MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 plasmid pSLT

Total Repeats: 77

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003277	AAGT	2	8	1281	1288	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_003277	AGTG	2	8	1641	1648	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_003277	TGGC	2	8	1679	1686	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
4	NC_003277	TAAA	2	8	3107	3114	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_003277	GCCC	2	8	3157	3164	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
6	NC_003277	TCCC	2	8	4739	4746	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
7	NC_003277	CCGG	2	8	4789	4796	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
8	NC_003277	TAAA	2	8	8140	8147	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_003277	TGTT	2	8	8233	8240	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_003277	CTAA	2	8	8265	8272	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
11	NC_003277	GCCT	2	8	8514	8521	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
12	NC_003277	TAAA	2	8	13535	13542	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_003277	TGGC	2	8	14157	14164	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
14	NC_003277	TTCC	2	8	14169	14176	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
15	NC_003277	AAAC	2	8	14714	14721	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
16	NC_003277	TGTT	2	8	14746	14753	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_003277	CAAA	2	8	14790	14797	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
18	NC_003277	CATA	2	8	14855	14862	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
19	NC_003277	CTTT	2	8	15419	15426	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
20	NC_003277	TTGC	2	8	15431	15438	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
21	NC_003277	GTGG	2	8	15551	15558	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
22	NC_003277	AGAT	2	8	15730	15737	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
23	NC_003277	TTCC	2	8	15882	15889	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
24	NC_003277	GCAG	2	8	16114	16121	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
25	NC_003277	TCAC	2	8	16388	16395	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
26	NC_003277	ATTT	2	8	18613	18620	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_003277	ACAG	2	8	18706	18713	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
28	NC_003277	CAGT	2	8	18724	18731	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
29	NC_003277	GCCT	2	8	23996	24003	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
30	NC_003277	GCCA	2	8	24620	24627	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
31	NC_003277	CAGC	2	8	25119	25126	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
32	NC_003277	CTGA	2	8	25180	25187	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
33	NC_003277	TATT	2	8	25683	25690	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_003277	GTAA	2	8	25767	25774	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_003277	CCCG	2	8	26178	26185	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
36	NC_003277	TTTA	2	8	31021	31028	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_003277	ATTC	2	8	31175	31182	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
38	NC_003277	CGAA	2	8	32770	32777	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
39	NC_003277	AATA	2	8	38362	38369	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_003277	ATTT	2	8	38859	38866	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_003277	CCCG	2	8	39504	39511	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
42	NC_003277	TTTG	2	8	39594	39601	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_003277	TTAG	2	8	39602	39609	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_003277	GTTT	2	8	39621	39628	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_003277	AGCC	2	8	40875	40882	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
46	NC_003277	CAGA	2	8	40982	40989	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
47	NC_003277	GTCA	2	8	41269	41276	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
48	NC_003277	CTTT	2	8	43502	43509	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
49	NC_003277	GCTT	2	8	43521	43528	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
50	NC_003277	ATTT	2	8	43755	43762	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_003277	TGAA	2	8	49140	49147	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
52	NC_003277	CCGG	2	8	49231	49238	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
53	NC_003277	CGGG	2	8	50879	50886	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
54	NC_003277	ATCA	2	8	50889	50896	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_003277	GAAA	2	8	51735	51742	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_003277	GCCG	2	8	51871	51878	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
57	NC_003277	CATC	2	8	51934	51941	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
58	NC_003277	TCCT	2	8	51994	52001	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
59	NC_003277	TCAT	2	8	52661	52668	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
60	NC_003277	ATTA	2	8	58977	58984	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_003277	TGCC	2	8	59194	59201	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
62	NC_003277	ACTG	2	8	59555	59562	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
63	NC_003277	AATA	2	8	59602	59609	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_003277	CAGT	2	8	60016	60023	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
65	NC_003277	TAAA	2	8	61421	61428	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_003277	GTCA	2	8	67389	67396	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
67	NC_003277	GCCG	2	8	67413	67420	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
68	NC_003277	CCTG	2	8	67438	67445	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
69	NC_003277	TGAA	2	8	68261	68268	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
70	NC_003277	TCTG	2	8	68534	68541	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
71	NC_003277	TGGT	2	8	83191	83198	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
72	NC_003277	CTGA	2	8	83978	83985	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
73	NC_003277	GAAA	2	8	84015	84022	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
74	NC_003277	AAAT	2	8	84056	84063	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_003277	GTTA	2	8	84260	84267	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
76	NC_003277	AATT	2	8	84276	84283	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_003277	TCTT	2	8	84302	84309	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.