MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Chlamydophila caviae GPIC chromosome

Total Repeats: 15836

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003361	TGG	2	6	121	126	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	29839770
2	NC_003361	TTA	2	6	138	143	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29839770
3	NC_003361	GAA	2	6	182	187	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839770
4	NC_003361	CTT	2	6	240	245	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29839770
5	NC_003361	TTC	2	6	341	346	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29839770
6	NC_003361	ATG	2	6	454	459	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29839770
7	NC_003361	TAT	2	6	461	466	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29839770
8	NC_003361	ATG	2	6	487	492	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29839770
9	NC_003361	ATG	2	6	567	572	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29839770
10	NC_003361	CTT	2	6	658	663	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29839770
11	NC_003361	TGA	2	6	802	807	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29839770
12	NC_003361	AGC	2	6	872	877	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29839770
13	NC_003361	GTG	2	6	889	894	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	29839770
14	NC_003361	ATT	2	6	996	1001	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29839770
15	NC_003361	TTC	2	6	1037	1042	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29839770
16	NC_003361	TTC	2	6	1054	1059	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_003361	GAA	2	6	1060	1065	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_003361	ATG	2	6	1318	1323	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29839771
19	NC_003361	GAG	2	6	1570	1575	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	29839771
20	NC_003361	TGG	2	6	1616	1621	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	29839771
21	NC_003361	GAT	2	6	1642	1647	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29839771
22	NC_003361	TTC	2	6	1691	1696	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29839771
23	NC_003361	CTT	2	6	1727	1732	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29839771
24	NC_003361	CTT	2	6	1958	1963	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29839771
25	NC_003361	GAA	2	6	1969	1974	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839771
26	NC_003361	GTT	2	6	1985	1990	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29839771
27	NC_003361	CTT	2	6	2108	2113	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29839771
28	NC_003361	CAT	2	6	2327	2332	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29839771
29	NC_003361	TCC	2	6	2586	2591	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	29839772
30	NC_003361	GAA	2	6	2650	2655	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839772
31	NC_003361	TTC	2	6	2679	2684	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29839772
32	NC_003361	ATT	2	6	2703	2708	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29839772
33	NC_003361	AGA	2	6	2835	2840	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839772
34	NC_003361	GAA	2	6	2845	2850	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839772
35	NC_003361	TAT	2	6	2873	2878	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29839772
36	NC_003361	TAT	2	6	2907	2912	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29839772
37	NC_003361	TAT	2	6	2959	2964	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_003361	ATT	3	9	2974	2982	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_003361	AGC	2	6	3088	3093	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29839773
40	NC_003361	GAA	2	6	3117	3122	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839773
41	NC_003361	TTC	2	6	3274	3279	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29839773
42	NC_003361	GTT	2	6	3390	3395	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29839773
43	NC_003361	CAA	2	6	3528	3533	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839773
44	NC_003361	ATG	2	6	3561	3566	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29839773
45	NC_003361	CTT	2	6	3705	3710	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29839773
46	NC_003361	TGG	2	6	3792	3797	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	29839773
47	NC_003361	CAA	2	6	3802	3807	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839773
48	NC_003361	AAC	2	6	3836	3841	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839773
49	NC_003361	ATT	2	6	3859	3864	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29839773
50	NC_003361	TAA	2	6	3892	3897	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29839773
51	NC_003361	TTG	2	6	3946	3951	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29839773
52	NC_003361	TAC	2	6	4078	4083	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29839773
53	NC_003361	CTT	2	6	4350	4355	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29839773
54	NC_003361	GAT	2	6	4373	4378	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29839773
55	NC_003361	GAT	2	6	4425	4430	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29839773
56	NC_003361	CTG	2	6	4626	4631	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	29839773
57	NC_003361	CCA	2	6	4633	4638	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	29839773
58	NC_003361	TCT	2	6	4653	4658	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29839773
59	NC_003361	GAA	2	6	4709	4714	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839773
60	NC_003361	TGT	3	9	4721	4729	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29839773
61	NC_003361	AAG	2	6	4909	4914	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839773
62	NC_003361	TTA	2	6	5032	5037	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29839773
63	NC_003361	AAT	2	6	5197	5202	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29839773
64	NC_003361	CAA	2	6	5242	5247	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_003361	TTG	2	6	5253	5258	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_003361	TGT	2	6	5328	5333	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
67	NC_003361	AGA	2	6	5421	5426	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839774
68	NC_003361	TGG	2	6	5487	5492	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	29839774
69	NC_003361	AGA	2	6	5529	5534	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839774
70	NC_003361	TCT	2	6	5572	5577	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29839774
71	NC_003361	TGT	2	6	5628	5633	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29839774
72	NC_003361	CAA	2	6	5761	5766	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839774
73	NC_003361	TTA	2	6	5790	5795	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29839774
74	NC_003361	TGA	2	6	5823	5828	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29839774
75	NC_003361	GTT	2	6	5882	5887	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29839774
76	NC_003361	CTT	2	6	5962	5967	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29839774
77	NC_003361	AGA	2	6	6012	6017	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839774
78	NC_003361	AGC	2	6	6066	6071	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29839774
79	NC_003361	TTC	2	6	6195	6200	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29839774
80	NC_003361	CCT	2	6	6202	6207	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	29839774
81	NC_003361	CTT	2	6	6248	6253	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29839774
82	NC_003361	GAA	2	6	6255	6260	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839774
83	NC_003361	ACG	2	6	6448	6453	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29839774
84	NC_003361	TTC	2	6	6565	6570	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_003361	CAA	2	6	6777	6782	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_003361	TCG	2	6	6859	6864	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	29839775
87	NC_003361	ATC	2	6	7046	7051	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29839775
88	NC_003361	AGA	2	6	7075	7080	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839775
89	NC_003361	TTG	2	6	7207	7212	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29839775
90	NC_003361	TTG	2	6	7275	7280	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29839775
91	NC_003361	CAA	2	6	7304	7309	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839775
92	NC_003361	AGA	2	6	7483	7488	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839775
93	NC_003361	TGA	2	6	7513	7518	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29839775
94	NC_003361	TTC	2	6	7797	7802	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29839775
95	NC_003361	GAA	2	6	7964	7969	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839776
96	NC_003361	TGC	2	6	7977	7982	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	29839776
97	NC_003361	ATG	2	6	8078	8083	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29839776
98	NC_003361	GTA	2	6	8100	8105	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29839776
99	NC_003361	TGT	2	6	8256	8261	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29839776
100	NC_003361	GAA	2	6	8420	8425	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839776
101	NC_003361	AAG	2	6	8429	8434	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839776
102	NC_003361	AGA	2	6	8493	8498	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839776
103	NC_003361	AGA	2	6	8504	8509	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839776
104	NC_003361	AAT	2	6	8553	8558	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29839776
105	NC_003361	GTT	2	6	8744	8749	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29839776
106	NC_003361	CAT	2	6	8843	8848	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29839776
107	NC_003361	GTG	2	6	8875	8880	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	29839776
108	NC_003361	GAA	2	6	8989	8994	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839776
109	NC_003361	TAA	2	6	9210	9215	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29839776
110	NC_003361	TGC	2	6	9335	9340	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	29839776
111	NC_003361	AAG	2	6	9428	9433	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839776
112	NC_003361	ATC	2	6	9468	9473	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29839776
113	NC_003361	GTG	2	6	9498	9503	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	29839776
114	NC_003361	ACT	2	6	9522	9527	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29839776
115	NC_003361	GAT	2	6	9542	9547	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29839776
116	NC_003361	GTT	2	6	9642	9647	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29839776
117	NC_003361	CAT	2	6	9776	9781	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29839776
118	NC_003361	TCA	2	6	9835	9840	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29839776
119	NC_003361	TTC	2	6	9882	9887	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29839776
120	NC_003361	TCT	2	6	9910	9915	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29839776
121	NC_003361	TCA	2	6	9931	9936	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29839776
122	NC_003361	TCT	2	6	10051	10056	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29839776
123	NC_003361	GTT	2	6	10211	10216	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29839776
124	NC_003361	TCT	2	6	10258	10263	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29839776
125	NC_003361	AGT	2	6	10323	10328	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29839776
126	NC_003361	ATG	2	6	10497	10502	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29839776
127	NC_003361	AGC	2	6	10527	10532	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29839776
128	NC_003361	TGC	2	6	10564	10569	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	29839776
129	NC_003361	AGC	2	6	10654	10659	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29839776
130	NC_003361	AGA	2	6	11143	11148	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839777
131	NC_003361	TCA	2	6	11172	11177	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29839777
132	NC_003361	TTG	2	6	11302	11307	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29839777
133	NC_003361	AGA	2	6	11551	11556	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839777
134	NC_003361	GCG	2	6	11633	11638	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	29839777
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257	NC_003361	ATT	2	6	21719	21724	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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259	NC_003361	CTC	2	6	21975	21980	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	29839784
260	NC_003361	TGA	2	6	21988	21993	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29839784
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263	NC_003361	CTA	2	6	22110	22115	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29839784
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