MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18

Total Repeats: 3341

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003198	AGGTA	2	10	2553	2562	40 %	20 %	40 %	0 %	16758995
2	NC_003198	ATTGC	2	10	3396	3405	20 %	40 %	20 %	20 %	16758996
3	NC_003198	CGGCG	2	10	4144	4153	0 %	0 %	60 %	40 %	16758997
4	NC_003198	CCGCG	2	10	7184	7193	0 %	0 %	40 %	60 %	16758999
5	NC_003198	GAAAA	2	10	10061	10070	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_003198	TCTTT	2	10	11323	11332	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_003198	GCGTG	2	10	13991	14000	0 %	20 %	60 %	20 %	16759006
8	NC_003198	AATCA	2	10	15512	15521	60 %	20 %	0 %	20 %	16759007
9	NC_003198	TATTG	2	10	17582	17591	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_003198	GGCTG	2	10	18857	18866	0 %	20 %	60 %	20 %	16759011
11	NC_003198	CCTGA	2	10	19919	19928	20 %	20 %	20 %	40 %	16759011
12	NC_003198	GGCCG	2	10	21680	21689	0 %	0 %	60 %	40 %	16759013
13	NC_003198	CTTTT	2	10	23399	23408	0 %	80 %	0 %	20 %	16759014
14	NC_003198	CGGTA	2	10	24565	24574	20 %	20 %	40 %	20 %	16759015
15	NC_003198	CTGTT	2	10	24604	24613	0 %	60 %	20 %	20 %	16759015
16	NC_003198	GCGTC	2	10	28361	28370	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
17	NC_003198	ATCTG	2	10	30969	30978	20 %	40 %	20 %	20 %	16759020
18	NC_003198	TTACG	2	10	31024	31033	20 %	40 %	20 %	20 %	16759020
19	NC_003198	GGGCG	2	10	31793	31802	0 %	0 %	80 %	20 %	16759021
20	NC_003198	TGCGT	2	10	32172	32181	0 %	40 %	40 %	20 %	16759022
21	NC_003198	AAAAG	2	10	32566	32575	80 %	0 %	20 %	0 %	16759023
22	NC_003198	TTTTA	2	10	33215	33224	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_003198	TATAA	2	10	34169	34178	60 %	40 %	0 %	0 %	16759024
24	NC_003198	ATCGT	2	10	34918	34927	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_003198	ATTTT	2	10	34962	34971	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_003198	ATTTT	2	10	35222	35231	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_003198	AGCGA	2	10	35591	35600	40 %	0 %	40 %	20 %	16759026
28	NC_003198	TCCTG	2	10	35801	35810	0 %	40 %	20 %	40 %	16759026
29	NC_003198	GGTCA	2	10	38036	38045	20 %	20 %	40 %	20 %	16759027
30	NC_003198	TTCAT	2	10	39308	39317	20 %	60 %	0 %	20 %	16759028
31	NC_003198	TGAAA	2	10	40124	40133	60 %	20 %	20 %	0 %	16759029
32	NC_003198	TAAAA	2	10	44187	44196	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_003198	ACGGC	2	10	44483	44492	20 %	0 %	40 %	40 %	16759032
34	NC_003198	GGGCT	2	10	46557	46566	0 %	20 %	60 %	20 %	16759033
35	NC_003198	GAAGG	2	10	47360	47369	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
36	NC_003198	GCGTA	2	10	48433	48442	20 %	20 %	40 %	20 %	16759035
37	NC_003198	GACCA	2	10	49038	49047	40 %	0 %	20 %	40 %	16759035
38	NC_003198	CAGAC	2	10	50370	50379	40 %	0 %	20 %	40 %	16759035
39	NC_003198	GTTTG	2	10	54526	54535	0 %	60 %	40 %	0 %	16759040
40	NC_003198	GTTTG	2	10	55454	55463	0 %	60 %	40 %	0 %	16759040
41	NC_003198	CACTA	2	10	56585	56594	40 %	20 %	0 %	40 %	16759040
42	NC_003198	AGCGC	2	10	57231	57240	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
43	NC_003198	TTCAC	2	10	57378	57387	20 %	40 %	0 %	40 %	16759042
44	NC_003198	AAAAT	2	10	58949	58958	80 %	20 %	0 %	0 %	16759044
45	NC_003198	GGAAA	2	10	59736	59745	60 %	0 %	40 %	0 %	16759044
46	NC_003198	CGCTG	2	10	60226	60235	0 %	20 %	40 %	40 %	16759045
47	NC_003198	CGGCG	2	10	63992	64001	0 %	0 %	60 %	40 %	16759048
48	NC_003198	GCGCG	2	10	64939	64948	0 %	0 %	60 %	40 %	16759049
49	NC_003198	ACGGC	2	10	69540	69549	20 %	0 %	40 %	40 %	16759052
50	NC_003198	CGTGC	2	10	71361	71370	0 %	20 %	40 %	40 %	16759055
51	NC_003198	TTGAT	2	10	71531	71540	20 %	60 %	20 %	0 %	16759055
52	NC_003198	ACCGC	2	10	72091	72100	20 %	0 %	20 %	60 %	16759055
53	NC_003198	ATTTG	2	10	75255	75264	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_003198	CGATG	2	10	77570	77579	20 %	20 %	40 %	20 %	16759060
55	NC_003198	GCGAA	2	10	78511	78520	40 %	0 %	40 %	20 %	16759060
56	NC_003198	TTGCC	2	10	81038	81047	0 %	40 %	20 %	40 %	16759062
57	NC_003198	AAGCG	2	10	81514	81523	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
58	NC_003198	TGGCG	2	10	83086	83095	0 %	20 %	60 %	20 %	16759064
59	NC_003198	TCAGC	2	10	84269	84278	20 %	20 %	20 %	40 %	16759065
60	NC_003198	GTACG	2	10	86988	86997	20 %	20 %	40 %	20 %	16759067
61	NC_003198	CAGAA	2	10	87701	87710	60 %	0 %	20 %	20 %	16759067
62	NC_003198	CCGCA	2	10	89820	89829	20 %	0 %	20 %	60 %	16759069
63	NC_003198	CGGTT	2	10	90325	90334	0 %	40 %	40 %	20 %	16759070
64	NC_003198	TGGCG	2	10	92106	92115	0 %	20 %	60 %	20 %	16759072
65	NC_003198	TAAAA	2	10	95578	95587	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_003198	TTTCC	2	10	96017	96026	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
67	NC_003198	GTGGC	2	10	96586	96595	0 %	20 %	60 %	20 %	16759078
68	NC_003198	GCGCT	2	10	97737	97746	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
69	NC_003198	AGCGC	2	10	97804	97813	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
70	NC_003198	TGCAC	2	10	98502	98511	20 %	20 %	20 %	40 %	16759080
71	NC_003198	TGGCA	2	10	98571	98580	20 %	20 %	40 %	20 %	16759080
72	NC_003198	TCTGT	2	10	98897	98906	0 %	60 %	20 %	20 %	16759081
73	NC_003198	GCGCT	2	10	99207	99216	0 %	20 %	40 %	40 %	16759081
74	NC_003198	GGCGC	2	10	99621	99630	0 %	0 %	60 %	40 %	16759081
75	NC_003198	GCGAC	2	10	99934	99943	20 %	0 %	40 %	40 %	16759081
76	NC_003198	TCTGT	2	10	100226	100235	0 %	60 %	20 %	20 %	16759081
77	NC_003198	AACGT	2	10	102381	102390	40 %	20 %	20 %	20 %	16759084
78	NC_003198	CCCAA	2	10	104531	104540	40 %	0 %	0 %	60 %	16759087
79	NC_003198	TTGTT	2	10	105238	105247	0 %	80 %	20 %	0 %	16759087
80	NC_003198	GCTTC	2	10	106612	106621	0 %	40 %	20 %	40 %	16759088
81	NC_003198	TGCGT	2	10	106899	106908	0 %	40 %	40 %	20 %	16759088
82	NC_003198	TGATC	2	10	108599	108608	20 %	40 %	20 %	20 %	16759089
83	NC_003198	AAGCG	2	10	109095	109104	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
84	NC_003198	TGGCG	2	10	111759	111768	0 %	20 %	60 %	20 %	16759091
85	NC_003198	AGCGC	2	10	112319	112328	20 %	0 %	40 %	40 %	16759091
86	NC_003198	CCGCG	2	10	113404	113413	0 %	0 %	40 %	60 %	16759092
87	NC_003198	GGGGT	2	10	114800	114809	0 %	20 %	80 %	0 %	16759092
88	NC_003198	ACGGT	2	10	116629	116638	20 %	20 %	40 %	20 %	16759094
89	NC_003198	TGGCG	2	10	116997	117006	0 %	20 %	60 %	20 %	16759094
90	NC_003198	TAATT	2	10	118139	118148	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_003198	ATTTT	2	10	118165	118174	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_003198	ACAGA	2	10	118348	118357	60 %	0 %	20 %	20 %	16759095
93	NC_003198	CAGCG	2	10	119523	119532	20 %	0 %	40 %	40 %	16759097
94	NC_003198	GCCGG	2	10	119823	119832	0 %	0 %	60 %	40 %	16759097
95	NC_003198	CGAGC	2	10	119948	119957	20 %	0 %	40 %	40 %	16759097
96	NC_003198	ATTTG	2	10	120391	120400	20 %	60 %	20 %	0 %	16759097
97	NC_003198	TTGCC	2	10	124895	124904	0 %	40 %	20 %	40 %	16759101
98	NC_003198	AGTTT	2	10	127802	127811	20 %	60 %	20 %	0 %	16759103
99	NC_003198	TAGTG	2	10	128220	128229	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
100	NC_003198	TCGAT	2	10	129650	129659	20 %	40 %	20 %	20 %	16759104
101	NC_003198	CGTTT	2	10	132422	132431	0 %	60 %	20 %	20 %	16759106
102	NC_003198	GGTTT	2	10	135578	135587	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
103	NC_003198	ATTCC	2	10	137523	137532	20 %	40 %	0 %	40 %	16759111
104	NC_003198	CCCAA	2	10	139592	139601	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
105	NC_003198	AAAGC	2	10	139820	139829	60 %	0 %	20 %	20 %	16759113
106	NC_003198	CCGCA	2	10	140353	140362	20 %	0 %	20 %	60 %	16759113
107	NC_003198	TTGTT	2	10	140939	140948	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_003198	AGTTC	2	10	142724	142733	20 %	40 %	20 %	20 %	16759115
109	NC_003198	TGCCT	2	10	142824	142833	0 %	40 %	20 %	40 %	16759116
110	NC_003198	AAGCG	2	10	147477	147486	40 %	0 %	40 %	20 %	16759119
111	NC_003198	GTTTG	2	10	149380	149389	0 %	60 %	40 %	0 %	16759121
112	NC_003198	CGTAT	2	10	150851	150860	20 %	40 %	20 %	20 %	16759122
113	NC_003198	ATGGC	2	10	152104	152113	20 %	20 %	40 %	20 %	16759123
114	NC_003198	ATCAG	2	10	152687	152696	40 %	20 %	20 %	20 %	16759124
115	NC_003198	CTGCC	2	10	154696	154705	0 %	20 %	20 %	60 %	16759125
116	NC_003198	CGGCG	2	10	157426	157435	0 %	0 %	60 %	40 %	16759128
117	NC_003198	CGCGG	2	10	160079	160088	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
118	NC_003198	CCGGC	2	10	160783	160792	0 %	0 %	40 %	60 %	16759131
119	NC_003198	CGCTG	2	10	161675	161684	0 %	20 %	40 %	40 %	16759131
120	NC_003198	GAACC	2	10	164642	164651	40 %	0 %	20 %	40 %	16759134
121	NC_003198	GATCA	2	10	165830	165839	40 %	20 %	20 %	20 %	16759136
122	NC_003198	ATCCC	2	10	168276	168285	20 %	20 %	0 %	60 %	16759139
123	NC_003198	AGCGC	2	10	168984	168993	20 %	0 %	40 %	40 %	16759139
124	NC_003198	TGAGC	2	10	170833	170842	20 %	20 %	40 %	20 %	16759140
125	NC_003198	CGCAT	2	10	171095	171104	20 %	20 %	20 %	40 %	16759141
126	NC_003198	CGAAC	2	10	171824	171833	40 %	0 %	20 %	40 %	16759142
127	NC_003198	GTTCA	2	10	172090	172099	20 %	40 %	20 %	20 %	16759142
128	NC_003198	ATGAC	2	10	173056	173065	40 %	20 %	20 %	20 %	16759143
129	NC_003198	ACTGG	2	10	173645	173654	20 %	20 %	40 %	20 %	16759144
130	NC_003198	CAGAA	2	10	175765	175774	60 %	0 %	20 %	20 %	16759146
131	NC_003198	CGAAG	2	10	178636	178645	40 %	0 %	40 %	20 %	16759148
132	NC_003198	GACTG	2	10	180437	180446	20 %	20 %	40 %	20 %	16759149
133	NC_003198	GGCAT	2	10	185917	185926	20 %	20 %	40 %	20 %	16759152
134	NC_003198	GGCCA	2	10	186339	186348	20 %	0 %	40 %	40 %	16759153
135	NC_003198	CGTTT	2	10	186854	186863	0 %	60 %	20 %	20 %	16759153
136	NC_003198	GGGGA	2	10	186906	186915	20 %	0 %	80 %	0 %	16759153
137	NC_003198	TCTGG	2	10	190539	190548	0 %	40 %	40 %	20 %	16759155
138	NC_003198	CGGCG	2	10	192522	192531	0 %	0 %	60 %	40 %	16759157
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152	NC_003198	CGCGT	2	10	209326	209335	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
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