MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 plasmid pSLT

Total Repeats: 60

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003277	ACTGG	2	10	924	933	20 %	20 %	40 %	20 %	17233405
2	NC_003277	TCGTC	2	10	1631	1640	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
3	NC_003277	ACCAC	2	10	4851	4860	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
4	NC_003277	ATGTT	2	10	4920	4929	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_003277	GCTCC	2	10	4964	4973	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
6	NC_003277	GAATG	2	10	10111	10120	40 %	20 %	40 %	0 %	17233480
7	NC_003277	CCTTT	2	10	11835	11844	0 %	60 %	0 %	40 %	17233482
8	NC_003277	CTGTA	2	10	11955	11964	20 %	40 %	20 %	20 %	17233482
9	NC_003277	GGTCA	2	10	13971	13980	20 %	20 %	40 %	20 %	17233483
10	NC_003277	AATTT	2	10	14103	14112	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_003277	TGCAA	2	10	14906	14915	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
12	NC_003277	GGCCC	2	10	15495	15504	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
13	NC_003277	GCCGT	2	10	16315	16324	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
14	NC_003277	TGACA	2	10	16375	16384	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
15	NC_003277	CTGGT	2	10	27415	27424	0 %	40 %	40 %	20 %	17233490
16	NC_003277	TGAGT	2	10	28194	28203	20 %	40 %	40 %	0 %	17233491
17	NC_003277	AGGTC	2	10	30294	30303	20 %	20 %	40 %	20 %	17233492
18	NC_003277	TGAAC	2	10	31634	31643	40 %	20 %	20 %	20 %	17233493
19	NC_003277	GTTGA	2	10	32602	32611	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
20	NC_003277	TTTAC	2	10	33118	33127	20 %	60 %	0 %	20 %	17233422
21	NC_003277	ACGGG	2	10	33595	33604	20 %	0 %	60 %	20 %	17233422
22	NC_003277	ATTTT	2	10	34915	34924	20 %	80 %	0 %	0 %	17233494
23	NC_003277	CGCAG	2	10	36116	36125	20 %	0 %	40 %	40 %	17233495
24	NC_003277	CTGTT	2	10	37040	37049	0 %	60 %	20 %	20 %	17233496
25	NC_003277	TCCGG	2	10	37193	37202	0 %	20 %	40 %	40 %	17233496
26	NC_003277	TAATG	2	10	37483	37492	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_003277	GTCTG	2	10	38725	38734	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
28	NC_003277	CTGCC	2	10	39125	39134	0 %	20 %	20 %	60 %	17233498
29	NC_003277	TATAA	2	10	39632	39641	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_003277	GCACA	2	10	40264	40273	40 %	0 %	20 %	40 %	17233423
31	NC_003277	GGACG	2	10	41566	41575	20 %	0 %	60 %	20 %	32441711
32	NC_003277	ACGGG	2	10	48064	48073	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
33	NC_003277	ACGGG	2	10	49241	49250	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
34	NC_003277	GAACT	2	10	50464	50473	40 %	20 %	20 %	20 %	32441713
35	NC_003277	GGCCT	2	10	50766	50775	0 %	20 %	40 %	40 %	32441713
36	NC_003277	GAACC	2	10	51609	51618	40 %	0 %	20 %	40 %	17233431
37	NC_003277	GAACA	2	10	54300	54309	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
38	NC_003277	GGCGC	2	10	57097	57106	0 %	0 %	60 %	40 %	17233437
39	NC_003277	GAACT	2	10	58634	58643	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_003277	CCCCG	2	10	58673	58682	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
41	NC_003277	AAAAT	2	10	59578	59587	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_003277	TAATT	2	10	60759	60768	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_003277	AATAA	2	10	61053	61062	80 %	20 %	0 %	0 %	17233440
44	NC_003277	TTGTG	2	10	61936	61945	0 %	60 %	40 %	0 %	17233441
45	NC_003277	ACGGT	2	10	62823	62832	20 %	20 %	40 %	20 %	17233443
46	NC_003277	ACATT	2	10	63831	63840	40 %	40 %	0 %	20 %	17233445
47	NC_003277	AAAAT	2	10	64491	64500	80 %	20 %	0 %	0 %	17233446
48	NC_003277	TCCGG	2	10	66274	66283	0 %	20 %	40 %	40 %	17233448
49	NC_003277	AGCGA	2	10	69541	69550	40 %	0 %	40 %	20 %	17233453
50	NC_003277	AAAAT	2	10	73541	73550	80 %	20 %	0 %	0 %	17233457
51	NC_003277	CTGAA	2	10	73680	73689	40 %	20 %	20 %	20 %	17233458
52	NC_003277	GCGCA	2	10	81616	81625	20 %	0 %	40 %	40 %	17233465
53	NC_003277	ATTTC	2	10	84031	84040	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_003277	GACCT	2	10	85946	85955	20 %	20 %	20 %	40 %	17233468
55	NC_003277	GGCGC	2	10	88848	88857	0 %	0 %	60 %	40 %	17233470
56	NC_003277	GGCAG	2	10	88957	88966	20 %	0 %	60 %	20 %	17233470
57	NC_003277	CCGGA	2	10	88998	89007	20 %	0 %	40 %	40 %	17233470
58	NC_003277	CGAAA	2	10	90221	90230	60 %	0 %	20 %	20 %	17233470
59	NC_003277	GGGTT	2	10	91622	91631	0 %	40 %	60 %	0 %	17233470
60	NC_003277	GCCGT	2	10	91759	91768	0 %	20 %	40 %	40 %	17233470

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.