MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Listeria innocua Clip11262

Total Repeats: 394

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003212	GAAAA	2	10	22777	22786	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_003212	TAAAA	2	10	44674	44683	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_003212	TTATG	2	10	46881	46890	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_003212	TTTTA	2	10	50793	50802	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_003212	TAAAA	2	10	67412	67421	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_003212	GCCTT	2	10	69427	69436	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
7	NC_003212	CAAAA	2	10	69804	69813	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_003212	AAAAG	2	10	77452	77461	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_003212	GTTCA	2	10	78325	78334	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_003212	AAAAT	2	10	92401	92410	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_003212	TTTAT	2	10	93053	93062	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_003212	CAACA	2	10	114895	114904	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
13	NC_003212	TATCA	2	10	144248	144257	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_003212	TGTTA	2	10	144288	144297	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_003212	AGAAA	2	10	145939	145948	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_003212	TAGAA	2	10	154355	154364	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_003212	AAAGT	2	10	157998	158007	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_003212	GATAA	2	10	180842	180851	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_003212	CTTTT	2	10	198202	198211	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_003212	AACCG	2	10	225792	225801	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
21	NC_003212	ATAGA	2	10	225876	225885	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_003212	TTGTC	2	10	231396	231405	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_003212	AGATG	2	10	231547	231556	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
24	NC_003212	ACAAA	2	10	231761	231770	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_003212	ATATA	2	10	238732	238741	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_003212	GAGTG	2	10	238760	238769	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
27	NC_003212	TTGCA	2	10	240812	240821	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_003212	AGCCG	2	10	246938	246947	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
29	NC_003212	GAAAA	2	10	255068	255077	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_003212	GAAAA	2	10	255270	255279	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_003212	GAAAA	2	10	255473	255482	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_003212	GAATA	2	10	258562	258571	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_003212	AAATT	2	10	260247	260256	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_003212	TAATT	2	10	260449	260458	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_003212	TCGTG	2	10	261608	261617	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
36	NC_003212	AAGGT	2	10	263077	263086	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
37	NC_003212	TAATT	2	10	266471	266480	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_003212	TCGTG	2	10	267630	267639	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_003212	AAGGT	2	10	269099	269108	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
40	NC_003212	TGGCA	2	10	286399	286408	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_003212	AGTGA	2	10	299157	299166	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
42	NC_003212	ACTAA	2	10	304346	304355	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_003212	TATAA	2	10	309571	309580	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_003212	AAAAG	2	10	312800	312809	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_003212	ATTTG	2	10	339313	339322	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_003212	TAGAT	2	10	339353	339362	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_003212	TGTAT	2	10	360015	360024	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_003212	ATTGT	2	10	362298	362307	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_003212	TGAAA	2	10	363022	363031	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_003212	TAAAA	2	10	364080	364089	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_003212	AGATT	2	10	372116	372125	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_003212	AGTAA	2	10	408447	408456	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_003212	ATATA	2	10	408563	408572	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_003212	TAATT	2	10	408804	408813	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_003212	CAAAT	2	10	408889	408898	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_003212	AAATT	2	10	412544	412553	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_003212	AAGTT	2	10	422715	422724	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_003212	ATATT	2	10	444848	444857	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_003212	AGGTG	2	10	446414	446423	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
60	NC_003212	TTTTA	2	10	447909	447918	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_003212	GGAAA	2	10	453442	453451	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
62	NC_003212	TTTAT	2	10	469661	469670	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_003212	AAAAT	2	10	470952	470961	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_003212	AATCC	2	10	471804	471813	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
65	NC_003212	GGATT	2	10	471821	471830	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
66	NC_003212	CTTAT	2	10	478755	478764	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_003212	AAGGA	2	10	485778	485787	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
68	NC_003212	CGAGG	2	10	507585	507594	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
69	NC_003212	ATACA	2	10	511833	511842	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_003212	CAATC	2	10	512337	512346	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
71	NC_003212	TATAG	2	10	552139	552148	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_003212	ACTTT	2	10	563606	563615	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_003212	TAGAC	2	10	572493	572502	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
74	NC_003212	CAAAT	2	10	578512	578521	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_003212	ATTTT	2	10	579779	579788	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_003212	ATAAC	2	10	588425	588434	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_003212	GATTC	2	10	590434	590443	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_003212	CTATG	2	10	591266	591275	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_003212	AAAGA	2	10	596667	596676	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_003212	GGGAA	2	10	599589	599598	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
81	NC_003212	ATAAA	2	10	611677	611686	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_003212	ATTTC	2	10	624406	624415	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_003212	AATAC	2	10	632664	632673	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_003212	ATTAA	2	10	636921	636930	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_003212	GCTAT	2	10	668292	668301	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
86	NC_003212	TAGAT	2	10	680789	680798	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_003212	TATGA	2	10	687959	687968	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_003212	TTTAT	2	10	690352	690361	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_003212	TTACT	2	10	699388	699397	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_003212	TGGAT	2	10	699442	699451	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
91	NC_003212	AAACA	2	10	705032	705041	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_003212	TTCTA	2	10	705295	705304	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_003212	AGGGG	2	10	717749	717758	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
94	NC_003212	AAATG	2	10	718558	718567	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_003212	TATTT	2	10	723987	723996	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_003212	AGAGA	2	10	724137	724146	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
97	NC_003212	CTTTT	2	10	725112	725121	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_003212	TTGTT	2	10	764282	764291	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_003212	CTTTT	2	10	774476	774485	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_003212	TAGTT	2	10	774489	774498	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_003212	GATAA	2	10	828855	828864	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_003212	TCAAT	2	10	833410	833419	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_003212	GTATA	2	10	836891	836900	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_003212	ATTTT	2	10	844887	844896	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_003212	TAAAA	2	10	847570	847579	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_003212	AATTT	2	10	848641	848650	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_003212	GTTTT	2	10	857859	857868	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_003212	GAATA	2	10	873103	873112	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_003212	AATGT	2	10	886148	886157	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_003212	TTTAT	2	10	896714	896723	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_003212	CGAAA	2	10	912899	912908	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
112	NC_003212	TTTTA	2	10	931432	931441	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_003212	TTTAT	2	10	933647	933656	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_003212	ACAAA	2	10	935243	935252	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_003212	ATAGA	2	10	935348	935357	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_003212	TTTTA	2	10	945017	945026	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_003212	TGAAA	2	10	959117	959126	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
118	NC_003212	TTTAT	2	10	963593	963602	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_003212	GGACT	2	10	964934	964943	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
120	NC_003212	TTCTA	2	10	975265	975274	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
121	NC_003212	TTACT	2	10	980563	980572	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_003212	ATGAG	2	10	983358	983367	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
123	NC_003212	TTTTA	2	10	990499	990508	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_003212	TTTTA	2	10	1001763	1001772	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_003212	AAATA	2	10	1001869	1001878	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_003212	TATAA	2	10	1005030	1005039	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_003212	TTCTA	2	10	1017806	1017815	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
128	NC_003212	TTTTA	2	10	1017832	1017841	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_003212	AGATA	2	10	1021504	1021513	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
130	NC_003212	GAGAG	2	10	1030446	1030455	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
131	NC_003212	TTCTA	2	10	1035133	1035142	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_003212	TTTTC	2	10	1039019	1039028	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_003212	AGTTT	2	10	1048906	1048915	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
134	NC_003212	TAGGA	2	10	1056751	1056760	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
135	NC_003212	GTTTT	2	10	1056761	1056770	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
136	NC_003212	CTTTT	2	10	1061257	1061266	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_003212	AAAGC	2	10	1067188	1067197	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
138	NC_003212	TTATT	2	10	1067231	1067240	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_003212	AAGTT	2	10	1070922	1070931	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
140	NC_003212	ATAAA	2	10	1070976	1070985	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_003212	GCTAT	2	10	1071849	1071858	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
142	NC_003212	AATAA	2	10	1073914	1073923	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_003212	TTTTA	2	10	1088461	1088470	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_003212	TATAA	2	10	1096295	1096304	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_003212	AATTT	2	10	1108625	1108634	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_003212	AAAAT	2	10	1109418	1109427	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_003212	GAAAA	2	10	1113370	1113379	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
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287	NC_003212	GTAAA	2	10	2274184	2274193	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
288	NC_003212	AAATA	2	10	2288962	2288971	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
289	NC_003212	TAAAA	2	10	2318264	2318273	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
290	NC_003212	ATTTT	2	10	2320827	2320836	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
291	NC_003212	CATTA	2	10	2332920	2332929	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
292	NC_003212	AATTT	2	10	2335405	2335414	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
293	NC_003212	TTAAA	2	10	2351074	2351083	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
294	NC_003212	TCTTT	2	10	2352688	2352697	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
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297	NC_003212	AAAAT	2	10	2363658	2363667	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
298	NC_003212	GTAAC	2	10	2371423	2371432	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
299	NC_003212	GAAAT	2	10	2392819	2392828	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
300	NC_003212	TAACA	2	10	2397319	2397328	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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302	NC_003212	CATTT	2	10	2408372	2408381	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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306	NC_003212	TGAAC	2	10	2442575	2442584	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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333	NC_003212	TAGTA	2	10	2591089	2591098	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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390	NC_003212	CACTC	2	10	2969826	2969835	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.