	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
115	NC_003361	CAAAT	2	10	864761	864770	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
116	NC_003361	TAAAA	2	10	864814	864823	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_003361	GAAAA	2	10	866529	866538	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
118	NC_003361	TAAAA	2	10	873515	873524	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_003361	TAGAA	2	10	878957	878966	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_003361	AAAAG	2	10	881469	881478	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_003361	TTTTC	2	10	884610	884619	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_003361	AGTTA	2	10	894367	894376	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
123	NC_003361	ATAGG	2	10	917202	917211	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
124	NC_003361	TTTAA	2	10	932601	932610	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_003361	AACAA	2	10	943346	943355	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_003361	TAAAA	2	10	950257	950266	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_003361	AATTT	2	10	983181	983190	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_003361	AAGTA	2	10	991331	991340	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_003361	TTTCC	2	10	994862	994871	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
130	NC_003361	TGTTA	2	10	999980	999989	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_003361	TAAAT	2	10	1012186	1012195	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_003361	TAAAA	2	10	1012326	1012335	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_003361	TTTTC	2	10	1012357	1012366	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_003361	TCCTG	2	10	1017170	1017179	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
135	NC_003361	TTTTG	2	10	1019198	1019207	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
136	NC_003361	GTAAC	2	10	1020700	1020709	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
137	NC_003361	AACCT	2	10	1022179	1022188	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
138	NC_003361	TAACT	2	10	1023106	1023115	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
139	NC_003361	ACATA	2	10	1023844	1023853	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
140	NC_003361	CTTTC	2	10	1024925	1024934	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
141	NC_003361	TAAAA	2	10	1057811	1057820	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_003361	AGCCC	2	10	1071433	1071442	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
143	NC_003361	TTAAA	2	10	1130187	1130196	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_003361	ATTTT	2	10	1132444	1132453	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_003361	TTCTC	2	10	1136952	1136961	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
146	NC_003361	CTAAA	2	10	1138193	1138202	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
147	NC_003361	AAAAT	2	10	1147501	1147510	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.