MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 plasmid pSLT

Total Repeats: 113

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003277	GC	3	6	239	244	0 %	0 %	50 %	50 %	17233404
2	NC_003277	GT	3	6	1019	1024	0 %	50 %	50 %	0 %	17233405
3	NC_003277	GA	3	6	1988	1993	50 %	0 %	50 %	0 %	228960845
4	NC_003277	GT	3	6	4164	4169	0 %	50 %	50 %	0 %	17233473
5	NC_003277	TC	3	6	4398	4403	0 %	50 %	0 %	50 %	17233473
6	NC_003277	GT	3	6	5912	5917	0 %	50 %	50 %	0 %	17233475
7	NC_003277	GC	3	6	8047	8052	0 %	0 %	50 %	50 %	17233478
8	NC_003277	TA	3	6	9058	9063	50 %	50 %	0 %	0 %	17233479
9	NC_003277	CA	4	8	10188	10195	50 %	0 %	0 %	50 %	17233480
10	NC_003277	GC	3	6	11037	11042	0 %	0 %	50 %	50 %	17233482
11	NC_003277	GC	3	6	11109	11114	0 %	0 %	50 %	50 %	17233482
12	NC_003277	GC	3	6	11380	11385	0 %	0 %	50 %	50 %	17233482
13	NC_003277	AC	3	6	11787	11792	50 %	0 %	0 %	50 %	17233482
14	NC_003277	AC	3	6	14478	14483	50 %	0 %	0 %	50 %	17233484
15	NC_003277	CT	3	6	16979	16984	0 %	50 %	0 %	50 %	17233485
16	NC_003277	GA	3	6	17437	17442	50 %	0 %	50 %	0 %	17233485
17	NC_003277	GA	3	6	19165	19170	50 %	0 %	50 %	0 %	17233487
18	NC_003277	TG	3	6	20671	20676	0 %	50 %	50 %	0 %	17233415
19	NC_003277	GC	3	6	21218	21223	0 %	0 %	50 %	50 %	17233416
20	NC_003277	GC	3	6	21940	21945	0 %	0 %	50 %	50 %	17233417
21	NC_003277	GC	3	6	22779	22784	0 %	0 %	50 %	50 %	17233418
22	NC_003277	TC	3	6	23845	23850	0 %	50 %	0 %	50 %	17233419
23	NC_003277	TG	3	6	23871	23876	0 %	50 %	50 %	0 %	17233419
24	NC_003277	CG	3	6	23896	23901	0 %	0 %	50 %	50 %	17233419
25	NC_003277	GC	3	6	23954	23959	0 %	0 %	50 %	50 %	17233419
26	NC_003277	AT	3	6	26647	26652	50 %	50 %	0 %	0 %	17233489
27	NC_003277	TC	3	6	26789	26794	0 %	50 %	0 %	50 %	17233489
28	NC_003277	TA	3	6	27427	27432	50 %	50 %	0 %	0 %	17233490
29	NC_003277	TA	3	6	28614	28619	50 %	50 %	0 %	0 %	17233491
30	NC_003277	CT	3	6	32186	32191	0 %	50 %	0 %	50 %	17233493
31	NC_003277	AT	3	6	34525	34530	50 %	50 %	0 %	0 %	17233494
32	NC_003277	AC	4	8	36144	36151	50 %	0 %	0 %	50 %	17233495
33	NC_003277	GT	3	6	37817	37822	0 %	50 %	50 %	0 %	17233497
34	NC_003277	GC	4	8	40489	40496	0 %	0 %	50 %	50 %	17233423
35	NC_003277	CA	3	6	40623	40628	50 %	0 %	0 %	50 %	17233423
36	NC_003277	CT	3	6	41424	41429	0 %	50 %	0 %	50 %	32441711
37	NC_003277	TC	3	6	41943	41948	0 %	50 %	0 %	50 %	32441712
38	NC_003277	TC	3	6	42270	42275	0 %	50 %	0 %	50 %	32441712
39	NC_003277	TA	3	6	42752	42757	50 %	50 %	0 %	0 %	17233500
40	NC_003277	AT	3	6	43170	43175	50 %	50 %	0 %	0 %	17233500
41	NC_003277	TA	3	6	43953	43958	50 %	50 %	0 %	0 %	17233425
42	NC_003277	TG	3	6	44472	44477	0 %	50 %	50 %	0 %	17233425
43	NC_003277	AC	3	6	44722	44727	50 %	0 %	0 %	50 %	17233425
44	NC_003277	GA	3	6	45031	45036	50 %	0 %	50 %	0 %	17233426
45	NC_003277	CG	3	6	45876	45881	0 %	0 %	50 %	50 %	17233426
46	NC_003277	GA	3	6	45976	45981	50 %	0 %	50 %	0 %	17233426
47	NC_003277	TC	3	6	46678	46683	0 %	50 %	0 %	50 %	17233501
48	NC_003277	CG	3	6	46723	46728	0 %	0 %	50 %	50 %	17233501
49	NC_003277	GC	3	6	46905	46910	0 %	0 %	50 %	50 %	17233501
50	NC_003277	GC	3	6	47233	47238	0 %	0 %	50 %	50 %	17233501
51	NC_003277	GC	3	6	49539	49544	0 %	0 %	50 %	50 %	17233429
52	NC_003277	CA	4	8	49965	49972	50 %	0 %	0 %	50 %	17233429
53	NC_003277	AT	3	6	50046	50051	50 %	50 %	0 %	0 %	17233429
54	NC_003277	GC	3	6	50112	50117	0 %	0 %	50 %	50 %	17233429
55	NC_003277	GC	3	6	50234	50239	0 %	0 %	50 %	50 %	17233430
56	NC_003277	GC	3	6	52838	52843	0 %	0 %	50 %	50 %	17233433
57	NC_003277	GA	3	6	53505	53510	50 %	0 %	50 %	0 %	17233434
58	NC_003277	GT	3	6	53675	53680	0 %	50 %	50 %	0 %	17233434
59	NC_003277	AC	3	6	54553	54558	50 %	0 %	0 %	50 %	17233435
60	NC_003277	AG	3	6	55464	55469	50 %	0 %	50 %	0 %	17233437
61	NC_003277	CG	3	6	55732	55737	0 %	0 %	50 %	50 %	17233437
62	NC_003277	GC	3	6	56424	56429	0 %	0 %	50 %	50 %	17233437
63	NC_003277	TG	3	6	56594	56599	0 %	50 %	50 %	0 %	17233437
64	NC_003277	GC	3	6	57192	57197	0 %	0 %	50 %	50 %	17233437
65	NC_003277	CG	3	6	58088	58093	0 %	0 %	50 %	50 %	17233439
66	NC_003277	CG	3	6	58277	58282	0 %	0 %	50 %	50 %	17233439
67	NC_003277	TC	3	6	60514	60519	0 %	50 %	0 %	50 %	17233503
68	NC_003277	TA	4	8	61030	61037	50 %	50 %	0 %	0 %	17233440
69	NC_003277	GA	3	6	61097	61102	50 %	0 %	50 %	0 %	17233440
70	NC_003277	TC	3	6	61278	61283	0 %	50 %	0 %	50 %	17233440
71	NC_003277	TC	4	8	62007	62014	0 %	50 %	0 %	50 %	17233441
72	NC_003277	GC	3	6	62286	62291	0 %	0 %	50 %	50 %	17233442
73	NC_003277	AG	3	6	62385	62390	50 %	0 %	50 %	0 %	17233442
74	NC_003277	AT	3	6	63639	63644	50 %	50 %	0 %	0 %	17233445
75	NC_003277	TG	3	6	64447	64452	0 %	50 %	50 %	0 %	17233446
76	NC_003277	CG	3	6	65464	65469	0 %	0 %	50 %	50 %	17233447
77	NC_003277	GC	3	6	66900	66905	0 %	0 %	50 %	50 %	17233450
78	NC_003277	TC	3	6	67224	67229	0 %	50 %	0 %	50 %	17233450
79	NC_003277	TG	3	6	67685	67690	0 %	50 %	50 %	0 %	17233451
80	NC_003277	TG	3	6	67899	67904	0 %	50 %	50 %	0 %	17233452
81	NC_003277	CG	3	6	68864	68869	0 %	0 %	50 %	50 %	17233453
82	NC_003277	TG	3	6	68879	68884	0 %	50 %	50 %	0 %	17233453
83	NC_003277	GC	3	6	69086	69091	0 %	0 %	50 %	50 %	17233453
84	NC_003277	CA	3	6	69180	69185	50 %	0 %	0 %	50 %	17233453
85	NC_003277	CG	3	6	69381	69386	0 %	0 %	50 %	50 %	17233453
86	NC_003277	CG	3	6	70831	70836	0 %	0 %	50 %	50 %	17233453
87	NC_003277	GC	3	6	71538	71543	0 %	0 %	50 %	50 %	17233454
88	NC_003277	GC	3	6	71829	71834	0 %	0 %	50 %	50 %	17233455
89	NC_003277	TG	3	6	72247	72252	0 %	50 %	50 %	0 %	17233456
90	NC_003277	GC	3	6	75020	75025	0 %	0 %	50 %	50 %	17233459
91	NC_003277	GA	4	8	75123	75130	50 %	0 %	50 %	0 %	17233459
92	NC_003277	CA	3	6	75252	75257	50 %	0 %	0 %	50 %	17233459
93	NC_003277	GC	3	6	76388	76393	0 %	0 %	50 %	50 %	17233459
94	NC_003277	TC	3	6	77933	77938	0 %	50 %	0 %	50 %	17233462
95	NC_003277	AC	3	6	78372	78377	50 %	0 %	0 %	50 %	17233463
96	NC_003277	CA	3	6	78602	78607	50 %	0 %	0 %	50 %	17233464
97	NC_003277	TG	3	6	80336	80341	0 %	50 %	50 %	0 %	17233465
98	NC_003277	CT	3	6	81035	81040	0 %	50 %	0 %	50 %	17233465
99	NC_003277	TC	3	6	81085	81090	0 %	50 %	0 %	50 %	17233465
100	NC_003277	GC	3	6	81585	81590	0 %	0 %	50 %	50 %	17233465
101	NC_003277	TG	3	6	84671	84676	0 %	50 %	50 %	0 %	17233468
102	NC_003277	CG	3	6	85048	85053	0 %	0 %	50 %	50 %	17233468
103	NC_003277	AC	3	6	85488	85493	50 %	0 %	0 %	50 %	17233468
104	NC_003277	GA	3	6	85560	85565	50 %	0 %	50 %	0 %	17233468
105	NC_003277	CA	3	6	87595	87600	50 %	0 %	0 %	50 %	17233470
106	NC_003277	CG	3	6	87882	87887	0 %	0 %	50 %	50 %	17233470
107	NC_003277	GC	3	6	88912	88917	0 %	0 %	50 %	50 %	17233470
108	NC_003277	AG	3	6	89063	89068	50 %	0 %	50 %	0 %	17233470
109	NC_003277	GA	3	6	89341	89346	50 %	0 %	50 %	0 %	17233470
110	NC_003277	CA	3	6	89654	89659	50 %	0 %	0 %	50 %	17233470
111	NC_003277	AG	3	6	92648	92653	50 %	0 %	50 %	0 %	17233471
112	NC_003277	CA	3	6	93701	93706	50 %	0 %	0 %	50 %	17233472
113	NC_003277	CG	3	6	93892	93897	0 %	0 %	50 %	50 %	17233472

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.