MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 plasmid pSLT

Total Repeats: 225

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003277	CCGT	2	8	752	759	0 %	25 %	25 %	50 %	17233405
2	NC_003277	TGGC	2	8	869	876	0 %	25 %	50 %	25 %	17233405
3	NC_003277	ACAT	2	8	1497	1504	50 %	25 %	0 %	25 %	17233406
4	NC_003277	AAAG	2	8	1505	1512	75 %	0 %	25 %	0 %	17233406
5	NC_003277	GCAG	2	8	1910	1917	25 %	0 %	50 %	25 %	17233408
6	NC_003277	TGAC	2	8	1921	1928	25 %	25 %	25 %	25 %	17233408
7	NC_003277	CGTT	3	12	2080	2091	0 %	50 %	25 %	25 %	228960845
8	NC_003277	TACC	2	8	2315	2322	25 %	25 %	0 %	50 %	228960845
9	NC_003277	CCGA	2	8	2358	2365	25 %	0 %	25 %	50 %	228960845
10	NC_003277	GATG	2	8	2492	2499	25 %	25 %	50 %	0 %	228960845
11	NC_003277	AAAT	2	8	3988	3995	75 %	25 %	0 %	0 %	17233473
12	NC_003277	TCAC	2	8	4256	4263	25 %	25 %	0 %	50 %	17233473
13	NC_003277	ACGG	2	8	4443	4450	25 %	0 %	50 %	25 %	17233473
14	NC_003277	TCTG	2	8	4604	4611	0 %	50 %	25 %	25 %	17233473
15	NC_003277	CAGC	2	8	5498	5505	25 %	0 %	25 %	50 %	17233474
16	NC_003277	TACA	2	8	5837	5844	50 %	25 %	0 %	25 %	17233475
17	NC_003277	TCAC	2	8	5925	5932	25 %	25 %	0 %	50 %	17233475
18	NC_003277	GTGG	2	8	6122	6129	0 %	25 %	75 %	0 %	17233475
19	NC_003277	GGTC	2	8	6271	6278	0 %	25 %	50 %	25 %	17233475
20	NC_003277	GCCG	2	8	6419	6426	0 %	0 %	50 %	50 %	17233475
21	NC_003277	GCCG	2	8	6968	6975	0 %	0 %	50 %	50 %	17233476
22	NC_003277	GGGC	2	8	7157	7164	0 %	0 %	75 %	25 %	17233476
23	NC_003277	CAGC	2	8	7254	7261	25 %	0 %	25 %	50 %	17233476
24	NC_003277	TGAA	2	8	7611	7618	50 %	25 %	25 %	0 %	17233477
25	NC_003277	ACTG	2	8	9231	9238	25 %	25 %	25 %	25 %	17233479
26	NC_003277	CAGT	2	8	9813	9820	25 %	25 %	25 %	25 %	17233480
27	NC_003277	CCAG	2	8	9843	9850	25 %	0 %	25 %	50 %	17233480
28	NC_003277	GGTT	2	8	10098	10105	0 %	50 %	50 %	0 %	17233480
29	NC_003277	TCAT	2	8	10366	10373	25 %	50 %	0 %	25 %	17233481
30	NC_003277	TGGT	2	8	10798	10805	0 %	50 %	50 %	0 %	17233481
31	NC_003277	TTCT	2	8	10822	10829	0 %	75 %	0 %	25 %	17233481
32	NC_003277	TCCG	2	8	11130	11137	0 %	25 %	25 %	50 %	17233482
33	NC_003277	CCCA	2	8	11689	11696	25 %	0 %	0 %	75 %	17233482
34	NC_003277	CGAC	2	8	12308	12315	25 %	0 %	25 %	50 %	17233482
35	NC_003277	CCGG	2	8	13181	13188	0 %	0 %	50 %	50 %	17233482
36	NC_003277	CTGA	2	8	14395	14402	25 %	25 %	25 %	25 %	17233484
37	NC_003277	TGGC	2	8	16737	16744	0 %	25 %	50 %	25 %	17233485
38	NC_003277	TGAC	2	8	17257	17264	25 %	25 %	25 %	25 %	17233485
39	NC_003277	GAAT	2	8	17345	17352	50 %	25 %	25 %	0 %	17233485
40	NC_003277	ACAA	2	8	17618	17625	75 %	0 %	0 %	25 %	17233485
41	NC_003277	CATC	2	8	18409	18416	25 %	25 %	0 %	50 %	17233486
42	NC_003277	GCAG	2	8	21498	21505	25 %	0 %	50 %	25 %	17233417
43	NC_003277	GCGG	2	8	21771	21778	0 %	0 %	75 %	25 %	17233417
44	NC_003277	CAGC	2	8	21816	21823	25 %	0 %	25 %	50 %	17233417
45	NC_003277	ACCG	2	8	21958	21965	25 %	0 %	25 %	50 %	17233417
46	NC_003277	GCTG	2	8	22375	22382	0 %	25 %	50 %	25 %	17233418
47	NC_003277	GCCG	2	8	22512	22519	0 %	0 %	50 %	50 %	17233418
48	NC_003277	TCCG	2	8	22573	22580	0 %	25 %	25 %	50 %	17233418
49	NC_003277	GGCA	2	8	23028	23035	25 %	0 %	50 %	25 %	32441710
50	NC_003277	CCCG	2	8	23311	23318	0 %	0 %	25 %	75 %	32441710
51	NC_003277	CCGG	2	8	23345	23352	0 %	0 %	50 %	50 %	32441710
52	NC_003277	GTGA	2	8	23361	23368	25 %	25 %	50 %	0 %	32441710
53	NC_003277	CCCG	2	8	23407	23414	0 %	0 %	25 %	75 %	32441710
54	NC_003277	GGCA	2	8	23446	23453	25 %	0 %	50 %	25 %	32441710
55	NC_003277	GGCA	2	8	23590	23597	25 %	0 %	50 %	25 %	17233419
56	NC_003277	CTGC	2	8	23746	23753	0 %	25 %	25 %	50 %	17233419
57	NC_003277	GCGA	2	8	23856	23863	25 %	0 %	50 %	25 %	17233419
58	NC_003277	GATG	2	8	25897	25904	25 %	25 %	50 %	0 %	17233421
59	NC_003277	CAGA	2	8	26119	26126	50 %	0 %	25 %	25 %	17233421
60	NC_003277	ATGT	2	8	26663	26670	25 %	50 %	25 %	0 %	17233489
61	NC_003277	GTAT	2	8	26720	26727	25 %	50 %	25 %	0 %	17233489
62	NC_003277	TACT	2	8	27175	27182	25 %	50 %	0 %	25 %	17233490
63	NC_003277	GGCG	2	8	29099	29106	0 %	0 %	75 %	25 %	17233491
64	NC_003277	CCCA	2	8	29515	29522	25 %	0 %	0 %	75 %	17233491
65	NC_003277	TCCG	2	8	29667	29674	0 %	25 %	25 %	50 %	17233491
66	NC_003277	CTGA	2	8	29876	29883	25 %	25 %	25 %	25 %	17233491
67	NC_003277	TCGG	2	8	30326	30333	0 %	25 %	50 %	25 %	17233492
68	NC_003277	AGAA	2	8	31794	31801	75 %	0 %	25 %	0 %	17233493
69	NC_003277	AATA	2	8	31811	31818	75 %	25 %	0 %	0 %	17233493
70	NC_003277	TGGC	2	8	33237	33244	0 %	25 %	50 %	25 %	17233422
71	NC_003277	AGGC	2	8	33337	33344	25 %	0 %	50 %	25 %	17233422
72	NC_003277	ATTT	2	8	33638	33645	25 %	75 %	0 %	0 %	17233422
73	NC_003277	TACA	2	8	33672	33679	50 %	25 %	0 %	25 %	17233422
74	NC_003277	GGCG	2	8	33680	33687	0 %	0 %	75 %	25 %	17233422
75	NC_003277	GCTG	2	8	33746	33753	0 %	25 %	50 %	25 %	17233422
76	NC_003277	GACC	2	8	34166	34173	25 %	0 %	25 %	50 %	17233494
77	NC_003277	TTGT	2	8	34803	34810	0 %	75 %	25 %	0 %	17233494
78	NC_003277	TCAG	2	8	35195	35202	25 %	25 %	25 %	25 %	17233495
79	NC_003277	GCCA	2	8	35747	35754	25 %	0 %	25 %	50 %	17233495
80	NC_003277	TGCC	2	8	35952	35959	0 %	25 %	25 %	50 %	17233495
81	NC_003277	AATC	2	8	36418	36425	50 %	25 %	0 %	25 %	17233495
82	NC_003277	ATTT	2	8	36495	36502	25 %	75 %	0 %	0 %	17233495
83	NC_003277	GGCG	2	8	36823	36830	0 %	0 %	75 %	25 %	17233496
84	NC_003277	TTCC	2	8	36897	36904	0 %	50 %	0 %	50 %	17233496
85	NC_003277	ATAC	2	8	37567	37574	50 %	25 %	0 %	25 %	17233497
86	NC_003277	GACA	2	8	38191	38198	50 %	0 %	25 %	25 %	17233497
87	NC_003277	GTTT	2	8	38216	38223	0 %	75 %	25 %	0 %	17233497
88	NC_003277	TGGT	2	8	38251	38258	0 %	50 %	50 %	0 %	17233497
89	NC_003277	TCTG	2	8	38940	38947	0 %	50 %	25 %	25 %	17233498
90	NC_003277	CTGC	2	8	39015	39022	0 %	25 %	25 %	50 %	17233498
91	NC_003277	TGTC	2	8	39411	39418	0 %	50 %	25 %	25 %	17233498
92	NC_003277	GGTG	2	8	39768	39775	0 %	25 %	75 %	0 %	17233423
93	NC_003277	GAAA	2	8	40674	40681	75 %	0 %	25 %	0 %	17233423
94	NC_003277	ATGA	2	8	41386	41393	50 %	25 %	25 %	0 %	32441711
95	NC_003277	TGGC	2	8	41644	41651	0 %	25 %	50 %	25 %	32441711
96	NC_003277	CAGG	2	8	41925	41932	25 %	0 %	50 %	25 %	32441712
97	NC_003277	GCTG	2	8	41978	41985	0 %	25 %	50 %	25 %	32441712
98	NC_003277	CCGG	2	8	42224	42231	0 %	0 %	50 %	50 %	32441712
99	NC_003277	TGGC	2	8	42384	42391	0 %	25 %	50 %	25 %	32441712
100	NC_003277	TCAG	2	8	42489	42496	25 %	25 %	25 %	25 %	17233500
101	NC_003277	GCCT	2	8	42740	42747	0 %	25 %	25 %	50 %	17233500
102	NC_003277	CCAG	2	8	42988	42995	25 %	0 %	25 %	50 %	17233500
103	NC_003277	TGTA	2	8	44152	44159	25 %	50 %	25 %	0 %	17233425
104	NC_003277	AGCC	2	8	44680	44687	25 %	0 %	25 %	50 %	17233425
105	NC_003277	TCGA	2	8	44705	44712	25 %	25 %	25 %	25 %	17233425
106	NC_003277	TGAC	2	8	45086	45093	25 %	25 %	25 %	25 %	17233426
107	NC_003277	TCAA	2	8	45503	45510	50 %	25 %	0 %	25 %	17233426
108	NC_003277	GTCT	2	8	45702	45709	0 %	50 %	25 %	25 %	17233426
109	NC_003277	GCCT	2	8	46318	46325	0 %	25 %	25 %	50 %	17233501
110	NC_003277	CTGC	2	8	46551	46558	0 %	25 %	25 %	50 %	17233501
111	NC_003277	CGTT	2	8	46834	46841	0 %	50 %	25 %	25 %	17233501
112	NC_003277	GGTC	2	8	46927	46934	0 %	25 %	50 %	25 %	17233501
113	NC_003277	GAAC	2	8	46967	46974	50 %	0 %	25 %	25 %	17233501
114	NC_003277	TTTC	2	8	47582	47589	0 %	75 %	0 %	25 %	17233502
115	NC_003277	CTGG	2	8	48599	48606	0 %	25 %	50 %	25 %	17233427
116	NC_003277	GACC	2	8	49560	49567	25 %	0 %	25 %	50 %	17233429
117	NC_003277	CGGG	2	8	50736	50743	0 %	0 %	75 %	25 %	32441713
118	NC_003277	GGCT	2	8	51039	51046	0 %	25 %	50 %	25 %	17233431
119	NC_003277	GCTG	2	8	52283	52290	0 %	25 %	50 %	25 %	17233432
120	NC_003277	TCGC	2	8	52476	52483	0 %	25 %	25 %	50 %	17233432
121	NC_003277	AAAG	2	8	53443	53450	75 %	0 %	25 %	0 %	17233434
122	NC_003277	GGTC	2	8	54433	54440	0 %	25 %	50 %	25 %	17233435
123	NC_003277	CAGG	2	8	54529	54536	25 %	0 %	50 %	25 %	17233435
124	NC_003277	CAGC	2	8	54751	54758	25 %	0 %	25 %	50 %	17233435
125	NC_003277	GACA	2	8	54976	54983	50 %	0 %	25 %	25 %	17233436
126	NC_003277	CCTG	2	8	55006	55013	0 %	25 %	25 %	50 %	17233436
127	NC_003277	CCCT	2	8	55532	55539	0 %	25 %	0 %	75 %	17233437
128	NC_003277	GGCT	2	8	55826	55833	0 %	25 %	50 %	25 %	17233437
129	NC_003277	GCTG	2	8	55851	55858	0 %	25 %	50 %	25 %	17233437
130	NC_003277	GTGG	2	8	56154	56161	0 %	25 %	75 %	0 %	17233437
131	NC_003277	CGCT	2	8	56990	56997	0 %	25 %	25 %	50 %	17233437
132	NC_003277	AGCC	2	8	57787	57794	25 %	0 %	25 %	50 %	17233439
133	NC_003277	GCCC	2	8	57857	57864	0 %	0 %	25 %	75 %	17233439
134	NC_003277	CAGG	2	8	60327	60334	25 %	0 %	50 %	25 %	17233503
135	NC_003277	TTCC	2	8	60468	60475	0 %	50 %	0 %	50 %	17233503
136	NC_003277	ACAG	2	8	60577	60584	50 %	0 %	25 %	25 %	17233503
137	NC_003277	CAGA	2	8	61200	61207	50 %	0 %	25 %	25 %	17233440
138	NC_003277	AGAA	2	8	61607	61614	75 %	0 %	25 %	0 %	17233441
139	NC_003277	TAAA	2	8	61633	61640	75 %	25 %	0 %	0 %	17233441
140	NC_003277	ATTT	2	8	61954	61961	25 %	75 %	0 %	0 %	17233441
141	NC_003277	GAAC	2	8	62033	62040	50 %	0 %	25 %	25 %	17233441
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143	NC_003277	TTAA	2	8	62277	62284	50 %	50 %	0 %	0 %	17233442
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.