MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Yersinia pestis CO92 plasmid pMT1

Total Repeats: 49

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003134	GTTCG	2	10	426	435	0 %	40 %	40 %	20 %	16082782
2	NC_003134	AAGGT	2	10	775	784	40 %	20 %	40 %	0 %	16082782
3	NC_003134	AGCGC	2	10	1175	1184	20 %	0 %	40 %	40 %	40787861
4	NC_003134	TCAAA	2	10	1813	1822	60 %	20 %	0 %	20 %	40787861
5	NC_003134	CAGAG	2	10	7499	7508	40 %	0 %	40 %	20 %	16082788
6	NC_003134	TTGTC	2	10	7897	7906	0 %	60 %	20 %	20 %	16082788
7	NC_003134	TGCGC	2	10	13799	13808	0 %	20 %	40 %	40 %	16082793
8	NC_003134	GGATG	2	10	18771	18780	20 %	20 %	60 %	0 %	16082795
9	NC_003134	ACCAG	2	10	19128	19137	40 %	0 %	20 %	40 %	16082796
10	NC_003134	TGAAC	2	10	19339	19348	40 %	20 %	20 %	20 %	16082796
11	NC_003134	CGGTA	2	10	21232	21241	20 %	20 %	40 %	20 %	16082800
12	NC_003134	CGACA	2	10	21800	21809	40 %	0 %	20 %	40 %	16082800
13	NC_003134	CGGCA	2	10	23047	23056	20 %	0 %	40 %	40 %	16082802
14	NC_003134	AGTGC	2	10	27456	27465	20 %	20 %	40 %	20 %	16082806
15	NC_003134	CTTCG	2	10	28389	28398	0 %	40 %	20 %	40 %	16082807
16	NC_003134	CGGAA	2	10	29273	29282	40 %	0 %	40 %	20 %	16082809
17	NC_003134	AACGG	2	10	29481	29490	40 %	0 %	40 %	20 %	16082809
18	NC_003134	TGCCC	2	10	34654	34663	0 %	20 %	20 %	60 %	16082817
19	NC_003134	AAATT	2	10	35792	35801	60 %	40 %	0 %	0 %	16082818
20	NC_003134	CCCCT	2	10	36904	36913	0 %	20 %	0 %	80 %	40787864
21	NC_003134	TCCCC	2	10	37052	37061	0 %	20 %	0 %	80 %	16082820
22	NC_003134	GACTG	2	10	39056	39065	20 %	20 %	40 %	20 %	16082823
23	NC_003134	CATTG	2	10	39744	39753	20 %	40 %	20 %	20 %	16082824
24	NC_003134	ACGTA	2	10	45546	45555	40 %	20 %	20 %	20 %	16082830
25	NC_003134	ACTTA	2	10	47215	47224	40 %	40 %	0 %	20 %	16082831
26	NC_003134	CAGCG	2	10	49602	49611	20 %	0 %	40 %	40 %	16082836
27	NC_003134	CCATT	2	10	50204	50213	20 %	40 %	0 %	40 %	16082838
28	NC_003134	GCGAT	2	10	55833	55842	20 %	20 %	40 %	20 %	16082845
29	NC_003134	TTTGA	2	10	57399	57408	20 %	60 %	20 %	0 %	16082847
30	NC_003134	GCGCT	2	10	58037	58046	0 %	20 %	40 %	40 %	16082847
31	NC_003134	ACCTT	2	10	58437	58446	20 %	40 %	0 %	40 %	16082848
32	NC_003134	CGAAC	2	10	58786	58795	40 %	0 %	20 %	40 %	16082848
33	NC_003134	TGCCG	2	10	60446	60455	0 %	20 %	40 %	40 %	16082849
34	NC_003134	CGAGG	2	10	60884	60893	20 %	0 %	60 %	20 %	16082849
35	NC_003134	TAGAG	2	10	63044	63053	40 %	20 %	40 %	0 %	40787867
36	NC_003134	ATTCC	2	10	64320	64329	20 %	40 %	0 %	40 %	40787868
37	NC_003134	CGCAG	2	10	65443	65452	20 %	0 %	40 %	40 %	40787869
38	NC_003134	CGGAG	2	10	65836	65845	20 %	0 %	60 %	20 %	16082856
39	NC_003134	AATCA	2	10	66974	66983	60 %	20 %	0 %	20 %	16082857
40	NC_003134	AAGCG	2	10	67388	67397	40 %	0 %	40 %	20 %	16082857
41	NC_003134	TACTG	2	10	69778	69787	20 %	40 %	20 %	20 %	16082859
42	NC_003134	TTCTT	2	10	70066	70075	0 %	80 %	0 %	20 %	16082859
43	NC_003134	ATTCA	2	10	74197	74206	40 %	40 %	0 %	20 %	16082865
44	NC_003134	TAGAA	2	10	74920	74929	60 %	20 %	20 %	0 %	40787870
45	NC_003134	TTTTA	2	10	83743	83752	20 %	80 %	0 %	0 %	16082875
46	NC_003134	CAATT	2	10	84820	84829	40 %	40 %	0 %	20 %	16082875
47	NC_003134	CTGAT	2	10	88347	88356	20 %	40 %	20 %	20 %	16082878
48	NC_003134	CGGCG	2	10	89429	89438	0 %	0 %	60 %	40 %	16082880
49	NC_003134	AGTTC	2	10	90952	90961	20 %	40 %	20 %	20 %	16082880

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.