MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18

Total Repeats: 216

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003198	TCTTAA	2	12	23209	23220	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_003198	GCGCCT	2	12	25891	25902	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
3	NC_003198	AGCGAC	2	12	26512	26523	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_003198	ACGGTG	2	12	28237	28248	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_003198	TGTGGT	2	12	74854	74865	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
6	NC_003198	AAAGAA	2	12	75168	75179	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_003198	ATAGCG	2	12	117631	117642	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_003198	CGGGTG	2	12	118181	118192	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_003198	AATGCT	2	12	122807	122818	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_003198	AAGAGG	2	12	129997	130008	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_003198	GGATAA	2	12	135637	135648	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_003198	AGATGC	2	12	228415	228426	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_003198	ATGCGT	2	12	229337	229348	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_003198	GTAAGC	2	12	234187	234198	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_003198	GCTAAC	2	12	313837	313848	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_003198	GTTCTG	2	12	320585	320596	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_003198	CGCAGG	2	12	321903	321914	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_003198	ACAGCG	2	12	322618	322629	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_003198	GCAAGG	2	12	326165	326176	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_003198	TTAAAT	2	12	358698	358709	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_003198	TTCTCA	2	12	368223	368234	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_003198	CTGGAG	2	12	397877	397888	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_003198	ATAGCA	2	12	482195	482206	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_003198	AAATTT	2	12	490581	490592	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_003198	CAGGCG	2	12	533001	533012	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_003198	AGCGCC	2	12	538904	538915	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
27	NC_003198	TGCAAT	2	12	584531	584542	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_003198	TAACGT	2	12	615721	615732	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_003198	TGCAAA	2	12	628039	628050	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_003198	GCGTTG	2	12	655157	655168	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_003198	TTTTTA	2	12	725452	725463	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_003198	CTTCCG	2	12	739616	739627	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
33	NC_003198	GATTGA	4	24	764492	764515	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_003198	AAAATG	2	12	767534	767545	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_003198	CAAAAA	2	12	783895	783906	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_003198	GTCGCT	2	12	833399	833410	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_003198	TCCATA	2	12	852782	852793	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_003198	GATCTG	2	12	853188	853199	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_003198	AGGCGA	2	12	853289	853300	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_003198	TGAAAA	2	12	863859	863870	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_003198	CATCGT	2	12	901943	901954	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_003198	GATGAC	2	12	923573	923584	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_003198	GGTTGA	2	12	995461	995472	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_003198	AAATAT	2	12	1001553	1001564	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_003198	TTATTT	2	12	1001659	1001670	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_003198	ACCCAA	2	12	1015703	1015714	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
47	NC_003198	ATCTCG	2	12	1052985	1052996	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_003198	AAAAAT	2	12	1072030	1072041	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_003198	CGTTTA	2	12	1084764	1084775	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_003198	TGAGTA	2	12	1087896	1087907	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_003198	CGGTAT	2	12	1097522	1097533	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_003198	TAATTA	2	12	1152795	1152806	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_003198	GCGAGA	2	12	1155806	1155817	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_003198	AAAAAC	2	12	1235135	1235146	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_003198	GTAGTG	2	12	1267818	1267829	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
56	NC_003198	CGCAGA	2	12	1293221	1293232	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_003198	CATTTC	2	12	1302609	1302620	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_003198	ACTATA	2	12	1305826	1305837	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_003198	TACAGA	2	12	1321887	1321898	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_003198	GCGACC	2	12	1361685	1361696	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
61	NC_003198	AATATA	2	12	1385011	1385022	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_003198	TGGCAG	2	12	1385220	1385231	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_003198	TTAATG	2	12	1436309	1436320	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_003198	ATCGGT	2	12	1448933	1448944	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_003198	TGATGG	2	12	1449250	1449261	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
66	NC_003198	CAAAAA	2	12	1504482	1504493	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_003198	AAGACT	2	12	1665097	1665108	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_003198	CCGATG	2	12	1668087	1668098	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_003198	GCGAGC	2	12	1679996	1680007	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_003198	AGGCTA	2	12	1712976	1712987	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_003198	ATCACC	2	12	1749151	1749162	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
72	NC_003198	GCGCTT	2	12	1751434	1751445	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_003198	TAAACC	2	12	1775188	1775199	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_003198	GAGCGA	2	12	1814689	1814700	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_003198	GCTGGT	2	12	1814753	1814764	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_003198	TTGGCT	2	12	1816640	1816651	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_003198	TGTTAA	2	12	1821363	1821374	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_003198	TGGTCG	2	12	1860958	1860969	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_003198	TTAAAT	2	12	1926383	1926394	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_003198	GAACGC	2	12	1943094	1943105	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_003198	CAGGTA	2	12	1969467	1969478	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_003198	TCTGCA	2	12	2010357	2010368	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_003198	TCAACC	2	12	2073787	2073798	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
84	NC_003198	GATTCG	2	12	2090780	2090791	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_003198	TTCAAA	2	12	2099024	2099035	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_003198	AAATCA	2	12	2100812	2100823	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_003198	GTTATT	2	12	2146400	2146411	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_003198	CCTCGC	2	12	2156387	2156398	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
89	NC_003198	ATAACA	2	12	2183234	2183245	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_003198	ACATAA	2	12	2183452	2183463	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_003198	TCAACC	2	12	2194936	2194947	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
92	NC_003198	ACGTTT	2	12	2197853	2197864	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_003198	TGTTTA	2	12	2199055	2199066	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_003198	ATCGGC	2	12	2200181	2200192	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_003198	TAAACA	2	12	2213414	2213425	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_003198	TTTATC	2	12	2229066	2229077	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_003198	GGCGCT	2	12	2231136	2231147	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_003198	TATCCA	2	12	2252126	2252137	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_003198	CCTTCA	2	12	2324218	2324229	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
100	NC_003198	GCCAGC	2	12	2336424	2336435	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
101	NC_003198	AGAAAA	2	12	2431451	2431462	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_003198	GTAAGT	2	12	2475733	2475744	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_003198	TTTTCA	2	12	2485753	2485764	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_003198	CAAGTG	2	12	2502756	2502767	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_003198	ACCTAA	2	12	2586489	2586500	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_003198	CCTGCG	2	12	2592824	2592835	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
107	NC_003198	GCTGTC	2	12	2594707	2594718	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_003198	CGATGA	2	12	2596132	2596143	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_003198	GCCGTC	2	12	2596387	2596398	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
110	NC_003198	TGTACC	2	12	2597044	2597055	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_003198	CAGCGT	2	12	2600489	2600500	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_003198	TCAGCG	2	12	2601109	2601120	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_003198	TTCACC	2	12	2602119	2602130	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
114	NC_003198	GCTACA	2	12	2622628	2622639	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_003198	GCCAGC	2	12	2653533	2653544	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
116	NC_003198	CCCCTT	2	12	2677932	2677943	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
117	NC_003198	TTTGTT	2	12	2695725	2695736	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_003198	TATTTT	2	12	2695920	2695931	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_003198	AGCGCA	2	12	2760682	2760693	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_003198	CTTAGG	2	12	2779592	2779603	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_003198	ATCTTA	2	12	2782513	2782524	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_003198	CAATAA	2	12	2795881	2795892	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_003198	CCATCG	3	18	2898651	2898668	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
124	NC_003198	TGCGCC	2	12	2910690	2910701	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
125	NC_003198	CTGGCG	2	12	2911038	2911049	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_003198	CCCATT	2	12	2911152	2911163	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
127	NC_003198	GATTAT	2	12	2943108	2943119	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
128	NC_003198	ACGGCA	2	12	2943472	2943483	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_003198	GGCGTC	2	12	2970400	2970411	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_003198	GCGATC	2	12	2996461	2996472	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_003198	GACCAT	8	48	3041521	3041568	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_003198	CCACCG	2	12	3042138	3042149	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
133	NC_003198	TTTTAT	2	12	3043572	3043583	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_003198	GGTAAA	2	12	3052680	3052691	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
135	NC_003198	CTTCCC	2	12	3115602	3115613	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
136	NC_003198	CATCGG	2	12	3129203	3129214	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_003198	TCCAGC	2	12	3131027	3131038	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
138	NC_003198	TGCCAC	2	12	3133770	3133781	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
139	NC_003198	AACCGG	2	12	3135825	3135836	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_003198	GTCATT	2	12	3172980	3172991	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
141	NC_003198	AAACGA	2	12	3190518	3190529	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
142	NC_003198	GGCGTA	2	12	3200832	3200843	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
143	NC_003198	AGTTGT	2	12	3231805	3231816	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
144	NC_003198	AATGAT	2	12	3237473	3237484	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
145	NC_003198	TAACCA	2	12	3275768	3275779	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_003198	ATTCAA	2	12	3277515	3277526	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
147	NC_003198	TTATTT	2	12	3279714	3279725	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_003198	AACCCT	2	12	3307277	3307288	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
149	NC_003198	TAAGCG	2	12	3324713	3324724	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
150	NC_003198	TGTTAT	2	12	3368281	3368292	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
151	NC_003198	ATGGTG	2	12	3413332	3413343	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
152	NC_003198	ACCGCA	2	12	3414444	3414455	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
153	NC_003198	GCTTTA	2	12	3415378	3415389	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
154	NC_003198	CGGGTA	2	12	3549522	3549533	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
155	NC_003198	AAAAGA	2	12	3552425	3552436	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
156	NC_003198	TAACGC	2	12	3617899	3617910	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
157	NC_003198	TGGACA	2	12	3638087	3638098	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
158	NC_003198	AGTAAA	2	12	3638538	3638549	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
159	NC_003198	TTATAT	2	12	3683075	3683086	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_003198	ATTGAT	2	12	3695060	3695071	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
161	NC_003198	ATTTTT	2	12	3703795	3703806	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_003198	CTCCAT	2	12	3713249	3713260	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
163	NC_003198	TGGCGC	2	12	3723477	3723488	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
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165	NC_003198	GACGGA	2	12	3824943	3824954	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
166	NC_003198	TCATGT	2	12	3883498	3883509	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
167	NC_003198	TAATGC	2	12	3895345	3895356	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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169	NC_003198	GTTGAT	2	12	3957754	3957765	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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172	NC_003198	CGCGCC	2	12	4047003	4047014	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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179	NC_003198	GAATGA	2	12	4130155	4130166	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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181	NC_003198	TCGCCG	2	12	4199731	4199742	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.