MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Nostoc sp. PCC 7120 plasmid pCC7120alpha

Total Repeats: 134

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003276	GGTAAT	2	12	2598	2609	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	17233021
2	NC_003276	ATCTGT	2	12	3898	3909	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	17233023
3	NC_003276	AATTTT	2	12	11882	11893	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	17233030
4	NC_003276	TGATAG	2	12	17057	17068	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	17233038
5	NC_003276	ACTTAG	2	12	18928	18939	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	17233040
6	NC_003276	AGATAA	2	12	22754	22765	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	17233042
7	NC_003276	AATATC	2	12	22912	22923	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	17233042
8	NC_003276	ATTTAT	2	12	24455	24466	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	17233042
9	NC_003276	CTGTTA	2	12	26796	26807	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	17233045
10	NC_003276	CTAAGA	2	12	41890	41901	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	17233065
11	NC_003276	TAATTT	2	12	44434	44445	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	17233070
12	NC_003276	GAAAAA	2	12	46318	46329	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	17233073
13	NC_003276	AATGGA	2	12	48651	48662	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	17233078
14	NC_003276	CGGCAT	2	12	53288	53299	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	17233083
15	NC_003276	GATATT	2	12	54562	54573	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	17233085
16	NC_003276	CCTGAT	2	12	56925	56936	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	17233087
17	NC_003276	AAGGAA	2	12	63279	63290	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	17233089
18	NC_003276	TTAGAT	2	12	66946	66957	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	17233094
19	NC_003276	TTAGAT	2	12	70014	70025	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	17233098
20	NC_003276	AAGCTA	2	12	70954	70965	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	17233099
21	NC_003276	TAGATG	2	12	71314	71325	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	17233099
22	NC_003276	CTGAAT	2	12	71665	71676	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	17233099
23	NC_003276	ACAATA	2	12	74922	74933	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	17233103
24	NC_003276	CGCCAG	2	12	75577	75588	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	17233104
25	NC_003276	CCAGAG	2	12	77685	77696	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	17233105
26	NC_003276	TCAGCT	2	12	86371	86382	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	17233114
27	NC_003276	ACCTTC	2	12	86720	86731	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	17233114
28	NC_003276	TGGGAA	2	12	88073	88084	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	17233116
29	NC_003276	TGGTTC	2	12	88796	88807	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	17233117
30	NC_003276	GGTAAT	2	12	91815	91826	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	17233122
31	NC_003276	ACCAAA	2	12	92931	92942	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	17233123
32	NC_003276	ATTAGC	2	12	95253	95264	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	17233126
33	NC_003276	GGTAAT	2	12	96726	96737	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	17233128
34	NC_003276	TATTCT	2	12	108592	108603	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	17233140
35	NC_003276	AAGTTC	2	12	109089	109100	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	17233140
36	NC_003276	TGCGTT	2	12	115295	115306	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	17233144
37	NC_003276	ACTGGT	2	12	118965	118976	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	17233144
38	NC_003276	CTGCAC	2	12	121685	121696	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	17233144
39	NC_003276	CCAGCC	2	12	122335	122346	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	17233144
40	NC_003276	AAGCAG	2	12	122759	122770	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	17233144
41	NC_003276	CTCAAC	2	12	124371	124382	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	17233144
42	NC_003276	CATGGT	2	12	127603	127614	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	17233145
43	NC_003276	TTCCTT	2	12	130419	130430	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	17233146
44	NC_003276	ATCCAG	2	12	132683	132694	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	17233146
45	NC_003276	TTCAGA	2	12	133410	133421	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	17233146
46	NC_003276	TTATAT	2	12	138103	138114	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	17233149
47	NC_003276	TAACTC	2	12	140199	140210	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	17233150
48	NC_003276	TAGGTT	2	12	143552	143563	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	17233153
49	NC_003276	CCAAGC	2	12	144387	144398	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	17233154
50	NC_003276	AAAGCT	2	12	154793	154804	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	17233169
51	NC_003276	AAGGTG	2	12	156773	156784	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	17233173
52	NC_003276	CAAGAG	2	12	159428	159439	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	17233174
53	NC_003276	TTGCTT	3	18	159965	159982	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	17233174
54	NC_003276	GAGAAA	2	12	167351	167362	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	17233184
55	NC_003276	ATACTG	2	12	172456	172467	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	17233188
56	NC_003276	ACTTCT	2	12	173576	173587	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	17233188
57	NC_003276	TTGAGG	2	12	175355	175366	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	17233190
58	NC_003276	TATCTG	2	12	176132	176143	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	17233191
59	NC_003276	GGTAAT	2	12	177826	177837	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	17233194
60	NC_003276	TGTTAT	2	12	183482	183493	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	17233201
61	NC_003276	CTCATT	2	12	189810	189821	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	17233205
62	NC_003276	AAAACT	2	12	191788	191799	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	17233206
63	NC_003276	CCATCA	2	12	199957	199968	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	17233210
64	NC_003276	CAACAT	2	12	204596	204607	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	17233213
65	NC_003276	GTTGAC	2	12	204629	204640	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	17233213
66	NC_003276	TAGTCA	2	12	216560	216571	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	17233222
67	NC_003276	CAATAT	2	12	225742	225753	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	17233230
68	NC_003276	CTTTGA	2	12	227650	227661	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	17233231
69	NC_003276	AGAATT	2	12	229714	229725	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	17233231
70	NC_003276	AACCCC	2	12	229871	229882	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	17233232
71	NC_003276	CATGAG	2	12	230908	230919	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	17233234
72	NC_003276	TCAGCA	2	12	233690	233701	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	17233237
73	NC_003276	TTGAGC	2	12	237362	237373	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	17233242
74	NC_003276	CCTCAG	2	12	237775	237786	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	17233243
75	NC_003276	AGTTAC	2	12	245188	245199	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	17233245
76	NC_003276	CTAAAG	2	12	248411	248422	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	17233248
77	NC_003276	TAACTA	2	12	252172	252183	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	17233250
78	NC_003276	TCAAAG	2	12	262337	262348	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	17233258
79	NC_003276	TACACC	2	12	262493	262504	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	17233258
80	NC_003276	GTAAAT	2	12	263583	263594	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	17233259
81	NC_003276	GTTAAT	2	12	264057	264068	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	17233259
82	NC_003276	ATCTAT	2	12	278617	278628	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	17233278
83	NC_003276	GGTAAT	2	12	283731	283742	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	17233284
84	NC_003276	AACCAG	2	12	285779	285790	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	17233287
85	NC_003276	AAAGCT	2	12	286160	286171	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	17233288
86	NC_003276	TTGTGG	2	12	286350	286361	0 %	50 %	50 %	0 %	17233288
87	NC_003276	TCAGTT	2	12	287795	287806	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	17233290
88	NC_003276	TGCGGT	2	12	293488	293499	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	17233296
89	NC_003276	TCGCTT	2	12	296044	296055	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	17233302
90	NC_003276	GGCTTG	2	12	299037	299048	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	17233307
91	NC_003276	TCACAG	2	12	308964	308975	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	17233314
92	NC_003276	AAAATA	2	12	309546	309557	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	17233314
93	NC_003276	GAGCAG	2	12	310575	310586	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	17233315
94	NC_003276	GGTAAT	2	12	314066	314077	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	17233319
95	NC_003276	TTAACA	2	12	318080	318091	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	17233320
96	NC_003276	GAATAA	2	12	318906	318917	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	17233320
97	NC_003276	CACTGA	2	12	320655	320666	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	17233320
98	NC_003276	GTATTG	2	12	322463	322474	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	17233320
99	NC_003276	TGATGG	2	12	323703	323714	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	17233320
100	NC_003276	GTGCAG	2	12	325331	325342	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	17233320
101	NC_003276	TACAAG	2	12	325994	326005	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	17233320
102	NC_003276	TCACAG	2	12	328859	328870	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	17233320
103	NC_003276	TCTCAC	2	12	330291	330302	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	17233320
104	NC_003276	TCTCAC	2	12	330723	330734	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	17233320
105	NC_003276	TGGAGA	2	12	331167	331178	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	17233320
106	NC_003276	AAAGGA	2	12	332542	332553	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	17233321
107	NC_003276	ATCCCC	2	12	334516	334527	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	17233323
108	NC_003276	CCAAAG	2	12	334638	334649	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	17233324
109	NC_003276	CCAAAT	2	12	336782	336793	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	17233326
110	NC_003276	CAGTTG	2	12	338407	338418	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	17233326
111	NC_003276	AAAATG	2	12	339743	339754	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	17233327
112	NC_003276	GAAAAG	2	12	344658	344669	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	62946411
113	NC_003276	TCTGTT	2	12	346706	346717	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	62946412
114	NC_003276	TTGCCA	2	12	347005	347016	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	62946412
115	NC_003276	TGATTT	2	12	353333	353344	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	62946415
116	NC_003276	TCGCCT	2	12	356194	356205	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	62946418
117	NC_003276	CATTAC	2	12	358442	358453	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	62946420
118	NC_003276	TGGCTT	2	12	359587	359598	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	62946421
119	NC_003276	GTGTTG	2	12	362583	362594	0 %	50 %	50 %	0 %	62946424
120	NC_003276	TATATC	2	12	365203	365214	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	62946428
121	NC_003276	GCCAAT	2	12	368558	368569	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	62946432
122	NC_003276	ATCTAA	2	12	368576	368587	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	62946432
123	NC_003276	ATGCTA	2	12	372263	372274	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	62946438
124	NC_003276	TTCTAC	2	12	373058	373069	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	62946438
125	NC_003276	TTATAT	2	12	378538	378549	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	62946445
126	NC_003276	TATGCC	2	12	378670	378681	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	62946445
127	NC_003276	AAAGGA	2	12	381265	381276	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	62946447
128	NC_003276	CCACTC	2	12	396938	396949	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	62946471
129	NC_003276	GGTAAT	2	12	397947	397958	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	62946473
130	NC_003276	CCTGTA	2	12	399602	399613	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	62946474
131	NC_003276	CATCAG	2	12	399825	399836	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	62946474
132	NC_003276	GATAGG	2	12	403756	403767	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	62946478
133	NC_003276	TAATCC	2	12	404386	404397	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	62946479
134	NC_003276	TGGCAC	2	12	406399	406410	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	62946481

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.