MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydophila caviae GPIC chromosome

Total Repeats: 368

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003361	AATC	2	8	5318	5325	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NC_003361	TAAA	2	8	16945	16952	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_003361	TGGA	2	8	23770	23777	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_003361	TATT	2	8	26555	26562	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_003361	ATTA	2	8	26567	26574	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_003361	TTAA	2	8	32213	32220	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_003361	TTGT	2	8	32255	32262	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_003361	GTCC	2	8	32496	32503	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
9	NC_003361	CTTC	2	8	32572	32579	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NC_003361	TTTA	2	8	32915	32922	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_003361	AGGA	2	8	32972	32979	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
12	NC_003361	TTTG	2	8	33051	33058	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_003361	ATCG	2	8	33154	33161	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
14	NC_003361	TGTT	2	8	37534	37541	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
15	NC_003361	TCAA	2	8	37607	37614	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
16	NC_003361	TAAA	2	8	43297	43304	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_003361	GAAG	2	8	52553	52560	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_003361	AAAG	2	8	54645	54652	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_003361	TAAA	2	8	57951	57958	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_003361	GATA	2	8	70038	70045	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_003361	AGAA	2	8	70057	70064	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_003361	AAAT	2	8	71010	71017	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_003361	CGTA	2	8	77208	77215	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_003361	TTTG	2	8	77470	77477	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_003361	GTTT	2	8	77481	77488	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_003361	TAAA	2	8	77533	77540	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_003361	ATAG	2	8	81531	81538	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_003361	AAAG	2	8	83146	83153	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_003361	TGAG	2	8	84553	84560	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_003361	ATAA	2	8	87115	87122	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_003361	ACTT	2	8	93274	93281	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
32	NC_003361	GAAT	2	8	98519	98526	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_003361	TATG	2	8	98543	98550	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_003361	TAAT	2	8	122685	122692	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_003361	CATT	2	8	124943	124950	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
36	NC_003361	TTTA	2	8	128044	128051	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_003361	GCTT	2	8	130021	130028	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
38	NC_003361	GAAA	2	8	130942	130949	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
39	NC_003361	CCCT	2	8	132845	132852	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
40	NC_003361	ATTA	2	8	133898	133905	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_003361	TAAG	2	8	138567	138574	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_003361	ATTT	2	8	146037	146044	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_003361	AATA	2	8	146553	146560	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_003361	ACTC	2	8	147069	147076	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
45	NC_003361	CATT	2	8	147109	147116	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
46	NC_003361	TATC	2	8	147235	147242	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
47	NC_003361	TGAT	2	8	147639	147646	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_003361	CAAA	2	8	153577	153584	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
49	NC_003361	GATT	2	8	163524	163531	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
50	NC_003361	TAAA	2	8	178290	178297	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_003361	TATT	2	8	178330	178337	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_003361	CTAT	2	8	184954	184961	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
53	NC_003361	AAGA	2	8	185013	185020	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_003361	GATT	2	8	186259	186266	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_003361	AAAT	2	8	186302	186309	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_003361	TTTC	2	8	192735	192742	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
57	NC_003361	AGAT	2	8	195400	195407	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_003361	TATT	2	8	197337	197344	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_003361	ATTA	2	8	197376	197383	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_003361	CAAT	2	8	197421	197428	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
61	NC_003361	TAAT	2	8	197541	197548	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_003361	ATTA	2	8	197666	197673	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_003361	TTAA	2	8	200003	200010	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_003361	AATA	2	8	202984	202991	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_003361	CAAA	2	8	204146	204153	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
66	NC_003361	TTTA	2	8	204592	204599	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_003361	TTCT	2	8	209307	209314	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
68	NC_003361	ATTT	2	8	209397	209404	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_003361	GAAT	2	8	214334	214341	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
70	NC_003361	AAGA	2	8	221888	221895	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
71	NC_003361	AAAT	2	8	224863	224870	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_003361	CTTT	2	8	225328	225335	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
73	NC_003361	ATTT	2	8	225760	225767	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_003361	AATA	2	8	225795	225802	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_003361	AATT	2	8	231203	231210	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_003361	CTTG	2	8	237133	237140	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
77	NC_003361	GAAT	2	8	237184	237191	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_003361	AATT	2	8	237321	237328	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_003361	TTAA	2	8	252060	252067	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_003361	TCTT	2	8	260670	260677	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
81	NC_003361	AAAT	2	8	260754	260761	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_003361	TAGT	2	8	260781	260788	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
83	NC_003361	GAAA	3	12	262049	262060	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
84	NC_003361	CCCA	2	8	266847	266854	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
85	NC_003361	TAAT	2	8	267045	267052	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_003361	TTTA	2	8	267066	267073	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_003361	AGAT	2	8	267224	267231	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_003361	TAAA	2	8	267260	267267	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_003361	TTTA	2	8	271973	271980	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_003361	TTAA	2	8	275659	275666	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_003361	ACAA	2	8	275924	275931	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
92	NC_003361	AATT	2	8	276026	276033	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_003361	TACT	2	8	280103	280110	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
94	NC_003361	AATT	2	8	281106	281113	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_003361	GATA	2	8	282770	282777	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
96	NC_003361	TAAT	2	8	288776	288783	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_003361	TAAT	2	8	288816	288823	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_003361	TAGA	2	8	290685	290692	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
99	NC_003361	TTAA	2	8	293172	293179	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_003361	GTTT	2	8	304746	304753	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
101	NC_003361	AAAC	2	8	304760	304767	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
102	NC_003361	AAAG	2	8	329380	329387	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
103	NC_003361	GATA	2	8	329694	329701	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_003361	AGGG	2	8	329755	329762	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
105	NC_003361	CTTT	2	8	330072	330079	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
106	NC_003361	GATA	2	8	330124	330131	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
107	NC_003361	GGTT	2	8	330813	330820	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
108	NC_003361	ATAG	2	8	332698	332705	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
109	NC_003361	TTCT	2	8	333435	333442	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
110	NC_003361	TTTC	2	8	334874	334881	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
111	NC_003361	TCCA	2	8	335160	335167	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
112	NC_003361	GATT	2	8	335520	335527	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
113	NC_003361	CAGG	2	8	336141	336148	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
114	NC_003361	TCTA	2	8	337791	337798	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
115	NC_003361	ATAA	2	8	345716	345723	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_003361	TGTC	2	8	347805	347812	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
117	NC_003361	AGGC	2	8	349049	349056	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
118	NC_003361	ATAG	2	8	354608	354615	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
119	NC_003361	GAAA	2	8	354673	354680	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
120	NC_003361	TGTT	2	8	354752	354759	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
121	NC_003361	TATT	2	8	359129	359136	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_003361	CTTA	2	8	359152	359159	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
123	NC_003361	ATAA	2	8	360630	360637	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_003361	TCAA	2	8	373280	373287	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
125	NC_003361	GTCT	2	8	373336	373343	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
126	NC_003361	AACT	2	8	374193	374200	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
127	NC_003361	CAAT	2	8	378828	378835	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_003361	AAAG	2	8	379236	379243	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
129	NC_003361	TTCC	2	8	379427	379434	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
130	NC_003361	TTTA	2	8	380034	380041	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_003361	TTAA	2	8	385189	385196	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_003361	AGTA	2	8	388028	388035	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
133	NC_003361	GAAA	2	8	388078	388085	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
134	NC_003361	TTTA	2	8	388726	388733	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_003361	TTCA	2	8	388962	388969	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_003361	TTTA	2	8	389558	389565	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_003361	GTTT	2	8	389573	389580	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
138	NC_003361	TTTA	2	8	390365	390372	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_003361	AGAT	2	8	390373	390380	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
140	NC_003361	TTTG	2	8	395169	395176	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
141	NC_003361	ATTA	3	12	401928	401939	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_003361	TATT	2	8	401973	401980	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_003361	ATTG	2	8	418246	418253	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
144	NC_003361	TTTG	2	8	418492	418499	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
145	NC_003361	TTCC	2	8	418504	418511	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
146	NC_003361	TCTA	2	8	418769	418776	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
147	NC_003361	TTTC	2	8	422115	422122	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
148	NC_003361	TTTA	2	8	425900	425907	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_003361	TTTC	2	8	436577	436584	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
150	NC_003361	TTTA	2	8	438623	438630	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_003361	ATTT	2	8	448137	448144	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_003361	TAAA	2	8	448456	448463	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.