MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 chromosome

Total Repeats: 180

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003197	TCTTAA	2	12	23203	23214	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_003197	TGTGGT	2	12	74858	74869	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_003197	AAAGAA	2	12	75352	75363	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_003197	CGGGTG	2	12	116766	116777	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_003197	AATGCT	2	12	121392	121403	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_003197	AAGAGG	2	12	128582	128593	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_003197	GGATAA	2	12	134223	134234	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_003197	CAATAT	2	12	229780	229791	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_003197	AGATGA	2	12	350877	350888	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_003197	TTCTCA	2	12	358926	358937	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_003197	CTCATT	2	12	378192	378203	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_003197	GTGATA	2	12	477763	477774	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_003197	AAATTT	2	12	498433	498444	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_003197	TGCTAT	2	12	528020	528031	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_003197	CAGGCG	2	12	540151	540162	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_003197	AGCGCC	2	12	545879	545890	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
17	NC_003197	TGCAAT	2	12	591309	591320	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_003197	TGCAAT	2	12	591324	591335	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_003197	TAACGT	2	12	624093	624104	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_003197	TGCAAA	2	12	643920	643931	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_003197	CAAAAA	2	12	809108	809119	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_003197	GCAGCC	2	12	812484	812495	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
23	NC_003197	CTGCGC	2	12	830315	830326	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
24	NC_003197	CCTGCA	2	12	830721	830732	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
25	NC_003197	GCCGGT	2	12	831252	831263	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_003197	GTGGAA	2	12	831568	831579	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
27	NC_003197	ATGCCG	2	12	856562	856573	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_003197	TGAAAA	2	12	900059	900070	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_003197	ATTTTT	2	12	906681	906692	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_003197	CATCGT	2	12	947530	947541	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_003197	CAGGCG	2	12	965784	965795	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_003197	GGGAGG	2	12	969329	969340	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_003197	ACTGCA	2	12	981690	981701	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_003197	GATGAC	2	12	1011873	1011884	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_003197	AAAGAT	2	12	1091036	1091047	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_003197	AAAATC	2	12	1105595	1105606	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_003197	ACCCAA	2	12	1105770	1105781	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
38	NC_003197	AAAGCA	2	12	1108668	1108679	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_003197	CTTTTT	2	12	1112746	1112757	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_003197	TAAATG	2	12	1143479	1143490	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_003197	ATCTCG	2	12	1143945	1143956	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_003197	AAAAAT	2	12	1162994	1163005	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_003197	AAGAGA	2	12	1169037	1169048	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_003197	CGTTTA	2	12	1175018	1175029	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_003197	TGAGTA	2	12	1177440	1177451	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_003197	TAGCCG	2	12	1208416	1208427	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_003197	TGTCAT	2	12	1219385	1219396	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_003197	TAATTA	2	12	1242519	1242530	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_003197	AAAAAG	2	12	1297724	1297735	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_003197	AAAAAC	2	12	1325650	1325661	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_003197	GGTTTA	2	12	1338788	1338799	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_003197	GATTTT	2	12	1360174	1360185	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_003197	AAGCGC	2	12	1361801	1361812	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_003197	GGACAT	2	12	1368529	1368540	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_003197	CGCTCG	2	12	1446440	1446451	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
56	NC_003197	AGTCTT	2	12	1461342	1461353	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_003197	CCAGCG	2	12	1629327	1629338	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
58	NC_003197	GATATT	2	12	1654665	1654676	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_003197	CATTAA	2	12	1669232	1669243	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_003197	TTCCCC	2	12	1672145	1672156	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
61	NC_003197	AGTATA	2	12	1693273	1693284	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_003197	TTTATG	2	12	1719138	1719149	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_003197	TATTTA	2	12	1723268	1723279	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_003197	TTATTT	2	12	1726786	1726797	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_003197	ACTGCC	2	12	1728461	1728472	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
66	NC_003197	TTTTAT	2	12	1752465	1752476	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_003197	TATAGT	2	12	1799871	1799882	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_003197	TCTGCG	2	12	1812476	1812487	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_003197	TTGGCT	2	12	1895037	1895048	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_003197	TGTTAA	2	12	1899760	1899771	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_003197	CTTTCA	2	12	1992460	1992471	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_003197	CAGGTA	2	12	2004507	2004518	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_003197	TAAAGC	2	12	2022808	2022819	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_003197	TAATAC	2	12	2086644	2086655	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_003197	GATTCG	2	12	2134006	2134017	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_003197	AATCAG	2	12	2144047	2144058	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_003197	CATATA	2	12	2144229	2144240	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_003197	GTTATT	2	12	2188444	2188455	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_003197	ATAACA	2	12	2225271	2225282	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_003197	ACATAA	2	12	2225489	2225500	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_003197	TGTTTA	2	12	2233475	2233486	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_003197	TTTATC	2	12	2263483	2263494	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_003197	TCCAGT	2	12	2331467	2331478	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_003197	ATTTTC	2	12	2331830	2331841	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_003197	CCTTCA	2	12	2367268	2367279	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
86	NC_003197	CATTAA	2	12	2439706	2439717	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_003197	AGAAAA	2	12	2476431	2476442	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_003197	ATTTTT	2	12	2504720	2504731	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_003197	GTAAGT	2	12	2515834	2515845	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
90	NC_003197	TTTTCA	2	12	2525143	2525154	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_003197	CAAGTG	2	12	2542148	2542159	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_003197	GCTACA	2	12	2658408	2658419	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_003197	TGTTTT	2	12	2673938	2673949	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_003197	GCAAGG	13	78	2730867	2730944	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_003197	TGCTTT	2	12	2766408	2766419	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_003197	TTGGGT	2	12	2769306	2769317	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
97	NC_003197	TGATTT	2	12	2769480	2769491	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_003197	TTTGTT	2	12	2780122	2780133	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_003197	TATTTT	2	12	2780317	2780328	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_003197	ACAAAA	2	12	2796394	2796405	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_003197	TACCAT	2	12	2828221	2828232	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_003197	CGCTGA	2	12	2829457	2829468	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_003197	TACCGC	2	12	2829523	2829534	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
104	NC_003197	ACCGCC	2	12	2835706	2835717	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
105	NC_003197	CACCGC	2	12	2836083	2836094	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
106	NC_003197	CCAACG	2	12	2836946	2836957	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
107	NC_003197	CGATAC	2	12	2837877	2837888	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_003197	TACACC	2	12	2838565	2838576	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
109	NC_003197	AAAGGC	2	12	2885840	2885851	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_003197	ATTAAA	2	12	2888301	2888312	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_003197	TAAGGG	2	12	2899366	2899377	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
112	NC_003197	CACTGA	2	12	2905498	2905509	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_003197	CAAGAG	2	12	2912510	2912521	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_003197	CTTAGG	2	12	2926529	2926540	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_003197	ATCTTA	2	12	2929450	2929461	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_003197	CAATAA	2	12	2942986	2942997	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_003197	ATTAAA	2	12	3046098	3046109	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_003197	CCATCG	2	12	3048278	3048289	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
119	NC_003197	CTCGGT	4	24	3077721	3077744	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_003197	GATTAT	2	12	3094264	3094275	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
121	NC_003197	CCTGTT	2	12	3095427	3095438	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_003197	GGCGTC	2	12	3114861	3114872	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_003197	GCGATC	2	12	3140924	3140935	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_003197	CCACCG	2	12	3185193	3185204	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
125	NC_003197	TTTTAT	2	12	3186627	3186638	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_003197	GGTAAA	2	12	3196448	3196459	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
127	NC_003197	TTCAGT	2	12	3253042	3253053	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_003197	CGATTT	2	12	3355862	3355873	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_003197	AGTTGT	2	12	3374305	3374316	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
130	NC_003197	AATGAT	2	12	3379973	3379984	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
131	NC_003197	TAACCA	2	12	3418610	3418621	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_003197	ATTCAA	2	12	3420357	3420368	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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134	NC_003197	AACCCT	2	12	3451466	3451477	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
135	NC_003197	TAAGCG	2	12	3470191	3470202	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
136	NC_003197	AATGCC	2	12	3472345	3472356	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_003197	TGTTAT	2	12	3514672	3514683	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
138	NC_003197	TGTCGC	2	12	3596854	3596865	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_003197	AATATT	2	12	3716261	3716272	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_003197	CTTAAT	2	12	3778921	3778932	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
141	NC_003197	TAAAAA	2	12	3832777	3832788	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_003197	GCGATC	2	12	3847950	3847961	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_003197	ATTATA	2	12	3880296	3880307	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_003197	ATCAAC	2	12	3891371	3891382	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_003197	GCATTA	2	12	3953535	3953546	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
146	NC_003197	TAAATA	2	12	3959478	3959489	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_003197	ACATGA	2	12	3965287	3965298	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
148	NC_003197	TATCAA	2	12	4250257	4250268	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
149	NC_003197	TAAATA	2	12	4262338	4262349	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_003197	TTTTAA	2	12	4262535	4262546	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_003197	TTTTAC	2	12	4306863	4306874	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
152	NC_003197	AGCGTT	2	12	4333280	4333291	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
153	NC_003197	TTTTGT	2	12	4356529	4356540	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
154	NC_003197	TTTTGA	2	12	4401928	4401939	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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159	NC_003197	TTTTCA	2	12	4507537	4507548	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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177	NC_003197	TTTAAT	2	12	4829609	4829620	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
178	NC_003197	AGCGCC	2	12	4834231	4834242	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
179	NC_003197	AAGCGC	2	12	4837129	4837140	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.